J*****3
发帖数: 4298 | 1 http://en.wikipedia.org/wiki/Human_evolution
Recent and current human evolution
Natural selection occurs in modern human populations. For example, the
population which is at risk of the severe debilitating disease kuru has
significant over-representation of an immune variant of the prion protein
gene G127V versus non-immune alleles. The frequency of this genetic variant
is due to the survival of immune persons.[106][107] Other reported
evolutionary trends in other populations include a lengtheni... 阅读全帖 |
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D*****r
发帖数: 6791 | 2 历史证据本来就难得，给你一个过渡类型，你就非要过渡类型的过渡类型……
说一些事情：
1、碱基之上有基因的概念，比如等位基因（allele），染色体上同一位置，可能出现
两种或以上的基因的变种。在一个种群里，一定时期内，会有各种控制细微性状的基因
同时存在。所以进化首先是在基因层面上选择，就算碱基突变完全不发生，进化照样可
以持续千百年。
2、强调1里的种群概念，每个个体内部的碱基对都是多多少少有细微差别的，这种差别
放到种群里，就有很丰富的差异可供进化选择。
3、肺鱼是既有腮，也有肺，在水里用腮呼吸，没有水了用肺呼吸，血氧交换我觉得一
开始可能只是利用食道壁，可供交换的区域的薄厚、面积不断变化，逐渐特化出膨大的
肺。
给你看一个图
A.sturgeon and teleosts 鲟鱼和许多硬骨鱼
B.Lepidosteus and Amia 雀鳝和弓鳍鱼
C.Erythrinus 虎脂鲤属
D.Epiceratodus 澳洲肺鱼
E.polypterus 多鳍鱼
F.tetrapod 四足动物 |
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b*********n
发帖数: 1607 | 3 “1、碱基之上有基因的概念，比如等位基因（allele），染色体上同一位置，可能出现
两种或以上的基因的变种。在一个种群里，一定时期内，会有各种控制细微性状的基因
同时存在。所以进化首先是在基因层面上选择，就算碱基突变完全不发生，进化照样可
以持续千百年。”
首先必须要解释细微性状的差别有什么样的生存优势，如果没有生存优势，只是个摆设
儿，那凭什么别的被淘汰它保留呢？碱基不发生突变就能进化。那么我是不是可以理解
说一个物种的基因的碱基对不需要任何突变，就能进化出另外一个物种？再有，一定时
期内，会有各种控制细微性状的基因同时存在，那我理解在另外时期内就不存在这一现
象了。这个是根据科学观测结果，还是猜想？如果是观测结果，是否可以举例，当然这
个观测肯定是活体观测，而不可能是化石了。
“2、强调1里的种群概念，每个个体内部的碱基对都是多多少少有细微差别的，这种差别
放到种群里，就有很丰富的差异可供进化选择。”
这点我同意。一个种群里个体内部有很多碱基，可以造成性状差异。比如肤色的不同，
毛发浓密的不同，等等。那么如何从一个种类进化到别的种类呢？内部的性状的不同，
你可以说它是进化，也可以... 阅读全帖 |
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l*****g
发帖数: 2087 | 4 中国科学院院士李家洋
生平简介
李家洋（1956.7-）安徽肥西人。植物分子遗传学家，中国科学院院士，研究员。
中国
科学院副院长、党组成员。1982年毕业于安徽农学院（现安徽农业大学），1991年获美国
布兰代斯（Brandeis）大学博士学位，1991—1994年在美国康乃尔大学汤普逊（Boyce
Th
ompson）植物研究所进行博士后研究工作。历任中国科学院遗传研究所所长助理、所长，
遗传与发育生物学研究所所长。
李家洋主要从事植物分子遗传学研究，他利用模式植物拟南芥与重要粮食作物水稻探
索植物生长发育的调控机理。近年来的主要研究工作包括：采用图位法克隆了水稻分蘖控
制基因MOC1，开拓了水稻分蘖控制分子机理研究的新领域；利用水稻脆秆突变体分离了
B
C1基因，阐述了水稻机械强度的控制机理；通过获得的拟南芥胆碱生物合成突变体，初步
明确了胆碱合成与植物温度敏感雄性不育性的关系；通过图位克隆法分离出导致细胞死亡
的基因MOD1，明确了初级代谢途径的缺陷会导致植物细胞凋亡；利用转基因技术，创制出
色氨酸与吲哚乙酸合成量改变的转基因植物，从而提出植物生长素吲哚乙酸生物合成途径
的新模... 阅读全帖 |
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a****r
发帖数: 1 | 5 A gene causing lethality suggests it might be a functionally important. But a
second hit in the genome might contribute the lethal phenotype. This is why
some labs clean the background of P element lines before they make the
imprecise hopout. If you can get sevearl deficiency lines or the mutant allele
for the neighboring gene, try several complementaion tests.
Check the expression pattern and functional domains for you gene, that might
help you to figure out its possible role. Making a UAS line |
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H****N
发帖数: 997 | 6 Yes, 3/16 will be cKO, but some of them (1/3) have two cre alleles, and some
of them (2/3) have only one. |
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w****8
发帖数: 36 | 7 and never cross the mice both have the cre allel, because then you cannot
distinguish the homo and hetero of
the cre line. |
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H****N
发帖数: 997 | 8 It should work. Just be aware that you will have two possible recombination
events: in one event, the middle fragment is used and therefore you
insertion will not be introduced; in another, the fragment on the side is
used and you will have the desired allele with you insertion. You have
to have a genotyping strategy that can distinguish these two events. You may
also increase the length of the homologous fragment on the side to maximize
your chance of success. This is actually very similary to |
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P****d
发帖数: 564 | 9 I guess the natural follow up of this paper to investigate the allele
frequency of the Neanderthal genes. Anyone wants to bet that it's highest
in France and Spain? |
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s*******y
发帖数: 2366 | 10 只是一个allele突变了，为什么不能产生功能蛋白？ |
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g*****n
发帖数: 241 | 11 我研究两个基因（a和b），各自的null mutant都有共同的表型X,但是penetrance很低
（小于10%）。Null mutation的双突变致死（synthetic lethal），但是a和b的各自的
weak allele的组合不致死，但是导致的表型X的penetrance达到了70%。请问该怎么解
释啊？
PS: a和b都是membrane receptor，有各自不同的ligand和signaling pathway，但有研
究表明它们可能可以形成co-receptor，但是ligand和signaling pathway未知。
谢谢 |
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o******n
发帖数: 511 | 12 allele exchange? Could you elaborate? :) |
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O******e
发帖数: 4845 | 14 King力挺全序列分析在疾病研究里面的作用，当然是没错了。但你光知道了序列，你总
得去判断什么是正常什么是不正常吧。GWAS的主要目的不就是要回答什么是不正常这
一部分么。
估计是King顺嘴就这么贬了下别人，别人就受不了了要来吵。其实两个方法都有各自的
缺点，需要改进。
HelloHello1看来就是觉得吵架好玩。Mutation，是指基因组顺序的变化；allele，是
两个或多个同基因座基因基因的一个－－等位基因。
点。
210 |
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y****2
发帖数: 65 | 15 谢谢指点。
我又想了一下，你说的意思是，Fst=0时，整个群体处于Hardy-Weinberg Equilibrium
中，因而没有stratification;Fst=1，sub‐populations 是完全地differentiated to
fixation of different alleles-每个小群体内的个体都纯合.
现实情况，Fst处于0-1时，那么，相加小群体间的变异和小群体内的变异是总变异（任
意黑人和中国人的差别）。
我应该是这么表达，中国人群内的变异比中国人和黑人这两个人群之间的变异大。组内
大于组间。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 16 GWAS现在还是有一些被多个group还有功能学证实的东西，当然还只是少数，但是剩下
的大多数，不是说将来也一定会重复不出来，科研本来就是个循序渐进的过程。就好象
研究分子功能，绝大部分分子根本还没有和疾病联系起来，还不是在拼命做。这是个必
由之路而已。
GWAS如果能解释1%的患病群体，如果是高血压这种百分之几十的人都得的病，你能说没
什么意义？
人的肥胖症由基因引起的太多了，google一下再发言吧。放到没饭吃的地方确实没有人
会肥胖，但是现在有几个地方没饭吃？你这个前提就几乎不成立。其他常见病很多也有
明确的遗传因素，这个既有流行病学的证据也有实验室的证据。
SNP和肿瘤的关系，不是特别明白你的意思。每年发表的肿瘤和SNP的文章不说成千上万
，实在也够多了，你可以在ncbi搜一下cancer SNP P53
另外回楼主的问题
mutation和variation主要的区别并不是是否致病，纯遗传学的角度两者的差别只是在
人群中的流行程度。低于1%的叫mutation， 高于的叫variation，两者的区别非常
arbitrary。不是说一个mutation就一定会导致问题，也不是... 阅读全帖 |
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g*******0
发帖数: 2152 | 17 a. make sure the four genes are on different chromosome
b. plan the breeding carefully so that for each round of breeding the
mendelian ratio of getting your target genotype is no less than 1:4 ( below
1:16 is almost mission impossible). This way, in general, it takes one round
of breeding to introduce one mutated allele to the genome. Say you are
planning to introduce 4 mutated genes, 2 homozygous 2 heterozygous, you will
need 4 + 2 = 6 round of breeding. Each round will take at least 9 weeks ( |
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n********k
发帖数: 2818 | 18 In general, it would be faster if you don't control for Cre...but I
personally don't recommend as Cre could be a
complicating factor...therefore for my final breeding, I always use one with
double Cre while the other one
with no Cre, and then every pups have cre but different genotype, rather
than the other way: every pups is the
same genotype but either with or without cre...in your case, u might want to
keep only one allele different
between experimental groups while keep the rest the same,
eg |
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g*******0
发帖数: 2152 | 19 You always have to do parallel breeding to save time. But
to get A/A B/+ or C/C D/+ you need two round breeding:
(1)A/+ x B/+ --> A/+ B/+ (1:4) and A/+ x A/+ --> A/A (1:4) (start with one
mutant allele)
(2) A/+ B/+ x A/A --> A/A B/+ (1:4)
if you breed AB with CD:
(3)A/A B/+ x C/C D/+ --> A/+ B/+ C/+ D/+ (1:4) and A/A B/+ x A/A B/+ --> A/
A B/B (1:4)
(4) A/+ B/+ C/+ D/+ x A/A B/B --> A/A B/+/C/+ D/+ or A/A B/B C/+ D/+ (1:8)
(5) A/A B/+ C/+ D/+ x A/A B/B --> A/A B/B C/+ D/+ (1:8) (6 mutated alle |
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H****N
发帖数: 997 | 20 It depends. If the rest of the mRNA is still in frame, a truncated protein
can still be produced. Remember that lz does not have definitive evidence
that a protein can still be produced from the ko allele. |
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r***e
发帖数: 2539 | 21 我想绝大多数情况下hetero足够了，但我做过一个primary cell culture subclone，大
多数细胞是-/-,但的确发现一些是flox/-，就是说切了一个allele，应该和cre promot
er的强度有关。 |
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R****n
发帖数: 708 | 22 syber green原理是用allele specific PCR吧，一个primer 3'端用来区分phenotype.
我没做过不太清楚效果。还有什么和ligation结合的，HRM的。你说的太笼统了。
Taqman是用probe,两边一个dye一个quencher，不同的sequence dye不一样，一管PCR搞
定。这个基本上是业界的标准方法 |
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o********r
发帖数: 775 | 23 Review
Many different tumor types have polyclonal tumor origin: Evidence and
implications
Barbara L. ParsonsCorresponding Author Contact Information, a, E-mail The
Corresponding Author
aDivision of Genetic and Reproductive Toxicology, National Center for
Toxicological Research, HFT-120, 3900 NCTR Road, USFDA, Jefferson, AR 72079,
United States
Received 7 February 2008;
revised 14 May 2008;
accepted 15 May 2008.
Available online 31 May 2008.
Abstract
Few ideas have gained such strong acceptance i... 阅读全帖 |
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s**********y
发帖数: 122 | 24 1.Improved efficiency of bovine somatic cell nuclear transfer by optimizing
operational procedures.
Zhao LW, Yang XY, Guan PF, Fu J, Li H, Zhou YY, Huang SZ, Zeng YT, Zeng FY.
J Reprod Dev. 2009 Oct;55(5):542-6. Epub 2009 Jul 1.
PMID: 19571467 [PubMed - indexed for MEDLINE]Free Article
Related citations
2.Selection of in vitro produced, transgenic embryos by nested PCR for
efficient production of transgenic goats.
Huang SZ, Huang Y, Chen MJ, Zeng FY, Ren ZR, Zeng YT.
Theriogenology. 2001 Sep 1;5... 阅读全帖 |
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A*****O
发帖数: 394 | 25 Calculate the conditional probability of being affected in a parent, given
an affected child. The prior probabilities were based on the assumptions of
having one affected child, that both alleles act independently, and that the
disease is recessively inherited. The population prevalence of the
disorder was assumed to be 1 in 1,000.
Thanks! |
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w******a
发帖数: 1527 | 26 来自澳大利亚皇家儿童医院的Graig等人，同样对哈里波特中描述的有超能力的巫师
wizards and witches与麻瓜muggle结合后，后代属性问题提出讨论: 巫师可以是
来自各种种族，可以是巫师与巫女的后代，也可以是两个普通人（麻瓜）的后代，或者
是混血的后代“half-blood”. 如果巫术这种超能力是孟德尔遗传的话，他们认为
有证据表明超能力的W基因相对普通人的麻瓜基因M来说是隐性的（recessive allele）
。那么巫师的两个等位基因应该是WW，麻瓜应该是MM, 混血的应该就是WM. 作者举
出的例子是哈里的两个朋友罗恩·韦斯莱(Ron Weasley) 和纳威·隆巴顿（Neville
Longbottom）以及他们的死对头德拉科·马尔福（Draco Malfoy）都是巫师和巫女的后
代（WW X WW), 而赫敏（Herminone）是麻瓜生的女巫 （WW X WM）作者还提到了其他
几个遗传学上的概念：“不完全外显”（incomplete penetrance）：比如纳威·隆巴
顿巫术就很烂，虽然是纯正的巫师家庭；"突变"(mutati... 阅读全帖 |
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S*****s
发帖数: 287 | 27 我还以为作者里面有 Harry Potter，一高兴就重复了一下 lz 的 data，发现结果完全
是 Pseudo-positive。Pubmed 现在能搜到的含有 Harry Potter 的文章一共三十二篇
，全部贴在这里了，基本上都是在摘要或者标题里提到 Harry Potter 的。这也是
fans 多的表现吧。
1: Bellomo R, Morimatsu H, Presneill J, French C, Cole L, Story D, Uchino S,
Naka
T, Finfer S, Cooper DJ, Myburgh J; SAFE Study Investigators and the
Australian
and New Zealand Intensive Care Society Clinical Trials Group. Effects of
saline
or albumin resuscitation on standard coagulation tests. Crit Care Resusc.
2009
Dec;11(4):250-6. ... 阅读全帖 |
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M*****n
发帖数: 16729 | 28 找几个informative （最好是minor allele frequency 在40-50%）的 SNP 作genotyping, 又便宜又快，cheaper than Sanger sequencing.
如果你们有sequencing core, 他们应该知道怎么做的。 |
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s***k
发帖数: 31 | 29 谢谢啊，如果选frequency是50%的，那得找几个SNP才能把所有样品都COVER呢？如果是
mutated allele loss了，只检测到wild type的，那还是不能判定它是LOH吧。
我们这儿的sequencing core是饭桶，除了做sanger sequence,其他的啥也不懂。。。
genotyping, 又便宜又快，cheaper than Sanger sequencing. |
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M*****n
发帖数: 16729 | 30 不如先找你的基因区域有没有micro-satalite marker吧。这些marker比SNP
informative，通常有好几个allele,
只要找三四个就可以大致确定那个区域是不是homo了。跑capillary 电泳确定长度就可
以了。sequencing core 可以做，一板96样品可能就一百块钱吧。 |
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f**u
发帖数: 346 | 31 forward screen的确很爽，但老鼠其实天生不太适合。
果蝇现在很多时候追求的是saturated screen，每个筛到的基因经常都有几十个
alleles，
也就是说这条染色体我晒完了以后，别人肯定筛不出新东西了。
这样一遍筛下来就会对你问的那个生物学问题有一个比较全面地了解了。
老鼠里作forward screen的我看到的不多，好得更少，你提到的那几个其他我不了解，
但是leptin好像是属于自发突变的吧。
老鼠的screen当然是做出了东西的，但是跟genetic screen的潜力相比还是有点小儿科，
我觉得可能有两大原因，说白了其实都是因为通量。
一个原因是不可能或者很难筛隐性的东西，这样一下就起码丢掉了90%的东西。
第二个原因，由于显性突变很少，所以通常是筛显性的enhancer/suppressor，
也就是说对于你所研究问题的分子机理需要有一些prior knowledge才能设计screen。
这样genetic screen的一大优势又没有了。
我认为genetic screen最大的优点之一是在你对一个问题的分子机理一无所知的情况下，
一个scree... 阅读全帖 |
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k***u
发帖数: 176 | 32 两个floxed allel的话加上一个KO 试试
败。 |
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Z**********g
发帖数: 222 | 33 flox跟+/-杂交就可以产生flox/-,这样cre只需要delete一个allele.另外野生型老鼠都不表达Cre的. |
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j********r
发帖数: 156 | 34 For mRNA profiling-based information, they are tons of databases. You
can also check Oncomine. I am not sure if the implication of cell-cycle
related proteins in malignancy transformation is simply a secondary or
consequence of something. For example, one observation is that
overexpression of CDC25A or B, together with the active allele of H-Ras
or loss of Rb enables cell transformation (D. Beach, 1995). how to
explain that?
gene
effect |
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e*******n
发帖数: 2178 | 35 谢谢你。我再去找文献看看。
我做这个实验的要求比较苛刻，一定需要null allele。目前这个基因旁边的insertion
我都测试了，ms有leaking expression。
没有找到很合适的FRT，都要KO掉好几个基因，而不是这一个。如果KO真的不好做的话
，估计只能用这个办法了。:)
Thank you again!
你
烦就
很成
快 |
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j********r
发帖数: 156 | 36 多谢楼上回复。EGFR (也叫HER1）和HER2 可能算是这样的例子，这两个在众多cancer
中都有过表达，也有大量研究propose their oncogenic functions. 可拿EGFR来说，
野生性transform体外培养细胞的例子好像只有在NIH3T3中，而且需要the addition of
EGF。
理论上，这似乎涉及到一个问题，蛋白表达量增加多少才有可能会产生质的飞跃？相比
之下，很多oncogene只有在突变的情况下才能有效转化细胞。这也比较容易理解，因为
许多oncogenic allele编码的蛋白一直是处于功能活化的状态。
如过楼上看到哪个野生型的oncogene （over)expression 能 transform human
epithelial cells, 麻烦告诉我一下。谢谢！ |
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z****u
发帖数: 1007 | 37 刚进了个TetO-H2BGFP transgenic 耗子。文献里面给出的primer不能检测difference b/w
homo- or heterogenic transgenic alleles. 咋办？ |
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c********r
发帖数: 189 | 38 群体遗传学中，allele frequency的变化原因包括，genetic drift, mutation,
migration, selection, 同时大部分的mutation是中性的，其固定的概率应该等于突变
的概率。 |
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m******5
发帖数: 1383 | 40 疯了吧，这样他要把三个allele配到一起，一窝里有一只就了不起了，万一挂了，或者
phenotype不够明显要重复 |
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w*e
发帖数: 740 | 41 这么做的PAPER已经越来越多了
听正常的，有时候何之三个ALLELES？ |
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n**********s
发帖数: 228 | 42 研究的基因是一个酶，很简单的knock in模型，就是将GFP-Neo同源重组到基因的第一
个exon前面，这样homozygous的老鼠该酶实际上是knock out的。
理论上GFP表达细胞是受该基因调控的，现在的结果是，在已知正常情况下该基因表达
的器官，homozygous的老鼠GFP细胞数大概是heterozygous的2倍多，比较的是相似位置
的切片，做过统计，基本上是这个结果。
请教这种现象准确原因是什么？Allelic Imbalance造成的吗？好像没什么理论基础支
持这个？另外，该基因也不存在明显的imprinting，应该不是这个原因吧。请高人指教
！ |
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l**********k
发帖数: 189 | 43 这是Allelic exclusion， 很正常。好多基因都有这种情况。至于一个细胞里面表达哪个
染色体上的等位基因，是随机的。在你的小鼠里面，heterozygous小鼠里某类细胞
的GFP＋比例是homozygous小鼠的30％－70％都是正常的。 |
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n**********s
发帖数: 228 | 44 就是这个纠结啊，一开始看到结果，直接就想到是copy number 的原因， 但是我觉得
用上面那位同学的解释似乎更合理些，heterozygous的细胞，表达GFP那条allele是随
机的，因此GFP positive的细胞数目有个变化范围。
用copy number来解释，感觉不太有说服力，我觉得是不是平均单个细胞的GFP荧光强度
总体来说，homo比heterozygous平均强一些，用这个来解释更合理些？
是直接的显微镜下拍摄照片进行的荧光计数，设定个阈值，高于的就算阳性，因为这个
实验相当于验证这个敲入模型的准确性，所以才做的一个相当于“对照”性质的实验。 |
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n******7
发帖数: 12463 | 45 非常感谢。简单的说，是不是理解成SNP就行了？
最近做一点CNV的分析，对这个有点困惑，因为有CNV的allele跟没有CNV的区别还是很
大的，我在想这算不算等位基因的关系。。。 |
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n******7
发帖数: 12463 | 46 不好意思，又来问白痴问题了。
我们有两个allele，就算是SNP位点吧，一个是A，一个是C。在diploid生物里面就有3
种基因型：AA,AC,CC。我们假设数量性状Q跟这个SNP相关，比如A会上调，C会下调，这
样Qaa > Qac > Qcc。 问题是，怎样衡量这个相关性？做个regression看r方？
我觉得这是个很基本的问题，轻点拍。。。 |
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c******g
发帖数: 243 | 47 大家好。我是国内生物化学出身，目前的工作涉及到一些遗传学内容，但我对遗传学只
知皮毛。有以下几个问题请教大家，请不吝赐教。
（1），工作中常碰到这样一些术语：allele, locus, variant, determinant, 等。能
请哪位专业人士给出以上几个属于的简单解释，或者给出相应的中文表达吗？
（2），碰到以下句子：the major T1D susceptibility locus maps to the class II
loci HLA-DRB1 and HLA-DQB1 on chromosome 6p21。这句话中，class II 指的是什
么？能帮助将这句话翻译成中文吗？
（3），gene 和locus的区别何在？不都是指chromosome上的一段DNA序列吗？
非常感谢您的帮助。 |
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s******y
发帖数: 137 | 48 如果只是RNA表达的差异上不一定现在要跳deep sequence，比起microarry来说在一般
模式生物上没有太大优势。但是缺点是如果同样一组做三个重复价钱要贵不少（bar
coding 还是比较麻烦而且又多一层bias）。而且现在没有太好的分析软件，如果没有
一定的command line的经验的话分析起来还是比较费劲的。
deep sequence还是在非模式生物和一些比较特定的实验设计（alternative splicing,
allele specific expresion，etc)下优势比较明显吧。
just my two cents. |
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g***y
发帖数: 201 | 49 1. the mutated allele had dominant negative effect-most likely
2. gene dosage effect-less likely
3. There is a second random mutation happened, which is closely linked with
your targeted locus--very unlikely
possible solution:
1.You may try to breed your chimera with different mouse strains. Sometimes
mutant phenotypes are affected by genetic background.
2. If you are really desperate, you may try ovarian transplantation. |
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