w*****d
发帖数: 57 | 1 http://china.caixin.com/2016-03-03/100915256.html
继鲁白打破沉默，直指张生家夺占其研究课题之后，张生家也投文财新网，坚称磁遗传
学是其研究组的成果。北大、清华校方至今未公布学术调查结果
【编者按】五个月前的一篇有关磁遗传学的论文，引发中国两所顶尖大学清华和北大的
三位研究人员间的论战。两方阵营一方指对方“抢发论文”“夺占课题”，另一方回应
对方“抢夺成果”。遗憾的是，北大、清华校方在进行学术调查后，至今未公布学术调
查结论。
2015年9月15日，中国科学院主办双周刊《科学通报》英文版发表了一篇关于动物磁感
应受体蛋白方面的论文，通讯作者为北京大学-清华大学生命科学联合中心学术带头人
张生家。然而，这篇论文的刊发引发了巨大争议。
北京大学生命科学学院学者谢灿认为，张生家违背了学术道德，在谢灿发现磁感应
蛋白（MagR）的原始论文尚未发表之时，用从谢灿处获得的MagR，未经同意私自“抢发
”了有关MagR应用的论文，并未给自己以合理的作者署名。
10月16日，清华停止了张生家入职的手续办理。张生家表示，没有调查结论就解聘
对他来说是不公正... 阅读全帖 |
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q***o
发帖数: 484 | 2 【 以下文字转载自 ChinaNews 讨论区 】
【 原文由 grammy 所发表 】
主要观点来自王晓波的文章
什么样的人算是知识分子？
医生， 工程师， 律师之类的都不能算， 他们都是些专业技术人员
罢了。狭义一点， 知识分子应当是批判社会的一类人。
批判社会， 不是说陈克杰发了事，就写篇文章臭臭他，妈他几句忘
祖，或是来几句此人素质低下。 这样之不过是对某人作出价值评判
， 连兔子都回做的事， 只是遣词造句，引经据典差一些而已。 如
果他要这么做了， 那么他就是以一个老百姓的身份来做，而不是知
识分子。
知识分子当然也可以研究社会的价值体系， 提出自己的观点，但是
必须科学。 所谓科学， 其中立性， 可重复性， 都是要有的。 如
果一个理论里通篇的中国特色， 中国特殊的国情， 我想着十之八九
必定不是科学。
知识分子并不比别人承当更多的责任， 他们是一批， 我认为从观念
上， 理念上都比一般人更为敏感， 对问题的认识更为透彻， 并且
愿意在一个没有钱途， 没有多少声望的环境下， 关注这个社会，
关注其中的人，搞自己的研究。 他们的有些观点是超前的， 是不为
当政者所喜欢的，有些 |
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s******e
发帖数: 16668 | 3 下次你来芝加哥，我一定把你抱个够。木哈哈哈哈！
LOVE ACTUALLY 是可重复性非常强的电影。每次看都感动。唉。 |
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f******8
发帖数: 260 | 4 MSRA的名声在这边好像确实不太好，很多人包括MS redmond的人都对MSRA颇有微词。中
国人本来就是以能灌水而闻名的，MSRA又是中国人各种灌水trick的集大成者。从实习
生的角度来看，他们的目标大多是积攒申请出国的资本，当然是怎么灌水快怎么搞了。
从MSRA基层researcher的角度来看，他们渴望promotion，并且互相竞争，也是灌水的
原动力。最让我搞不懂的是几位MSRA的大佬，他们也是圈里的成名人物，挂名的文章怎
么也得把把关吧，尤其是试验的真实性和可重复性。结果呢，他们不但不管，反而以挂
名为乐。像某位高管，一年近百篇paper，估计他连paper title都记不全吧。原来崇拜
李开复崇拜的不得了，现在来看他也是个很爱做秀的business man。MSRA的风气也和他
的style很像。我觉得MSRA要扭转形势，就得找一些做事严肃，认真负责的领导，中国
人不成，就找老外。不然的话，万一哪天出了事，MS高层一怒之下把MSRA撤了，就鸡飞
蛋打了。
，大
，做 |
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f******8
发帖数: 260 | 5 MSRA的名声在这边好像确实不太好，很多人包括MS redmond的人都对MSRA颇有微词。中
国人本来就是以能灌水而闻名的，MSRA又是中国人各种灌水trick的集大成者。从实习
生的角度来看，他们的目标大多是积攒申请出国的资本，当然是怎么灌水快怎么搞了。
从MSRA基层researcher的角度来看，他们渴望promotion，并且互相竞争，也是灌水的
原动力。最让我搞不懂的是几位MSRA的大佬，他们也是圈里的成名人物，挂名的文章怎
么也得把把关吧，尤其是试验的真实性和可重复性。结果呢，他们不但不管，反而以挂
名为乐。像某位高管，一年近百篇paper，估计他连paper title都记不全吧。原来崇拜
李开复崇拜的不得了，现在来看他也是个很爱做秀的business man。MSRA的风气也和他
的style很像。我觉得MSRA要扭转形势，就得找一些做事严肃，认真负责的领导，中国
人不成，就找老外。不然的话，万一哪天出了事，MS高层一怒之下把MSRA撤了，就鸡飞
蛋打了。
，大
，做 |
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l*******1
发帖数: 866 | 7 ft.... 这难说了。 你出问题的症状可重复性有多大？比如你说的那个用到100GB内存
就死的症状是总那样还是有时死有时不死？
硬件没问题那只好是软件问题。用到100G内存才出问题没准是driver bug....
单卡死么？ |
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o**n
发帖数: 1249 | 8 pcman file manager的一个非常严重可重复性的bug，
在同一个目录下，选中一个文件，ctrl+c，不点空白处使选中的文件defocus，ctrl+v
，一
个对话框跳出来让你命名copy的同名文件，此时不管你新命名，还是取消copy，原文件
都变成0长度，无法恢复回来。
这个问题是我有了血泪教训才知道的，害我丢了重要文件阿。
我向那个台湾的作者report bug，他没理我，555
大家有没有其他lightweight的file manager推荐，最好是gtk的，特别喜欢pcman-fm的
一个功能是F4启动一个terminal在当前目录，gnome自己带的那个又慢又差。 |
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y**b
发帖数: 10166 | 9 嗯，这个比数值误差本身重要多了。我对模拟中的数据精度做了限制，
比如可测精度后面的数位全部舍弃，避免了不必要的舍入误差积累，
计算可重复性好多了。多谢。 |
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w***g
发帖数: 5958 | 10 1. 一般kaggle只评测提交的预测精度。
这次号称要验证提交的程序，但是至于程序跑多慢，只要不是太慢，似乎他们不care。
我发现并行训练有可能导致结果不可重复到binary一样。我也不知道他们最后怎么定义
可重复性。
2. 对我来说，大于80%的时间在调优。不知道别人怎么弄的。 |
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n******7
发帖数: 12463 | 11 想dockerize手上的一些pipeline
保证结果的可重复性，以及pipeline的可移植性
对docker的使用经验仅限于tutorial
感觉有几个思路可以做这个事情，但是不知道那个好
1. 把这些pipeline里面用的工具做成image，然后每个pipeline就是一些image加上一
些胶水python code
这个最直接，但是还是有一些不是dockerize的code，似乎有些不纯
2.把每个pipeline做出一个image
这样最纯粹，但是缺乏灵活性，各个组件复用等于0，对pipeline做点改动就要再建一
个image
3. 类似方案1，把每个组件做成image，然后对每个pipeline，在把各个组件的image和
胶水code一起做成一个新的image
这个完美了，但是不知道这种image套image能搞不？
一般大家是怎么做的呢？ |
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A*****n
发帖数: 243 | 12 Bioinformatics的一些workflow应该是用选项1作的，用所谓的Common Workflow
Language把每一步串起来，重要的是定义好每一步的input/output。如果只是可重复性
的话，描述pipeline的json或者yaml文件就够用了。 |
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M****e
发帖数: 70 | 13 在经过很长一段时间的struggle后，终于拿到了postdoc的fellowship，能够让我继续自
己的研究啦。在这里，有几句话想对小兔子们说一说。
首先，如果你不是做生物研究的料，受不了这种反反覆覆的折磨，趁早转行，学一个轻松
一点的学科。生物学的最tough之处，在于它是一门实验科学，而且这些实验的可行性和
可重复性，都不是很高。对于很多实验来说，不断的摸索一个能和in vivo真实情形类似
的条件，就已经是一个能让人非常frustrated的事情了。除去这种精神上的压力，还有身
体健康方面的考虑。有很多工作，需要大量的bench work才能完成，没有一个好的身体是
不能胜任的。所以我的建议是，少上bbs，多花些时间思考问题，还要锻炼好身体。不管
怎么说，实验做不出来，日子还得过，这天下肯定有一样工作是适合你的。当你觉得被自
己的experiments和老板pissed off的时候，不要太难过---脸皮厚才活得下来，才有可能
笑到最后。奈不住寂寞，心不够狠，还是早点离开。
选老板，找课题？这个问题是一直伴随着我们成长的。先说一句，大家在高考的时候，都
是很不错的考手，但是， |
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n**u
发帖数: 16 | 14 你的journal club讲的很好，我还没看到原文，但就你介绍的部分来看，我得说，学习
记忆研究中关于新生神经元作用的在体研究还处于很初始的阶段，正如你提出的那样，
太多问题，而且实验本身的可重复性有多好我们要打一个大大的问号。
我的看法是，对于学习记忆的研究得从最solid的现象入手研究才是正道。比如有没有
一种老鼠，它的学习记忆能力比正常老鼠要差很多，然后再用mouse genetics的方法来
追踪它的mechanism，否则估计很难弄的明白。新生神经原对学习记忆的影响我们的理
解还是建立在想当然的基础上的。正如你所说的，很难找到直接的证据。我提一个
naiive的想法，如果学习记忆的建立不是依赖于新生神经原而是新的递质的产生，怎么
办？ |
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s********n
发帖数: 2939 | 15 Tawfik这个组怎么样啊，好象是大牛，可惜在以色列。
最近要做点东西和他的工作相关，不知道他们实验的可重复性如何？应该还可以吧？ |
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O******e
发帖数: 4845 | 16 统计学意义跟生物学意义是两码事。统计学只能给你个参考，告诉你你的实验结果的
可重复性。10％的差别算不算差别，要看你自己领域的常识了。别人发表的文章总会
告诉你这些吧。 |
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j***r
发帖数: 316 | 17 其实你真应该好好看看方舟子的文章，从里面学到一些基本的科学理论原则，比如科学
理论要求的可观测行，可重复行和可预测性。
“在我们还没有找到代替品之前，不妨暂时先用着，就像我刚才说的那样，不能仅仅因
为我们不能理解，就赶尽杀绝。”
如果你坚持科学原则的话，那么在没有科学的验证中药的效用之前，你是没有道理接纳
中医的理论的。这里判断中药的效用的时候要用到可观测性，所以内心的感动如果不能
为外人语的话那就不要拿出来说事了。而科学的验证虽然不是特指FDA，但是例如双盲
试验这样检测可重复性的方法总是要用的。
其次，即使是有的中药有令人信服的科学实践效果，这并不能成为我们接受中医理论的
充分条件，因为这里还有一个可预测性的问题。从中医理论的框架出发到发现针对某一
种疾病的相对应中药，这必须是一个因果的，有目的性的过程。你必须把科学理论的预
测能力和简单的随机共生区别开来。就好象1000个占星师预测股市，总有一个预测连续
对那么几天的。每一个人都有自己的星座自己的理论，你不能就拿过去的预测结果来黑
猫白猫的鉴定他们的理论是否成立，你或者要搞清楚这个理论和实践产出的因果关系，
或者用将来的实践过程来 |
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p*****1
发帖数: 330 | 18 Label free 就是不需要同位素标记，但要保证质谱测试及样品前处理的高可重复性。 |
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F*Q
发帖数: 3259 | 19 先不管文章究竟是否该撤，撤稿声明确实是非常可笑的！就因为她实验室的人不能重复
，所以就要撤稿？事实上，有些实验有人做出来而且发表了，但别人（不是所有人，也
不是某个特定的人永远）重复不出来，那么这种文章就一定要撤稿吗？
本人曾经在不到一年内从零起步在某种系统内做出足够发一篇至少PNAS文章的结果，走
之前被安排指教该实验室一个PhD学生作另外一种相近系统的实验，本人从头到尾demo
给该学生看。可是本人离开2年后，该学生和另外一个postdoc一起做（当然不是全时）
都还没能得到任何数据。这样的例子能说明我的结果不具备可重复性吗？当然不能！
反过来，如果实验可以重复就一定证明结果正确结论可靠吗？纯粹扯蛋！
以前经历过的一个老板，在某个东西上发了好几篇文章，我相信每个实验都可重复。但
事实是实验和结论是张冠李戴！可惜他们当时作实验的人没意识到，审稿人也没意识到
！本人做出了可验证的结果后，老板却强行压制不让发表。
所以说来，学术圈还是以权势为本、真正的科学可以被恣意践踏！ |
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f****b
发帖数: 2410 | 20 都不重要，重要的是那个中国人因为Buck老女人撤稿而丢了工作，从学术中
消失了
先不管文章究竟是否该撤，撤稿声明确实是非常可笑的！就因为她实验室的人不能重复
，所以就要撤稿？事实上，有些实验有人做出来而且发表了，但别人（不是所有人，也
不是某个特定的人永远）重复不出来，那么这种文章就一定要撤稿吗？
本人曾经在不到一年内从零起步在某种系统内做出足够发一篇至少PNAS文章的结果，走
之前被安排指教该实验室一个PhD学生作另外一种相近系统的实验，本人从头到尾demo
给该学生看。可是本人离开2年后，该学生和另外一个postdoc一起做（当然不是全时）
都还没能得到任何数据。这样的例子能说明我的结果不具备可重复性吗？当然不能！
反过来，如果实验可以重复就一定证明结果正确结论可靠吗？纯粹扯蛋！
以前经历过的一个老板，在某个东西上发了好几篇文章，我相信每个实验都可重复。但
事实是实验和结论是张冠李戴！可惜他们当时作实验的人没意识到，审稿人也没意识到
！本人做出了可验证的结果后，老板却强行压制不让发表。
所以说来，学术圈还是以权势为本、真正的科学可以被恣意践踏！ |
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o**********y
发帖数: 1041 | 21 你说的很对。。hehe。悟性很好。
人或少数几个人不能重复某实验，并不能证明该实验就不具备有可重复性，因为其他人
也许可以重复出来。
science)来run的，而不是说明Linda Buck是一个多么伟大的科学家（如果Linda Buck
想证明自己很伟大，至少要发一个自责声明而不是把责任推给手下）！Linda Buck撤稿
事件只是这种规则的一个例子而已。 |
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F*******2
发帖数: 103 | 22 除非lz做的实验特别特别特别难，不然应该还是有可重复性的。本来生物就是实验科学
，重复不出来的实验结果如何证明是科学的？lz太主观了吧，不是lz认为对的就是科学
的。。。 |
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m***T
发帖数: 11058 | 23 454的机器read length长是没错，但throughput低，再考虑你提到的错误率高需要
extra coverage的话，成本可想而知。所以除非对read length要求高难度的某些
applications，其它方面它是处于绝对劣势。而它的read length优势现在正面临三代
技术的强有力的挑战，所以它是位置是最尴尬的。
Ion目前看从技术上还没有什么优势(read length目前还只有100bp，而且throughput低
)，不知道有了lifetech做为后盾提供人力、物力和财力，会不会在短期内有所突破就
不好估计了。对于IVD产品，可靠性、可重复性、速度、成本（包括初始及running）是
最重要的几项因素。Ion在其中的几方面还是很有优势的。 |
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r********7
发帖数: 229 | 24 得到麦地IT大侠的同意，把和他私下交流的信息发到这里，希望他的指点帮助到更多的
人：
我感觉拿454和Ilumina比，除了read length外，唯一拿得出来的就只有run time了，
但这也部分是因为是throughput低导致的。Cost高,error rate高，throughput低，
procedure复杂等都是它比较致使的缺点。
象Ilumina和SOLiD的short read都有一个很大的问题就是对于highly repetitive的
region没有什么好的办法，主要靠pair-end或mate-pair等双tag的方式来弥补，但并不
能绝对解决问题。所以longer read对于这些region是非常必要的。但因为454和三代技
术尽管read length长，可以更好的解决上面提到的问题，不过两者共同的problem都是
error rate高，所以需要extra的coverage来帮忙。这样一来，cost就会更高而且也抵
消了longer read的优势，还不能完全解决error rate高所带来的所有问题。
一句话，鉴于NGS的现状，别看大多数人看好d... 阅读全帖 |
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w**********i
发帖数: 62 | 26 用的santa cruz的，特异性和可重复性是要命，不过也能做出来。
呵呵，你在做什么方面啊，可以站内交流一下。 |
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s*f
发帖数: 183 | 28 总觉得序列上的东西可重复性高一些
RNA动态性这么大的，都不知道测的是它的动态还是稳态还是噪声 |
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l*****a
发帖数: 38403 | 29 【 以下文字转载自 TrustInJesus 讨论区 】
发信人: littletshirt (小仙鹤), 信区: TrustInJesus
标 题: Re: 再学进化论：观察到哪个物种进化出来了？
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Oct 1 23:36:25 2011, 美东)
"生物演化的基因、化石、解剖学证据很多，" as I said, static animated movie frames + imagination ==> a dynamic continuous process.
“物种是否进化”这个问题，现在在科学体系内部是作为共同工作基础来看
待的。The theories that attempt to explain the origin of life is not the fundamental principles or laws in biological research. Do you know any important biological laws derived from them?
"自然科学里也有天文学、地球科学等等研究过去发... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 30 我知道你的意思（还有其他几个人的意思）。你们的意思是说，古代的那个类似
水母的东西，在进化的时候改巴改巴继续用水母这个形态也能适应今天的环境，
所以今天的水母也是适应了环境之后的产物，在你们看来不好说到底是不是比哺乳类什
么的低等。
比方说上面上面一个在冷泉港上过课的同学的意思大概也是如此，就是在群体基因学上
，进化有几种策略，不一定要变复杂才能适应环境，在原有的结构上稍微改一点也能适
应，这个理论并不是我不知道，但是我不完全认同他们的看法。因为我本身不是学进化
的，我是学生化，细胞和发育的。在我看来，人和水母明明有非常明显的解剖差别，能
够适应的环境也多得多，凭什么他们学基因学的人说没有区别就可以把这些差别给抹杀
了？
所以，其实我并不是在他们的那个同样的角度（群体基因学）来和他们辩论，我是站在
另外一个角度来看待问题的。我举了很多有关形态学（眼睛啊，鱼龙啊什么什么的）的
例子，就是为了让你明白我的意思。
我想，这个进化里，也有一个“改革”和“改良”两种方案的区别。今天的水母和古代
的水母当然不完全是一回事，但是我认为今天的水母就是古代水母的改良版而已，在解
剖，行为，生态上，没有根... 阅读全帖 |
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K****n
发帖数: 5970 | 32 我觉得这个不仅仅是outsource的问题了。有没有可能以后生物研究分成脑力劳动和体
力劳动。学生们只要在网上设计实验，而大部分可以模块化的实验都由专门实验室里的
technician完成，这个实验室可以是一个blackbox，收钱干活，提供标准化的结果，它
可以远在其它国家。
这样实验结果的可重复性应该会提高。学生和科研人员可以专心思考，不想搞科研的可
以去实验室干活赚钱。也算形成了industry，如果这些research能出product的话 |
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l*******i
发帖数: 153 | 33 因为效率的问题，老板要求我试试miRNA cluster.前前后后试了三次，最初一周内
细胞生长加快，但始终没有colony出现；如果miRNA cluster和OSKM连用的话，倒是可
以非常显著地提高reprogramming的效率。
到目前为止，似乎只有两篇文章证实这个方法的，但效率差别太大；要命的是，第
一篇文章（号称效率提高至10%的那篇）是将miRNA302/367通过lentiviral vector整合
到genome上；而在moleculer therapy上的一篇文章表明，lentiviral vector本身就可
以将fibroblast诱导成iPS。第二篇文章通过连续四天转染mature miRNAs,可以得到iPS
，但是效率极为低（与第一篇文章用的miRNA有些不同）
我现在怀疑第一篇文章的可重复性：第一，单纯通过miRNA cluster，得不到iPS；
第二，即使能得到，效率应该也没有像该文章宣称的那样。联系文章作者，请教实验细
节，没有得到任何回复。不知版里有没有人试过这种方法？
现在越来越发现，iPS就是一个坑，临床应... 阅读全帖 |
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O******e
发帖数: 4845 | 34 看来你这个观念是扭不过来了。
模型之所以是模型，就是在保证研究的可行性可重复性的基础上，能在一定程度上模拟
某种疾病或者生理/病理状态。 |
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O******e
发帖数: 4845 | 35 看来你这个观念是扭不过来了。
模型之所以是模型，就是在保证研究的可行性可重复性的基础上，能在一定程度上模拟
某种疾病或者生理/病理状态。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 38 我的博后老板就经常有意教我们这一点
虽然我不敢说我学到了多少
主要就是看发表者的credit咯。尽量去认识那个通讯作者，了解它的人品和过往结果的
可重复性 |
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b****r
发帖数: 17995 | 39 大牛lab和我说的不是一个标准
我刚才可没说过是看对方牛不牛，而是看作者本人人品， 和 过去结果的可重复性 的
记录 |
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N******K
发帖数: 10202 | 40 实验的可重复性 当然算做试验机构的成本 就比如流片的成功率一样 是IC工厂要保证的
这三个单元的利益分配 我再研究
先研究三方功能划分的可行性
postdoc |
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s*********d
发帖数: 531 | 41 PI也未必是怀疑那个学生的人品啊，有时候实验数据会出现偏差，导致错误的结论什么
的，可重复性就很重要了。。我觉得这没什么问题，如果他和PI沟通正常的话，应该可
以理解，除非他沟通不好，认为PI就是怀疑他，又不好好沟通导致关系不和。。 |
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k*****1
发帖数: 454 | 42 我觉得你对工程的理解有点狭隘。
绝大部分的科学研究实际上只是“发现”，而不是创新。牛顿三定律是“发现”，双螺
旋结构是“发现”，你强调的“追求原理”绝大部分情况下，都是寻求对现有客观世界
的“再发现”。
工程学“不管原理”的思维方式正是能够创造出以前没有的东西。你想想从牛顿三定律
到飞机的发明，这中间的跨越会有多大？从某种意义上来讲，工程学能够“创造”原理
。每一个原创性的发明，都能推动时代的发展，并且在其基础上诞生出无数的新学科出
来。二极管就是最好的例子。
生物学研究和物理，数学，工程学等领域比起来，还是一个非常新的学科，研究和逻辑
推理的手段还停留在那几个学科非常早期的阶段，比如说结果可重复性，推理的严谨性
，研究体系的理论化，等等，还非常欠缺。正是因为如此，你接受的训练（假设你是生
物背景）就无法理解工程学当中的原创性和方法学的精髓。 |
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y*****w
发帖数: 1350 | 44 到底是科学问题的解决具有不可预期性，还是只有具备可重复性和可预见性才能被称作
“科学”？ |
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k*****1
发帖数: 454 | 45 我说点个人的感受：
生物学上有很多结果是不可重复的，但是有没有一种可能就是，这种“不可重复性”，
i.e.结果的差异性，是不是本身就是一种数学模型呢？ H-H 模型的建立就是用来解释
离子通道测量数据的差异性，量化这种差异性，最后方便比较结果。
比如说，你可以找到很多测量 离子通道 的 文章。如果没有数学模型，仅仅靠直观去
感觉那些离子电流，你会感觉对于同样一个离子通道即使采用同样的测量方法，每一篇
文章的结果都不一样。因为你没办法解释现象的差异性。但是如果用HH模型去描绘，每
个离子通道只需要测量4类参数：一类是时间常数（time constant），还有一类是稳态
函数。稳态函数用玻尔兹曼曲线去拟合（我前文提到的），时间常数用指数函数去拟合。
当模型建立起来后，你就会发现再去比较不同的实验结果，几乎就可以一目了然的知道
：比如说，有些测量结果明显是时间常数偏小，这就意味着温度控制上可能出了点问题。
所以数学模型可能不是完美的，但是一个合理的数学模型可以极其方便的去解释实验结
果的差异性。而实验结果的可重复性永远都是整个生物领域内最有争议的话题之一。 |
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L*****t
发帖数: 56 | 46 有一个醛缩酶在体内的反应如下
X ----> Y + Z
具体反应机制暂时不明，但应该是ping-pong mechanism
文献中测活的方式体系是再加一种酶把Z转换成可以显色的产物，但是我发现实际上Y甚
至X也参与第二步反应，也就是说这是个Dirty System，尝试过用数学方法分析但是数
据本身的可重复性也很差，可能是因为底物X的纯度不够，总之是一团糟。
还有一种测活方法就是利用逆反应：
Z + Y ----> X
X也可以转化成可显色的产物，试验的结果很不错，重复了几次都差不多。但是得出的
数据和另一个反应方向依然无法统一。问题是我要怎么说服老板相信只有这个方向上的
数据是可信的？一个可逆反应，两个方向上的Kcat是一样的吗？ |
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a*******a
发帖数: 4233 | 47 没看文章只看了个摘要
似乎ENCODE主要分3大块
一块是tf的binding
一块是组蛋白甲基化修饰的分布
一块是测出来一大批新的none coding RNA
然后再把这三块比来比去看有没有相关性。
不知我有没有抓住关键的点。
我觉得none coding RNA肯定是有用的
在各个肿瘤或者其他疾病里比来比去肯定能找到东西。
组蛋白修饰就不好说了，他们是用chip-seq做的
组蛋白甲基化修饰的抗体特异性很难说
而且随环境和技术影响变化很大，可重复性不好。
当年eric lander不是提出个es全基因组的bivalent domain概念么？
我们也重复过chipseq，不能说我们重复不出来，至少可以说数据差异很大。
组蛋白修饰本来就是会变的，再加上种种实验上的变量，最后能有多大参考价值很难说。 |
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l****b
发帖数: 400 | 48 我们组做GTT/ITT无数，基本在同一condition下不同实验curve都是可以superimpose的
，可重复性非常非常高。老鼠个别会因为打架，或是sick了在HFD上没长重，那么理应
踢出实验。如果认为某些老鼠是outlier，那么要有充分理由和统计学根据的。老鼠在
HFD上永远是比chow要糖耐量差的，如果这也做不出，只可能是实验者腹腔注射技术很
差（老鼠一胖还真有可能达到腹腔脂肪里去了）。 |
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y**u
发帖数: 7459 | 49 我们的结果chow和WD可重复性都很好，但是HFD很糟糕。我现在也不作这个了，不过还
是很好奇，想问个问题。我用过两种HFD，一个叫Paigen，一个是atherogenic，成分差
别很小，好像一个是Na cholate, 一个是cholic acid...我觉得就是一回事。Paigen的
结果很好，即使只用了3周。后来用atherogenic那个，我的wt老鼠明显不吃，瘦的像鬼
一样，mut倒是正常，但是全身毛发都湿淋淋的，可能是油脂分泌？你的老鼠出现过这
种情况吗？我当时都震惊了，mut老鼠好像武林高手可以逼出酒精。。。serum HPLC／
liver histology etc都还有差异，GTT/ITT彻底没差异了。
我还有别的project, 一个人忙不过来，后来又发现对方的tech极其不靠谱，统计乱做
，只好放弃了。 |
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