c*****a
发帖数: 179 | 1 想把一个target基因和若干oligo在454 sequencing的结果里面进行比对，请问要怎么
实现？
看了会儿mega的help还是不得要领
或者谁有其他的好软件推荐。谢谢啦 |
i*****l
发帖数: 51 | 2 几乎所有的核酸分析软件都可以做， 实在没有软件就在MEDLINE坐BLASTN分析 |
c*****a
发帖数: 179 | 3 dnaman 和dna star可以么？
这两个我倒是用过
sequencing 结果很大。上百兆的fasta文件
【在 i*****l 的大作中提到】
: 几乎所有的核酸分析软件都可以做， 实在没有软件就在MEDLINE坐BLASTN分析
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i*****l
发帖数: 51 | 4 上百兆的fasta文件？别吓我，那是什么序列啊？如果是N多条测序结果，比如CHIP-SEQ
这样的结果的话，还是找专门的软件或者专业的统计人员去分析
【在 c*****a 的大作中提到】
: dnaman 和dna star可以么？
: 这两个我倒是用过
: sequencing 结果很大。上百兆的fasta文件
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A*****n
发帖数: 243 | 5 下个单机版的blast吧，或者尝试一下其他序列比对软件，比如bfast或者bwa。
反正都需要自己跑一些程序。上百兆的fasta，应该也不到1M条的序列。
你这里只是要和单个基因比较，应该也不需要太长的时间。
（相对和NR或者全基因组的比对而言）
【在 c*****a 的大作中提到】
: dnaman 和dna star可以么？
: 这两个我倒是用过
: sequencing 结果很大。上百兆的fasta文件
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c*****a
发帖数: 179 | 6 一个测序结果。做成了一个fasta文件。很多个contig并在一起那种
SEQ
【在 i*****l 的大作中提到】
: 上百兆的fasta文件？别吓我，那是什么序列啊？如果是N多条测序结果，比如CHIP-SEQ
: 这样的结果的话，还是找专门的软件或者专业的统计人员去分析
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