x*****8
发帖数: 10683 | 1 曾经有一个RNA为主体的生命世界。那个时候还没有DNA储存遗传信息，全靠不怎么稳定的
RNA，所以突变极快。那个时候也没有蛋白质作为酶，RNA片段本身就是酶，叫ribozyme。
我在生化所时，这个理论很主流。不过现在很少有人提这个理论了。
如今的RNA病毒（有蛋白质外壳，RNA可以翻译为蛋白质）和RNA类病毒（无蛋白质外壳
，RNA不可以翻译为蛋白质，但RNA可以作为ribozyme，也可以参与RNA silencing），
告诉我们这个理论很重要。 |
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d*i
发帖数: 9453 | 2 ☆─────────────────────────────────────☆
ribozyme (super size me) 于 (Thu Jul 12 12:57:36 2007) 提到:
经常听人说，动作不到位是cheat yourself.
现在发现真是至理名言。
深蹲下到腿与地面平行时对腿部的刺激可比
浅蹲时强了很多很多。
leg press也是一样，如果每次都放到底，难度
一下子就上去了。
结论就是一味的冲击大重量并不可取。用小重量
完成标准姿势可以达到甚至超过大重量不规范动作
得刺激，且不容易受伤，何乐而不为呢。
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FakedYige (贾一哥) 于 (Thu Jul 12 12:59:09 2007) 提到:
LEG PRESS也不要放到底,对膝盖压力很大的,放到成90度就可以了.
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ribozyme (super size me) 于 (Thu Jul 12 13:03:51 200 |
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i********a
发帖数: 186 | 3 【 以下文字转载自 Go 讨论区 】
【 原文由 far 所发表 】
白 vs 黑
Ras hongyuan
temple foolshow
Saga empyrean
gauge wwww
missbear superpen
ribozyme guantang guantang已弃权，ribozyme胜
已弃权
sdk brake
tristrike happyant
Icare cars |
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p*****m
发帖数: 7030 | 4 你太搞了 要是啥东西都能从一开始穷举出来 这世界上也就没有所谓科学家这种职业了
。。。
举个例子好了，ribozyme这东西 是Tom Cech一个postdoc跑了快胶多出个奇怪的条带然
后发现的，他们做实验本来压根不是为了搞这个（当时也没人知道rna也能有酶活性）
。你现在给设计一套思路，保证一个人在不知道ribozyme存在的条件下能把这东西给整
出来？
或者换一个也行，细胞凋亡这东西，其分子机理最早是线虫genetic screen找出来的
CED gene开始的 甚至找到ced-3/4之后，Horvitz lab都因为这些基因没有已知的
homolog而无从下手（后来才知道是caspase)。细胞凋亡的线粒体途径，也是从生化分
析发现cytochrome c开始的。现在假设你只知道细胞会死，别的啥都不知道，你给设计
一套思路能一定指向caspase的发现和cytochrome c的发现的？ |
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w*p
发帖数: 16484 | 5 蛋白结构得诺奖：
2003: Peter Agre and Roderick MacKinnon (Chemistry), Agre "for the
discovery of water channels" and MacKinnon "for structural and mechanistic
studies of ion channels". Structures by MacKinnon and his group began in
1998 with the transmembrane potassium channel 1bl8, and continued with many
others. After this prize, Agre was involved in the structures reported in
2005, 2f2b and 2evu.
2006: Roger Kornberg (Chemistry) "for his studies of the molecular basis
of eukaryotic transcript... 阅读全帖 |
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z*******4
发帖数: 285 | 6 拜托不要半桶水教坏外行人
RNase是蛋白酶，本身是蛋白质，是切割RNA的蛋白酶。
你说的有催化活性的RNA，叫做核酶，英文ribozyme |
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d********m
发帖数: 3662 | 7 RNAase是切RNA的酶
你想说的是ribozyme |
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d********m
发帖数: 3662 | 8 嗯，知道ribozyme这个的不多
一看就是同行 |
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r******e
发帖数: 344 | 9 不好意思是ribozyme
这东西自己能复制自己，还能行使很多其他功能，基本就是过河的卒子当大车使 |
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发帖数: 1 | 10 RNA为主的只能是微生物世界
定的
ribozyme。 |
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d*i
发帖数: 9453 | 11 ☆─────────────────────────────────────☆
orion (M42) 于 (Fri Jul 27 21:05:10 2007) 提到:
straight leg的那种。
hamstring基本没啥感觉，倒是lower back有点酸，正常么？
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ribozyme (super size me) 于 (Fri Jul 27 21:14:37 2007) 提到:
和我一样。
说明lower back比较弱？
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orion (M42) 于 (Fri Jul 27 22:38:49 2007) 提到:
有这个可能，不过我担心的是动作不标准
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Cortega (Emmanuel) 于 (Sat Jul 28 00:27:59 2007) 提到:
硬拉也会用到下背的肌肉，是很好的力量练习。不过 |
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w**w
发帖数: 5391 | 12 【 以下文字转载自 Go 讨论区,原文如下 】
发信人: far (如水), 信区: Go
标 题: B组第五轮对阵
发信站: The unknown SPACE (Sun Jun 11 02:08:14 2000), 转信
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M****e
发帖数: 70 | 13 to
i think it requires knowledge about the structure of separase. if
intermolecular, there should be protein-protein interaction, and mutations
that inhibit the interaction should abolish the cleavage, otherwise, not. i do
not know how those genius found out the intramolecular cleavage in ribozymes,
yet i think that sequence-specific mutations help to distinguish "inter" from
"intra" activation. for "intra", the problem is to find how the cleavage
occurs, there should be significant conformation |
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J********n
发帖数: 534 | 14 这个做ribozyme的Thomas Cech也得过吧。还有就是ribosome的也应该得。不过做的人
太多，确定3个得住太难，还有人已经死了，比较难分credit。
泰斗级人物还应该包括：Brunger, Axel T，Gregory A. Petsko，Michael G.
Rossmann，Robert Stroud。
高产级人物还有：Christopher K. Garcia，Eric Gouaux，Ian A. Wilson， James H.
Hurley，Jennifer A. Doudna，John Kuriyan。
参见：
http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1197777608.z0/[原创]对美国做X-ray%20Xtallography的超级 |
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z****g
发帖数: 3340 | 15 我说的是结构目前的现状。其实你举的这几个例子，用生化，（电）生理，包括突变，
缺失，阻断剂，协同剂已经提供了
general picture。最后的结构解决了精细的details。但没有dynamic东东。其实关于
结构给出全新的功能， 我倒知道两
个。 一个是Ribosome的ribozyme activity，另一个是Ago2 的RNase H like activity
. 当然这只是极少数的例子而已。
我并不是对结构有偏见，只是说明事实而已。
结构
收集 |
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f********n
发帖数: 6465 | 16 Aptamers are oligonucleic acid or peptide molecules that bind to a specific
target molecule. Aptamers are usually created by selecting them from a large
random sequence pool, but natural aptamers also exist in riboswitches.
Aptamers can be used for both basic research and clinical purposes as
macromolecular drugs. Aptamers can be combined with ribozymes to self-cleave
in the presence of their target molecule. These compound molecules have
additional research, industrial and clinical applications... 阅读全帖 |
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x*****o
发帖数: 441 | 17 Mg 有效的中和RNA backbone 的负电荷,可以稳定二,三级结构. Na或者K没有Mg有效,
一般认为稳定的是RNA的二级结构.如果在没有镁的情况下,大量的单价离子 (1M)可以减
少 non-specific binding,稳定特定的conformation. 但是不知道NMR是不是不能用大
量的单价离子.
我们实验室以前也用hairpin(虽然不是核磁)hairpin ribozyme, 但是觉得mg 在10mM
的时候效果最好.
我以前有朋友做RNA NMR, 也是hairpin,不过他们的stem是GC rich的,比较稳定. |
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s******y
发帖数: 28562 | 18 I don't really think that way.
The life form is not as perfect as you assume. There are actually a lot of
loophole and patches in most life forms.
The primitive life forms, if you look at them from a modern life's angle,
would think they are quite laughable. For example, most ribozymes, are very
low in either efficiency or specificity |
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s******y
发帖数: 28562 | 19 基因表达的量应该和promoter 的强度的关系更大。
很多非常重要的house keeping gene 其实都只有一个拷贝，比方说beta-tubulin,
alpha-tubulin. 但是它们的表达都非常强。
你说的那个 ribosomal RNA copy number 的官方解释我觉得非常牵强.
一个相关问题就是，其他RNA gene比方说tRNA 是否也是多拷贝？
我觉得更可能的是因为ribosome RNA本身是一个ribozyme, 本身就有一定
的复制功能，所以在早期的时候在基因里面大肆到处贴帖子。后来有些关键
片断缺失了，不能复制了，才安生了下来。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 21 Nice :)
They finally made the missing link |
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n******7
发帖数: 12463 | 22 cool!
不知道现在还没有可能在某个角落找到纯rna生命形式 |
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w******e
发帖数: 1187 | 23 A system for the continuous directed evolution of
biomolecules
Kevin M. Esvelt1, Jacob C. Carlson2 & David R. Liu2,3
Laboratory evolution has generated many biomolecules with
desired properties, but a single round of mutation, gene expression,
screening or selection, and replication typically requires days or
longer with frequent human intervention1. Because evolutionary
success is dependent on the total number of rounds performed2, a
means of performing laboratory evolution continuously and
rap... 阅读全帖 |
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b******y
发帖数: 627 | 24 Putting a ribozyme somewhere might do the trick.
But why? The promoter is too big? |
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e***o
发帖数: 344 | 25 感谢各位的回复。我要把一个报告基因和一段RNA分别在AAV里表达，因为AAV容量太小
。所以想用一个promoter。用bidirectional 的promoter是个很好的idea，不知道有没
有在老鼠里用的比较成熟。加IRES和酶切都只能保证两个蛋白，我有一个要用RNA.
ribozyme好像有戏，但是不熟悉，不知大虾们能不能具体讲讲。
谢谢 |
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d********m
发帖数: 3662 | 26 我觉得是和生物学有点关系的。个人觉得他们一直考虑的其实和rna ribozyme有点相关
，就是证明在一定条件下，DNA也是能自组装成功能分子，然后在进化上就能挑战下rna
world hypothesis。
和harvard的david liu可以算是这一派的两分支我觉得 |
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c**g
发帖数: 14 | 28 近来对这个很感兴趣，有牛人做这个嘛，科普一下研究历史和现状吧，这个应用前景好
吗？多谢多谢。 |
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s********n
发帖数: 2939 | 29 RNA switch不止ribozyme，现在正是synthetic biology里面最hot的方向，最近
Keasling组里刚发了一个Science就是这方面的。 |
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o****e
发帖数: 1011 | 30 可以参考一下：
Biochemistry 2001, 40, 1423-1429
Thermodynamics of Ion-Induced RNA Folding in the Hammerhead Ribozyme:
An Isothermal Titration Calorimetric Study |
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m*******3
发帖数: 25 | 31 刘春明在JIPB上发表的对APB1的commentary
http://www.jipb.net/pubsoft/content/2/10.1111/jipb.12339.pdf
Science is a global community enterprise. Collectively, we contribute to
building the
knowledge tower by using bricks and mortar that should be strong, solid, and
long
lasting. A brick with defects may lead this tower, or a part there of, to
collapse. When
that happens, the community suffers, laying waste countless dedicated hours
of work,
especially by students and postdoctoral scholars. This is the reason... 阅读全帖 |
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C****n
发帖数: 79 | 32 看到很多大虾在谈论CRISPR，屡试不爽。这里就贴个negative 的case,请教各位专家有
没有什么好的建议。
background:
想在一个fungus里用CRISPR系统，非model system。
在该fungus中还没发现homologous recombination，so till now gene-knock-out is
not accessible.
current status:
1) Cas9 gets expressed by using GFP fused Cas9。
2)NLS works，在hyphae 中观察到 nuclear localization of GFP fused Cas9 and
NLS。 没有做western blot，因为GFP fuse 在Cas9 的 C末端，NLS 在Cas9的N末端，
这样理论上可以validate Cas9 能表达吧
2)U6 promoter，是个问题，由于该物种中U6 没有define，PCR克隆的U6 promoter不
work。根据之前大虾的建议，用了Pol II，一个version是直接... 阅读全帖 |
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p******n
发帖数: 55 | 33 这位同学搞混了吧。
mrc那个是triSNP，虽然也是剪接过程中非常重要的一个subcomplex，但比syg这个小太
多了，有重叠的亚基很少。虽然号称5.9埃，其实只是其中一个分子量最大的早就有晶
体结构的蛋白分辨率高把整体提上去了，周边大多数亚基分辨率太差，并且对于机理理
解没有比以前有实质性的推进。mrc那个组解的所有spliceosome相关亚基结构加起来不
及清华这个一半多。对照清华和mrc的paper读，最关键的是mrc那些结构不在
spliceosome整体环境下，催化位点什么的好像都没找对。
syg这个工作是真漂亮，不仅一举把很多关键问题解答了，还一下子打开了研究
splicing更广的空间，可喜可贺。
“the spliceosome is in essence a protein-directed ribozyme”
）。 |
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w********h
发帖数: 12367 | 34 来自主题: Macromolecules版 - 牛人们
Zhuang XW, Kim H, Pereira MJB, et al.
Correlating structural dynamics and function in single ribozyme molecules
SCIENCE 296: (5572) 1473-1476 MAY 24 2002
Fernandez JM, Chu S, Oberhauser AF
RNA structure - Pulling on hair(pins)
SCIENCE 292: (5517) 653-654 APR 27 2001
Zhuang XW, Bartley LE, Babcock HP, et al.
A single-molecule study of RNA catalysis and folding
SCIENCE 288: (5473) 2048-+ JUN 16 2000
Smith DE, Babcock HP, Chu S
Single-polymer dynamics in steady shear flow
SCIENCE 283: (5408) 1724- |
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c*****g
发帖数: 1856 | 35 我觉得clone gene don't need to cut the DNA off ba.
i think some ribozyme can work on this. |
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