t*d
发帖数: 1290 | 1 Wen Yuan et al.
Dense Chromatin Activates Polycomb Repressive Complex 2 to Regulate H3
Lysine 27 Methylation
Science 24 August 2012; Vol. 337, No. 6097
同期评论中提到，H3K27 上的修饰比其他 histone 为点的修饰更 epigenetics，因为
这个为点的修饰可以在母细胞分裂时被复制到两个子细胞中。
难道不是所有的 histone 修饰都可以被复制吗？否则怎么能叫 epigenetics 呢？了解
的请讲讲，多谢了！ |
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t*****t
发帖数: 773 | 2 有没有类似 RT-PCR引物库 一样的网站？ 收集一些研究结果和甲基化PCR引物的网站？
谢谢 |
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t*****t
发帖数: 773 | 4 自己设计的连续三对引物都失败了。所以想看看有没有别的参考。搜索文献，也没有找
到 |
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s******s
发帖数: 13035 | 5 你咋设计的
给你几个hint
1.不要设计在CpG的地方，这个你应该知道
2.不要像普通PCR一样按照两条链设计，必须按照一条链设计
3.不要太长，200－300足够了
4.用Hifi Taq，普通酶和phusion有时候不work |
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t*****t
发帖数: 773 | 6 对，这些我考虑到了，我用的是亚硫酸盐转化后进行PCR的方法，
可以试试你说的4 |
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t*****t
发帖数: 773 | 8 谢谢，谢谢！
看你的昵称，你是做表观遗传的老法师了。 呵呵 |
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t*****2
发帖数: 213 | 9 He did not even say which kind of method he is using. bi-sequencing or MSP...
how do you know it's bisulfate sequencing, instead of MSP?
It's still not clear by now. if it's MSP, the first hint you gave was
completely wrong. |
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R****n
发帖数: 708 | 11 METHYL-SEQ送去core facility一年还没有结果，最近一次F５和BARCODE都没有问题，F
３LIGATION ３个CYCLE就没有信号好了。NANODROP和跑胶都确认LIBRARY没有问题，也
没有PRIMER DIMER。用的是SOLID 5500系统。 |
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t*****t
发帖数: 773 | 12 Most CpG island-methylated genes are germ-line-
specific genes or transposable elements.
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这个信息很重要，谢谢！ 先前我倒没有注意到 |
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b***h
发帖数: 26 | 13 Thank you very much!
One more question. Is there any good program to predict CpG island, or non-
CpG methylation site? Thanks again. |
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s******s
发帖数: 13035 | 14 你要这样想，这种methylation很多的都是调控区，细胞特异性的。
所以，你如果不考虑cell type, 那么肯定能predict, 不过这些predict
出来的显然不是很重要的调控元件，真正重要的没法predict |
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z*t
发帖数: 863 | 15 Yang Shi自己post在research的介绍中哈
我也觉得是很risky的，这种non-CG methylation可能就是噪音。可能3a/3b是非特异性
的催化？
Yang Shi敢把这个project放在自己实验室的网页上还是证明这东西比较risky或者他们
已经有了发现哈 |
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i**y
发帖数: 71 | 16 there is annotation for CpG islands in the UCSC genome browser, which is
based on CpG frequency. Adrian Bird has a paper in Plos Genetics where they
used CXXC1 to experimentally determine unmethylated CpG islands.
there is no prediction for the location of non-CpG methylation. in ES cells
it's mostly in CAG motif. |
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i**y
发帖数: 71 | 17 presumably not, especially if BER (single-strand break) is involved. the
plant demethylases have higher activity towards mCpG/mCpG than hemi-
methylated CpG, so it won't induce BER on both strands at the same time.
in animals, it is unclear. the problem now is that there is no good in vivo
system to study bona fide demethylation anymore, after the discovery of hmC,
fC and caC. |
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z*t
发帖数: 863 | 18 That figure describe change of methylation level during early development. I
don't know whether that figure can be called as a "model" or a "fact"...
Then how do you think this PNAS paper?
http://www.pnas.org/content/108/9/3642.full
Also, since I'm not reading a lot... do you have evidence to prove or
disprove the active demethylation happens in zygotes? |
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u**********d
发帖数: 573 | 19 methylation sensitive restriction endonuclease digestion |
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k******0
发帖数: 1073 | 20 Odds Against Winning the 2012 Nobel Prize in Chemistry
Nuclear Hormone Signaling, Chambon/Evans/Jensen, 6-1
Bioinorganic Chemistry, Gray/Lippard/Holm/–, 7-1
Spectroscopy & Application of Lasers, Zare/Moerner/+, 8-1
Techniques in DNA Synthesis, Caruthers/Hood/+, 13-1
The Field (everything not listed), 14-1
Electrochemistry/Electron Transfer, Bard/Hush/Gray/–, 19-1
Biological Membrane Vesicles, Rothman/Schekman/+, 19-1
Instrumentation/Techniques in Genomics, Venter/+, 24-1
Molecular Studies of Gen... 阅读全帖 |
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z*********s
发帖数: 38 | 22 大家好，最近需要做一个实验，初步的设想是使用质谱比较细胞DNA损伤前后，蛋白质
表达量的变化。最近在读paper（Mol Cell. 2012 Feb 10;45(3):422-32. Epub 2012
Jan 26.）的时候，看到一种一种DNA损伤诱导试剂methyl methanesulfonate。想请教
一下，常用的DNA损伤诱导试剂除了上面这一种，还有哪些？欢迎大家推荐相关的综述
或者paer |
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l**********1
发帖数: 5204 | 23 flowchat工程计算学已经进入了 Histone modification and cytosine methylation
of Genome, 新的交叉学科 系统人工基因组生物信息学 已经诞生了吧 Lol
pls refer
>XXX lab studys causal relationships between gene regulation and cellular >
behaviors, by developing computational and experimental methods on >network
modeling, stem cell engineering, epigenomic and single-cell >analyses.
>Cell, 149: 1381-1391
>http://bioinformatics.bioen.illinois.edu/index.html |
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l**********1
发帖数: 5204 | 24 flowchat工程计算学已经进入了 Histone modification and cytosine methylation
of Genome, 新的交叉学科 系统人工基因组生物信息学 已经诞生了吧 Lol
pls refer
>XXX lab studys causal relationships between gene regulation and cellular >
behaviors, by developing computational and experimental methods on >network
modeling, stem cell engineering, epigenomic and single-cell >analyses.
>Cell, 149: 1381-1391
>http://bioinformatics.bioen.illinois.edu/index.html |
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s******9
发帖数: 283 | 25 传统的natural product discovery一般需要好的bioassay。Fractionation of plant
extracts比较简单，但找到活性成分不容易，一般情况都是多种成分共同起作用。植物
的次级代谢产物diversification十分显著，一个pathway可能有很多结构相似的产物，
其中多少都有些相似的活性。
不管是多肽和其他小分子化合物，结构鉴定相对容易。多肽也不能靠简单测序，很多都
有修饰：hydroxylation，methylation，disulfide bond，cyclization,
incoporation with other building blocks, such as fatty acids, alkaloids...
这个学科历史悠久，但远未成熟。 |
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d*****a
发帖数: 46 | 27 博士期间5篇文章，一作两篇，IF累计35了，还有3篇正在投，文章里面两个是统计软件
，一个图像处理的软件，一个文献挖掘的软件。这样的简历去做Biostatistics有压力
吗？另外，请各位大牛也指点下面试。
ps：老婆不想出去，打算就先国内混了，想找的是国内的这几个top10pharm外企。
Specialties也写下：
• Language: Python, C++/Java, R/Splus/SAS/Matlab, SQL and HTML/XML;
• Database: ORACLE, MYSQL, Postgresql, SQLite;
• Web service: Apache, PHP, ROR, Django;
• Bioinformatics: Analysis with Microarray/cDNA array, Chip-Seq,
RNA-Seq, Methyl-seq, or other deep sequencing data, homology/comparative
modeli... 阅读全帖 |
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x******m
发帖数: 736 | 28 lz都给答案了：
• Language: Python, C++/Java, R/Splus/SAS/Matlab, SQL and HTML/XML;
• Database: ORACLE, MYSQL, Postgresql, SQLite;
• Web service: Apache, PHP, ROR, Django;
• Bioinformatics: Analysis with Microarray/cDNA array, Chip-Seq,
RNA-Seq, Methyl-seq, or other deep sequencing data, homology/comparative
modeling of protein 3D structure, Functional genomics, Comparative genomics;
• Biostatistics: Statistics, Data analysis, Machine learning, Data
mining, ... 阅读全帖 |
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i*****g
发帖数: 11893 | 29 p53这个蛋白被做烂了
几乎每一个氨基酸都被摸过了
前几年，还有个尾巴lys的methylation(acetylation) 还发了一篇 N or S article，
你可以想象被研究到什么程度 |
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l********k
发帖数: 14844 | 30 故事背景：
发现基因片段突变辨别同卵双胞胎中的凶手Mitbbs.com
今年10月，西安第四军医大学DNA分型研究中心接到个特殊案例：女孩被性侵后杀害，
嫌疑人张大被捕，犯罪现场遗留物和张大的DNA完全一致。可张大有个同卵双胞胎弟弟
张二（均为化名），DNA与哥哥完全一致。这种情况如何判断？专家提出“甲基化修饰
差异”法。Mitbbs.com
如果把这对同卵双胞胎的身体看成是同单元、同户型的两套房子，每个人对自己房子的
装修会和另外一套不同，“甲基化修饰”就像兄弟俩使用了不同的“装修材料”。比如
，一个能喝酒，另一个可能喝酒就醉，这些差异源自基因片断表达情况的不同。Mitbbs
.com
最终专家发现，张二其中一个DNA基因片段出现了突变，发生在受精卵首次分裂之后、
胚层形成之前。而案发现场的体液中基因片段并没有发生突变，现场遗留物属于张大。
http://www.mitbbs.com/news_wenzhang/Headline/31574653.html |
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a*********0
发帖数: 213 | 31 本人生物化学和分子生物学 postdoc, 希望能够review一些manuscripts, 为申请绿卡
做准备。我的review 次数太少了，恳请大家帮忙。
本人研究方向：cancer biology and signal transduction, protein modification,
DNA methylation, histone deacetylases, gene regulation, cancer drug
resistance etc.
谢谢帮助！ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 33 no thanks,
just learn each other! |
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b**********8
发帖数: 349 | 34 SOS！
论文发表用，显示所选DNA 片段CpG sites distribution， 如附件图A所示，用methyl
primer能生成这样的图，但是质量不高，有没有高手有经验的，推荐一个更好的工具
，非常感谢。 |
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k******0
发帖数: 1073 | 35 CNS灌水大牛11g的文章应用率低得好像有些可怜，2009年的文章还被引用不到50，即使
2011，12的较新文章，引用率也很低。离国际大牛还远着。
1. [PDF] Serine/threonine phosphatases: mechanism through structure
Y Shi - Cell, 2009 - bio.ijs.si
Cited by 236
2. Structure and mechanism of an amino acid antiporter
…, L Zhou, S Dang, L Sun, X Li, J Wang, Y Shi - Science …, 2009 -
Cited by 84
3. Structural basis for sequence-specific recognition of DNA by TAL
effectors
Cited by 51
4. Structure of a presenilin family intramembrane aspartate protease
X Li, S Dang, C Yan,... 阅读全帖 |
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k******0
发帖数: 1073 | 36 根据google scholar， CNS灌水大牛11g的文章应用率低得好像有些可怜，2009年的文
章还被引用不到50，即使2011，12的较新文章，引用率也很低。离国际大牛还远着。
1. [PDF] Serine/threonine phosphatases: mechanism through structure
Y Shi - Cell, 2009 - bio.ijs.si
Cited by 236
2. Structure and mechanism of an amino acid antiporter
…, L Zhou, S Dang, L Sun, X Li, J Wang, Y Shi - Science …, 2009 -
Cited by 84
3. Structural basis for sequence-specific recognition of DNA by TAL
effectors
Cited by 51
4. Structure of a presenilin family intramembrane aspartate protease
X ... 阅读全帖 |
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a*******a
发帖数: 4233 | 37 你要不要查查该基因的4-3, 27-3和k9-3?
从我们的数据来看, 好像dna methylation不是基因是否表达的决定性因素 |
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W***o
发帖数: 6519 | 39 cairns 有多牛？去年申请博后居然没给回复，md
Embryos |
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a********k
发帖数: 2273 | 40 小牛吧，做zebrafish的，我觉得比不上schier |
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t**l
发帖数: 109 | 43 现在生物医学界的大热点都是哪些，求讨论一下，激发灵感
1. IPS，一直都是焦点。
2. DNA methylation 加epigenetic , 这个月的cell的cover都是DNA甲基化修饰的主题
， epigenetic在cancer,stem cell, germ cell继续热。
3. CRISPR, 最新的那个rudolf jaenisch刚发的那个crispr KO paper,还有 zhang
feng, 感觉如果genome editing除了KI和inducible，会继续火下去。
4. sequencing: 更多的sequence 新方法，还有intron, promoter sequencing, levi
的TERT promoter是不是要引起一阵promoter and intron region sequencing的热潮？
5. 结构：这个就不多说了，那么多结构还没出来了。
6. signaling: hippo, mTOR,
还有就是以前hot过，现在还有点余热的话题
metabolism: IDH
Circadian rhythm： 最近也开... 阅读全帖 |
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w***z
发帖数: 1158 | 46 提取处理前后样品的DNA，PCR扩增相应片断后作的测序分析。没做过methylation方面
的研究。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 49 Except genomic impronting , DNA methylation
>triplet repeat, >Mosaicism, >mitochondrial
if LZ can overcome all above factors from XX and XY then let homo XY can
born offspring,
You will be God, on the opponent side, almost Nobel bio/medi chem are just
dust ..
https://www.inkling.com/read/elseviers-integrated-review-genetics-adkison-
2nd/chapter-3/nonmendelian-inheritance
chrorosome, |
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l**********1
发帖数: 5204 | 50 key words:
5fC; 5 caC; pre-mRNA splicing; Pol II; hetrochromatin or H4K20
cited from
Nat Struct Mol Biol. 19: 1061-4. (2012).
New functions for DNA modifications by TET-JBP.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23132381
>the ability of 5fC and 5caC to decrease the transcription elongation rate
of Pol >II may facilitate the interaction of Pol II with diverse
transcription elongation factors, chromatin regulators, histone-modifying
enzymes and factors involved in pre-mRNA splicing. Shukla et al.34... 阅读全帖 |
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