发帖数: 1 | 1 蒙古大夫牛逼
自己大概装修房子被人蒙了
出来又兜售
没有一个主意有用
纯粹垃圾
: 我想了一下， 可能机理是这样的。
: 病毒在接近人体正常温度和湿度的环境下会开始繁殖-暴露碱基链。 但是没有酶
和碱基
: 的时候反而导致病毒死亡。
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发帖数: 1 | 2 【 以下文字转载自 USANews 讨论区 】
发信人: dragonfly (小蜻蜓-一品御前带刀老中医), 信区: USANews
标 题: 阿三的中国人造病毒论文撤稿了？
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Feb 15 21:27:00 2020, 美东)
美国西雅图弗雷德哈钦森癌症研究中心(Fred Hutchinson Cancer Research Center)研
究员特雷弗•贝德福德(Trevor Bedford) © 网络照片
美国西雅图弗雷德哈钦森癌症研究中心(Fred Hutchinson Cancer Research
Center)研究员特雷弗•贝德福德(Trevor Bedford)驳斥有关新冠肺炎病毒起源的
种种说法，包括该病毒是在经过基因工程改造后从武汉的一个实验室外泄出来的说法。
贝德福德教授是全球Nextstrain合作项目的领导者，在复旦大学和中国疾病预防控制中
心于今年1月发布了新冠病毒的基因组后，该项目就已开始对其进行分析。截至目前，
世界各地的科学家已经公布了从大约100名患者身上提取的病毒基因序列。... 阅读全帖 |
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O**W
发帖数: 58 | 3 自中国湖北省武汉市首次报道新型肺炎（COVID-19）以来，关于致病性病毒SARS-CoV-2
的起源一直存在大量讨论和不确定性。截至2020年2月14日，已确诊64473例，其中死亡
1,384例。该病毒显然能够在人与人之间有效的传播。由于目前尚无针对该疾病的疫苗
或特异性疗法，基于存在可能传播到医疗体系较弱的国家风险，WHO已宣布COVID-19疫
情为国际关注的突发公共卫生事件（PHEIC）。
SARS-CoV-2是已知感染人类的冠状病毒科的第七名成员。 其中，三种病毒（SARS CoV-
1，MERS和SARS-CoV-2）可以引起严重的疾病。 四种病毒（HKU1，NL63，OC43和229E）
与轻度呼吸道症状有关。
该论文综述了从可用基因组序列数据的比较分析中可以推断出SARS-CoV-2的起源和早期
进化的方法。 值得注意的是，该论文提出了SARS-CoV-2基因组的显著特征，并讨论了
可能出现这些特征的场景。 重要的是，该分析为“SARS-CoV-2不是实验室产物也不是
有意操纵的病毒”这一论点提供了证据。
通过对α和β冠状病毒（冠状病毒科家族）的基因组比较确定了SAR... 阅读全帖 |
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x********e
发帖数: 35261 | 4 昨晚有人念念不忘PRRA，我就给H1和H3做了个全基因组序列比对，确认两者都有PRRA插
入。这个序列比对结果显示，H1和H3最明显的差异是Orf1ab大概490-700bp之间的两段
碱基插入/缺失。
根据其他冠状病毒研究看，这段插入/缺失会影响Nsp1蛋白。前期研究表明这个蛋白可
以调控宿主细胞的免疫反应，影响病毒的毒性。所以我把SARS-CoV-2-H1，SARS-CoV-2-
H3以及SARS-CoV的nsp1蛋白序列用ClustalW做了个比对。
从图上也可以看出，代表Bgroup的H3与SARS Nsp1更加接近。我推测在武汉流行的H1应
该是somehow缺失了两段碱基。
三个蛋白的3D蛋白结构预测用Phyre2模拟，同时参考了SARS nsp1的NMR实测蛋白结构。
H1缺失的两段序列用白色箭头标出来了。因为蛋白结构预测是局部比对，3D图呈现出来
变成了不连续肽段。我推测H1无法正常折叠成nsp1蛋白。 |
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h*********n
发帖数: 11319 | 5 新冠病毒是否已经发生突变？如何突变？这是目前学界研究的焦点之一。中国科研团队
最新发现显示：新冠病毒已于近期产生了149个突变点，并演化出了两个亚型，分别是L
亚型和S亚型。研究发现，在地域分布及人群中的比例，这两个亚型表现出了很大测差
异。其中S型是相对更古老的版本，而L亚型更具侵略性传染力更强。对不同亚型的深入
了解，将有助于新冠肺炎的差异化的治疗和防控。
以上研究来自中国科学院主办的《国家科学评论》（National Science Review）于3月
3日发表的论文《关于SARS-CoV-2的起源和持续进化》（On the origin and
continuing evolution of SARS-CoV-2）。
论文通讯作者为陆剑研究员（北京大学生命科学学院生物信息中心）、崔杰研究员（中
国科学院上海巴斯德研究所）。
论文通过对目前为止最大规模的103个新冠病毒全基因组分子进化分析，发现病毒株已
发生了149个突变点，而且多数是近期产生的。该研究揭示：新冠病毒已经演化出L和S
两个亚型。其中101个属于这两个亚型。从占比上看，L亚型更为普遍达到70%，S亚型占
30%。... 阅读全帖 |
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u***r
发帖数: 4825 | 6 https://news.sina.com.cn/o/2020-03-04/doc-iimxxstf6318438.shtml
2020年03月04日 14:13 澎湃新闻
新冠病毒是否已经发生突变？如何突变？这是目前学界研究的焦点之一。中国科研
团队最新发现显示：新冠病毒已于近期产生了149个突变点，并演化出了两个亚型，分
别是L亚型和S亚型。研究发现，在地域分布及人群中的比例，这两个亚型表现出了很大
测差异。其中S型是相对更古老的版本，而L亚型更具侵略性传染力更强。对不同亚型的
深入了解，将有助于新冠肺炎的差异化的治疗和防控。
以上研究来自中国科学院主办的《国家科学评论》（National Science Review）
于3月3日发表的论文《关于SARS-CoV-2的起源和持续进化》（On the origin and
continuing evolution of SARS-CoV-2）。
论文通讯作者为陆剑研究员（北京大学生命科学学院生物信息中心）、崔杰研究员
（中国科学院上海巴斯德研究所）。
论文通过对目前为止最大规模的103个新冠病毒全基因组分子进化分析，发现病毒
株已发... 阅读全帖 |
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L****n
发帖数: 12932 | 7 34C和50%湿度的环境下感染率为零。
在接近人体正常温度和湿度的时候诱使病毒开始繁殖，但没有碱基而造成病毒碱基复制
工序失效而失活？
千老们赶快做一个很简单的测验。 在已知新冠病人中做一个对照，做一个34c（90F）
的蒸汽治疗前后口鼻腔棉签擦拭的病毒浓度对比。 如果差别很大，蒸汽治疗基本不花
钱而且没有副作用。 也许诺贝尔医学奖就到手了。 |
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x*******9
发帖数: 138 | 8 同情LZ遭遇，不过这题不算难的说。。。=。=。。。
随手写一下，缩进不太好看，直接在回复框里打的。
（又看了一下题，这个是2碱基的简单版本，10碱基的版本类似。）
// 约定：
// A -> 0, T -> 1, C -> 2, G -> 3
// AT -> (A << 2) + (T << 0) -> 1
// CG -> (C << 2) + (G << 0) -> 11
// vise versa. :)
class Solution {
public:
int solve(const NucFlow& nuc_flow) {
_mp.clear();
char pre = '\0';
while (nuc_flow.has_next()) {
if (!pre) {
pre = nuc_flow.next();
continue;
}
char now = nuc_flow().next();
int u = nuc_to_num(pre,... 阅读全帖 |
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x*******9
发帖数: 138 | 9 同情LZ遭遇，不过这题不算难的说。。。=。=。。。
随手写一下，缩进不太好看，直接在回复框里打的。
（又看了一下题，这个是2碱基的简单版本，10碱基的版本类似。）
// 约定：
// A -> 0, T -> 1, C -> 2, G -> 3
// AT -> (A << 2) + (T << 0) -> 1
// CG -> (C << 2) + (G << 0) -> 11
// vise versa. :)
class Solution {
public:
int solve(const NucFlow& nuc_flow) {
_mp.clear();
char pre = '\0';
while (nuc_flow.has_next()) {
if (!pre) {
pre = nuc_flow.next();
continue;
}
char now = nuc_flow().next();
int u = nuc_to_num(pre,... 阅读全帖 |
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i*******e
发帖数: 43 | 10 早上起来躺床上上网呢，老婆突然跟我说她昨晚上网发现了三件事情。
我很不屑：不是又发现什么明星八卦了。老婆反抛给我一个鄙视的眼神：我是那么无聊
的人么，你爱听不听... 我立马好奇了，她上网无非刷刷微博，淘宝，朋友圈还能发现
什么呢，就给她赔了个不是，让她告诉我哪三件事
老婆正了正神色：第一件，在转基因问题上，崔永元是个傻逼。我一脸惊讶
——你还关心这个？，为什么说他是傻逼呢？
——随便看了下他反转的言论，就知道他是傻逼了，初中生写议论文的水平。
我顿时心生敬意啊，不愧是医学硕士啊，换了个尊敬的口气
——那第二件呢
——第二件就是所谓的单瘦小腿瘦肚子的锻炼方法都是骗人的，尤其是靠外力振动摩擦
那种
——啊？怎么说
——胖是因为体脂含量高，想降下来只能全身一起降，不可能单纯降某个部位
——不对啊，那我某个部位肌肉多锻炼让肌肉发达了不就好看了么。
——那是因为脂肪减少了肌肉线条出来了
——第三件事情呢？
——第三件事情就是你以后不要在用你那个洗面奶了，你脸上皮肤干就是那因为那个
——欧莱雅的？不会吧，我洗了感觉不错啊
——我昨晚看了下卫生间里所有化妆品的成分，你那洗面奶里有肉豆蔻酸，氢氧化钾... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 11 男的突变一般是点突变，一次一两个碱基。而且点突变女的也要占1/5
女的突变一般是大的染色体畸变，一次随便上百万个碱基，什么先天愚型之类的染色体
畸形多是妈带来的
总的来说还是女的年纪大影响大多了
很不厚道地说，总之大家生娃越晚，咱们生意就越好。。。 |
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n**e
发帖数: 2026 | 12 很多与食品安全有关的东西都会被商家打上“无毒”的标签。无毒就等于安全无害。这
就是利益集团希望造成的民众共识。于是草甘膦、膨大剂、瘦肉精这些东西就带着无毒
的面具大行其道。也就公然出现了试吃转基因大米证明无毒的闹剧。著名的转基因中国
代言人方舟子说，这些东西比食盐更安全。
如果不懂医学生物学，无知者无罪。但是作为生物化学博士还有那些戴着专家教授头衔
的人，就与江湖骗子没有两样了。毒性，狭义的毒性指急性毒性。在技术意义上是指通
过干扰损害生命体的正常生理机制或者细胞生物学机制对机体造成损害或者死亡。至于
损害如何造成，不同的物质有不同的机理。
比如有机磷农药与体内的胆碱酯酶结合使之丧失了水解乙酰胆碱的功能，导致胆碱能神
经递质大量积聚，作用于副交感神经胆碱受体造成M样作用，使患者呼吸道大量腺体分
泌，结果是严重的肺水肿呼吸衰竭死亡。再比如硫酸亚铊，它的结构与钾盐相似，而且
对与钾结合的酶有更为强大的亲和力。于是取钾而代之，使得一切需要钾才能正常完成
的生理功能陷于瘫痪。
有些物质的作用靶点在人体完全不存在。比如草甘膦，它选择性阻断只有植物才需要的
几种氨基酸的合成。再比如青霉素，它选择性... 阅读全帖 |
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x****o
发帖数: 21566 | 13 早上起来躺床上上网呢，老婆突然跟我说她昨晚上网发现了三件事情。
我很不屑：不是又发现什么明星八卦了。老婆反抛给我一个鄙视的眼神：我是那么无聊
的人么，你爱听不听... 我立马好奇了，她上网无非刷刷微博，淘宝，朋友圈还能发现
什么呢，就给她赔了个不是，让她告诉我哪三件事
老婆正了正神色：第一件，在转基因问题上，崔永元是个傻逼。我一脸惊讶
——你还关心这个？，为什么说他是傻逼呢？
——随便看了下他反转的言论，就知道他是傻逼了，初中生写议论文的水平。
我顿时心生敬意啊，不愧是医学硕士啊，换了个尊敬的口气
——那第二件呢
——第二件就是所谓的单瘦小腿瘦肚子的锻炼方法都是骗人的，尤其是靠外力振动摩擦
那种
——啊？怎么说
——胖是因为体脂含量高，想降下来只能全身一起降，不可能单纯降某个部位
——不对啊，那我某个部位肌肉多锻炼让肌肉发达了不就好看了么。
——那是因为脂肪减少了肌肉线条出来了
——第三件事情呢？
——第三件事情就是你以后不要在用你那个洗面奶了，你脸上皮肤干就是那因为那个
——欧莱雅的？不会吧，我洗了感觉不错啊
——我昨晚看了下卫生间里所有化妆品的成分，你那洗面奶里有肉豆蔻酸，氢氧化钾... 阅读全帖 |
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l****t
发帖数: 36289 | 14 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: zhonghangyue (中行说), 信区: Military
标 题: 还记得彭加木吗？法医揭露真相，怵目惊心！
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Oct 10 11:14:17 2015, 美东)
我的名字叫朱明川，生于广西，一介草民。恢复高考后，我考上了原南宁地区卫生学校
，毕业后就分配到马山县贡川卫生院工作。1986年，我开始在马山县公安局从事法医工
作，95年后兼任马山县公安局刑侦大队副大队长，负责法医鉴定及主持刑事技术工作。
前几年，公安局只有我一个法医，在基层做法医，接触高度腐败尸体是家常便饭，凶案
现场也极具震撼力，搞得我一度想逃走。
世事多变，后来有一个案子让我改变了心态，决定继续干下去。本人现在还在云南，没
回广西，先发四个特别案件吧，当故事看就好……别纠结是真是假
【罗布泊干尸案】
严格地来讲，我算是半路出家的法医，因为我是从卫生学校毕业的，所以在后来的法医
生涯中，我都积极争取机会去进修。北京人才济济，我去那边进修过好多次，期间结识
了一位老法医。那位老法医德高望重，不仅参与侦办过多起大案，还... 阅读全帖 |
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b*********n
发帖数: 1607 | 15 我就按你引用的文章里最高的机率好了，2.7*10^(-5) per base per 20 year
generation，
那么一种新碱基序列出现的机率是2.7*10^(-5)*(1/(4^(4.5*10^7))) per base per 20
year generation。你拿普通电脑可能都算不了这个数字。太小了。
我这不是乱猜，是严谨的计算。不管你有多少步，第一步，碱基序列突变的机率就是这么大。
你或者说我算错
了。你给出正确的算法。如果我方法没错，用的数据没错，那结论就是这个，超级小的
机率。你要说这
个机率大小都是自然有选择的，不按我算的。那你等于说自然有思想有操控，是一个智
慧体。 |
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b*********n
发帖数: 1607 | 16 1、你算的是变异可能性，变异可能性和变异后产生的组合的可能性是两个概念。一个
是发生变异的概
率。一个是变异已经发生后，某个特定序列产生的概率。任何一次变异后出现的新序列
只能是
4^(4.5*10^7)种可能的序列中的一种。
2、碱基自己不变异，是他们们的排列顺序变化，导致基因的(RNA或者DNA)的变异。同
一时间不管多
少个碱基位置改变，都是一次变异行为。
3、基因的变异率（突变率），一次变异发生的机率，这片文章写得很清楚，不是你说
的那样。
http://en.wikipedia.org/wiki/Mutation_rate
都是
是1 |
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B******y
发帖数: 2255 | 17 是，一个或几个碱基不一定决定性状表达，虽然也有可能决定。
这样说吧，凡是能够造成性状表达的所有碱基组合或基因片段，在DNA的变异过程中
应该都能出现。而且自然界产生变异的时候没有偏好，所有可能的性状最后经环境选择。
但这好像是说问问题的人领带系歪了，并没回答问题啊。
你的资料里有哪章哪节研究出为什么创造的生命不可以有目前观察到的生物相似性？
烦请给出出处就好，带上章节，也免得浪费各位宝贵时间解释。
不能动不动就把主要问题给科学掉，这非常影响科学的信誉。俺所了解的科学不是这样
，专业也不是这样的专业法。
各位若没有这样的资料，就请告知一声，免得大家都费神。 |
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D*****r
发帖数: 6791 | 18 历史证据本来就难得，给你一个过渡类型，你就非要过渡类型的过渡类型……
说一些事情：
1、碱基之上有基因的概念，比如等位基因（allele），染色体上同一位置，可能出现
两种或以上的基因的变种。在一个种群里，一定时期内，会有各种控制细微性状的基因
同时存在。所以进化首先是在基因层面上选择，就算碱基突变完全不发生，进化照样可
以持续千百年。
2、强调1里的种群概念，每个个体内部的碱基对都是多多少少有细微差别的，这种差别
放到种群里，就有很丰富的差异可供进化选择。
3、肺鱼是既有腮，也有肺，在水里用腮呼吸，没有水了用肺呼吸，血氧交换我觉得一
开始可能只是利用食道壁，可供交换的区域的薄厚、面积不断变化，逐渐特化出膨大的
肺。
给你看一个图
A.sturgeon and teleosts 鲟鱼和许多硬骨鱼
B.Lepidosteus and Amia 雀鳝和弓鳍鱼
C.Erythrinus 虎脂鲤属
D.Epiceratodus 澳洲肺鱼
E.polypterus 多鳍鱼
F.tetrapod 四足动物 |
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Y**L
发帖数: 385 | 19 先简单回下chenpp和老E的两楼。
So far，我觉着大家还是没搞懂创造论意味着什么。虽然我是基督徒，但创造论本身并
不直接和圣经/耶和华神挂钩。把这两方面挂起来是因为你们缺乏想象力。
创造论只是研究生命是智慧创造的这种可能性。至于其创造者为何，乃是另一个话题。
这个创造者可能是如我们一样的宇宙居民如外星人，其本身是居住在这个宇宙中的智慧
存在。也可以是在我们这个宇宙体系之外的智慧存在，其创造了这个宇宙及其中生命。
这个创造的智慧可能极其智慧，远超人类，也可能只比人类高一截而已，因为几百年后
人类也可能拥有创造生命的能力。
这个创造智慧可能是群体，可能是个体。可能是我们难以设想和理解的一种智慧存在。
他/他们可能已经死亡/灭绝，可能仍然存在，但离人很远。或者他就在我们周围的另一
维度，因为我们所在体系的限制，无法看到他/他们。
总之，创造论本身并不直接挂钩与任何宗教，那是另一话题。俺此前的提问和解释，并
无说教基督信仰的意思。
你们敏感过度了。
顶楼原文讲当人看到一个钟表，就觉着有个创造者的逻辑不好。那难道当人看到一个钟
表，就觉着这是风刮后石头碰撞出钟表更好？
诚然，石头碰撞出钟... 阅读全帖 |
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s********a
发帖数: 303 | 20 这篇文章是典型的先射击再画靶子。没有人说要直接从随机中进化出整个基因组,我们
说的是就是一个基因都很困难。一个基因是几十上百个碱基组成,只有其中复数个碱基
同时突变,才可能发生有益的改变。严谨的方法是,考虑突变几率,自然选择的效率(并非
有益的性状都能生存),然后建模或模拟。
作者说的那个叫遗传算法,用这种过分简化的模型支持自然选择论,是看不起人吗? |
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t*****3
发帖数: 305 | 21 首先我声明，我不干涉他人信仰任何宗教。今天只是随便点十大进来的，
不想去冒犯各位信徒。但看到帖子内容，忍不住要说几句话。
有关生物RNA之类的东西我不太了解，但是原文其他地方我找出几点纰漏。
1. “考古学家所挖掘出
来的原人化石，差不多都只是身体的某一块或几块骨头而已，并不是完整的一副骷髅。
许多科学的新发现，特别在分子生物方面的研究，我们知道生物界的种种，并不像进化
论凭几块骨所宣称的那样。” 骨头啊化石啊，能够保存下来的只是以前活过的一小部
分，
大部分都被破坏掉了。基本上越古老的东西流传下来的越少。Absence of evidence is
not
evidence of absence.
2. 如果po主followup 1997之后的工作，“尼安得达原人”确实非人类祖先，只不过是
近亲而已。
人类祖先是生活在非洲的智人。尼人生活在欧洲的山洞里，后来和走出非洲的智人竞争
灭绝了。
1997之后很多研究表明，尼人和白种人基因比和黑人近，所以有种说法说是白人混了尼
人的血。
这部分的research应该还在进行。抽空我可以来补上几篇文献。
3.对于分子生物学我是几乎一无所知，所... 阅读全帖 |
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t*******d
发帖数: 2570 | 22 前两条我就不说了，因为确实有科学实验得出Y染色体“亚当”和线粒体“夏娃”，只
不过科学论文上没有说他们是唯一的。这一点这个网站的作者也承认了。
第三点是这个网站的作者的发明，说人的常染色体第2 染色体上有一段789个碱基序列
在全体球所有人身上是一样的，这可以证明有“唯一”的科学亚当和夏娃。这是他反驳
史上存在
那么我们来看看这一点有没有问题。人身上是有这段序列的，这是科学发现。但是更重
要的问题是作者这个这段789DNA字符在全世界所有人身上都一样的这个观点有没有科学
证明。因为如果这一段序列在全世界的人身上都不一样，那么作者的证明就没有了基础。
那么作者是怎么证明全世界的人身上的这段DNA序列都一样的呢？
想证明全世界的人身上这段序列都一样不是见简单的事，因为你显然没能力把全世界的
人身上这段序列都测一遍。那么是有实验测了几千人身上的这段序列都一样，然后推广
到全世界范围了么，作者也没有跟出这样的实验结果。
作者的推理方法如下。这出现在网站后边的一章里：下面是章节引用
“全世界人的2号常染色体上“第一标记”的789个DNA字符，是否都是相同的呢？这就
涉及到人类的常染色体有多大的差... 阅读全帖 |
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P******l
发帖数: 1648 | 23 从基因看人类的起源
文/张纪德
本文原发表于《中信》月刊总637期，由“中国信徒布道会”出版，蒙允许转载，特此
致谢。
在二十世纪，一般科学家都认为猿猴类与人类的DNA（基因）几乎（98-99%）相同，所
以接受进化论所说的“猿猴与人同宗”。
进化论者按他们所假设的“进化突变率”和“分子钟”来揣摩，估计从一个物种（
species）变成另一个物种经过的时间，例如：“猿猴演变成人类”是经过非常小的DNA
变化率，以及多代基因突变。可惜他们所假设的“进化突变率”包含许多不确定的因素
，所演算出来的年代也只是一个大概数字，如从“数万到几十万”年，差距很大，使人
无法分辨真假。许多如此这般的考古年代就这样出现在研究报告上，被报章、杂志、电
视、网路等大众媒体采用，以讹传讹，然后进一步变成学校教材。经年累月下来，猜想
和真相被混淆，人们就把这种多层次的“假想”当作“事实”。
自1990年庞大的跨国探索工程——人类基因计划（Human Genome Project），测定人类
染色体所包含DNA的30亿对碱基序列，从而绘制人类基因组图谱，破译人类遗传信息，
二十几年来又有许多新发现。人类各族群之间... 阅读全帖 |
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P******l
发帖数: 1648 | 24 从基因看人类的起源
文/张纪德
本文原发表于《中信》月刊总637期，由“中国信徒布道会”出版，蒙允许转载，特此
致谢。
在二十世纪，一般科学家都认为猿猴类与人类的DNA（基因）几乎（98-99%）相同，所
以接受进化论所说的“猿猴与人同宗”。
进化论者按他们所假设的“进化突变率”和“分子钟”来揣摩，估计从一个物种（
species）变成另一个物种经过的时间，例如：“猿猴演变成人类”是经过非常小的DNA
变化率，以及多代基因突变。可惜他们所假设的“进化突变率”包含许多不确定的因素
，所演算出来的年代也只是一个大概数字，如从“数万到几十万”年，差距很大，使人
无法分辨真假。许多如此这般的考古年代就这样出现在研究报告上，被报章、杂志、电
视、网路等大众媒体采用，以讹传讹，然后进一步变成学校教材。经年累月下来，猜想
和真相被混淆，人们就把这种多层次的“假想”当作“事实”。
自1990年庞大的跨国探索工程——人类基因计划（Human Genome Project），测定人类
染色体所包含DNA的30亿对碱基序列，从而绘制人类基因组图谱，破译人类遗传信息，
二十几年来又有许多新发现。人类各族群之间... 阅读全帖 |
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d****e
发帖数: 10 | 25 ［文献俱乐部 2007－2－7］
SNP可能位于基因编码区内，也可能出现在非编码区。位于编码区内的SNP(称为cSNP)较
少。但它在遗传性疾病研究中却具有重要意义，尤其是非同义cSNP(non-synonymous
cSNP),单个核苷酸的改变使得其指令翻译的蛋白质序列发生改变，从而可能直接影响蛋
白质的功能。
同义cSNP(synonymous cSNP),不影响蛋白质的氨基酸序列，所以一般认为突变碱基与未
突变碱基的含义相同。
今天，我向大家推荐一篇研究文章，讲述了一个很罕见的故事：同义cSNP改变了蛋白质
结构。
摘要请阅 http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/315/5811/525
明天文献俱乐部后再向大家汇报大牛们是如何评价的。欢迎问题和点评。 |
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p*****n
发帖数: 981 | 26 ☆─────────────────────────────────────☆
sixtn (人在天地间如风中飞絮!!!) 于 (Mon Jan 29 00:24:15 2007) 提到:
最近，我在做一个双酶切的连接。最开始，在已经联入T simple vector的A段DNA序列
的一端有相隔四个碱基的两个酶切位点（XbaI和BamHI），然后用双酶切的方法把B段
DNA序列（两端带有相同的两个酶切位点）连进去。跑胶和回收都没有问题，大小也对
。但用T4酶或其它连接试剂盒连接后，再转化，总是长不出来。但其它同学用相同的试
剂做其它连接却能够轻而易举的长出来。已经做了三次了。对于原因百思不得其解，回
想实验过程是再简单不过，加液体这些也很难出错呀。化转也是很简单的步骤。不知道
哪里可能出问题了。
各位ggjj帮我分析一下可能原因好吗？多谢！
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goooo1111 (i!) 于 (Mon Jan 29 00:33:53 2007) 提到:
相隔四个碱基是不是少了一点？有些酶不切DNA尾巴， |
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p*****n
发帖数: 981 | 27 ☆─────────────────────────────────────☆
danube (Astro Boy ~~ 木桶阿碧铁) 于 (Wed Feb 7 20:01:14 2007) 提到:
［文献俱乐部 2007－2－7］
SNP可能位于基因编码区内，也可能出现在非编码区。位于编码区内的SNP(称为cSNP)较
少。但它在遗传性疾病研究中却具有重要意义，尤其是非同义cSNP(non-synonymous
cSNP),单个核苷酸的改变使得其指令翻译的蛋白质序列发生改变，从而可能直接影响蛋
白质的功能。
同义cSNP(synonymous cSNP),不影响蛋白质的氨基酸序列，所以一般认为突变碱基与未
突变碱基的含义相同。
今天，我向大家推荐一篇研究文章，讲述了一个很罕见的故事：同义cSNP改变了蛋白质
结构。
摘要请阅 http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/315/5811/525
明天文献俱乐部后再向大家汇报大牛们是如何评价的。欢迎问题和点评。
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m*********r
发帖数: 98 | 28 有时你需要克隆一个片断，用两个不同的酶切位点， Ｘ and Y. 但是它们在载体上相
距很近， 比如说只有几个碱基。在切载体时，这带来两个问题： １是不好切，比如说
某个酶需要保护碱基；２ 是不容易判断消化是否完全，因为单切和双切后的载体在胶
上看上去完全一样。
如果你需要经常用到这个载体， 或者having a hard time cloning something into
site X and Y, 那就值得花点时间做这个：随便克隆一个dummy片断 （１kb左右），
用X 位点单切。 克隆到载体上的X点后，就可以作为你今后的出发载体了。今后要克隆
东西到 X+Y点时， 先用 Y 切，检查线性化完全后， 再用 X 切， 释放你原先放上的
dummy. 胶检，回收，就可以放心用了。
Of cause, another way is to ask around to see if anybody has already cloned
something into the X+Y sites in this vector, if you are lucky to find one,
u |
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r********s
发帖数: 149 | 29 那看来我们得到了一些实验结果，提出了一个hypothesis,然后再建一个model，也是建
模了？可是，我们根本就不需要什么数学计算。
你用什么生物不都是dsDNA来反驳，有点强词夺理，这个所谓的模型的配对不止是适合
ＤＮＡ的吧，是那些碱基的配对吧？碱基和ＤＮＡ还是不太一样的吧？生物特异性是不
错，可是那是在另外一个层次上的，具体到遗传基因方面，所有的生物几乎都应该是一
样的吧？像这种简单的东西，现在已经被做完了吧，剩下的，你认为还能靠建模来解决
吗？据我所知，从ｗａｔｓｏｎ ａｎｄ ｃｒｉｃｋ后，好像没有哪个生物学家靠建
模来解决一个重要问题吧？现在所谓的建模，只不过是总结已有的一小部分结果，还不
一定用的上。离解决真正的大问题，还差得远。而且，这些大问题能不能被建模，还是
一个问题。
dsDNA的
后 |
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x**2
发帖数: 255 | 30 谢谢回复～
我的片段1确实是在TOPO里，
我的正向primer含EcoR1位点和6个保护碱基，反向pcr primer含Nhe1和6个保护碱基。扩出的片段末端加A后连到TOPO上。
这样会有问题么？
或者我把片段1前面的酶切位点改成BssHII？这样就和片段4的酶切位点一样了。
谢谢～ |
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c****5
发帖数: 77 | 31 尽管生命科学的实验设备和平台在21世纪的第一个10年发生了翻天覆地的变化，很多领
域都有了革命性的变化，但是现代生物实验室中最常用最有毒性的试剂溴化乙淀（
Ethidium Bromide）却一直没有改变，从1950年开始用到了今天，想信至今还是绝大多
数实验室的必备品。溴化乙淀的主要作用是分析DNA，其分子可插入DNA的碱基之间，形
成一种络合物，在302nm紫外光透射仪激发并射出橙红色信号，可以用来显示琼脂糖和
聚丙稀酰胺凝胶中的DNA片断。
但是溴化乙淀是一种很剧烈的化学致癌剂，能够诱导DNA碱基突变和破坏细胞线粒体的
功能，一般实验室使用的剂量虽然很低(0.25-1.0ug/ml), 但是给实验室工作品人员带
来了很大的麻烦，使用时必须要戴手套，含有溴化乙淀的琼脂糖和用过的电泳液必须要
收集到专用的容器中保存，转运和处理，含有少量溴化乙淀的实验室污水也要确保严格
环保处理。长期一来，溴化乙淀就是各个生物实验室不得不用却叫人头痛的试剂！
最近发现2家美国生物公司出品了溴化乙淀的替代物：
1. EZ Vision是一种无毒无害的溴化乙淀替代物，敏感度高，能够辩别0.25ng浓度的 |
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y***e
发帖数: 6082 | 32 两年前还用EB。。。。现在改用GR了，的确好多了
尽管生命科学的实验设备和平台在21世纪的第一个10年发生了翻天覆地的变化，很多领
域都有了革命性的变化，但是现代生物实验室中最常用最有毒性的试剂溴化乙淀（
Ethidium Bromide）却一直没有改变，从1950年开始用到了今天，想信至今还是绝大多
数实验室的必备品。溴化乙淀的主要作用是分析DNA，其分子可插入DNA的碱基之间，形
成一种络合物，在302nm紫外光透射仪激发并射出橙红色信号，可以用来显示琼脂糖和
聚丙稀酰胺凝胶中的DNA片断。
但是溴化乙淀是一种很剧烈的化学致癌剂，能够诱导DNA碱基突变和破坏细胞线粒体的
功能，一般实验室使用的剂量虽然很低(0.25-1.0ug/ml), 但是给实验室工作品人员带
来了很大的麻烦，使用时必须要戴手套，含有溴化乙淀的琼脂糖和用过的电泳液必须要
收集到专用的容器中保存，转运和处理，含有少量溴化乙淀的实验室污水也要确保严格
环保处理。长期一来，溴化乙淀就是各个生物实验室不得不用却叫人头痛的试剂！
最近发现2家美国生物公司出品了溴化乙淀的替代物：
1. EZ Vision是一种无毒无害的溴 |
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s******y
发帖数: 137 | 33 454，Illumina, SoLID都用过（更精确的说都做过数据分析）我也说两句吧，
454
好处是长度最接近sanger sequencing， 很多现成的工具都可以用。
精确度可能是三个里最低的，特别对多个单碱基重复非常差是他的致命缺点。还有测序
费用比较高。
Illumina现在基本就是Next gen sequencing 的代名词了。好处和缺点都楼主都说的比
较清楚了。
SoLID测序费用比Illumina低，精确度由于他特有的记录碱基方式比illumina也要高不
少。
缺点是color space 的概念比较复杂，我开始的时候错把doule encoded的序列直接当测序结果来
分析浪费了很多时间。很多对Illumina开发的工具不能直接用在SoLID上。 还有就是应
该要有reference序列才能做到base calling（如果错了请大家指正）。反正我们实验
室现在基本还是回到Illuminas上了。
对新的技术不看好Helicos, 长度短错误率高，RNA直接测序从2009年1月就说马上就有
了但现在还没有地方能做（Harvard 目前只做DNA测序）
BioP |
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d****h
发帖数: 4291 | 34 probe1 和probe2 相差三个碱基
蛋白为纯化的原核表达蛋白，上样量如图
probe为生物素3'标记
请教
1、probe2看上去条带sharp是因为这三个碱基造成的么？
2、条带是否sharp是由那些因素决定的？
3、到底是sharp的带结合紧密呢还是不sharp的带紧密？
多谢！ |
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x*****e
发帖数: 309 | 35 比如XhoI这个酶需要的保护碱基比较多，需要6-7个，XhoI NNNN EcoR1,两者之间间隔
很小，可以先XhoI切。如果同时切，XhoINNNN 这样的分子就可能XhoI切不了。空质粒
双切后，小片段也就几十个碱基，乙醇沉淀大概原理就是中和DNA负电荷，直觉小片段
应该不容易沉淀（物化忘光了，好像分子直径大于多少就不能形成溶液），在我做过的
试验中背景很少（不加Insert的阴性对照，几乎没有克隆长出），但是没有设计针对背
景的实验。 |
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s*****j
发帖数: 6435 | 36 4Pi 就是在z方向上分辨率提高(x4), 到不了碱基.
imaging碱基可以做, 但靠的不是光学的分辨率,而是染色的分辨率. |
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g*****n
发帖数: 241 | 37 我从ATCC买回一个质粒，打算PCR之后subclone到我的载体，但那个基因的5’端从ATG
开始的40个碱基只有三个A/T，GC含量是97%，但整个基因的总GC含量正常。我只好把正
向引物设计在质粒上，最后三个碱基和ATG重合。
我用了phusion polymerase的HF buffer，没有带。换了它的GC buffer，试了不同的退
火温度，结果要么是很多带，要么没有。
请问大家有没有什么建议？
谢谢！ |
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W****C
发帖数: 1937 | 38 RT 引物 是一个hairpin的大概70碱基的DNA,末端单链大概有10个和mir匹配， 这样RT
就会以mir为模板再加10个（20－10）碱基到引物上。 PCR的时候引物针对这个新合成
的大概80的DNA特异就可以啦 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 39 2 个碱基保护未必够
我记得有个表格是说常用限制性内切酶分别需要几个碱基保护、酶切效率是多少
表格不在手边
不过你可以网上搜一下
另外也有可能像我上次遇到的，引物5'端合成的时候就少了
但是看你的描述我觉得更有可能的就是ligation不work
因为某些原因平板张长的都是false positive
ligation之后长满满的一般真不是好事 |
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v***a
发帖数: 1242 | 40 谢谢！那个表格我查到了。有一个问题啊，每个酶具体用什么保护碱基有章可循吗？比
如单是数量满足就行，还是碱基数量和种类要一样？
你说的ligation的问题我也觉得，那可能根子还在RE上。我再试试。多谢多谢！ |
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g*********d
发帖数: 233 | 41 1月28日《科学》杂志精选
人类走出非洲的时间比预想的要早
一项新的研究报告说，在阿拉伯联合酋长国出土的史前器物可以回溯到10万年前，这意
味着现代人第
一次离开非洲的时间比研究人员所预想的要早得多。现代人走出非洲的时间和其弥散到
各地的时间一
直是人们长期以来争辩的源头，尽管大多数的证据指向他们是在大约6万年前沿着地中
海或沿着阿拉伯
半岛海岸离散开来的。如今，Simon Armitage及其一个国际性的研究团队提出，人类可
能在早至
12.5万年前就已经来到阿拉伯半岛了，他们是直接从非洲来的，而不是像研究人员在过
去所提出的是
经过尼罗河流域或近东地区来到阿拉伯半岛的。Armitage及其他的研究人员说，从阿拉
伯联合酋长
国的杰贝尔法亚（Jebel Faya）考古遗址发现的一个古代人类的工具包所用的技术类似
于东部非洲
的早期人类所用的技术，而不是类似于那些在中东出现的技术。该工具包包括相对原始
的手斧以及与
其在一起的多种刮削器和钻孔器。这些包中的内容物意味着这些技术上的创新不是早期
人类迁徙到阿
拉伯半岛所必需的。研究人员还分析了该地区的历史上的海平面及气候变化的记录并确
认... 阅读全帖 |
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H****H
发帖数: 11039 | 42 不是很复杂的事情啊，折腾这么久真有点说不过去了。照你说的“BamH1和Hind3在8里
面中间就隔了1个碱基”，你这酶切就做不好，切开一个位点，另一个位点切割效率就
很低。许多酶需要“保护碱基”才能切得开呀！
以后别闷着头瞎做了，遇到麻烦多查查资料或者请教一下周围有经验的同事，也许很快
就发现问题了。 |
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a*****y
发帖数: 277 | 43 楼主，可否考虑：
设计一对点突变引物，把篇pQE8的bamhi和hindiii之间加入数个碱基，就好切了。因为
差一个碱基是比较难的。那样以后实验室要构建，也好些。
或者，你不是有一个篇pQE8中已经做好的克隆吗，就用那个作为你的载体，应该超级好
切了，切了以后回收大片段，非常easy的事情。反正你要测序，不怕是那个你已经做好
的克隆。如果那个做好的克隆和你要克隆的片段大小不一样就更好了，测序前做个酶切
跑个胶就好了。
最好是第二方案，马上可以动手。 |
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l***d
发帖数: 1828 | 46 http://www.dfdaily.com/html/8755/2011/5/14/604774.shtml
作者 李福洋 来源:东方早报
DNA 储存在细胞核内，生物体在死亡过程中，细胞会逐渐发生自溶，大量酶类如蛋白酶
、DNA酶等释放，细胞的DNA很快会被降解，即便是细胞没来得及自溶，但是天长日久，
微生物进驻组织或细胞，就像寄居蟹一样，在那里吃喝拉撒、生老病死，它们产生的酶
类也会把原细胞内的DNA破坏掉，一般死亡的动物和人的遗体，DNA很难完整保存下来。
最终技术的进步打破了这个咒语，研究人员成功地获得图坦卡蒙的DNA，也成功地得到
了各个木乃伊的DNA指纹图谱。
古埃及法老（国王）的尸体都被做成木乃伊，保存在金字塔里，据传说，冒犯了法老王
的干尸，就会中法老的咒语。在美国电影的渲染下，这个咒语被传得充满玄机，神秘莫
测。似乎在埃及北部第六代塞加拉王朝的法老墓外，或内侧出现类似“咒语”的文字，
据说也只是针对祭司的，好让其尽职保护墓地，而非防盗墓贼设定的神秘“咒语”或机
关。考古学家其实并未在法老墓内发现任何咒语。
既然法老的咒语不一定有，那也就不存在打破一说。不过，法老... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 47 MicroRNA 和病毒
作者：王磊
上海交通大学生命学院研究生
摘要：
microRNA(miRNA)是真核生物体内一组内源性的 21—25nt 长的非编码蛋白质的短序列
RNA，它们能通过碱基配对的方式与生物体中的 mRNA 分子相结合来参与调节基因的表
达。自 2000 年至今，miRNA 的研究发展的速度极快并且影响的范围也非常的广泛，而
且分别在2002年和2003年度中miRNA入选了Science杂志年度十大科技突破。因此，
miRNA是 RNA 研究的又一个突破，被称为 RNA 的第二次革命。目前的研究已发现
miRNA 参与了很多重要的生命活动过程涵盖了发育、凋亡、代谢、人类疾病以及病毒侵
染等方面。在病毒侵染宿主和宿主抵抗病毒的过程中病毒编码的 miRNAs 和宿主编码的
miRNAs 均发挥了重要的作用。这无疑为病毒的侵染以及宿主抵抗病毒的侵染的研究提
供了新的思路和新的领域。因此，本文的主要目的在于阐述 miRNA 的一些基本概况以
及在病毒中主要的研究方向和进展，最后对这个具有跨时代意义的小分子进行展望。
关键词：miRNA vmiRNA 功能 宿主的 miR... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 48 《Cell》文献翻译:基因表达的小RNA调节因子
Cell 134, 899 – 902, September 19, 2008
Joel R. Neilson and Philip A. Sharp
今年Lasker基金会承认了Victor Ambros、Gary Ruvkun和David Baulcombe在推断
小RNA分子在真核基因表达的转录后调节中所进行的开创性工作。
分子生物学是一门年轻的学科，如同充满了未开发土地的新大陆。有关小RNA在基
因调节中的作用的重要发现是这门年轻学科中还有许多未开发的重要领域的一个例证。
9月26日，几位先驱（麻州大学医学院的Victor Ambros、麻州总医院和哈佛大学医学院
的Gary Ruvkun和剑桥大学的David Bulcombe有关小RNA的发现将被授予2008年Albert
Lasker基础医学研究奖。
历史上先驱者以及他们的发现的意义通常被忽略，只是在很多年之后才被承认。
Ambros和Ruvkun所发表的描述第一个微RNA及其标靶的优秀论文（发表在高深的Cell杂
志上）被忽略了近10年。与此同时，... 阅读全帖 |
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s*******e
发帖数: 1010 | 49 在你蛋白的C末端终止密码子之前加进两个限制性酶切位点，然后把你的补加的linker
和tag设计成引物。即使十六氨基酸加上十个His也就26×3=78个bp再加上两头的酶切位
点6×2=12和保护碱基四个，总共才不到100个碱基。设计两条长度60bp的引物在中间有
20bp的互补区域就正好能覆盖100个bp。放在一起退个火再延伸一个回合，把产物连到
你蛋白的C-末端就成了。
我觉得这个其实不是连多长的tail的问题，换tag可能更好。你可以连接一个GST或着
GFP到你蛋白的C末端，如果用GFP的话再把His连到GFP的C末端。这个融合蛋白如果能表
达就一定能亲和纯化。在两个蛋白之间加上一个蛋白酶切位点就有机会在纯化后切出你
的蛋白来。
另外，Hisx6已经不fashion了，要X8或者X10才能hold住场面！ |
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