c***y
发帖数: 615 | 1 昆虫细胞genome, 预期500M, 早起illumina shotgun data （外面公司做的）, 做了一
个assembly, but very fragmented; 最近pacbio data （core facility）, 又有一
个assembly. pacbio assembly was polished by pilon with illumina reads.
想请教下有没有tool, 可以merge pacbio assembly and illumina assembly.
多谢了！ | S****8
发帖数: 1 | 2 interesting.
如果没有现成工具，应该可以叫CS 的人做出来。。
【在 c***y 的大作中提到】
: 昆虫细胞genome, 预期500M, 早起illumina shotgun data （外面公司做的）, 做了一
: 个assembly, but very fragmented; 最近pacbio data （core facility）, 又有一
: 个assembly. pacbio assembly was polished by pilon with illumina reads.
: 想请教下有没有tool, 可以merge pacbio assembly and illumina assembly.
: 多谢了！
| n******7
发帖数: 12463 | 3 直接做hybrid assembly
当年pacbio就靠这个活过来的
我之前做过一个细菌的，结果完美
当时用的一个叫ace啥的俄罗斯软件 | g********6
发帖数: 86 | 4 你这个Pacbio assembly已经用Illumina data polish过了，再merge有什么意义？
Pacbio测得不够深？ | c***y
发帖数: 615 | 5 Pilon used bam. But independent Illumina assembly should contain more
information than that.
所以相比较下
【在 g********6 的大作中提到】
: 你这个Pacbio assembly已经用Illumina data polish过了，再merge有什么意义？
: Pacbio测得不够深？
| c***y
发帖数: 615 | 6 这个就是太花时间了
【在 n******7 的大作中提到】
: 直接做hybrid assembly
: 当年pacbio就靠这个活过来的
: 我之前做过一个细菌的，结果完美
: 当时用的一个叫ace啥的俄罗斯软件
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