e**s
发帖数: 513 | 1 I am a biologist and need to do some bioinformatics analysis now. I need to install BLAST and Mira on the cluster. The stuff who maintains the bioinformatic cluster told me it's very difficult to install programs in the cluster (SunOS5.9). He is busy and doesn't want to help.
I wonder if I can do it by myself. I only know tiny bit of linux.
A lot of thanks for any suggestions! |
t*d
发帖数: 1290 | 2 一个连 blast 也没有的机器也可以号称 bioinformatic cluster？
如果你能找到 for SunOS5.9 的 blast 源代码，就可以自己安装。
to install BLAST and Mira on the cluster. The stuff who maintains the
bioinformatic cluster told me it's very difficult to install programs in the
cluster (SunOS5.9). He is busy and doesn't want to help.
【在 e**s 的大作中提到】
: I am a biologist and need to do some bioinformatics analysis now. I need to install BLAST and Mira on the cluster. The stuff who maintains the bioinformatic cluster told me it's very difficult to install programs in the cluster (SunOS5.9). He is busy and doesn't want to help.
: I wonder if I can do it by myself. I only know tiny bit of linux.
: A lot of thanks for any suggestions!
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e**s
发帖数: 513 | 3 那些人都是做protein structure的，每人做DNA，唉。
我在NCBI的网站能找到blast的window和linx版的。SunOS5.9 的 blast 源代码是什么
意思？
the
【在 t*d 的大作中提到】
: 一个连 blast 也没有的机器也可以号称 bioinformatic cluster？
: 如果你能找到 for SunOS5.9 的 blast 源代码，就可以自己安装。
:
: to install BLAST and Mira on the cluster. The stuff who maintains the
: bioinformatic cluster told me it's very difficult to install programs in the
: cluster (SunOS5.9). He is busy and doesn't want to help.
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G*****o
发帖数: 315 | 4 你可以试试把blast装到你自己的帐户下。不一定非得让admin帮忙。如果有几个不同平
台的linux安装程序，下载一个和你的cluster最接近的。最好找一个懂一点linux的朋
友帮忙。 |
t****b
发帖数: 47 | 5 下载源代码，自己安装是可以的。没装过的话，肯定累点。 |
t*d
发帖数: 1290 | 6 就是为 SunOS 5.9 定制的源代码。
Sun 以前的系统是 Solaris。NCBI 上应该有这个平台的 blast 可执行代码。就不知道
那个版本和你的 SunOS 5.9 兼容。自己试试吧。这个可执行代码大多是下载后就可用
，不需要编译，也不需要管理员权限。
另外，Windows 下的 Blast 也一样干活啊。 为什么非用那个 cluster 呢？
the
【在 t*d 的大作中提到】
: 一个连 blast 也没有的机器也可以号称 bioinformatic cluster？
: 如果你能找到 for SunOS5.9 的 blast 源代码，就可以自己安装。
:
: to install BLAST and Mira on the cluster. The stuff who maintains the
: bioinformatic cluster told me it's very difficult to install programs in the
: cluster (SunOS5.9). He is busy and doesn't want to help.
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e**s
发帖数: 513 | 7 Because I need to do whole genome sequence blast against many genomes.
Thank you for your reply! I will try it.
【在 t*d 的大作中提到】
: 就是为 SunOS 5.9 定制的源代码。
: Sun 以前的系统是 Solaris。NCBI 上应该有这个平台的 blast 可执行代码。就不知道
: 那个版本和你的 SunOS 5.9 兼容。自己试试吧。这个可执行代码大多是下载后就可用
: ，不需要编译，也不需要管理员权限。
: 另外，Windows 下的 Blast 也一样干活啊。 为什么非用那个 cluster 呢？
:
: the
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e**s
发帖数: 513 | 8 Do you mean I can install it under my own folder? The IT stuff told me I
need to put it in the root. Well, they are not the ones who maintain the
cluster though.
Thanks for your reply!
【在 G*****o 的大作中提到】
: 你可以试试把blast装到你自己的帐户下。不一定非得让admin帮忙。如果有几个不同平
: 台的linux安装程序，下载一个和你的cluster最接近的。最好找一个懂一点linux的朋
: 友帮忙。
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e**s
发帖数: 513 | 9 I went to the FTP site for BLAST installer and source code. I downloaded
ncbi-blast-2.2.25+-sparc64-solaris.tar.gz. It contains many applications.
Are those the source code you menioned? Do I simply move these applications
under my folder in the cluster? I can't find any file that looks like "code"
.
【在 t*d 的大作中提到】
: 就是为 SunOS 5.9 定制的源代码。
: Sun 以前的系统是 Solaris。NCBI 上应该有这个平台的 blast 可执行代码。就不知道
: 那个版本和你的 SunOS 5.9 兼容。自己试试吧。这个可执行代码大多是下载后就可用
: ，不需要编译，也不需要管理员权限。
: 另外，Windows 下的 Blast 也一样干活啊。 为什么非用那个 cluster 呢？
:
: the
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t*d
发帖数: 1290 | 10 Did you see the folder named 'bin'?
blastn under 'bin' folder should be the program you will need.
applications
code"
【在 e**s 的大作中提到】
: I went to the FTP site for BLAST installer and source code. I downloaded
: ncbi-blast-2.2.25+-sparc64-solaris.tar.gz. It contains many applications.
: Are those the source code you menioned? Do I simply move these applications
: under my folder in the cluster? I can't find any file that looks like "code"
: .
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e**s
发帖数: 513 | 11 Yes, thanks!
【在 t*d 的大作中提到】
: Did you see the folder named 'bin'?
: blastn under 'bin' folder should be the program you will need.
:
: applications
: code"
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t*d
发帖数: 1290 | 12 My pleasure.
【在 e**s 的大作中提到】
: Yes, thanks!
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