l********e
发帖数: 415 | 1 从这个意义上说，是的，RNA-seq 可以作为ground truth.
当然比较抠门的人还会说RNA-seq signal不等于transcriptionally active ... 措辞
注意一下就行了
: 补充一下问题，比如在图片识别领域，大部分情况下，人工识别的结果就可以当
成一个
: ground truth的数据，各种prediction，就可以拿人工识别的结果测准确率。在
: epigenetic领域，比如基因表达，histone modification，promoter enhancer
都不能
: 被当成这种ground truth，是不是RNA-seq的结果可以被当成ground truth？
: 作为ground truth的结果，还不能太少，纯实验的结果样本太少，所以我现在才
很疑惑
: 这个问题。不然用一个不可靠的东西预测另一个不可靠的东西，这不太靠谱
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发帖数: 1 | 2 Genomics PhD ，干湿背景均有，有ChIP-seq (transcription factor, histone), NGS
based DNA methylation, cancer epigenetics, RNA-seq, Exome, Whole genome
sequencing analysis的经历和相关文章，保证一周内回复稿件，各位有什么相关领域
审稿的求发稿啊。 谢啦！ |
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c****d
发帖数: 681 | 3 听说celgene的epigenetics做得不错 |
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J****S
发帖数: 15 | 4 Pls contact: d******[email protected]
We are looking for ‘Drug Hunters’ with demonstrated accomplishments in
contributing to major milestones in drug discovery. The successful
candidates will lead or work with multi-disciplinary teams and have
responsibility for Ph.D. scientists and scientific associates optimizing
molecules toward oncology drug candidates. We are seeking highly motivated
and accomplished Group Leaders, Senior investigators and Investigators with
true passion for innovative drug di... 阅读全帖 |
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J****S
发帖数: 15 | 5 Pls contact: d******[email protected]
We are looking for ‘Drug Hunters’ with demonstrated accomplishments in
contributing to major milestones in drug discovery. The successful
candidates will lead or work with multi-disciplinary teams and have
responsibility for Ph.D. scientists and scientific associates optimizing
molecules toward oncology drug candidates. We are seeking highly motivated
and accomplished Group Leaders, Senior investigators and Investigators with
true passion for innovative drug di... 阅读全帖 |
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t**l
发帖数: 109 | 6 还有就是你想研究epigenetic的哪个角度。
有的LAB就是从基础的yeast做起，或者用cell line，用化学，生化，遗传的方法解释
一个新epigenetic的机制。
有的LAB是利用已经建立好的epigenetic model，找disease phenotype. 这种LAB都不
是纯epigenetic的lab,但是他们的paper都是CNS，做一些有关epigenetic 的KO mouse,
找一个新的phenotype去解释，癌症，免疫，神经领域的关键问题，往往发在CNS,
nature medicine, cancer cell, cell stem cell,nature immunology这种高级子刊，
相反那种纯epigenetic的lab的paper,好的当然是CNS，不错的paper只能进mol cell.因
为没有和疾病联系在一起。
还有的LAB是做epigenetic结构的，从结构角度做起解释机理，我觉得这种方法比用遗
传手段要好。比如dinshaw patel
有的是做新方法的，比如现在最火的chuan he,刚HHMI,那就是化学出身成功转... 阅读全帖 |
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e******n
发帖数: 2 | 7 招聘行政助理、生物信息研究助理和博士后
清华大学医学院干细胞及表观遗传研究室 (August, 2011)
本实验室主要研究表观遗传调控机制在干细胞多能性、动物生长发育和癌变中的作用。
课题组研究背景：
http://www.tsinghua.edu.cn/publish/med/3157/2010/20101215191338
拟招聘实验室行政助理、生物信息研究助理和博士后各1 名。待遇参照清华大学标准，
提供有竞争力的薪酬（具体视个人情况而定）。
一、实验室行政助理1名：
工作职责：
1、协助管理实验室的日常运转，包括试剂、耗材和仪器订购及报修，各类文档和数据
的管理和备案;
2、 处理相关办公室事宜，包括科研经费管理、年度报告和学生工作。
3、辅助完成简单的生物学实验 （optional）。
资格要求：
1、 本科以上学历，年龄不限；具有生物、生物信息、计算机背景者优先;
2、 有较好的计算机操作能力、中文写作和打字能力; 较好的英语水平；
3、 具有较好的管理能力，善于沟通和交流，具有团队合作精神;
4、 具有极强的责任心，工作主动积极，办事利落、... 阅读全帖 |
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B*****t
发帖数: 3012 | 8 这个作者半瓶子水晃荡。
拉马克主义的最大主张是获得性性状“永久性”的遗传。
虽然环境可能通过epigenetic的途径使生物性状改变，而部分epigenetic性状可以通过
母性影响等途径影响子代的性状表达，但是这些变化都是附加的，并没有改变基因组的
结构，而且也是临时的，一般只能持续到子代，或者若干代，但是无法持久的对整个种
群的基因组进行影响。当环境因素消失后，这种影响很快也会消失。从某种意义上来说
，epigenetic的性状无非就是同一基因型在不同环境下有不同表现型而已。
另外一点：epigenetic的调控因素本身也是其他基因控制的，所以在特定环境下出现特
定epigenetic调控也可以用达尔文主义的不定突变以及先期适应来解释。即使在表现上
似乎是拉马克主义，但是其本质并没有背离达尔文主义的主张。 |
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B*****t
发帖数: 3012 | 9 这一点上达尔文主义和拉马克主义的分歧就在于突变是否是定向的。现代分子生物学和
细胞生物学的结论压倒性的认为突变是不定向的。即使有epigenetic的作用使得某些突
变似乎看上去是定向的，但是本质来说，造成这种epigenetic作用的基因的突变没有任
何证据证明是定向的，所以说，无非就是某个不定向突变的结果导致了对环境的某种适
应性，表现为epigenetic的调节而已，这种调节的进化本身也受达尔文主义的约束。用
epigenetic来反对达尔文主义是没有意义的。 |
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i*****y
发帖数: 3449 | 10 男与男、女与女，为甚么会有同性恋，科学上迄今仍是谜。但有美国科学家最新以「表
观遗传学」（epigenetics）解释同性恋原因。表观遗传学主要研究环境如何改变基因
表现（gene expression），据指出，当胚胎在母体发育初期，能影响基因表现的「外
延标记」（epi-marks），会向与性别相关的基因发出指令，保护胎儿免受环境影响，
像避免胎儿免受过多睾丸素影响，这足以影响胎儿生殖器官发展、性取向和性别认同。
一般而言，外延标记不会遗传下一代，否则会以父传女、母传子的方式遗传下来，
令女儿较男性化、儿子较女性化，特别强势的外延标记就会导致同性恋倾向。但这理论
仍须研究确定。
http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121211083212.htm
Epigenetics May Be a Critical Factor Contributing to Homosexuality, Study
Suggests
Dec. 11, 2012 — Epigenetics -- how gene expression is regula... 阅读全帖 |
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h***u
发帖数: 90 | 11 Job description
The Laboratory of Dr. Housheng Hansen He at the Ontario Cancer Institute and
the University of Toronto is focused on elucidating the functional role of
epigenetic regulation in cancer development and progression, with a special
focus on interplay between epigenetic regulators and noncoding RNAs. The lab
is utilizing and developing cutting edge experimental and computational
methods based on next-generation sequencing. One computational and two
experimental postdoctoral-fellows wi... 阅读全帖 |
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h***u
发帖数: 90 | 12 Job description
The Laboratory of Dr. Housheng Hansen He at the Ontario Cancer Institute and
the University of Toronto is focused on elucidating the functional role of
epigenetic regulation in cancer development and progression, with a special
focus on interplay between epigenetic regulators and noncoding RNAs. The lab
is utilizing and developing cutting edge experimental and computational
methods based on next-generation sequencing. One computational and two
experimental postdoctoral-fellows wi... 阅读全帖 |
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C********2
发帖数: 435 | 13 其实，真正的科学是追求真相的。
比如PSYCHOLOGY，是科学吧？但是PSYCHOLOGY的病人是CASE BY CASE的。
还有epigenetics，现在很热的科学。 “epigenetics is the study of heritable
changes in gene activity that are not caused by changes in the DNA sequence;
it also can be used to describe the study of stable, long-term alterations
in the transcriptional potential of a cell that are not necessarily
heritable. Unlike simple genetics based on changes to the DNA sequence (the
genotype), the changes in gene expression or cellular phenotype of
epigenetic... 阅读全帖 |
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l*******i
发帖数: 153 | 14 iPS本身最大的创新可能是1）技术的简易化，使得其迅速普及；2）其本身机制的研究
促进了epigenetics等领域的发展。
reprogramming这个概念早就存在。就体细胞向ESC逆编程而言，SCNT应该比iPS更好，
可惜的是，到目前为止还无法在人的细胞上完全实现。
iPS细胞刚出来时，几乎所有人都对其临床应用充满了期待，随着研究的深入，该领域
内怀疑其clinical therapy价值的人渐渐增多，其主要弱点有：
1）iPS与ESC的identity：Yamanaka现在似乎仍然坚持iPS与ESC是非常相似的，但是他
本人也承认现在iPS还根本无法取代ESC;相反的一派认为iPS与ESC根本就是两种不同的
细胞，无论是在transcriptome水平，还是epigenetic水平——蛋白组水平的研究，我
只看到两篇文章，不知为啥这方面的研究到目前还少之又少。当然，就目前已有的ESC
株，不同实验室分离的，不同人种来源的，相互之间也有比较大的差别，甚至这种差别
影响到了其pluripotency/分化能力。我个人的看法是，ESC是一个动态变化的cell
population（... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 15 >ESC是一个动态变化的cell
population（或者说其heterogeneity非常大），即使subcloning以后，一个cell pool
里，各个细胞之间差别可能比我们想象的要大———无论是transcriptome水平，还是
epigenetic水平——但这一点，估计得靠singel cell analysis来验证的。
Sure
plus Monte Carlo Markov Chain Stochastic approch
pls refer
Hanna J et al. (2009)
Direct cell reprogramming is a stochastic process amenable to acceleration.
Nature. 462: 595-601.
link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19898493
or
Max Flöttmann et al. (2012)
A Stochastic Model of Epigenetic Dynamics in Somatic Cell R... 阅读全帖 |
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t**l
发帖数: 109 | 16 感觉现在是epigenetic 和stem cell的时代，cancer biology也在往cancer epigenome
和cancer stem cell的方向靠拢。其实tumor Immunology也挺新的，但是用的做的平
台还是比较的传统。 cancer现在做genome的也很多。Levi A. Garraway 就是现在做
sequencing挺火的一个。tyler jacks和joan massague 在经典的mouse model cancer
biology上还是很强大的，尤其tyler jacks已经像tumor immunology 方向开始了。
joan massague也来做TGFb,现在做metastasis,最近貌似也开始epigenetic了。感觉如
果在stem cell和epigenetic的大老板下面做出cancer的东西就更牛了。c david allis
刚发了一个关于cancer 的epigenetic paper. |
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n******7
发帖数: 12463 | 17 这是今天的一个新闻，Steve Horvath的研究我比较熟悉，之前还做过类似的领域。
这才叫原创的，临床相关的研究。不是随便扯个DL的名号就是。
顺便说个花边新闻，Steve之前读到一篇烂文，忘记是不是那个俄罗斯公司的了，也是
关于aging这块的生物信息分析。他想这块我专业啊，这种烂文是misleading，我得去
评论一下。于是就发了个comment，说这里面这里有问题，那里有问题。结果没多久，
居然收到一封那个公司寄来的律师信，威胁他必须撤销这个comment，哈哈哈
－－－
Life Insurer GWG Acquires Rights to Epigenetic Mortality Predictor Tech
May 05, 2017 | staff reporter
NEW YORK (GenomeWeb) – GWG Holdings, the parent company of life insurance
firm GWG Life, announced today that it has exclusively licensed technology
from... 阅读全帖 |
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w********h
发帖数: 12367 | 18 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: lingzhuzi (), 信区: Biology
标 题: Re: 2012年诺贝尔生物医学奖
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 8 15:55:54 2012, 美东)
iPS本身最大的创新可能是1）技术的简易化，使得其迅速普及；2）其本身机制的研究
促进了epigenetics等领域的发展。
reprogramming这个概念早就存在。就体细胞向ESC逆编程而言，SCNT应该比iPS更好，
可惜的是，到目前为止还无法在人的细胞上完全实现。
iPS细胞刚出来时，几乎所有人都对其临床应用充满了期待，随着研究的深入，该领域
内怀疑其clinical therapy价值的人渐渐增多，其主要弱点有：
1）iPS与ESC的identity：Yamanaka现在似乎仍然坚持iPS与ESC是非常相似的，但是他
本人也承认现在iPS还根本无法取代ESC;相反的一派认为iPS与ESC根本就是两种不同的
细胞，无论是在transcriptome水平，还是epigenetic水平——蛋白组水平的研究，我
只看到两篇文章，不知为啥... 阅读全帖 |
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m****s
发帖数: 18160 | 19 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: BachCello (cello), 信区: Biology
标 题: Postdoc positions in Weill Cornell medical college
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jul 29 16:32:52 2013, 美东)
Description
POSTDOCTORAL POSITION – Hematopoietic Stem Cell Biology
Weill Cornell Medical College, Cornell University, New York, NY
A postdoctoral position is available to investigate mechanisms controlling
hematopoietic stem cell (HSC) quiescence and how disruption of these
mechanisms contributes to the pathogenesis of hematopoietic m... 阅读全帖 |
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m****s
发帖数: 18160 | 20 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: mummy (老菜皮), 信区: Postdoc
标 题: postdoc position in NYC
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Sep 26 10:42:03 2013, 美东)
朋友招postdoc，帮他贴广告，有兴趣的可以申请， 如果贴错地方请帮忙转到正确的
地方，谢谢
Description
POSTDOCTORAL POSITION – Hematopoietic Stem Cell Biology
Weill Cornell Medical College, Cornell University, New York, NY
A postdoctoral position is available to investigate mechanisms controlling
hematopoietic stem cell (HSC) quiescence and how disruption of these
mechanisms contributes to the pathogenesis of ... 阅读全帖 |
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R*******d
发帖数: 13640 | 21 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: liujiatian (liujiatian), 信区: Biology
标 题: 2015年影响因子新出炉
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jun 18 23:51:32 2015, 美东)
Rank full journal title Total Cites IF
1 ca-a cancer journal for clinicians 18,594 115.84
2 new england journal of medicine 268,652 55.873
4 lancet 185,361 45.217
6 nature biotechnology 45,986 41.514
7 nature 617,363 41.456
12 nature materials 64,622 36.503
13 jama-journal of the american medical assoc... 阅读全帖 |
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t******g
发帖数: 17520 | 22 我转视频的意思就是简单的也是直观地去看 我无这个概念
没有想深究背后的运作方式等
我引进epigenome 这个概念也是想表达 --你说的“背后的机理”各方个面零零总总很
多很多，
不是几句话就能说清楚了的。不然你也不会丢本书给我们， 让我们去读了， 对吧？
至于epigenetics， 我觉得就是study gene背后是如何运作的
epigenetics 和 mutation 之间的关系是如何， 我也不知道
不过
Specific epigenetic processes include paramutation
-wiki
天人合一，我会去学习一下
physi
chang
term |
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S**********e
发帖数: 1789 | 23 看了这个教授的主页，竟然公布了自己review的文章，题目，杂志名称都有，是不是违反职业道德呢？
Editorial Activities
Journal Peer Reviewer
2009 International Journal of Cancer. (Article) E-cadgerin
transcriptional down-regulation by epigenetic and microRNA-200 family
alterations is related to mesenchymal and drug-resistant phenotypes in human
breast cancer cells, IJC-09-1835.
2009 Molecular Cancer Therapeutics. (Article) Role of reactive oxygen
species in the ability of H-Ras to enhance cell death induced by histone
deacetylase inhibit... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 24 他现在怎么不追epigenetics?
要我说现在structral biology其实对epigenetics更有指导意义哈，比如emory的
Xiaodong Cheng，从结构里推测DNMT3L可能得结合H3K9me3，并形成DNMT scaffold，相
当有指导性，还有不能不提的Dinsaw Partel对RNAi相关蛋白的结构和一系列Histone相
关的结构，对目前epigenetics很有帮助哈 |
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c********r
发帖数: 1125 | 25
no...some big shot in epigenetics field...
不过epigenetics我觉得有点特殊，竞争太激烈，周期快有时候就是纯拼纯化速度。。
体内功能反正不做的，所以back－to-back很多，被其他人screw或者screw其他人很常
见。有点像结构，晚发表的就彻底完蛋了。。。
做in vivo或者发育遗传的实验室重合的比例比较低，即使同样突变体同样系统也可能
表型不同。。。
反正我见到的同样两个实验室，做in vivo一样结果的接受时间差半年甚至一年基本文
章接受不受太大影响，
做epigenetics的很多就是晚了2个月就从nature变pnas甚至cell research了。。。。
故事都一样。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 26 Sure
plus
04.Jan.12
Postdoctoral position in Plant Epigenetics
The laboratory "Génétique, reproduction et développement" (GReD, CNRS/
Université Clermont Ferrand 1 et 2) is looking for two postdoctoral
researchers to study the molecular bases of epigenetic gene silencing as
part of a project funded by the European Research Council (ERC). The
successful applicants will join a young research group and research projects
aimed at getting a better understanding of the molecular mechanisms
governing D... 阅读全帖 |
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s*********t
发帖数: 600 | 27 optogenetics真是热门啊。张毅也要做这个了，是否epigenetics做到头了，要进入新
领域了。他要搬去哈佛。
http://www.med.unc.edu/~zhangyi/workwithus.htm
The lab is interested in understanding the epigenetic mechanism of brain
reward-related learning and memory and is planning to use optogenetic and
other tools to systematically map the relevant neural circuit and to
understand the epigenetic mechanism underlying normal reward-related
learning and memory process as well as drug addiction. Previous experiences
with the brain reward system a... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 28 Plus him:
Professor Qian (Q=Ch) received his B.A. in Astrophysics from Peking
University in China in 1982, and his Ph.D. in Biochemistry and Biophysics
from Washington University School of Medicine in St. Louis in 1989.
His current research areas are computaional systems biology at the cellular
level, molecular biophysics, and mathematical biology. These include large-
scale metabolic networks, protein interaction networks and signal
transduction modeling, protein thermodynamics and folding, and... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 29 NGS illumina or ION miRNAi high-thoughtout screening on epigenetic plant on
the mitotic propagation of epigenetic states.
please refer:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21399627
from
//meetings.cshl.edu/meetings/symp12.shtml
one key speaker:
//www.unige.ch/sciences/biologie/plantsciences/grpaszkowski/Paszkowski_lab/
Research.html
his web page:
Our research focuses on the transgenerational inheritance of epigenetic
information in plants and on the molecular mechanisms involved in this
process. In ot... 阅读全帖 |
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a*******a
发帖数: 4233 | 30 cancer biology往epigenetic转很容易
epigenetic往cancer biology靠很难..
纯epigenetic小实验室不好混..
epigenome
cancer
allis |
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t**l
发帖数: 109 | 31 epigenetic是什么时候开始火的。以前可能真是没在意。现在到了3D genome的时代，
不关注都不行。
我感觉epigenetic最难的一点就是用传统的genetic方法不好做出容易解释的结果，
epigenetic里面的蛋白作用范围太广了，而且都有多个功能，knockout一个基因，然后
分析表型感觉不是很靠谱。genowide 的study感觉又不是很直接了当，raw data没有
computational的基础，自己根本看不懂。还一个手段就是做结构，我感觉挺靠谱，但
必须有合作者。 |
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c********r
发帖数: 1125 | 32
去过其中2个，第三个有一个有朋友在。
IMP 奥地利最牛得所之一，跟IMBA关系紧密，seminar请的人的水平巨高。研究方向基
本是细胞／结构；神经和计算／基因组3大块，但是事实上做什么的都有。这几年大牛
走了好几个（kim nasmyth去了oxford,erwin wagner去了马德里,还有去马普当所长的
，另外还有去HHMI-janelia farm的）。年轻化了很多，但是新老板有些postdoc做的不
错，独立以后比较水。。。senior的老板都是很牛的。
IMBA 这几年主要招年轻人，老人主要做疾病和epigenetics，新人偏重epigenetics方
向。做果蝇很好的地方。
FMI基本三大块，epigenetics,神经和肿瘤（细胞，生化。。），年轻人为主，实力很
强，诺华是后台么。
EMBL这几年略衰落，牛老板越来越少，年轻PI水平有点参差，genomics,chemical
biology还不错，好处是学术气氛很好，会议和workshop全年不断，城市也很漂亮，物
价在德国有点高，但是还能接受。缺点是地方有点偏僻，在一大片林子里面。。。
实验环境我觉得EMBL... 阅读全帖 |
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l********n
发帖数: 260 | 33 Rank full journal title Total Cites IF
1 ca-a cancer journal for clinicians 18,594 115.84
2 new england journal of medicine 268,652 55.873
4 lancet 185,361 45.217
6 nature biotechnology 45,986 41.514
7 nature 617,363 41.456
12 nature materials 64,622 36.503
13 jama-journal of the american medical association 126,479 35.289
14 nature reviews immunology 28,938 34.985
15 nature nanotechnology 34,387 34.048
16 ... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 34 在我的感觉里，细胞更多的会变成一个测试工具而不是研究对象。今后几年的重点，和
细胞生物沾边的，大概就是细胞在体外的诱导分化，病人身上分离出来的原代细胞的培
养，以及体外器官重构这几个方向。但是这些其实都是生物工程的人做的事情，经典生
物学家做这些事情有些力不从心。
当然，这些东西都是风水轮流转的，代谢学以前也沉默了十来年，前几年开始又红火了
。Epigenetics 也沉静了很久，这两年突然又大红大紫了。前面有人说NAR 这个杂志的
引用因子在多年走低之后现在突然升了，其实这个主要是得益于Epigenetics的重新走
红。
要说下一个，我觉得下一个该重新红火的应该就是生化了。主要是目前大红的代谢学和
Epigenetics，里面有很多问题必须用生化才能解决。当然解决那些问题需要在生化里
发展新的方法学，并不是完全的传统生化。
而细胞生物学，在人们把那些测序的东西大概弄得差不多了，会转过头来再关注这个问
题的，但那个估计要１０年之后了。 |
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l****y
发帖数: 486 | 35 我谈一下我的看法：
要看一个 target/pathway/process/field 对癌症(或者任何其他一种疾病）是不是重
要，可以看两点最直接了到的：
1. 它里面的core component在这个疾病是不是有大量的突变。
2. 直接针对它的药是不是能把病治好。
Cancer immunology的热完全就是靠第二点。其实直接调控免疫的基因在癌症里突变很
少，但人家的药就是管用，不服都不行。
而cancer epigenetics的热主要是因为第一点，因为大家发现有很多epigenetic
regulator, such as histone modifiers, chromatin remodelers 甚至histone自己（
这就好比哪天大家发现actin在癌症里也有大量突变一样）在癌症里有大量突变。从这
个角度讲，它绝对不是fine tune cancer,它是major driver.另外，直接针对
epigenetics的药也有promising的。 |
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l****y
发帖数: 486 | 36 我谈一下我的看法：
要看一个 target/pathway/process/field 对癌症(或者任何其他一种疾病）是不是重
要，可以看两点最直接了到的：
1. 它里面的core component在这个疾病是不是有大量的突变。
2. 直接针对它的药是不是能把病治好。
Cancer immunology的热完全就是靠第二点。其实直接调控免疫的基因在癌症里突变很
少，但人家的药就是管用，不服都不行。
而cancer epigenetics的热主要是因为第一点，因为大家发现有很多epigenetic
regulator, such as histone modifiers, chromatin remodelers 甚至histone自己（
这就好比哪天大家发现actin在癌症里也有大量突变一样）在癌症里有大量突变。从这
个角度讲，它绝对不是fine tune cancer,它是major driver.另外，直接针对
epigenetics的药也有promising的。 |
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m*****e
发帖数: 129 | 37 Rank Full Journal Title Total Cites Journal Impact Factor
1 CA-A CANCER JOURNAL FOR CLINICIANS 20,488 131.723
2 NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICINE 283,525 59.558
3 NATURE REVIEWS DRUG DISCOVERY 25,460 47.12
4 LANCET 195,553 44.002
5 NATURE BIOTECHNOLOGY 48,650 43.113
6 NATURE REVIEWS IMMUNOLOGY 31,545 39.416
7 NATURE MATERIALS 72,306 38.891
8 NATURE REVIEWS MOLECULAR CELL BIOLOGY 36,784 38.602
9 NATURE 627,846 ... 阅读全帖 |
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a****c
发帖数: 339 | 38 打酱油的试图理解一下双方的论点。
转录因子的模型比较自然：首先胚胎发育早期的转录因子梯度造成极性，继而引起下游
转录因子的不同，通过层层分化，最终形成完全不同的转录因子recipe,对应不同的组
织。这个过程中，转录因子是有等级分别的，master regulators只能是少数，99%的转
录因子当然不能独立决定命运。
epigenetics的弱点在于没有转录因子的“颗粒"性，所有的变化都是全基因组发生的，
就好像一团泥巴从一种无法描述的形状变到另外一种无法描述的形状，很多地方都变了
，但很难用自然语言去解释在全局上究竟发生了什么，无法用清晰的逻辑去描述变化的
方向性。话说回来，这是人类思维的局限，不代表epigenetics就不是最重要的驱动力。
这场辩论主要还是epigenetics field自己有oversell的黑历史，场外观众们早已反感,
想要表达一下长久以来的愤怒。但重要性毕竟无法定义，辩论最后阶段就变成小孩吵架
了。
cell |
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Z******5
发帖数: 435 | 39 国内小地方做ap有段时间了，研究方向一直没有怎么确定，现在实验室主要做的方向是
蛋白修饰和信号通路，和以前phd期间做的transcription and epigenetic regulation
不太一样，很多东西做起来不太熟悉也很辛苦，都是东搞搞西搞搞，发两篇小破文章。
再这样下去就废掉了。
最近和老板商量了一下，觉得还是在自己比较熟悉的领域DNA epigenetic或者RNA
epigenetic上多下一些功夫，深挖一下。但觉得这两个领域传统研究的方法都已经比较
成熟了。感觉3D genome是一个比较新起的领域，现在跳进去应该还不算晚。就是不太
确定整个大方向是个真坑还是假坑？希望别跳到假坑里，欢迎有经验的大神指点一下。 |
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t*******r
发帖数: 364 | 40 【 以下文字转载自 sysop 讨论区 】
发信人: tlexander (Bird), 信区: sysop
标 题: [申请] 开设遗传学与表观遗传学版块
关键字: 表观遗传学板
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 30 13:33:58 2018, 美东)
[申请ID]:
Tlexander
[英文版名]:
EpiGenetic
[中文版名]:
遗传学与表观遗传学版块
[所属讨论区]:
学术学科
[申请理由]:
本人热情向站长申请开设 [遗传学与表观遗传学版块(EpiGenetic)] 下设在 [11. 学术
学科之下]。 人类社会发展到今天遗传学与表观遗传学已经到了蓬勃发展并接近马上要
爆发的时代。23andme,张锋的CRSP技术等都已经引起了全社会的广泛关注。来美华人中
我相信有接近一半的科研工作者都隶属于这个大的门类，特别是表观遗传学已经形成了
独立的一派，在过去几年里表观遗传学在诺贝尔奖中独领风骚。各种ncRNA，组蛋白修
饰及甲基化生物标记物已经形成的广泛的学术及临床价值。因此，我特申请开设 [遗传
学与表观遗传学版块(EpiGenetic)]。此外华人学... 阅读全帖 |
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t*******r
发帖数: 364 | 41 [申请ID]:
Tlexander
[英文版名]:
EpiGenetic
[中文版名]:
遗传学与表观遗传学版块
[所属讨论区]:
学术学科
[申请理由]:
本人热情向站长申请开设 [遗传学与表观遗传学版块(EpiGenetic)] 下设在 [11. 学术
学科之下]。 人类社会发展到今天遗传学与表观遗传学已经到了蓬勃发展并接近马上要
爆发的时代。23andme,张锋的CRSP技术等都已经引起了全社会的广泛关注。来美华人中
我相信有接近一半的科研工作者都隶属于这个大的门类，特别是表观遗传学已经形成了
独立的一派，在过去几年里表观遗传学在诺贝尔奖中独领风骚。各种ncRNA，组蛋白修
饰及甲基化生物标记物已经形成的广泛的学术及临床价值。因此，我特申请开设 [遗传
学与表观遗传学版块(EpiGenetic)]。此外华人学者在这个领域有不少的贡献，可以通
过本版的讨论团结华人科研工作者，为华人科研工作者争取更多的利益。
[版规草案]:
1．鼓励原创，发表自己的对表观遗传学领域的进展及未来方向
2，鼓励讨论，任何科研都有不足之处以及新颖之处，他山之石可以攻玉
3，鼓励发布最新的研究进展以及发布合... 阅读全帖 |
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s*********t
发帖数: 600 | 42 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: squirrabbit (松鼠兔||请给我的形象打打分，谢谢！), 信区: Biology
标 题: 北卡的张毅也要做optogenetics了
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Apr 3 06:45:37 2012, 美东)
optogenetics真是热门啊。张毅也要做这个了，是否epigenetics做到头了，要进入新
领域了。他要搬去哈佛。
http://www.med.unc.edu/~zhangyi/workwithus.htm
The lab is interested in understanding the epigenetic mechanism of brain
reward-related learning and memory and is planning to use optogenetic and
other tools to systematically map the relevant neural circuit and to
understand the epigenetic ... 阅读全帖 |
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s********n
发帖数: 26222 | 43 方舟子在此文中说“虫子不吃的， 人能吃吗”是中国人的质疑， 而美国人是不会问这
样的问题的， 这显然是骗人的。见下文和其中引用的文献， 其中不少是美国人的科研
。
"Comments on the human health impact of Bacillus thuringiensis toxin gene
product in genetically modified crops"
EPA Review Docket Number OPP-00678B
Professor Joe Cummins
Professor Emeritus of Genetics
University of Western Ontario
I have studied the Environment Protection Agency (EPA) document "Bt Plant-
Pesticides Biopesticides Registration Action Document B. HUMAN HEALTH
ASSESSMENT" and comment in the following ... 阅读全帖 |
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x********e
发帖数: 35261 | 44 不是在说克隆吗？
体细胞克隆需要抹去已有的epigenetic marks才能正常发育。我之前问的就是克隆过程
中的epigenetics搞清楚了吗 |
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c******e
发帖数: 101 | 45 【 以下文字转载自 Physics 讨论区 】
发信人: comingme (sea), 信区: Physics
标 题: 急求博后兼两篇文章第一作者
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Nov 7 19:18:04 2014, 美东)
本人物理系博士现在是生物信息教授
独立不久，正在建立实验室，有两篇小文章，一篇几乎写好，一篇只有数据和图。但是
现在作者只有我一人。就这样发，有点浪费了。先来先得。
招聘广告如下
Postdoctoral position in Bioinformatics or Biostatistics: Houston, TX,
United States
The Institute off Biosciences and Technology (IBT) at Texas A&M Health
Science Center, http://ibt.tamhsc.edu/, is an internationally recognized leader in biomedical and health science research located a... 阅读全帖 |
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c******e
发帖数: 101 | 46 【 以下文字转载自 Physics 讨论区 】
发信人: comingme (sea), 信区: Physics
标 题: 急求博后兼两篇文章第一作者
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Nov 7 19:18:04 2014, 美东)
本人物理系博士现在是生物信息教授
独立不久，正在建立实验室，有两篇小文章，一篇几乎写好，一篇只有数据和图。但是
现在作者只有我一人。就这样发，有点浪费了。先来先得。
招聘广告如下
Postdoctoral position in Bioinformatics or Biostatistics: Houston, TX,
United States
The Institute off Biosciences and Technology (IBT) at Texas A&M Health
Science Center, http://ibt.tamhsc.edu/, is an internationally recognized leader in biomedical and health science research located a... 阅读全帖 |
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j*****1
发帖数: 3 | 47 A research laboratory within the Department of Biology at New York
University is seeking a motivated lab technician. The research focuses on
the molecular mechanisms of epigenetic regulation, particularly the role of
non-coding RNAs and epigenetic marks in chromatin organization.
The candidates for the position must have a BA/BS in life sciences and some
lab experience. Master’s degree preferred. Good understanding of the basic
molecular biology and biochemical techniques such as cloning, PCR, g |
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N*****i
发帖数: 43 | 48 epigenetics跟很多环境因素相关。现在有很多research在研究自闭和epigenetics的关
系。 |
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