h****k
发帖数: 182 | 1 设计引物的时候发现使用primer 3 网站预计的melting temperature和idt网站预测的
相差很大，有4-5度，到底该选哪种计算方法？？ |
s******y
发帖数: 28562 | 2 用的是不同算法和不同的盐度。
都不准的。
随便用一个好了。我一般用IDT网站的。
不影响结果。
【在 h****k 的大作中提到】
: 设计引物的时候发现使用primer 3 网站预计的melting temperature和idt网站预测的
: 相差很大，有4-5度，到底该选哪种计算方法？？
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k****o
发帖数: 589 | |
n***w
发帖数: 2405 | |
c****1
发帖数: 1095 | 5 貌似IDT口碑不错。你们都在他家合成oligo么？我们刚从另外一家公司转到IDT了。 |
s******y
发帖数: 28562 | 6 嗯，动作快，容易查订购历史，质量稳定
【在 c****1 的大作中提到】
: 貌似IDT口碑不错。你们都在他家合成oligo么？我们刚从另外一家公司转到IDT了。
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z*******o
发帖数: 1794 | |
b********n
发帖数: 72 | 8 invitrogen 订primer 居然花了1个月还没到，准备换公司了。 |
O******e
发帖数: 4845 | 9 早就该换了
【在 b********n 的大作中提到】
: invitrogen 订primer 居然花了1个月还没到，准备换公司了。
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i*****s
发帖数: 1170 | 10 annealing temp = 4 x Number of GC bp + 2 x Number of AT bp - (2 to 4 degrees
) |
G*****h
发帖数: 320 | 11 Just for clarification:
First, melting temperature does not equal annealing temperature.
The optimal annealing temperature in a PCR is:
T(opt) = 0.3 x Tm(primer) + 0.7 x Tm(product) -14.9
Second, the most accurate algorithm to calculate Tm is based on the nearest-
neighbor interaction model:
Tm (°C) =dH/(dS + R x ln(c/4)) - 273.15 + 16.6 x log[salt]
(Note: dH and dS = deltaH and deltaS)
where dH and dS are the enthalpy and entropy for the helix formation of an
oligonucleotide duplex, respectivel |
