J*****3
发帖数: 4298 | 1 第2章 生物进化论的证据
许多科学分支都为进化论提供佐证
各种各样的证据都为科学地了解生物进化论做出了贡献。有些证据早在19世纪或以
前就为科学家所熟知，例如早就灭绝的动物的化石和物种的地理分布等。另外一些证据
直到20世纪和21世纪才可能得到，例如DNA序列的比较。
进化论的证据不止是来源于生物学，还来源于历史上和现代的其它学科的研究，比
如说人类学、天体物理学、化学、地质学、物理学、数学、以及其它的科学分支，包括
行为和社会科学等。天体物理学和地质学已经证明，地球的年龄足以通过生物进化产生
我们今天所见到的物种。物理学和化学测定年代的技术为进化历史中的关键事件打上了
时间标记。其他物种的研究揭示，物种之间的延续性不仅以物质形式体现，行为也同样
具有延续性。人类学的研究为人类的起源提供了新的见解，使我们更好地了解生物学和
社会人文因素之间的相互作用，这些人文因素是指人类行为及社会体系的总和。
像所有其他活跃的科学领域一样，许多问题仍然有待于回答。生物学家仍在坚持不
竭地继续研究生物之间的进化关系、影响生物形态和功能的遗传变异、生物对于地球物
理环境的影响、智能和社会行为的进化、以及其... 阅读全帖 |
|
o***1
发帖数: 592 | 2 宗教社团言论摘录
许多宗教派别和宗教领袖个人发表声明，承认进化的发生，并且指出进化和
信仰并不冲突。
“在有关人类起源的进化论与上帝乃造物主的教条之间没有矛盾。”——基
督教长老会
“学生对进化论的无知将严重危害他们对世界和自然法则的理解，用‘科学
的’面目给他们介绍其他学说将使他们对科学的方法和标准产生错误的概念。”
——美国犹太教教士中心协会
“在他的教皇通谕《Humani Generis》（1950）中， 我的前任庇护十二世
已经肯定，只要我们不丧失某种固定的信念，在进化论和有关人类及其使命的信
仰教条之间没有冲突……今天，在该通谕发表半个多世纪以后，有些新的发现引
导我们承认进化不仅仅是假说。实际上，在不同的科学领域一系列的发现之后，
这个理论不可思议地对研究人员的心灵产生愈来愈大的影响。这些独立研究的结
果综合起来——既不是预先计划，也不是有意为之——构建了对该理论极为有益
的重要论点。”——教皇保罗二世，给教皇科学院的信，1996年10月22日。
“我们，下面签名的，来自许多不同传统的基督教牧师相信，《圣经》的永
恒的真理与现代科学的发现可以和睦地共处。我们相信进化论是科学... 阅读全帖 |
|
g*****p
发帖数: 451 | 3 技术上又没啥突破
自然做起来辛苦，我看现在做的欢的有五拨思路
1.花个二十年建改造技术（只对某种膜蛋白适用），并花力气搞个自动化筛选平台，专
攻一类膜蛋白。有了结果以后可以以技术优势，继续发几个结构挖几桶金。当然等大家
都学会了就没有太大优势了。不过这还是很牛的。
2.搞大工厂，搞个百八十号人。用传统方法用人海战术筛好做的做，只要有1-2篇cns交
帐就ok.当然剩下的都是炮灰
3.从低等生物做起。比如细菌什么的，因为蛋白相对而言表达、稳定性和复杂程度还是
比真核生物强点。这种呢有些结构还是非常重要的，但还有很多也就是些没人care的东
西，
不过膜蛋白相对而言还是比较难做，文章可以顶着膜蛋白的光环跟cns editor讨论一下
，发出来还是有指望的。不过讲工作的时候就没啥意思了，一般会在新闻里吹吹自己发
了cns,虽然没啥意义。
4.经常去开会和打听消息探听情报，从人家组里“偷”半成品。因为这个东西有时候周
期很长，很多组做了4、5年有了结果，保密工作就不好了。有人就专门去探听这种东西
，偷人家的小trick,然后多上几个人跟人家compete
5.老板有个性有兴趣的，做了几十年的单... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 4 新型冠状病毒2019-nCov的爆发引起了人们对于此突发性公共卫生事件的高度关注。冠
状病毒的刺突糖蛋白（Spike glycoprotein, S glycoprotein）是疫苗、治疗性抗体的
研发以及临床诊断的关键靶点。
为了协助对该流行性疾病进行医学防护措施研发，2020年2月15日，美国卫生总署(NIH)
与德克萨斯大学奥斯汀分校Jason S. McLellan研究组（McLellan组在病毒结构方面做
了很多重要的工作，包括MERS等，有着丰富的经验）进行合作在预印版平台bioRxiv发
表文章Cryo-EM Structure of the 2019-nCoV Spike in the Prefusion Conformation
，利用冷冻电镜技术分析了新型冠状病毒表面S蛋白的近原子结构。另外作者们通过生
物物理以及结构方面的证据发现，SARS-CoV-2的S蛋白结合人体ACE2（宿主细胞受体血
管紧张素转化酶2）【1,2】的亲和力要远高于SARS-CoV的S蛋白，解释了新型冠状病毒
传染性之强的主要原因。
新型冠状病毒是会引发发热、严重呼吸道疾病及肺炎的人传人的病原... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 5 尼玛，最后还得中科院上，对不对？
2月15日下午，国务院联防联控机制于北京召开新闻发布会，介绍药物研发和科研攻关
最新进展情况。会议上介绍称，在疫苗研发方面，我国已经开展了灭活疫苗、核酸疫苗
、重组疫苗等多条技术路线的研发。
科技部生物中心主任张新民指出，党中央高度重视新冠肺炎疫苗的研发工作，科研攻关
组成立伊始，就将疫苗的研发作为重中之重的主攻方向，组织了全国优势单位进行联合
攻关，加速推进疫苗研发。由于新冠病毒是一个新病原体，疫苗研发难度比较大、周期
比较长。为确保尽早研发成功，在科研攻关应急项目中我们并行安排了多条技术路线，
包括灭活疫苗、mRNA疫苗、重组蛋白疫苗、病毒载体疫苗、DNA疫苗等并行推进，切实
保障成功率。同时在联防联控机制下，积极协调多个部门给予疫苗研发团队全方位的保
障和支持，使研发工作进度更加紧凑、更加高效。
中科院微生物所研究员严景华在会上介绍，疫苗研发有很多策略，各种疫苗有各自的特
点、优点和缺点，它们都是相辅相成的。我们单位是科学院团队，我们承担的工作是重
组的蛋白疫苗。重组蛋白疫苗是把一个病原体最有效的抗原成份基因拿出来，进行体外
重组，表达蛋白，然后... 阅读全帖 |
|
s******s
发帖数: 13035 | 6 我瞎说两句，可能没理解你的问题。
你是打算做seq还是pcr? seq的话所有基因都看到，pcr的话你怎么做
定量？realtime? 另外，组蛋白是everywhere，除了start site低一点，
你怎么设计引物？还是你打算看特定位置的组蛋白，比如-1? |
|
O*C
发帖数: 649 | 7 你要看组蛋白上面什么样的变化？methylation, Ub, Ac?还是和dna bind的dynamic？
每个nucleosome里面组蛋白是个octamer，h2a, h2b, h3, h4 X2，外面饶130左右个bp
，你要看那个？ |
|
s*********t
发帖数: 600 | 8 H3K9Me2和H3K9Ac不是组蛋白，只是组蛋白H3尾巴上的某个氨基酸的修饰。针对这些修
饰有特异的抗体（当然有的不像自己声称的那么特异）
选K27me3/2 K9me3/2/1 K4me3/2 K9ac看看，再用针对H3的抗体做control，normalize
在TSS前边选几段 做Q PCR
还可以看H2Bub，pol II的磷酸化吧，根据你的实验和对细胞的处理 |
|
u**********d
发帖数: 573 | 9 其实这个问题可以再分一分。处理后组蛋白甲基化总量的变化还是在基因组上分布的变
化？前者我相信可以开发出类似钙离子指示剂那样的东西出来，后者对于基因组特异位
点上的组蛋白甲基化变化应该也是可以实现的，类似yeast two hybridization或者
FRET |
|
a*******a
发帖数: 4233 | 10 K几？
我觉得你染一下组蛋白的甲基化酶和去甲基化酶
用他们的启动子做gfp reporter去分细胞可能还容易点。
直接做组蛋白的话， K9-3， K27，可能还能设计一下reporter
其他的修饰。。 很难。 |
|
m******5
发帖数: 1383 | 11 小弟刚从生化转到发育领域玩
目前正在做一个Homeodomain protein,查10年来的相关的发育领域的文献（DB,
development）非常奇怪地发现都只有in situ 检测蛋白表达和分布，没有免疫组化，
也没有western
我试了市面上所有commercial抗体，也都不能在组织里检测到（western 和免疫组化）
作为阳性对照，转293 overexpress的蛋白检测起来都是没问题的
PS ：我做组织裂解液是用RIPA+超声打散的办法（组织在RIPA buffer里沉淀后直接用
超声打匀，反复三次），理论上也应该没问题？
求指教！
另外还有一个好奇的地方：很多做发育的文章也都只用ｉｎ ｓｉｔｕ来说明问题，这
是什么原因呢？ 是因为组织里免疫检测不到很正常？
另外，没有蛋白水平的检测能说明问题么？ 比如可能蛋白质已经被truncate 了 ，或
者蛋白质aggregate了 ，或者被调控降解了 ，这些都是不能用简单的insitu来证明的
吧？ |
|
g*********d
发帖数: 233 | 12 《Cell》文献翻译:基因表达的小RNA调节因子
Cell 134, 899 – 902, September 19, 2008
Joel R. Neilson and Philip A. Sharp
今年Lasker基金会承认了Victor Ambros、Gary Ruvkun和David Baulcombe在推断
小RNA分子在真核基因表达的转录后调节中所进行的开创性工作。
分子生物学是一门年轻的学科，如同充满了未开发土地的新大陆。有关小RNA在基
因调节中的作用的重要发现是这门年轻学科中还有许多未开发的重要领域的一个例证。
9月26日，几位先驱（麻州大学医学院的Victor Ambros、麻州总医院和哈佛大学医学院
的Gary Ruvkun和剑桥大学的David Bulcombe有关小RNA的发现将被授予2008年Albert
Lasker基础医学研究奖。
历史上先驱者以及他们的发现的意义通常被忽略，只是在很多年之后才被承认。
Ambros和Ruvkun所发表的描述第一个微RNA及其标靶的优秀论文（发表在高深的Cell杂
志上）被忽略了近10年。与此同时，... 阅读全帖 |
|
h*******k
发帖数: 975 | 13 晶体组和信号通路，无非是当年打通美国东西铁路的火车站和枕木。
王小东，施一公，这些工头人物，无非是铁路华工里混的好一些，穿的象个人一样，能
和美国爹讲几句话，甚至爬到一个桌子上吃个饭的。
但是有谁会承认美国铁路网是华人控股，设计的呢？美国最鄙视的是被利用的奴隶劳工
，最尊重的是投机和杀人拿地。美国对施一公的尊重，还不如对法轮功的尊重。在物质
报酬上，法轮功的头子，拿的也远远超过施一公。
信号组，晶体组，蛋白组，这些概念，早被 Lee Hood 这些恶霸拿去了。第一个受体
kinase 的概念被证明以后，永远不会有人因为发现下一个 kinase 得什么奖。
中央太平洋铁路全长 690英里，在这漫长的征途中，铁路工人共828万次挥动铁锤，钉
进276万根道钉，完成了这举世瞩目的工程，这其中有超过五分之四的工作是由华工完
成的。
非常遗憾的是，在铁路开通的庆典仪式上，竟然没有邀请一位中国人参加。
蛋白组共计10万个分子，有五分之四是千老完成的，在庆典仪式上，可能有一个中国人
参加，他叫杨焕明。 |
|
n***p
发帖数: 79 | 14 http://paper.people.com.cn/rmrb/html/2016-05/30/nw.D110000renmrb_20160530_5-11.htm
本报北京5月29日电 （记者赵永新）近日，清华大学颜宁课题组与中国疾控中心、中
科院微生物组高福院士课题组合作的一项最新成果，在世界上首次解析出NPC1蛋白的清
晰结构，并初步揭示了它的工作过程，从而为干预、治疗罕见遗传疾病“尼曼—皮克病
”和埃博拉病毒打开了新大门。
颜宁教授过去9年一直针对胆固醇代谢调控通路进行系统的结构生物学与生物化学
研究，高福院士一直从事包括埃博拉病毒在内的重大传染疾病相关病毒入侵机制的结构
生物学研究。他们合作的研究论文《NPC1蛋白介导胆固醇转运和埃博拉病毒入侵的分子
机制》，发表在5月26日的《细胞》杂志上。该论文在国际学术界首次报道了人源胆固
醇转运蛋白NPC1的4.4埃分辨率冷冻电镜结构，并分析探讨了NPC1和NPC2两个蛋白协作
介导细胞内胆固醇转运的分子机制，同时为理解NPC1介导埃博拉病毒入侵的分子机制提
供了分子基础。
据悉，“尼曼—皮克病”是一类因为胆固醇、鞘磷脂等脂类代谢失... 阅读全帖 |
|
f***y
发帖数: 4447 | 15 施一公组首次报道人源剪切体原子分辨率结构
http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2017/5/376111.shtm
2017年5月12日，清华大学生命学院、结构生物学高精尖创新中心施一公研究组于《细
胞》（Cell）在线发表了题为《人源剪接体的原子分辨率结构》（An Atomic
Structure of the Human Spliceosome）。这是第一个高分辨率的人源剪接体结构，也
是首次在近原子分辨率的尺度上观察到酵母以外的、来自高等生物的剪接体的结构，进
一步揭示了剪接体的组装和工作机理，为理解高等生物的RNA剪接过程提供了重要基础。
在真核生物细胞内，大多数基因是不连续的，它们的编码区（exon）被称为“内含子（
intron）”的非编码序列隔断。在基因表达过程中，内含子需要经过“剪”和“接”这
两步化学反应被去除，从而使得编码区可以连接成不同的信使RNA（mRNA）。同一个基
因，因为内含子的边界和数量不同，经过剪接，便可以产生出多种编码蛋白的mRNA。
RNA剪接是所有真核生物特有的过程，是真核生物“中心法则”的关键步骤之一，也被
认... 阅读全帖 |
|
h**********d
发帖数: 30 | 16 基本情况：
E.coli C43, cyoABCDE knockout(Km)表达cytochrome bo3, tyrA knockout(Cm)
tyrosine生物
合成中的一个酶（从prehenate到4-hydroxy-phenylpyruvate)
pAc-YNH2 plasmid(Tet): proK promoter + 6 copy of M.j tyrosine tRNA, glnS
promoter
+ 3-aminno-tyrosine M.j tRNA synthase (M.j is an archea strain)
pET plasmid(Amp): T7 cyoABCDE w/ cyoB Y288Amber stop codon mutation
要表达的是cytochrome bo3 mutant protein, 在蛋白里genetically引入一个非天然氨
基酸
（peter schultz组的技术，pAc-YNH2质粒也是从他们组拿给MIT的STUBBE组做的，她们
组没遇
到过这个质粒的问题）
这两个质粒同时存在于E.coli c43里的时 |
|
f*****y
发帖数: 464 | 17 见多识广的高人们来说说。我可以看看相关的paper.
我做的一组gene就似乎是这种情况，至少实验结果是这样。
我是做的是不常用的动物模型。他人paper显示这组gene在别的动物的某些组织和条件
下都有RNA和蛋白一起变化。我用了同样的抗体在我的动物模型，不同的组织和条件，
虽然western有条带，就是做不出来蛋白变化。不知道能不能相信。欢迎高人指点。 |
|
h**********d
发帖数: 30 | 18 好的，我也只好一个一个条件慢慢尝试了。
我是让colony在2YT里长到饱和（1.5到两天）后转入M63培养基的，这个以前也是成功
的，并
且是参照文献上类似工作做的。我一般都是从板上挑最大的几个菌落开始长，当然它们
也是长
得最快的。开始诱导都是在E.COLI进入600纳米吸收值0.6到0.7之间（我个人觉得OD高
一些有
利于细胞内低GLUCOSE，高cAMP两个条件满足引发表达，是这样么？）。
我从来没尝试过降低温度表达，因为实验室用的E.COLI C43是专门优化表达细胞色素氧
化酶这
类的膜蛋白的，我这次打算用37，30，25都尝试一下？
诱导后一半长菌4个小时，久了会形成干扰的杂质蛋白CYTOCHROME OO3,大概1，两个小
时黄色
的E.COLI就会开始变红，意味着蛋白已经积累到可以目测的程度了。
蛋白的纯化我到不担心，这个在组里已经是很常规的步骤了，首先它都在膜里的，不会
在清液
中，其次有没有蛋白从颜色就可以看出来，棕红的细胞膜就对了，呵呵。 |
|
l****y
发帖数: 398 | 19 我比较看好nanopore类似的新技术用在蛋白上，实现真正的蛋白组全覆盖。
质谱蛋白组先天不足太多，勉强凑合，做出来的东西实在问题多多。 |
|
x****6
发帖数: 4339 | 20 几年前，叔就明确表示谢是仍然活跃在科研一线科学家中的华人翘楚。
原因如下：
1. 他在以下几个基础科研领域中做出开创性贡献
1.1 单分子酶学，世界少数几个率先使用光学显微镜研究单分子酶反应动力学的科学家
之一--》在理论和实践上为这个领域奠基。
1.2 (单/寡细胞尺度)基因表达的噪音--》领先世界的实验观察
1.3 单细胞基因组学/转录组学/蛋白组学--》领先世界的实验观察
2. 把单分子/单细胞的基础科研技术扩展到应用领域
他的单细胞测序技术MALBAC已经应用于产前诊断；已经带来实实在在的社会效益。这比
一一公吹照个蛋白裸照来解决老年痴呆症靠谱十条街不止。
总结，谢以扎实的物理化学家的背景，围绕微观尺度下化学反应和宏观尺度化学的差异
性这一中心主题（细胞是微观、烧杯是宏观），从单分子、单基因的行为，上升到全基
因组的整体状态，把中心主题展开的既系统又深入。并且最终落实到医疗应用，他的技
术平台也为将来精准医疗的成熟和普及提供了实实在在的技术储备。
生命科学不太可能出现82，老爱那种在本质上改变我们认识宇宙的牛人；但是谢晓亮这
种带我们获得新知，并且这种知识还能够让人类受益的科... 阅读全帖 |
|
A****i
发帖数: 71 | 21 本人Pharmaceutical Sciences PhD第五年了，准备毕业找工作，集中精力找工业界的
工作，去年去AAPS会议感觉做bioanalysis是个方向，可是大概投了半年简历了，一份
回信的都没有，请问前辈是不是我做proteomics的background不好啊，目前准备找
postdoc了，请问我可以转哪些方向做博后以适应工业界的要求。
本人的background：
1. 国内master期间，做的天然产物的PKPD，还有一些代谢组，主要用LC-TripleQ。
2. 美国PhD期间，主要做的糖尿病人muscle biopsy的蛋白质组和各种蛋白修饰的组，
用的Thermo的Orbitrap（Elite，Fusion，Lumos）。
3. 其次，做了一些分子生物学的东西，建质粒，overexpress，knockdown，ELISA，
Western。
4. 因为我们自己做很多Human sample，所以当了两年的clinical study coordinator
，基本了解protocol的writing和申报IRB的东西。
现在想转一个好找工业界工作的方向，跪求... 阅读全帖 |
|
w**********g
发帖数: 1985 | 22 南京大学miRNA理论颠覆转基因安全神话,引世界轰动!
核心提示：南京大学张辰宇教授课题组一项非常令人惊奇的发现——植物的微小核糖核
酸（microRNA）可以通过日常食物摄取的方式进入人体血液和组织器官。并且,一旦进
入体内,它们将通过调控人体内靶基因表达的方式影响人体的生理功能,进而发挥生物学
作用.南京大学的miRNA理论发表以后引起世界极大关注，美国老牌权威杂志《大西洋月
刊》不得不发出惊呼：转基因食品确实具有非常真实的危险，会给人类的健康带来麻烦！
这回真的是“麻烦大了”，因为转基因的生物被人类做了手脚后，牵一发会动全身，那
么复杂的一个巨大系统，往里面插几个基因，算是“已知”的改动，会不会因此多了或
者少了几个microRNA？在新知的微小核糖核酸面前，转基因食品的安全性是不可能有保
证的，因为干转基因、测转基因的那一套“严格的”规定，根本就没有考虑微小核糖核
酸。而肆意生产销售的转基因食品饲料对动物的杀伤力，已经被一再地证明了。那个只
能骗骗傻子和官员的“小鼠7天灌胃”实验，无疑已经永远钉在中国科技史的耻辱柱上
了！
转基因毒蛋白进入人体血液的机理，终于被揭开了!
附文一... 阅读全帖 |
|
y********g
发帖数: 22 | 23 结构生物学有啥用？就好像问学建筑有啥用，不就是把转头水泥钢筋堆起来吗。
问搞定向爆破的有啥用，随便放个炮不就行了。
问拷起来的找钥匙干吗，就一直背着手呆着好了，或者等它锈掉断掉。
设想没有DNA双螺旋结构的解析，现代分子生物学不知道要推迟多久？它的应用像DNA侦
测罪犯，亲子鉴定也不会有吧。
蛋白结构用处应该不少吧，结构是功能的基础吗。至少可以看看分子，病毒，细胞，组
织是由什么堆起来的。要是有个蛋白变异了可能框框就堆不起来了，镰刀形红细胞是咋
回事？疯牛病是咋整的？
堆好了框框里还得有东东可以动啊，要不像汽车没轮子。你动一哈胳膊就要烧肱二头肌
里的葡萄糖，烧它要氧气，不然你马上变酸了，为啥氧气好好的在肺里要跑肌肉里去，
回答这个问题的需要结构生物开端鼻祖们做的两个蛋白：血红蛋白和肌红蛋白的结构提
示的信息。
现在结构做烂了，弄个漂亮的图发个好文章都背离了初衷。反倒工业界还实在点，我就
死磕结构搞个药出来，谁说结构没用？有没有? |
|
n******e
发帖数: 110 | 24 谢谢指点。收藏了！
不过现在比较疑惑的问题是，这个比较蛋白在肿瘤和正常组织的表达那种方法合理：
是比较在一样的总蛋白中的表达量，还是通过一些house keeping基因的蛋白作为参照
来上样。
在培养的细胞中，这两种方法可能会比较一致。可在临床组织里，至少在我买到的两组
样品里差异还是很大的。这个在你的这篇文献里也有表现。
主要是样品太贵了，目标蛋白本身含量就少，要再去normalize，太费了。要不就不这
么纠结了。 |
|
g*****n
发帖数: 241 | 25 我最近在比较C. elegans不同的突变体里的两个蛋白表达量的变化，结果总是重复性不
好。
1：我预测蛋白A在某个突变体里表达量增加，用了两组biological repeats，都很明显
。但因为actin量不一样（mutant比wt 的actin少5倍，但蛋白A的量反而还高一些），
我就重新调整了上样量想做个好看的图(technical repeats)，结果调整了之后反而A的
增加没有那么明显了，只是略微增高。
2：蛋白B我预测也是在突变体里增加，做了一遍WB很明显，然后做了两个不同的
biological repeats，结果变成了几乎没有变化。
我现在纠结的是到底是我WB的技术环节出了问题，还是由于其他什么原因？我觉得1和2
很可能属于不同的原因。
PS：我用来做比较的WB条带没有饱和。
谢谢大家 |
|
e*******6
发帖数: 72 | 26 公司简介：
安必奇生物科技有限公司是一家新兴的生物产品研发服务的公司，成立于2005年，总部
Creative Dynamics 位于美国纽约州，是一家创新型企业。公司依托深厚的国际资源背
景、经验丰富的留美科研人员致力于生物产品和化学产品的研发服务，在北京、天津、
成都、西安、兰州均设立有子公司，并继续在全国各地（如上海、武汉等城市）兴建子
公司，最终做到公司布局全国化。公司坚持以美国总公司为主导，子公司专业经营的联
合运营体系作为公司高效运营的组织基础，经过几年的不懈努力，公司已初具规模，目
前已为300多家国际领先的制药公司和科研机构提供产品和服务，客户遍布欧美、日本
、新加坡等各个国家，我们奋斗的目标是创立自己的企业品牌，成为全球知名药企。
公司十分重视人才建设，对于优秀人才，我们承诺年薪在20万以上。
国外留学人员在京任职，可解决户口。
国内优秀员工可办理北京工作居住证。
在美国任职，可办理H1签证。
诚聘职位：
化学技术支持
合成专员
药物研发专员
基因组学项目经理/高通量测序项目经理
分子诊断项目经理/IVD注册项目经理
基因工程动物项目经理/药理药代毒理学项目经理
分子... 阅读全帖 |
|
C*******e
发帖数: 4348 | 27 刚从一个会议回来
有个talk就像放了一颗卫星一样引起大家广泛关注和讨论
不知道版上有没有讨论过
写下来和大家分享哈
就是斯坦福搞了个超级强大的Free Electron Laser
"ultra fast",大概3-60 fs
"extreme high intensity"，差不多是目前第三代Synchrotron的10^12倍(十的十二次方)
Linear的，占地小
最神奇的是Arizona State一个组用这个超级高能的Laser做蛋白结晶的衍射
不仅能收集到衍射pattern
而且居然没有 crystal damage
最最神奇的是，不需要大的蛋白晶体了
都用的nm scale的，大概只有几百个分子的，肉眼看不到的晶体
全部全自动，用auto sampler上样
不需要在cryo-protect，不要mount，不用rotate。。。。
甚至可以遥控的搜集数据
但是数据量非常之大，大到必须要考到硬盘上寄走，无法直接联网下载
talk之后传统搞结构的纷纷喜忧参半
因为大概十年内大家都会开始用这种方法得到蛋白结晶的衍射数据
不用再长很大的晶体会使解构容易不止十倍
以前学的各种t |
|
C*******e
发帖数: 4348 | 28 是啊，其实这个Free Electron Laser在2006年就建了
我一会儿贴个图上去，是第一个用FEL衍射然后“解构”的一张图片，是发表在2006年
的Nature
Physics上的
给talk的那个组就要发Science文章了，他们是第一个用这个FEL搞蛋白结构的
一开始没有任何一个组织愿意给他们资助
因为没有人相信这么大的能量下蛋白不会被摧毁，
没有人能相信他们能拿到衍射数据
现在嘛，$$$$滚滚而来啊～
而且可以说是将会彻底改变蛋白结晶的现状 |
|
r********g
发帖数: 109 | 29 你用免疫荧光检查的，不就是你的目标蛋白聚集吗？你是怀疑抗体吗？还要分析什么组
分？我觉得重要的是要把该蛋白的聚集和功能联系起来啊。
还有，你确定这种聚集是特异的吗？有没有看其它类似膜蛋白在受到同样刺激后也
聚集？ |
|
j****x
发帖数: 1704 | 30 其实做global docking的目的之一，就是根据具体结果来判断是否存在decent
physical interaction，这也是每年CAPRI(Critical Assessment of Predicted
Interactions)竞赛项目的核心任务。有兴趣的话可以去参考一下近几年的报告。
当然也有不依赖于结构的相互作用预测方法了，比如单纯基于一维序列分析的，基于
domain interaction mining的，再有就是基于所谓系统生物学整合分析的各种经典
PPIP方法，用来解决你所说的“有”或“无”的问题。这个领域是早年生物信息学的最
热点方向之一，不过随着多种便捷/高通量实验方法的规模化运用及大规模数据的产生
，这个领域逐渐走入数据挖掘的路线。但是这里所指的interaction，往往并不单纯局
限于physical interaction。
楼主当然也可以首先通过这些经典的PPIP方法来判断是否存在相互作用，但无论这部分
结果如何，想进一步通过已知的蛋白精细结构来辅助结果阐释，docking都是必经之路
了。当然我个人也认为离开实验依据的docking很难有真... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 31 新手求审稿。
在下生物化学博后。已发表10多篇文章，目前准备申卡，急缺审稿。在博士和博后期间
已帮导师审过十多篇稿件（IF从1-10）和不计其数的基金，会议审稿。可提供CV。 恳
请各位大佬帮忙，跪谢。qq，微信：279325968。站内信均可。
关键词： 生物标记物，检测方法和试剂，蛋白组，微流控，微阵列，表面等离子体共
振，蛋白质相互作用，生物传感器，翻译后修饰，纳米化学，表面化学，检测信号放大
，分析化学。
目前主要从事肺结核蛋白组水平生物标注物的筛选和临床应用。同时利用表面等离子体
共振研究蛋白质相互作用网络。 |
|
发帖数: 1 | 32 新手求审稿。
在下生物化学博后。已发表10多篇文章，目前准备申卡，急缺审稿。在博士和博后期间
已帮导师审过十多篇稿件（IF从1-10）和不计其数的基金，会议审稿。可提供CV。 恳
请各位大佬帮忙，跪谢。qq，微信：279325968。站内信均可。
关键词： 生物标记物，检测方法和试剂，蛋白组，微流控，微阵列，表面等离子体共
振，蛋白质相互作用，生物传感器，翻译后修饰，纳米化学，表面化学，检测信号放大
，分析化学。
目前主要从事肺结核蛋白组水平生物标注物的筛选和临床应用。同时利用表面等离子体
共振研究蛋白质相互作用网络。 |
|
v*********i
发帖数: 40 | 33 几个转录因子就能把分化细胞扭转为干细胞，那组蛋白修饰、染色体的高级结构在基因
转录中发挥什么作用？是不是微乎其微？
和转录因子是什么关系呢？ |
|
z******5
发帖数: 30 | 34 植物染色体开放状态的组蛋白修饰标志是什么?
做植物表观遗传学的牛人有谁? |
|
d********l
发帖数: 293 | 35 俺是做膜蛋白结构的，想找个组做博士后。可惜俺对美国的情况了解很少。
看了这里的很多帖子，深感碰上不好的老板简直生不如死。。。
想试试下面的几个组，但是不知道老板为人如何。还请高人指点，不胜感激。
Douglas Rees @ caltech
Eric Gouaux @ vollum
Christopher Miller @ brandeis |
|
d********l
发帖数: 293 | 36 谢谢楼上的回复。
push也就罢了，组内竞争就没什么意思了，不喜欢这种气氛。
大家还能推荐一些做膜蛋白比较好的组么 |
|
t**d
发帖数: 52 | 37 这种方法可行吗？比如观察p38的磷酸化，用p-P38 Ab做免疫组化？，但我研究的蛋白
的磷酸化抗体都是针对某一磷酸化位点的，例如p-Tyr,通常用来IP的，如果做组化，假
阳性一堆 |
|
h******u
发帖数: 602 | 38 用石蜡切片。
以前做免疫组化检测某蛋白在肿瘤中表达的时候，正常组织和肿瘤组织相近，在一张切
片上，因此很容易比较，染色条件肯定一样，没误差。
现在检测白血病骨髓（AML)中某蛋白表达变化，用正常的骨髓做对照，没法将他们放到
一张片子上。虽然说染色条件一样，但不同时间做的染色肯定会有差别，比如同一张片
子今天和明天染色可能就有差别。如何做能最大程度的减少这种因素呢？
谢谢了。 |
|
g******a
发帖数: 63 | 39 我想以H3K9Me2和H3K9Ac两个组蛋白为例，看他们在DNA上的结合多少，来表明该基因是
被抑制还是被激活。
bp |
|
g******a
发帖数: 63 | 40 我也不知道是不是我问题问得不好，还是我了解太少，为什么回贴的各位大哥都很
confuse似的，把基础知识说一遍，反过来问我一堆问题，如果组蛋白结合的情况各异
，很难一两句讲明白，不如能发我个有代表性的文章或综述最好了 |
|
g******a
发帖数: 63 | 41 我只是准备用组蛋白抗体做常规的chromatin ip来看基因启动子区域是活化的还是抑制
的，教我用哪个抗体做哪段dna的pcr就好了嘛 |
|
O*C
发帖数: 649 | 42 这回知道你要干什么了。不过我不是做分子生物学的，只知道怎么合成各种组蛋白。不
知道你能找到好的抗体不？印象中Me2，Me同一个抗体都识别。还有你怎么确定这个H3
的PTM只有你要的K9 Me2 or Ac？ |
|
m******n
发帖数: 121 | 43 想在活体组织中看一个细胞处理后组蛋白甲基化是否变化，有没有什么报告的方法呢？ |
|
g*********3
发帖数: 177 | 44 对于后者如果是做whole genome in vivo/real-time怎么做，做单个locus还可能，不
过做whole genome好像不太可能吧~
有没有前人做过~ 谢谢unfieldified
不过对于组蛋白总量的变化，感觉对于处理或者未处理的，总量不回变化太大（瞎猜的
~），当然对于TET这种很general protein除外~ |
|
j****x
发帖数: 1704 | 45 特异性仍然是个大问题吧，核心问题还是抗体
quantitative proteomics也差不多到了该有突破的时候了吧，再过个两年，全蛋白组
扫描差异表达蛋白能够就像现在全转录组扫描差异表达mRNA那么轻松，那该是多么拉风
的一件事啊 |
|
e***o
发帖数: 344 | 46 想表达10个好的标签蛋白（如HA, FLAG, V5, GST什么的）在小鼠脑里，也可以是被二
抗识别的一抗的序列。植物里线虫果蝇什么里的抗原也可以。然后直接标记抗体做多色
的免疫
组化。要求是特异要很好。最好不太贵。谢谢。
希望各位有一手亲身经历的XDJM们多多帮助。一个好的抗原序列加上一个抗体的信息就
答谢一个包子。 |
|
K******S
发帖数: 10109 | 47 orbitrap calibrate好了，加上LOCK MASS,
有的组喜欢做score board的东西，象你说的5000个蛋白这种。2%和5%的区别是什么？
少找了200个蛋白对整个试验不会有影响的，全是的有后续的验证，或者生物学上的意
义。现在这种work flow已经很成熟了，是个LAB就可以作出来。
FDR怎么会对定量的precision/accuracy有影响呢，试验的设计和用的方法更重要。这
行里有句话是“JUNK IN, JUNK OUT",反过来说就是类似真金不怕火炼，真正的东西最
后无论你如何分析数据都会显露出来，那些在FRINGE附近的东西反正也是摸能两可的，
要不丢掉，要不就合成标准品验证。
还是那句话，如果后续试验可以验证你的结论，或者支持你结论的MS/MS没问题，没有
必要纠结整个data set的FDR是2%还是5%. |
|
K******S
发帖数: 10109 | 48 orbitrap calibrate好了，加上LOCK MASS,
有的组喜欢做score board的东西，象你说的5000个蛋白这种。2%和5%的区别是什么？
少找了200个蛋白对整个试验不会有影响的，全是的有后续的验证，或者生物学上的意
义。现在这种work flow已经很成熟了，是个LAB就可以作出来。
FDR怎么会对定量的precision/accuracy有影响呢，试验的设计和用的方法更重要。这
行里有句话是“JUNK IN, JUNK OUT",反过来说就是类似真金不怕火炼，真正的东西最
后无论你如何分析数据都会显露出来，那些在FRINGE附近的东西反正也是摸能两可的，
要不丢掉，要不就合成标准品验证。
还是那句话，如果后续试验可以验证你的结论，或者支持你结论的MS/MS没问题，没有
必要纠结整个data set的FDR是2%还是5%. |
|
s******y
发帖数: 28562 | 49
到目前为止支持的力度真的很大。但至于说和临床很接近，我作为一个蛋白研究者不客
气的评价一句脏话：
接近个屁！
目前蛋白质组还没有很可靠的大通量的定量分析方法（这个是最近的方法学的研究重点，
但是成型的方法真的没有）
在这个前提下搞什么蛋白组研究和开玩笑没有什么区别。 |
|
s*********y
发帖数: 292 | 50 个人感觉，结构生物学这个领域是因为技术壁垒才存在的。从科学的角度来讲，做结构
应该是那帮做生化的人应用的一个技术，只是这个技术太难了，所以分出来一帮专业的
人来鼓捣这个东西。类似的还有生物信息学，早些年的蛋白组。蛋白组这个东西走向没
落很大原因就是因为技术壁垒正在逐渐的消解，使其从一个“学科”走向一个“常用工
具” |
|
