g*****n
发帖数: 241 | 1 我的文章大体上是证明一个蛋白（A）down regulate另一个比较热门的tumor
suppressor (B)（之前没有报道过），先在线虫里面做，然后延伸到cancer cell line
里面也是一致。工作量不大，不是海量的数据。
总的来说就是线虫里面A的mutant里面见到B增加（western和immunostaining），然后B
的mutant可以suppress A的phenotype。还有过表达B也可以suppress由于过表达A造成
的相反的phenotype。在cancer cell line里面，过表达A的homolog，发现B的homolog
减少，siRNA knockdown A发现B增多。如果增加A上游的ligand，发现B显著减少，如果
knockdown A之后再增加同样的ligand就没有那么显著的效果。另外证明了A和B可以结
合，也narrow down了binding region （通过GST pull down，但不是co-IP）。还证明
了A可以磷酸化B （这里用的是人的homolog，因为线虫的A没有活性）。
基本结果就是这些了，A和B都算是比较热门的基因。
请问大家觉得投哪里比较合适？
我自己的想法是先试一下Science，如果不行的话就投Dev Cell或者Mol Cell。老板觉
得可以改投PNAS或者Current Biology。
我现在是博士最后一年，所以没时间再去补大的实验了。
先谢谢大家的建议！ |
a*****x
发帖数: 901 | 2 如果只是level变化加这些不完全的mechanism不够CNS。需要either phenotype or
thorough mechanism.个人认为phenotype（比如老鼠肿瘤抑制）机会更大一些。
line
后B
homolog
【在 g*****n 的大作中提到】
: 我的文章大体上是证明一个蛋白（A）down regulate另一个比较热门的tumor
: suppressor (B)（之前没有报道过），先在线虫里面做，然后延伸到cancer cell line
: 里面也是一致。工作量不大，不是海量的数据。
: 总的来说就是线虫里面A的mutant里面见到B增加（western和immunostaining），然后B
: 的mutant可以suppress A的phenotype。还有过表达B也可以suppress由于过表达A造成
: 的相反的phenotype。在cancer cell line里面，过表达A的homolog，发现B的homolog
: 减少，siRNA knockdown A发现B增多。如果增加A上游的ligand，发现B显著减少，如果
: knockdown A之后再增加同样的ligand就没有那么显著的效果。另外证明了A和B可以结
: 合，也narrow down了binding region （通过GST pull down，但不是co-IP）。还证明
: 了A可以磷酸化B （这里用的是人的homolog，因为线虫的A没有活性）。
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O******e
发帖数: 4845 | 3 听你老板的。这些结果离着CNS还比较远。
line
后B
homolog
【在 g*****n 的大作中提到】
: 我的文章大体上是证明一个蛋白（A）down regulate另一个比较热门的tumor
: suppressor (B)（之前没有报道过），先在线虫里面做，然后延伸到cancer cell line
: 里面也是一致。工作量不大，不是海量的数据。
: 总的来说就是线虫里面A的mutant里面见到B增加（western和immunostaining），然后B
: 的mutant可以suppress A的phenotype。还有过表达B也可以suppress由于过表达A造成
: 的相反的phenotype。在cancer cell line里面，过表达A的homolog，发现B的homolog
: 减少，siRNA knockdown A发现B增多。如果增加A上游的ligand，发现B显著减少，如果
: knockdown A之后再增加同样的ligand就没有那么显著的效果。另外证明了A和B可以结
: 合，也narrow down了binding region （通过GST pull down，但不是co-IP）。还证明
: 了A可以磷酸化B （这里用的是人的homolog，因为线虫的A没有活性）。
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g*****n
发帖数: 241 | 4 谢谢两位的建议。
To aardlbx: 表型我在线虫里面已经有了，我们实验室是做线虫遗传的，所以没法按照
做mouse model的实验室的方法去研究肿瘤抑制（我也希望能做到这样的结果，只可惜
实验室条件不允许）。你所谓的完全的mechanism是指什么？找到负调控的机制，比如
找到ubiquitin ligase吗？
To Oncogene: 我之所以想试试Science，是因为我们实验室以前有过一篇类似的发表在
Dev Cell上，而且那篇论文只是在线虫里面做。我这次的课题还延伸到了人里面，证明
了这样的调控在人里面也是保守的，所以想试试更高的杂志。但如果不行的话我个人更
倾向于Dev Cell。但也想听听版上前辈和同僚的意见。
再次感谢 |
a*****x
发帖数: 901 | 5 如果没有mouse model的条件，至少要有human cancer cell line, 或者ex vivo tumor
model的phenotype，或者找合作者做mouse model。而且phenotype光用siRNA knock-
down是不可信的,要有resuce。
Mechanism指的是要完整的story。磷酸化位点是什么，突变以后就没有level变化了?磷
酸化以后为什么B的level会变低，影响了E3的结合？蛋白A是不是B直接的kinase，等等
。就是可以做出一个model的figure，而且主要的地方不需要加问号。更多的是Cell的
要求，如果Mechanism有big surprise的话可以try Nature/Science。
如果你老板很大，或者大家一直在找B的调控蛋白但是找不到的话，目前的数据试CNS也
未尝不可。不过一般情况下没有太大希望 -- it doesn't hurt to try. Science第一
轮不过的话一个星期就会通知你。 |
g*****n
发帖数: 241 | |
l**********1
发帖数: 5204 | 7 Nature Cell Biology may be more suitable than Dev Cell
while Science does not approve your next going in your this case.
Please refer:
//www2.nature.com/catalog/ncb
or
//www.elsevier.com/wps/find/journaldescription.cws_home/622228/description#
description
more
//www.mitbbs.com/pc/pccon_2289_25631.html
【在 g*****n 的大作中提到】
: 谢谢两位的建议。
: To aardlbx: 表型我在线虫里面已经有了，我们实验室是做线虫遗传的，所以没法按照
: 做mouse model的实验室的方法去研究肿瘤抑制（我也希望能做到这样的结果，只可惜
: 实验室条件不允许）。你所谓的完全的mechanism是指什么？找到负调控的机制，比如
: 找到ubiquitin ligase吗？
: To Oncogene: 我之所以想试试Science，是因为我们实验室以前有过一篇类似的发表在
: Dev Cell上，而且那篇论文只是在线虫里面做。我这次的课题还延伸到了人里面，证明
: 了这样的调控在人里面也是保守的，所以想试试更高的杂志。但如果不行的话我个人更
: 倾向于Dev Cell。但也想听听版上前辈和同僚的意见。
: 再次感谢
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f*******n
发帖数: 141 | 8 如果A的phenotype从来没有报道过的话，可以试一下CNS。但你说A也是热门的基因，那
么显然大家都知道A和B有相反的功能。你的发现就是A能够下调B的蛋白量，可能的机制
是磷酸化B。线虫数据做的无可挑剔，磷酸化位点再找出来，做一下mutation，我觉得
developmental cell应该差不多了。现在杂志的要求越来越高，文章不好投啊，DC不中
也属正常。天天bless，呵呵 |
g*****n
发帖数: 241 | |
t*****2
发帖数: 213 | 10 1. this paper can't go to CNS because of no supporting wih in vivo data.
Actually you don't have to do so much in vivo work, just to confirm A
regulates phosphorylation of B by immunostaining in mice model.
2. Another point is if the interaction between A and B can link to any type
of disease. in another word, did you find deficiency of A and B in any kind
of disease
|
t*****2
发帖数: 213 | |
g*****n
发帖数: 241 | 12 谢谢Tiger22：A和B单独来说都是和癌症相关的。可惜我们实验室做不了mouse model |
w********r
发帖数: 1431 | 13 我的理解:
1。你们的表型是虫子里A影响B的表达和mutant表型。
2。机理是AB结合（只有GST pull down，没有endogenous co-IP或者更强的
biochemistry的证据）并且A可以磷酸化B（但线虫里的A却没有活性）
看起来2这个机理解释不了1（因为线虫的A无活性）。那么reviewer还是会问，虫子里A
是怎么影响表达的？
同时AB和癌症相关，你们又没有癌症模型的数据...
我觉得这套数据投任何一个decent journal都会被虐... |
g*****n
发帖数: 241 | 14 谢谢Windplayer的意见，抱歉“A没有活性”是我没有表述清楚，我说的没有活性是指
在E. coli里面表达出的A没有kinase的活性。
我们实验室是做遗传的，很多时候靠遗传数据来支持我们的结论，生化不是我们的强项
。所以我们这篇文章的侧重点也是遗传多于生化。虽然我也希望能有co-ip来证明两个
蛋白结合，但我们的model是A导致B的降解，很可能他们是mutually exclusive，所以
可能不太好用co-ip做出结合。 |
