m******g
发帖数: 467 | 1 Science 14.05.02
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m******g
发帖数: 467 | 2 PNAS 14.07.08
稍微了解一下：
1. Defining a personal, allele-specific, and single-molecule long-read
transcriptome
Combine PacBio with Illumina for three family member |
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y**********n
发帖数: 478 | 3 bless宝宝
先尽力回答LZ在另外一个帖子里的前几个问题吧：
1 全基因测序是不是有很多遗传病其实也测不出来，是不是和数据库有关？
是的。只有确定了基因－疾病关系的才能检查出来。另外不同的数据库差别也比较大，
有的更新很慢。
刚才搜了下，这里有最新的关于NICCD的进展，估计新鉴定的这些突变都没有被分析。
By means of direct DNA sequencing, cDNA cloning and SNP analyses, 16 novel
pathogenic mutations, including 9 missense, 4 nonsense, 1 splice-site, 1
deletion and 1 large transposal insertion IVS4ins6kb (GenBank accession
number KF425758), were identified in CTLN2 or NICCD patients from China,
Japan and Malaysia, respectively, making the SLC25A1... 阅读全帖 |
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m****e
发帖数: 489 | 4 Bornman DM, Hester ME, Schuetter JM, Kasoji MD, Minard-Smith A, et al. (2012
) Short-read, high-throughput sequencing technology for STR genotyping.
Biotechniques 0:1–6.
Kayser M and de Knijff P (2011) Improving human forensics through advances
in genetics, genomics and molecular biology. Nat Rev Genet. 12: 179–192.
Budowle B and van Daal A (2009) Extracting evidence from forensic DNA
analysis: future molecular biology directions. Biotechniques 46: 342–350.
Warshauer DH, Lin D, Hari K, Jain R, D... 阅读全帖 |
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n******2
发帖数: 11 | 5 That sounds too few. Maybe the variants had been filtered based on allele
frequency and what you saw are only the rare ones? |
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d******y
发帖数: 11545 | 6
Thanks for your help. I get their official answer:
Thanks for your email. H is used to indicate the cultivar was
heterozygous at that SNP while U means there is no allele information
for that SNP. |
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s******s
发帖数: 13035 | 7 没看这两片。不过理论上可以用polymorphysm只target一个allele，或者两个都
KO，然后加一个低表达的载体进去？ |
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D*a
发帖数: 6830 | 8 其实绝大部分cre都不是完全特异性的，总会在其他某些地方有点表达。比如brain的，
如果要神经marker，周围神经系统很可能少不了。
如果没有这方面的数据，那就只能看运气。如果有这方面的数据，那就要看你的课题，
会不会冲突。比如你研究brain 跟糖尿病 那么leak到胰腺去了肯定不行，但是如果
leak到肺什么的，那也无所谓。然后还有就是运气，如果你做knockin（就是把一条
allele替换成cre），那么大概是没啥意外，如果你是弄bac后面接cre做随机插入，那
么它自己从哪里leak，你还真控制不了，只能多做几个line挑一挑。 |
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n**e
发帖数: 2026 | 9 你的脸我是不会去打的。为打死一只苍蝇犯法不值得。当然你自己扇耳光是你的自由。
你那只瞎眼果蝇也算是精确解释吗？
缺陷基因同源染色体联会成为纯合子，是近亲繁殖导致遗传病发生率增加的原理。低等
动物近亲繁殖导致遗传病相对人较少，应该表明低等动物通过累计突变产生的缺陷基因
较少。是这样吗？
下面的回答才是“精确解释”：NO。
The major hurdle that must be overcome in the development of new inbred
strains from wild populations is inbreeding depression which occurs most
strongly between the F2 and F8 generations. The cause of this depression is
the load of deleterious recessive alleles that are present in the genomes of
wild mice as well as all other animal spe... 阅读全帖 |
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n**e
发帖数: 2026 | 10 我知道在这里说你们是科盲有点过分。不过，你们的专业知识实在是太令人失望了。
F1是什么, 子一代小鼠啊。这个概念很高深吗？如果用两个品系的inbred mice 杂交出
来的F1所有的等位基因都是杂合子。不可能有健康问题。F1是作半相合骨髓移植实验最
好的模型。我用过很多啊。
如果用野生鼠建立inbred mice，F1也不太可能出现很多缺陷隐性基因纯合子。所以基
本是正常的。专家的论著中出现问题的是F1XF1后面的事情。所以才说：one must
begin the production of a new strain with a very large number of independent
F1 X F1 lines followed by multiple branches at each following generation.
从F2开始出现 deleterious recessive alleles 。这个道理你们不懂啊？
谁是老千啊？看你们自扇耳光实在有点不人道。
发信人: xiaxianyue (下弦月), 信区: Biology
你说的F1很多正常跟jax的... 阅读全帖 |
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z****u
发帖数: 1007 | 11 CreERT 总是多少有leakage的。依不同组织，不同stage, 甚至不同的flox allele都有
区别。
得仔细检验。 |
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T****i
发帖数: 15191 | 12 混沌理论，分形几何，耗散结构论，都是二战后出现的理论，建立者应该是最高级的。
生物学从博物学开始算，能上第一级的就没几个。
我不认为生物学的最大问题是数据不够。大数据的想法本质上还是插值的想法，适合线
性和简单polynomial问题。而非线性系统想做插值运算，难度很大。 生物系统很可能
是非线性系统很多问题还可能是NP hard 问题。没有好的理论指导，有时都无法分辨那
些是有用的数据那些是噪音，也就不能从数据里得到好的结论。比如癌症领域一大堆
association study，有用的结论没多少。这么多年的omics研究，最成功的也就是
phenotype/genotype correlation一类的，也就是生物体黑箱的两端，中间还得靠一点
一滴做。至于interactome，有很多noise。
把生物体比作黑箱，黑箱两端（gene/allele 和phenotype）好办。中间的某些可以局
部分离的问题，比如信号通路，比如secretory pathway，也可以近似为一环扣一环，
线性的，也还好办。而黑箱中间很多过程（比如大多数miRNA功能，信号通路的整合，
细胞之间的通讯... 阅读全帖 |
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M*****n
发帖数: 16729 | 13 23andme 不是测序吧。就是做一个ｃｈｉｐ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，看一些
risk allele, 可靠性很有问题，如果没有保障的话，基本上就是骗钱。
俺说的是分子诊断，比如癌症基因，遗传病基因等等。都是sanger confirm的，可靠性
还是可以的。象家族性的乳腺癌，其实应该测一下序，对病人家属很有好处。 |
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j****x
发帖数: 1704 | 14 很明显我没有说23andme是基于测序了，我只是提到这个检测的费用已经低到大部分人
可以自己负担的程度了，无需牵扯保险公司。NGS目前还做不到，但趋势已经很明显了。
但我不认同基于chip的方法可靠性很有问题，至少现有数据来看可靠性足够好，当然缺
点是只能检测已知的allele/mutation，需要不断更新，不过表现已经很不错了，和FDA
的纠纷本质上是“体制”问题不是技术问题，应该可以妥善处理好。当然我前面也提到
了，对于多基因效应下risky factor的界定，目前理论上还缺乏一个统一的量化标准，
但是对于“突变-表型”明确的case，还是很靠谱的。
至于你说的这些能用sanger confirm的，都是简单的case，成本不可能高，之前的问题
是存在专利垄断，不过从近期的官司结果来看，这种专利很可能将不被保护，对大众应
该是个好消息，事实上很多临床实验室都有自己的in-house assay， 我就参与设计过
几种，但这种东西真正商业化起来，问题还是很多，但都是技术之外的了。
话说回来，我们这里谈的其实不是基于sanger而是基于NGS的诊断，相比就复杂的多了
，比如circ... 阅读全帖 |
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m****c
发帖数: 244 | 15 If you are hardcore, see the classic paper by Donnelly and Tavare: The ages
of alleles and a coalescent.
If you are just curious, see wiki entry of human accelerated regions (HARs).
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8 |
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D**F
发帖数: 54 | 16 最近用PCR鉴定 loxp小鼠
在flox区域两侧设计引物， 理论上WT 产物较短，floxed产物较长
但奇怪的是，要么只看到长的产物，要么只看到短的产物，从来没有见到过同时有长短
两条带
根据交配后代的结果显然那些只看到 长产物的小鼠中是有 loxp +/- 杂合体的
有人遇到过这种情况吗？
感觉是floxed allele在PCR中抑制了WT的扩增
但为什么会造成这种抑制实在想不明白 |
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m******g
发帖数: 467 | 17 PNAS 14.09.23
稍微了解一下：
1. Evolved tooth gain in sticklebacks is associated with a cis-regulatory
allele of Bmp6 |
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m******g
发帖数: 467 | 18 PNAS 14.09.23
稍微了解一下：
1. Evolved tooth gain in sticklebacks is associated with a cis-regulatory
allele of Bmp6 |
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m******g
发帖数: 467 | 19 Nature 14.10.02
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A******r
发帖数: 974 | 21 http://link.springer.com/article/10.1007%2FBF00259414
Molecular and General Genetics
May 1990, Volume 221, Issue 3, pp 475-485
Excision and transposition of two Ds transposons from the bronze mutable 4
Derivative 6856 allele of Zea mays L.
Michael F. Dowe Jr.,
Gregg W. Roman,
Anita S. Klein
包子酬谢。 |
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s******y
发帖数: 613 | 22
谢谢 2楼和3楼
扫了一眼 R Reed 也是其中的作者
short summary：They found that the DSX alleles alone control the mimic or
non-mimic pattern of the Papilio buttterfly. Which is contrast to the
previous hypothesis that there will be a cluster of linked loci(super gene)
to control the wing pattern.
不知道我读懂没？ 实际上他们是找到了个 不同pattern间的调控基因
还在读 一楼贴的文章
根本就停不下来！ |
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s********r
发帖数: 312 | 23 带进去一个selection marker，多筛些clone，应该可以拿到double allele mutation
的。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 24 已经有很多人都发现他们带着neo的老鼠本身就造成了allele的表达受影响了。包括我
们以前用的。wt和有neo的蛋白量差很多，表型也有影响。可能是因为rna长度变了影响
了剪切。
FRT的影响不知道。
不知道啥叫leakage。
你要真想知道，就自己跑个蛋白看看。不过这种报道出来的都好几个了。 |
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m******5
发帖数: 1383 | 25 问一下有没有什么比较好用便宜的ips generating kit？
需要用已有的genetic background and modified alleles to generate some ips
cell lines to study lineage specific differentiating.
病毒非病毒都可以。
不要太贵就行。 |
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s****l
发帖数: 10462 | 26 这些个星号是什么意思来着？谢谢
CYP2D6*1 - the most common form, considered 'fully functional'; also known
as wild-type, or WT
CYP2D6*2 - normal function except CYP2D6*2XN variants
CYP2D6*3 - nonfunctioning variant
CYP2D6*4 - nonfunctioning variant; the most common variant; rs3892097 |
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z****u
发帖数: 1007 | 27 我来设计个。
以某个stem cell specific marker X 为例,做一个tetra-alleles model
X-CreERT;Tdtomato flox;X-rtTA;TetO-H2BGFP
在开始时候同时加以tamoxifen和Doxycyclin短暂诱导。 前两部分做lineage tracing.
后
两部分作为初始标记。H2BGFP是个long live protein .只要细胞不分裂，其能在细胞
内维持一年以上。 |
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m*******3
发帖数: 25 | 28 http://www.pnas.org/content/early/2015/01/28/1500365112.abstrac
Auxin binding protein 1 (ABP1) is not required for either auxin signaling or
Arabidopsis development
Significance
The plant hormone auxin is a key regulator of plant growth. It has been
hypothesized that some auxin responses are mediated by a candidate auxin
receptor called auxin binding protein 1 (ABP1). Support for this hypothesis
mainly comes from the analyses of Arabidopsis ABP1 knockdown lines generated
by cellular immunization... 阅读全帖 |
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f******t
发帖数: 2699 | 29 Mark Estelle一直对ABP1都是存疑的吧？Friml实验室头年retract了一篇Nature还是
Science已经够说明问题了。他们实验室CNS不敢说是胡编的，至少稍低档次的文章根本
没法看，都不知道怎么能给发。至于用ABP1-5建立的途径，第一，这个是个weak
allele，本来就说不很清；第二，这个是point mutation, 本身的genetic background
可能就有其他问题。
说实在话，问题出来是好的。Friml实验室的做法已经把这整个领域作风带坏了，该醒
醒了。 |
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L********g
发帖数: 4204 | 30 同意testing allelism,但是文章对比看了一下觉得ＰＮＡＳ的这篇比较有说服力了。
另外Gray， Estelle做的TIR1/TIRs mediated auxin signaling也是比较solid，PNAS
现在比之前有进步，不像以前那样乌烟瘴气的。这个paper,感觉发PNAS没问题。
但是觉得后面的撕逼大战一定会异常精彩
off- |
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f******t
发帖数: 2699 | 31 如果只是因为这篇发在PNAS就否定它，那太武断了，PNAS还是有很多好文章的。另一方
面讲，如果没有以前这么多牛paper做背景，这paper别说PNAS了，molecular plant都
发不了。就拿出2个没表型的mutant？有什么人背书也发不了。就是因为以前的结果太
重要，这篇能引起“争议”／“反思”的东西才会有影响。我觉得这篇文章就算不十分
solid，也能算是为这个乌烟瘴气的领域敲个警钟，至少现在大家都会紧张，好好把以
前做的东西再仔细看看。
关于你说的两个可能性，我没太看懂。对ABP1
的null检测表型的方法用不着多灵敏，
因为原来的allele是embryo lethal，所以现在这个只要有活着的纯合就已经说明问题
了，更何况还是符合孟德尔遗传的。他们用的所有检测auxin sensitivity的方法都是
以前publish的paper里standard的方法，包括根生长和pavement cell的lobing
pattern。我看不出这paper做的生理方面有什么问题。唯一令我不能完全满意的是他们
证明null的证据，材料方法写的太少了，看不出mRNA的来源，另... 阅读全帖 |
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j****n
发帖数: 3370 | 32 这篇刚刚发表文章貌似就是为你准备的 haha
Massively parallel single-amino-acid mutagenesis pp203 - 206
Jacob O Kitzman, Lea M Starita, Russell S Lo, Stanley Fields and Jay
Shendure
doi:10.1038/nmeth.3223
A comprehensive allelic series for a protein of interest with a single
mutation per cDNA template can be generated using a combination of
microarray-based DNA synthesis and overlap-extension mutagenesis. |
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s******r
发帖数: 1245 | 33 不知道你的TAG指的是stop codon还是peptide tag
不管放啥，都是在做floxed 的allele的时候设计好一块弄进去，跟cre那步没关系，
cre只负责去掉floxed region
没弄过的自己实验室找个老手带着弄，否则就花钱找公司找facility做，能做这种外包
的大把，自己瞎琢磨浪费时间不值当 |
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x********e
发帖数: 35261 | 34 不确定是cis突变还是coding sequence突变？ |
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K**4
发帖数: 1015 | 35 不一定也不需要是一样的
至于这个突变，看看结构上是不是影响蛋白功能了 |
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w***r
发帖数: 709 | 36 1. Nature. 2002 Jan 3;415(6867):45-53.
p53 mutant mice that display early ageing-associated phenotypes.
Tyner SD(1), Venkatachalam S, Choi J, Jones S, Ghebranious N, Igelmann H, Lu
X,
Soron G, Cooper B, Brayton C, Park SH, Thompson T, Karsenty G, Bradley A,
Donehower LA.
Author information:
(1)Cell and Molecular Biology Program, Baylor College of Medicine, Houston,
TX
77030, USA.
Comment in
Nature. 2002 Jan 3;415(6867):26-7.
The p53 tumour suppressor is activated by numerous stressors to ind... 阅读全帖 |
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x********e
发帖数: 35261 | 37 药筛很简单吧？能活下来就是重组了的。不过sunnyday说的allele问题是关键，无解。 |
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x********e
发帖数: 35261 | 38 不管single还是double都是用筛的啊
不知道可不可以提高药的dose来筛allele |
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s*****u
发帖数: 407 | 39 Applications are invited for Postdoctoral Researchers to join research group
in the Department of Biostatistics at the University of Michigan. Research
in the lab focuses on the development of statistical methods and
computational tools for the analysis of large-scale and high-dimensional
biological data from genetic association studies and functional genomic
sequencing studies. Recent work includes: Bayesian hierarchical models to
quantify genome-wide inheritance, Bayesian sparse regression mod... 阅读全帖 |
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x********e
发帖数: 35261 | 40 LOF的情况下WT allele被floxed就可以了吧？
locus
V12 |
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s******s
发帖数: 13035 | 41 我的理解是array-based的genotyping都没法直接出ATGC的genotype, 出来的都是
cluster的AA/AB/BB。这个要变成ATGC，只有用minor allele frequency去猜，但是
maf如果接近0.5，这玩意岂不是错误很多。
就算错了，做gwas估计问题不大。但是imputation的时候，一堆正确的genotype里面
有一堆相反的，用这个数据impute，岂不是错误百出？！还是我理解有问题？
想了一下，也许这些maf接近0.5的也比较集中，另外，就算相反，maf接近0.5的对
imputation提供的information也不多（比maf0.1的少的多了），是不是这个原因
大家都不care了？ |
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s******s
发帖数: 13035 | 42 谢谢了。我对minor allele这种定义非常深恶痛绝。 |
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c*******e
发帖数: 5818 | 43 有一个allele，我们做了TALEN，因为没有合适的限制性酶，用了T7, T7 indicate 可
能有“indel"，我的问题是，如何确认这个”indel"，不知直接deep sequence之类可
以不，不太想做PCR TA clone，然后做regular sequence。谢谢。 |
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h****n
发帖数: 333 | 44 我自己就用过呀，不好用不会向你推荐的：）
我做的TALEN alleles都是用这个软件看的
不相信的话手动检查一下，一般都是对的，除非测序结果太难看 |
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h****n
发帖数: 333 | 45 啊，你是说你要看注射TALEN以后的第一代吗？那个确实没办法直接PCR测序，本来就是
各种indel的混合。我说的是outcross以后拿到单一allele以后的办法。
其实PCR以后TA cloning以后再sanger测序不难啊，也就顶多一个礼拜的工作量。
用HRMA的办法就可以不用测序了，省事很多。反正第一代本来就是mixture，无所
谓立刻知道到底有哪些indel。outcross以后拿到稳定单一hets再测序确定好了
你们实验室如果有能做HRMA的仪器也行,不差钱就买一台，不然到别的实验室蹭机子用
也成啊lol |
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A*******e
发帖数: 284 | 46 他们组发这么低，不是有问题就是风向变了。
GOF 不可靠，不能清楚地说明植物体内问题。abp1-1不能被互补，说明不是它引起表型
吧，这些牛人们灌水之余，也该下点功夫踏实的做点遗传吧，多分析几个allele不行吗
，做做几轮回交。当然也可以是做了，不想show。 |
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T*G
发帖数: 600 | 47 If alleles are available.
P16CreER:RosaDTA
or
P16CreER:RosaDTAR then inject DTA
If you don't necessary need to characterize postnatal phenotype, can also
use P16Cre |
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C****n
发帖数: 79 | 48 先感谢版上的各位大虾，经过trouble-shooting，CRISPR在我们这个真菌里总算work了
。不过现在有个现象我解释不清楚，由于本人遗传学不是很强，所以想再次请教一下专
家。
我拿到单mutant后，sequence了target，但是很奇怪，sequencing结果显示我们这个
diploid的真菌只有一个单一的mutated target，这是为什么呢？NHEJ是随机的，理论
上说， diploid应该会出现两个allel不同的情况。是发生了gene conversion了，还是
其他原因？谢谢 |
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C****n
发帖数: 79 | 50 两个allel都改了倒是不错，但是都改成一样的。另外我没有加入donor DNA，这就很奇
怪。 |
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