T*****e
发帖数: 247 | 1 我有个小问题，以后system biology通过大规模的分析患者组织样本/基因测序等等，
筛疾病的biomarker靠谱吗？
是不是我把system biology的应用理解的太狭隘了？
关于组织样本，我根据前段时间看到的另一个实验产生了一个想法。例如拿到了病理切
片，以前要靠有经验的医师来分析，现在直接编软件，根据染色后的颜色差异，细胞形
态，细胞轮廓等鉴别是否有病变。当然肯定有误差，但算法是可以优化的吧。这样系统
生物学是否可以较好的应用于临床诊断呢？
我对系统生物学没什么认识，哪位大牛来给科普一下？ |
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g*********3
发帖数: 177 | 2 我觉得每个人根据自己的研究领域都可以对system biology有一个定义吧。我个人认为
什么时候能够根据各种数据Infer network from nuclear gene expression to
cytosolic metabolism 那就算是开始有用了。
找biomarker貌似用不着system biology吧，proteomics or microarray就能提供一些
信息了。
颜色，轮廓等这些数据我觉得都是一些浅层的数据，如果能profile细胞内各种代谢物
浓度等等啥的就好了。
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867409015
我觉得这篇文章还是说明了system biology的一些价值的。 |
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k****r
发帖数: 24 | 3 AGENDA – TUESDAY, SEPTEMBER 20, 2011
8:00 a.m. Welcome and Introductions of the 2011 NIH Director’s Pioneer
Awardees
8:30 a.m. Cheng Chi Lee, Ph.D.
University of Texas Health Science Center at Houston
5’-AMP-Induced Deep Hypometabolism in Mammals: Insight Into Its Mechanism
and Potential Applications
9:00 a.m. Karla Kirkegaard, Ph.D.
Stanford University School of Medicine
Quenching Rainbows: Suppressing Diversity in RNA Viruses
9:30 a.m. Evgeny A. Nudler, Ph.D.
New York University Sc... 阅读全帖 |
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x*******e
发帖数: 111 | 4 Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1: evidence of
cross-kingdom regulation by microRNA
Lin Zhang1,*, Dongxia Hou1,*, Xi Chen1,*, Donghai Li1,*, Lingyun Zhu1,2,
Yujing Zhang1, Jing Li1, Zhen Bian1, Xiangying Liang1, Xing Cai1, Yuan Yin1,
Cheng Wang1, Tianfu Zhang1, Dihan Zhu1, Dianmu Zhang1, Jie Xu1, Qun Chen1,
Yi Ba3, Jing Liu1, Qiang Wang1, Jianqun Chen1, Jin Wang1, Meng Wang1, Qipeng
Zhang1, Junfeng Zhang1, Ke Zen1 and Chen-Yu Zhang1
1Jiangsu Engineering Research Cent... 阅读全帖 |
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x*******e
发帖数: 111 | 5 Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1: evidence of
cross-kingdom regulation by microRNA
Lin Zhang1,*, Dongxia Hou1,*, Xi Chen1,*, Donghai Li1,*, Lingyun Zhu1,2,
Yujing Zhang1, Jing Li1, Zhen Bian1, Xiangying Liang1, Xing Cai1, Yuan Yin1,
Cheng Wang1, Tianfu Zhang1, Dihan Zhu1, Dianmu Zhang1, Jie Xu1, Qun Chen1,
Yi Ba3, Jing Liu1, Qiang Wang1, Jianqun Chen1, Jin Wang1, Meng Wang1, Qipeng
Zhang1, Junfeng Zhang1, Ke Zen1 and Chen-Yu Zhang1
1Jiangsu Engineering Research Cent... 阅读全帖 |
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j*****u
发帖数: 29 | 6 The USC-AAPS student chapter will be hosting the 10th Moving Targets
symposium on Oct 8th, 2011 at the University Park Campus at USC, Los Angeles
, which is being co-organized by the NIA. This symposium will be focused on
the topic of “Aging and Oxidative Stress” this year. We have invited
speakers from the academia, industry, hospital and government agencies, so
it would be a great opportunity for updating the latest knowledge in the
research field of aging and oxidative stress as well as for n... 阅读全帖 |
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j*****d
发帖数: 787 | 7 http://www.nature.com/cr/journal/vaop/ncurrent/full/cr2011158a.
anybody has full access? thanks.
However, they did not provide evidence that miRNA168a directly
travels from rice grains to human/animal stomac to serum (whose serum????)
and, timely, survive to what extent. Their functional study (miRNA168a
targets LDRAP1) acctually is an in vitro manipulation.
Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1: evidence of
cross-kingdom regulation by microRNA
Lin Zhang, Dongxia Hou, Xi... 阅读全帖 |
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j*****d
发帖数: 787 | 8 http://the-scientist.com/2011/09/20/plant-rnas-found-in-mammals
+Plant RNAs Found in Mammals
MicroRNAs from plants accumulate in mammalian blood and tissues, where they
can regulate gene expression.
By Cristina Luiggi | September 20, 2011
11 Comments Link thisStumbleTweet thisDreamstime.com, Rewat
WannasukMicroRNAs from common plant crops such as rice and cabbage can be
found in the blood and tissues of humans and other plant-eating mammals,
according to a study published today in Cell Research.... 阅读全帖 |
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S*****3
发帖数: 720 | 9 “中国百篇最具影响优秀国际学术论文” 评选所选论文代表了我国科技论文发展的最
高水平。论文源为前一年被SCI（科学引文索引）收录的中国论文。评选综合考虑发表
论文的期刊水平（影响因子和单篇引用次数）、论文类型、热点论文、论文的合作强度
、参考文献数和论文的完整性等方面。
其中生物类包括：
论文题目: Acute promyelocytic leukemia: from highly fatal to highly
curable
论文作者: Wang, Zhen-Yi; Chen, Zhu
所属机构: 上海交通大学医学院瑞金医院
来源期刊: BLOOD, 2008, 111(5):2505-2515
被引次数: 29
作者简介：
陈竺
卫生部部长，中国科学院院士，博士生导师
白血病系统生物学研究组组长
论文题目: Sorting of small RNAs into Arabidopsis argonaute complexes
is directed by the 5 ' terminal nucleotide
论... 阅读全帖 |
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f********t
发帖数: 6999 | 10 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: wayofflying (小破熊), 信区: Military
标 题: 南京大学重大发现 揭露了转基因惊人秘密
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 2 23:46:36 2011, 美东)
南京大学张辰宇教授重大发现 “剑指”转基因食物安全(图)
在九月出版的《细胞研究》(Cell research)的一篇研究中，南京大学张辰宇教授课题
组展示了一项非常令人惊奇的发现——植物的微小核糖核酸（microRNA）可以通过日常
食物摄 取的方式进入人体血液和组织器官。并且，一旦进入体内，它们将通过调控人
体内靶基因表达的方式影响人体的生理功能，进而发挥生物学作用。该研究证明植物微
小核糖核酸可能是食物中的“第七种营养成分”（其他六种分别是水、蛋白质、脂肪
酸、碳水化合物、维他命和稀有元素）。
南大教授张辰宇作《21世纪生物科学与生物经济》讲座
原文地址
Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1: evidence of
cross-... 阅读全帖 |
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s**u
发帖数: 9035 | 11 1.
Curr Med Chem. 2010;17(36):4427-32.
miRNA: small molecules as potential novel biomarkers in cancer.
Shah AA, Leidinger P, Blin N, Meese E.
Division of Molecular Genetics, Institute of Human Genetics, University of T
übingen, Germany.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21062260
2.
Adv Cancer Res. 2010;108:113-57.
microRNAs in cancer: from bench to bedside.
Cortez MA, Ivan C, Zhou P, Wu X, Ivan M, Calin GA.
Department of Experimental Therapeutics, The University of Texas MD Anderson
Cancer Cent... 阅读全帖 |
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s**u
发帖数: 9035 | 12 1.
Curr Med Chem. 2010;17(36):4427-32.
miRNA: small molecules as potential novel biomarkers in cancer.
Shah AA, Leidinger P, Blin N, Meese E.
Division of Molecular Genetics, Institute of Human Genetics, University of T
übingen, Germany.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21062260
2.
Adv Cancer Res. 2010;108:113-57.
microRNAs in cancer: from bench to bedside.
Cortez MA, Ivan C, Zhou P, Wu X, Ivan M, Calin GA.
Department of Experimental Therapeutics, The University of Texas MD Anderson
Cancer Cent... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 69 | 13 这个帖子对于一个即将要读生物PHD的人是个很大的打击。 我个人感觉随便找个人，在
实验室教他一个月，怎么cell culture, 怎们做western。只要有钱买抗体，就能做
cell signal的活。我现在觉得cell signal就是一个大大的坑！一看公司送来的signal
poster，他妈的全都有联系。从A一只能联系到Z，随便找个信号分子，做做induction
,看看pathway的key enzyme的变化，就可以下结论说，哦，这个分子影响这个pathway
，然后做做细胞功能assay，得出结论这个分子有神马功能。然后发现这个分子是蛋白
大家族的一员，有开始做其他成员的pathway，或者又发现个上游或者下游的调节因子
，然后又开始做这个因子的pathway，最后做做in vivo，KO mice，会玩的还会看看这
个分子在免疫细胞的作用。
然后做做siRNA,shRNA,FISH,IHC 说是这个东西是潜在的biomarker，又说mAb,si/sh-
RNA可能成为治疗某种疾病的手段。
我感觉太胡掰了，简直是自己给自己讲故事。天天MAPK.NF-KB,AP1,GP... 阅读全帖 |
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a*******a
发帖数: 4233 | 14 我觉得这个思路反了
clinical是real data，然后搞搞细胞assay体外验证一下，最后才扯一个signal
pathway圆个故事
如果临床上不能当biomarker使/mouse里面没现象，后面的就不用做了
所以大家都在screen。。。。
signal
induction
pathway |
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s******l
发帖数: 125 | 15 His major in bioinformatics, you can't ask bioinformatics people to have CNS
. Further, he is working biomarkers, this is hot for personalized medicine. |
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T**********t
发帖数: 25 | 16 如果做mechanism 最好不要合并，用individual sample做，可以random选三个样本，
这样发文章比较好；如果做biomarker research，可以合并。
如果合并了，不管是合并两个也好，三个也好，都是pooled sample，没有区别 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 19 是不奇怪 但是这个不奇怪才真的奇怪 因为大家都可以想象cancer cell和normal cell
应该有巨大差异 整体基因表达就应该有巨大差异 居然如此做biomarker的paper是怎么
发出来的呢？
别。 |
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k****o
发帖数: 589 | 20
..
同困惑
另外，看了这个文章有点哭笑不得啊。不知道除了癌症，其它领域的biomarker数据又
有多可靠。 |
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n********k
发帖数: 2818 | 21 In this article, I thought they are not talking or emphasizing about the
reliability of the biomarkers as markers but for mechanisms...That said, it
is surprising that randomly chosen set performed well or even better...what
one might say is too many sloppy studies from influential groups without
proper/well-thought controls...or there might be some inherited problems/
complexity with the methodology or math or biology here...God knows... |
|
i*e
发帖数: 352 | 22 没错
作者对prognostic biomarker“混淆”或者“不懂”或者“过多寄予厚望”
同理，很多人对GWAS的association和causality也是如此
只是现在都是先下手为强，有个hit就硬往functional靠 |
|
i*e
发帖数: 352 | 23 biomark追求少比多好
J Natl Cancer Inst. 2012 Jan 18. [Epub ahead of print]
A Three-Gene Model to Robustly Identify Breast Cancer Molecular Subtypes.
Haibe-Kains B, Desmedt C, Loi S, Culhane AC, Bontempi G, Quackenbush J,
Sotiriou C.
PMID: 22262870 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 24 Oui
please refer Network-based genome-wide association studies (NWAS)
for identifying prognostic gene signatures to predict cancer recurrence.
report on
//www.cse.buffalo.edu/ACM-BCB2010/
by
Ying-Wooi Wan, Swetha Bose, James Denvir, and Nancy Lan Guo
Title:
A Novel Network Model for Molecular Prognosis
Abstracts:
Network-based genome-wide association studies (NWAS) utilize the molecular interactions between genes
and functional pathways in biomarker identification. This study presents a novel ne... 阅读全帖 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 25 是不奇怪 但是这个不奇怪才真的奇怪 因为大家都可以想象cancer cell和normal cell
应该有巨大差异 整体基因表达就应该有巨大差异 居然如此做biomarker的paper是怎么
发出来的呢？
别。 |
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k****o
发帖数: 589 | 26
..
同困惑
另外，看了这个文章有点哭笑不得啊。不知道除了癌症，其它领域的biomarker数据又
有多可靠。 |
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n********k
发帖数: 2818 | 27 In this article, I thought they are not talking or emphasizing about the
reliability of the biomarkers as markers but for mechanisms...That said, it
is surprising that randomly chosen set performed well or even better...what
one might say is too many sloppy studies from influential groups without
proper/well-thought controls...or there might be some inherited problems/
complexity with the methodology or math or biology here...God knows... |
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i*e
发帖数: 352 | 28 没错
作者对prognostic biomarker“混淆”或者“不懂”或者“过多寄予厚望”
同理，很多人对GWAS的association和causality也是如此
只是现在都是先下手为强，有个hit就硬往functional靠 |
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i*e
发帖数: 352 | 29 biomark追求少比多好
J Natl Cancer Inst. 2012 Jan 18. [Epub ahead of print]
A Three-Gene Model to Robustly Identify Breast Cancer Molecular Subtypes.
Haibe-Kains B, Desmedt C, Loi S, Culhane AC, Bontempi G, Quackenbush J,
Sotiriou C.
PMID: 22262870 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 30 Oui
please refer Network-based genome-wide association studies (NWAS)
for identifying prognostic gene signatures to predict cancer recurrence.
report on
//www.cse.buffalo.edu/ACM-BCB2010/
by
Ying-Wooi Wan, Swetha Bose, James Denvir, and Nancy Lan Guo
Title:
A Novel Network Model for Molecular Prognosis
Abstracts:
Network-based genome-wide association studies (NWAS) utilize the molecular interactions between genes
and functional pathways in biomarker identification. This study presents a novel ne... 阅读全帖 |
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o*****m
发帖数: 981 | 31 我不觉得你完全同意了那个哥们的回复。
但我同意你的观点，这个论文是提醒大家正确地理解统计p值说明的问题。不是说 苹果
比葡萄显著地大就证明苹果比葡萄甜。gene signantures能significantly predictive
survival，也只能说明这些，不能说明gene signantures就是有生物意义的东西。
我也在想，那些发表这些gene signantures的人有几个能真正相信自己的gene
signantures有什么生物意义？如果真信的话，为什么发了paper之后没见几个后续研究
呢，都继续转战到找其他gene signantures了呢？如果真那么有意义，继续开发下去，
岂不是能用于临床和药物，这才是更好的科学。正是因为他们不信，所以，只是发来
paper就算永远和他的biomarker说拜拜了。 |
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r******u
发帖数: 17 | 32 大家说说环境微生物的phd毕业都干什么了？最好有个把例子
还有用biomarkers 和 microarrays做功能基因的experimental bioinformatics是不是
好坑？ |
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T****i
发帖数: 15191 | 33 中国的生物学研究在步美国的后尘而已。不出十年，也是过饱和状态。
新加坡前几年的生物，尤其是genomic方面，投资非常多。去年开始就没钱了，因为除
了产生些data 和 paper，没有任何可以产业化的东西。中国的财力远远超过新加坡，
也就持续时间长点。十年之后 （还要保证中国的经济这两年不会硬着陆），发现投资
见效比任何其他行业都小，投资的力度就会急剧下降。
我一贯认为，生物学的重大进步基本都不是靠大量投资出来的。当然，Genomic的需求
在技术上引发了进步，但只是知识量的扩展，并没有导致质变。连biomarker这种曾经
以为是重大突破的，现在也发现没有多大意义。倒是象RNAi之类的重大突破基本是无意
中发现的。 |
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t**********n
发帖数: 283 | 34 biomarker 怎么没有意义? 美国不是一堆的公司做这个么???
一两片文章能打倒一片? |
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T****i
发帖数: 15191 | 35 不出十年，也是过饱和状态。
新加坡前几年的生物，尤其是genomic方面，投资非常多。去年开始就没钱了，因为除
了产生些data 和 paper，没有任何可以产业化的东西。中国的财力远远超过新加坡，
也就持续时间长点。十年之后 （还要保证中国的经济这两年不会硬着陆），发现投资
见效比任何其他行业都小，投资的力度就会急剧下降。
我一贯认为，生物学的重大进步基本都不是靠大量投资出来的。当然，Genomic的需求
在技术上引发了进步，但只是知识量的扩展，并没有导致质变。连biomarker这种曾经
以为是重大突破的，现在也发现没有多大意义。倒是象RNAi之类的重大突破基本是无意
中发现的。 |
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a*****x
发帖数: 901 | 36 十分感谢，写得太好了。
很久没有update过这个领域，我的认识还停留在负熵来自于阳光，通过光合作用到达植
物，然后通过食物链传递。耗散结构理论对医药界的贡献我是第一次听说，很有意思。
事实上，我现在研究的疾病完全符合耗散结构理论提出的非平衡，临界点的性质。
有几个naive的问题，
外界的负熵除了阳光主要来自于哪里？
疾病的熵增加以及药物增加负熵流如何通过实验测量？负熵流是否有此可以成为
biomarker？
怎样检测药物使系统达到或者接近临界点，有没有可能通过药物改变临界点本身？
药物是否可以通过增加涨落来是系统达到临界点？如何测量和筛选？ |
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d******1
发帖数: 709 | 37 每一片JBC不敢说，但每期的cover paper应该有一定的几率否定了多篇CNS。
就像前一阵版上讨论的plos one 文章，关于大规模基因筛选，不就是否定了关于
biomarker那个领域的基本常识。
其实我弄错了，应该是有很多的plos one文章都是提出了， 并且证明了一些新的基本
常识，并颠覆旧的理论。这也就是plos one最早设立的一个主要原因。
BTW：在生物领域，提出一个颠覆性的概念，并简单证明，是再容易不过的事了。难就
难在，如何使整个领域的其他人都接受这个新的概念。这里面的差距就决定了文章是发
在plos one，还是CNS。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 38 SILAC (Stable isotopic atoms for quantitative
mass spectrometry analysis)
Plus spatial proteomics eGFP/alternative biomarker labelling
details
please go to
original paper link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21937730
or
2011 one review:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21476986
To perform a system-wide analysis of
protein turnover
In human proteome:
cultured human cells. Protein abundance and
the rates of protein synthesis, degradation and turnover have
been measured in parallel for whole cells and... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 39 Continue lastly
GFP biomarker results:
cited from
//www.sciencemag.org/content/early/2012/04/11/science.1221920/suppl/DC1
Materials document, |
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t*d
发帖数: 1290 | 40 看你自己适合什么了。和很多其它学科一样，bioinformatics也分理论多一些，和应用
多一些的领域。象物理中理论物理对数学要求高一些，实验物理就比较繁琐一些。
编程那点东西也是很繁琐的，是把别人开发好的成千上万 API，module 拼在一起用一
用。学起来不见得比bioinformatics更清爽。不过cs的应用面广，工作好找，工资也就
高了。
你先需要把自己的目标弄清楚。你是想写出一个大家都喜欢用的程序呢，还是想找出一
些 biomarker，drug targets。有了一个清楚的目标，再去学需要的技术。
写程序也很 boring 的。问问 macs 的作者 Tao Liu，看看每天对付mail-list 上的那
么多问题，不停的找出 bug，debug 一个程序是不是也蛮烦人的。
sequencing成本越来越低，越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的；然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是，
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie；... 阅读全帖 |
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m*****i
发帖数: 628 | 41 We are tackling important and highly visible problems in computational and
systems biology. Postdoctoral fellows will develop novel experimental and
computational techniques to generate and mine massive datasets. It is
expected that promising techniques will be applied to novel therapeutic
discovery, disease prevention, and biomarker.
Candidates applying for this position should have a recent PhD in
biostatistics or computational biology. Strong candidates will have
experience with data-intens... 阅读全帖 |
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a*****x
发帖数: 901 | 42 "其实，平心而论，中国最有希望搞出来的，还是制药。因为这东西说白了就是拼命筛，
基本是个体力活" Disagree with this part. You need to know the targets, the
phenotypic readings, the biomarker, etc. The new grammar of drug discovery
also requires understanding of balances between complicated pathways. A lot
of difficult biology there |
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y********g
发帖数: 782 | 43 最近有篇文章要投，是发现一个Biomarker间的相互作用可以用来预测前列腺癌复发几
率的（样本数有点少60多个human样本）。投了JNCI和clinical cancer research，都
直接被拒，并推荐了其它的杂志。但每个都是不停的打太极，推来推去。不知道有经验
的朋友，是否可以推荐下杂志？ 谢谢了~~~
快毕业了，需要文章。但也不想投1-2分的文章。。。。 |
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m****6
发帖数: 79 | 44 比JNCI和JCI都还要高，不知道几百个surgry excised cancer samples （不是tissue
microarray）biomarker 分析能发到哪？
因为每个sample很大，里面有一半有normal tissue，in situ tumor，还分析了其中的
immune cell，光定量几个蛋白就花了好几个月。
不想发5分以下的，能再多做点啥，发个10分左右的。 |
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j*****9
发帖数: 716 | 45 一个包子致谢
Serum DKK1 as a protein biomarker for the diagnosis of hepatocellular
carcinoma: a large-scale, multicentre study.
谢谢！
j*****[email protected] |
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a*****x
发帖数: 901 | 46 有一个oncology cellular biomarker（非临床）检验的方法，想发个方法学的文章，
请问有什么杂志可以尝试？多谢！ |
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s******s
发帖数: 13035 | 47 问题是你钱哪里来？药厂说我的药包治百病，你跑过来说，
亲，来给我$10M做个trial检查biomarker, 发现对10%的病人效果好。
除非人家的药原来通不过药证，否则药厂要多脑残才愿意干啊 |
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s******s
发帖数: 13035 | 48 再补充一句。这种通不过的新药，本来研究的人就少，一旦trial通
不过，多半就被company politics毙掉止损了。要说服投资人/股东加大
投资搞biomarker的trial是很困难的。除非分类是种族差别（估计就是
你说的那个药），第一次trial的data使劲dig就能够发现evidence的，
否则大多数情况下还是很难 |
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w********e
发帖数: 1416 | 49 这都是网上想想的事情，现实中没有这么容易的好事。
有个公司trial，中间发现可能只对有特定biomarker的有效，总体没效，FDA说你再来
一次。公司倒闭拉倒。
personalized medicine是个趋势，其实好多例子。有个药就是跟检测试剂盒一块儿批
的。但是像帖子中说的理想情况还远。 |
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b*******m
发帖数: 3 | 50 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: bioinform (ngs), 信区: Postdoc
标 题: postdoc position available in bioinformatics
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jul 20 00:44:34 2012, 美东)
Hiring unit:
Garmire Group (PI starting 09/01/2012, the postdoc position available 09/01
or later)
University of Hawaii Cancer Research Center
Job description:
Located on the beautiful sea shore of Honolulu, Hawaii, overlooking the
Pacific Ocean, the University of Hawaii Cancer Center (UHCC) is one of only
66 research organizations in the coun... 阅读全帖 |
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