E**********t
发帖数: 56 | 1 Xuebiao Yao, Dasheng Li and Gang Pei recently wrote an essay to Nature
Review in MCB Which is entitled “In focus: molecular and cell biology
research in China”. Here is the link: http://www.nature.com/nrm/journal/v14/n9/full/nrm3638.html In this article, they discussed the past, present and future of molecular and cell biology research in China. One part which interested me is the key MCB discoveries in China. Although most of the work are nice and likely solid work, few of them are breakthrough... 阅读全帖 |
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H*****e
发帖数: 120 | 2 Hi experts:
I want to explore epigenome direction with some fund left in my budget.
After talking with BGI about epigenome sequencing, I prefer to start with
DNA methylation. CHIP would be too technique for us as a fresh hand. BGI
provides a low cost one called RRBS. The price is very attractive. However,
I worry for the future publication and grant application using these data.
In practice, RRBS is what we can handle because we are not able to handle
the gene desert. On paper, we try to cover... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 3 John Hopkins 的研究人员发现，过多的使用灭菌剂，会导致小孩容易发生过敏。
Antibacterials in Personal-Care Products Linked to Allergy Risk in Children
Exposure to common antibacterial chemicals and preservatives found in soap,
toothpaste, mouthwash and other personal-care products may make children
more prone to a wide range of food and environmental allergies, according to
new research from Johns Hopkins Children’s Center.
Results of the NIH-funded study are published online ahead of print June 18
in the Journal of Allergy an... 阅读全帖 |
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b*******0
发帖数: 125 | 4 想做甲基化的问题，
细胞是 6孔板培养的，估计有1X106细胞，而Kit说适应于10 - 105 cells。并且For
optimal results, the cell number should be from 1 x 103 - 8 x 104 cells。 如
何看来此KIT 不适用于6孔板培养的细胞? 因为细胞太多，bisulfite conversion 不
充分？ 有木有童鞋 有经验？ |
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b******y
发帖数: 627 | 6 which protein(s) methylate your protein? can you co-transfect those proteins
with yours? |
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a****k
发帖数: 1130 | 7 要我说，三个蛋白dual也用不到，直接三个不同的virus加进去就行。但问题是，能保
证只要有了dPRMT5 和 dMEP50，那个蛋白就会被methylated吗
dMEP50 |
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l*******r
发帖数: 39279 | 8 陈路1998年博士毕业，2000年就发了nature, 神速啊，后面几年postdoc就基本没发啥好
文章了
其人运气也确实好
Stargazin differentially controls the trafficking of alpha-amino-3-hydroxyl-
5-methyl-4-isoxazolepropionate and kainate receptors.
Chen L, El-Husseini A, Tomita S, Bredt DS, Nicoll RA.
Mol Pharmacol. 2003 Sep;64(3):703-6.
Functional studies and distribution define a family of transmembrane AMPA re
ceptor regulatory proteins.
Tomita S, Chen L, Kawasaki Y, Petralia RS, Wenthold RJ, Nicoll RA, Bredt DS.
J Cell Biol. 2003 May 26;161(4):... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 9 这个不同的修饰蛮好玩的，pacbio当年对methylated A测得很好，但是对不同modified
的cytosine要靠DNA修饰处理才能很好的测定。nanopore测modified cytosine估计不会
比pacbio容易，如果用有一些修饰处理的手段应该会有不错的结果 |
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z*t
发帖数: 863 | 10 这个不同的修饰蛮好玩的，pacbio当年对methylated A测得很好，但是对不同modified
的cytosine要靠DNA修饰处理才能很好的测定。nanopore测modified cytosine估计不会
比pacbio容易，如果用有一些修饰处理的手段应该会有不错的结果 |
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q**w
发帖数: 782 | 11 http://blog.sciencenet.cn/blog-404304-740945.html
南京大学的张辰宇教授是国内生命科学领域少有的、有自己独创概念的学者，其主要
的工作都集中在miRNA方面。关于miRNA的介绍很多，这里不做科普。10年的时候，张教
授课题组发表了两篇看起来没有什么关联的论文：
1. Identification and characterization of microRNAs in raw milk during
different periods of lactation, commercial fluid, and powdered milk products.
2. Secreted monocytic miR-150 enhances targeted endothelial cell migration.
这两篇文章都挺有意思，第一篇发在Cell Research上，讲的是从牛奶，不管是哺乳
期、商业化的牛奶，或者是奶粉里，都是可以鉴定出miRNA。第二篇发在Molecular
Cell上，讲的是miRNA能够被microvesicl... 阅读全帖 |
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M********r
发帖数: 142 | 12 先别说这些无关紧要的了
说说他文中提的都有依据吗？
NBT文章miRNA测序，没有考虑3‘端有2′-O-methyl的修饰，在水稻也只测出1000
reads 是硬伤咩？
NBT的qPCR内参选 得不好，是真的吗？ |
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U**8
发帖数: 1921 | 13 懂植物的来说说，如果下边这段是真的，Monsanto水平是不咋地。
第一，这篇文章的测
序方法是有问题的。植物的miRNA跟动物不大一样，一般3‘端有2′-O-methyl的修饰，
会降低连接的效率，所以做植物miRNA测序，一般要先氧化一下，不然测出来的序不靠
谱。你看，这篇文章即使直接测大米，也就测出1000多个读段，这怎么可能哩？搞植物
的请站出来说句话，您测个水稻的miRNA组就只能测出个1000个读段？最起码也是百万
以上啊。另外，搞植物的人有结果的，测大米的miR156和miR168怎么测都在10000RPM以
上，你总共测出1000个读段，估计是不知道植物的miRNA跟动物的不一样，这个可以理
解，做学问嘛，你不懂我可以教你。OK，这部分的意思就是，孟山都的方法不靠谱；第
二，你说你RT-PCR验证不出来血清里存在植物的miRNA，这是因为你选的内参不合适，
你弄一个表达超高的线虫miRNA做内参，这啥看不见啊。内参要选合适的。得，RT-PCR
技术不过关啊(很纳闷哦，RT-PCR有这么难吗？)；第三，你都说LDL水平会下降了，你
恐怕得做更多的实验，来表明LDL水平的下... 阅读全帖 |
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b**********D
发帖数: 145 | 14 "这篇文章的测序方法是有问题的。植物的miRNA跟动物不大一样，一般3‘端有2′-O-
methyl的修饰，会降低连接的效率，所以做植物miRNA测序，一般要先氧化一下，不然
测出来的序不靠谱" |
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b**********D
发帖数: 145 | 15 "这篇文章的测序方法是有问题的。植物的miRNA跟动物不大一样，一般3‘端有2′-O-
methyl的修饰，会降低连接的效率，所以做植物miRNA测序，一般要先氧化一下，不然
测出来的序不靠谱" |
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m******g
发帖数: 467 | 16 楼主我最近申请了统计学双学位硕士（终于下定决心这么做了，开心！）
因为上周忙申请，所以基本没有更新。
Nature 13.11.21
推荐：
1. DNMT1-interacting RNAs block gene-specific DNA methylation
基因表达调节甲基化程度，对具体机制也有研究。
稍微了解一下：
1.Group size determines cultural complexity (引文)
正文：Experimental evidence for the influence of group size on cultural
complexity
实验室内的人的行为学研究，分为2，4， 8， 16人／组，完成简单和复杂的电脑任务
并判定完成的复杂度。
如果群体太小，复杂任务的质量会下降
（感觉做的很有意思，虽然结果是非常as expected.）
有趣的小知识：
1. Biology tool uncloaks folk-tale evolution
用进化树的方法研究童话的起源
2. Fish babies bigger in toxic water... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 17 基本上就是题目+bulletin point的形式吧，不要纠结我对paper的品味，呵呵。新年快
乐！
PNAS 13.12.03
推荐：
1. Reintroducing domesticated wild mice to sociality induces adaptive
transgenerational effects on MUP expression
promiscuous / monogamous-line
higher MUP (pheromone) expression in pros-line
Male become more attractive
Difference in Mup promoter methylation level
2. High-throughput DNA sequencing errors are reduced by orders of magnitude
using circle sequencing
Previously ~0.1-1x10^-2
Unique library preparation strategy
Copie... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 18 楼主我最近申请了统计学双学位硕士（终于下定决心这么做了，开心！）
因为上周忙申请，所以基本没有更新。
Nature 13.11.21
推荐：
1. DNMT1-interacting RNAs block gene-specific DNA methylation
基因表达调节甲基化程度，对具体机制也有研究。
稍微了解一下：
1.Group size determines cultural complexity (引文)
正文：Experimental evidence for the influence of group size on cultural
complexity
实验室内的人的行为学研究，分为2，4， 8， 16人／组，完成简单和复杂的电脑任务
并判定完成的复杂度。
如果群体太小，复杂任务的质量会下降
（感觉做的很有意思，虽然结果是非常as expected.）
有趣的小知识：
1. Biology tool uncloaks folk-tale evolution
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2. Fish babies bigger in toxic water... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 19 基本上就是题目+bulletin point的形式吧，不要纠结我对paper的品味，呵呵。新年快
乐！
PNAS 13.12.03
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1. Reintroducing domesticated wild mice to sociality induces adaptive
transgenerational effects on MUP expression
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2. High-throughput DNA sequencing errors are reduced by orders of magnitude
using circle sequencing
Previously ~0.1-1x10^-2
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m******g
发帖数: 467 | 20 Science 14.03.14
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m******g
发帖数: 467 | 21 Science 14.05.02
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m******g
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2. To and from the Horn of Africa
Humans were moving back to the Horn of Africa as early as 23,000 years ago
before the advent of agriculture
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diploid pluripotent stem cells
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methylation sequencing
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m******g
发帖数: 467 | 24 Nature 14.06.26
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m******g
发帖数: 467 | 25 Nature 14.07.10
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l******u
发帖数: 936 | 26 http://investor.illumina.com/phoenix.zhtml?c=121127&p=irol-news
Illumina’s MiSeqDxTM Receives FDA Premarket Clearance with Two Cystic
Fibrosis Assays and Universal Kit for Open Use
Premarket Clearance is an Industry First for a Next-Generation Sequencing
System
SAN DIEGO--(BUSINESS WIRE)--Nov. 19, 2013-- Illumina, Inc. (NASDAQ:ILMN)
today announced that it received premarket clearance from the U.S. Food and
Drug Administration (FDA) for the MiSeqDx system, the first high-throughput
DNA sequencin... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 67 | 27 DNA Methylation Analysis by Bisulfite Conversion, Cloning, and Sequencing of
Individual Clones
PMID: 18987815
c*****[email protected]
Thanks very much for you kindly help. |
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W***o
发帖数: 6519 | 28 and most of them will be worthless in a year or two, biotech stocks are as
volatile as methyl chloride, if not worse |
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d****h
发帖数: 46 | 29 For rat neuron
GABRA1: (Neuron. 1989 Dec;3(6):745-53.A novel alpha subunit in rat brain
GABAA receptors.Khrestchatisky M, MacLennan AJ, Chiang MY, Xu WT, Jackson MB
, Brecha N, Sternini C, Olsen RW, Tobin AJ.)
GABBR2:similar to GABRA1, highly neuron-specific
MAP2:(A Harada, J Teng, Y Takei, K Oguchi, N Hirokawa
MAP2 is required for dendrite elongation, PKA anchoring in dendrites, and
proper PKA signal transduction J Cell Biol, 158 (2002), pp. 541–549)
Tuj1: (J Neurobiol. 1995 May;27(1):26-43.Div... 阅读全帖 |
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y***k
发帖数: 40 | 30 终于有人忍不住下手了，可是到哪里找业务去喂饱这个巨兽呢
=================================================
SAN DIEGO & SHANGHAI--(BUSINESS WIRE)--Mar. 10, 2014-- Illumina, Inc. (
NASDAQ:ILMN) and WuXi PharmaTech (Cayman) Inc. (NYSE:WX), a leading
pharmaceutical, biotechnology, and medical device R&D outsourcing company
with operations in China and the United States, today announced that the
WuXi Genome Center has purchased an Illumina HiSeq X Ten sequencing system.
This new investment will enable WuXi’s clinical genomic ser... 阅读全帖 |
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g*****n
发帖数: 250 | 31 小姑娘太嫩。用酸来呼悠，那不灵。醋大伙都知道。一听就不高深。她要是用复杂的化
合物名字，象什么，methyl--, benzen--, VC82927. 这篇文章还能多活几年。 |
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R****n
发帖数: 708 | 32 >90% TCGA normal controls are solid normal tissues. Blood might be used for
germline DNA analysis,and other analysis should stick to normal tissues due
to the organ specific distribution of mRNA,miR, methylation, etc..... |
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j****n
发帖数: 3370 | 33 Quick change? Your template must be digested by DpnI before transformation.
In addition, make sure that you template is methylated.
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.6 |
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n******7
发帖数: 12463 | 34 对这个领域刚接触，近未来最主流技术的应该是bisulfite sequencing吧
我感觉这个就是bisulfite treatment + NGS
其可能的问题应该都跟bisulfite treatment有关，比如转化不完全之类
还有什么需要注意的吗？
另外，其他一些技术值得关注吗？比如基于mass spectrometry的 （SEQUENOM
EpiTYPER）？
谢谢 |
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m***T
发帖数: 11058 | 35 嗯，最近好几个客户问bisulfite sequencing的问题，好像这个领域开始升温了
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.6 |
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s******s
发帖数: 13035 | 36 你要single nt level的就这样了，否则其他方法很多 |
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b****r
发帖数: 17995 | 39 我觉得这么说更合适：提高免疫力对于 预 防 Kaposi's sarcoma, non-Hodgkin's
肿瘤发生后的治疗和预防发病可能机制完全不一样
比如补充叶酸，有一些证据表明，没有得肿瘤的时候补充叶酸可以降低肿瘤发病率，但
是得了肿瘤后补充叶酸，患者死得更快。甲氨喋呤之所以可以作为抗癌药就是使用它模
拟叶酸但不具有methyl donor功能
15-
nonmelanoma |
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l****5
发帖数: 2968 | 40 下面很多papers，没有学校账户查不到了。请大家帮忙查一下吧。请发greenfast2013@
gmail.com
包子不多，不过由于文章很多，所以会发包子以表感谢的。万分感谢啊！
1) Effects of high electric field pulses on enzymes
2) Neuropharmacological investigations on muscimol, a psychotropic drug
extracted from Amanita muscaria
3) Extraction of BaChu mushroom polysaccharides and preparation of a
compound beverage
4) The effect of the high pressure homogenisation on the activity and
stability of a commercial neutral protease from Bacillus subtilis
5) Isolation o... 阅读全帖 |
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r******k
发帖数: 446 | 41 就跟histone methylation， we need time to accumulate. |
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f*********g
发帖数: 958 | 42 1. DNA Methylation in Mammals
En Li, and Yi Zhang
Cold Spring Harb Perspect Biol doi:10.1101/cshperspect.a019133 |
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r*****m
发帖数: 3619 | 43 如果科技经费的决策者们连判断课题的基本素养都没有，这个国家是永远不会得诺奖的。
肯定有奖的：
生物大分子单分子动态监控
微克纳克级别矩阵蛋白结晶方法学
高通量大分子相互作用的系统理论，还原论，研究方法学和计算
重大疾病的化学治愈或者生物医药治愈（治疗不算，要治愈）
TB
HIV
Malaria
重大疾病的分子机制发现
Alzheimer
Type 2 diabetes
Homosexual
重大化学生物医药类概念的原创突破
ADC
Honjo （PD1）， Gallo （IL2），Charles Weissman （IFN）
纳米机器人的医学工程突破
肯定没奖的：
单个晶体结构功能，尤其是不需要结构就能回答生物学问题的晶体
单个信号传导，尤其是在一个细胞系内做 p53 的
凋亡 （发完了）
EMT （伪科学）
肿瘤转移 （伪科学）
肿瘤个体化治疗 （伪科学）
epigenetics （发完了，DNA methylation 可能还能发一个 ）
多家公司研发的抗体，比如PDL1，有三个公司做出来上市 |
|
t******k
发帖数: 599 | 44 epigenetics （发完了，DNA methylation 可能还能发一个 ）
表观啥时候发完了？都没咋发吧 |
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K**4
发帖数: 1015 | 45 DNA methylation有一点点可能
Crispr系统应该可以得奖的
大分子的计算就是一个joke，eye candy而已
的。 |
|
r*****m
发帖数: 3619 | 46 如果科技经费的决策者们连判断课题的基本素养都没有，这个国家是永远不会得诺奖的。
肯定有奖的：
生物大分子单分子动态监控
微克纳克级别矩阵蛋白结晶方法学
高通量大分子相互作用的系统理论，还原论，研究方法学和计算
重大疾病的化学治愈或者生物医药治愈（治疗不算，要治愈）
TB
HIV
Malaria
重大疾病的分子机制发现
Alzheimer
Type 2 diabetes
Homosexual
重大化学生物医药类概念的原创突破
ADC
Honjo （PD1）， Gallo （IL2），Charles Weissman （IFN）
纳米机器人的医学工程突破
肯定没奖的：
单个晶体结构功能，尤其是不需要结构就能回答生物学问题的晶体
单个信号传导，尤其是在一个细胞系内做 p53 的
凋亡 （发完了）
EMT （伪科学）
肿瘤转移 （伪科学）
肿瘤个体化治疗 （伪科学）
epigenetics （发完了，DNA methylation 可能还能发一个 ）
多家公司研发的抗体，比如PDL1，有三个公司做出来上市 |
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t******k
发帖数: 599 | 47 epigenetics （发完了，DNA methylation 可能还能发一个 ）
表观啥时候发完了？都没咋发吧 |
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K**4
发帖数: 1015 | 48 DNA methylation有一点点可能
Crispr系统应该可以得奖的
大分子的计算就是一个joke，eye candy而已
的。 |
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i****g
发帖数: 3896 | 49 发现很有意思，研究甲基化的说说？
http://news.sciencenet.cn//htmlpaper/201472514254317334088.shtm
世界首个人类早期胚胎DNA甲基化全景图谱问世
7月23日， 北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬研究组和北京大学第三
医院乔杰研究组合作在国际知名期刊《自然》上在线发表题为“The DNA methylation
landscapes of human early embryos”的文章，利用该团队去年在《基因组研究》上
发表的单细胞DNA甲基化组高通量测序方法（Genome Res. 2013 Dec;23(12):2126-35.
），在国际上首次实现了对人类早期胚胎发育过程中DNA甲基化组的系统研究，揭示了
人类早期胚胎DNA去甲基化过程的异质性和其他独特特点。
DNA甲基化在基因表达调控、基因印记的维持、X染色体失活状态的维持、以及抑制转座
子重复序列的转座等方面都有非常重要的作用。而哺乳动物的胚胎发育起始于单个受精
卵细胞，父母的表观遗传记忆信息（主要是DNA甲基化）需要在精子和卵细胞结合后被
擦除，只保留... 阅读全帖 |
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n********b
发帖数: 27 | 50 A Genomics Center/Lab is seeking 1 qualified highly motivated bioinformatics
candidate in the field of bioinformatics, computational biology and/or
genomics. The position is open immediately upon a qualified candidate is
identified. The position requires a diverse range of expertise in data
mining, machine learning, statistics, biological database manipulation and
biology. The successful candidates must have a MS or a PhD degree or
equivalent experience in bioinformatics, computational biology,
... 阅读全帖 |
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