m***T
发帖数: 11058 | 1 AB的人在PacBio里抱团，说明他们之间的关系不错（没准是前AB的高层跳到PacBio后把
自己以前的手下招进来的)，所以抱团倒并不令人意外。但这并不能说明AB的culture如
何呀？我们公司的VP跳到PacBio后也带了相当一批骨干过去。 |
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a****o
发帖数: 1786 | 2 PacBio for sure.
Illumina is beating SOLiD to death.
PacBio is full of hope, but I don't know if they run business as good as
their technology. Helicos has a very promosing rechnology too, but their
stock was cut half after I bought some last year. |
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c*********r
发帖数: 1312 | 3 现在的3rd gen技术还不很成熟吧，公司和产品有好多个：PacBio，LIFE，Complete
Genomics，Helicos，Ion Torrent，Oxford Nanopore，IBM。。。目前还没有一个可以
像Illumina那样的领头羊。也许等几年会明朗一些。我比较看好Helicos的技术，相当
于单分子版的Illumina吧；但不同的技术有不同的应用，比如长的reads就特别适合植
物、农作物等基因组研究，不然Monsanto也不会抢着买PacBio的仪器。
Helicos有人如是说："I think that for the most part the world will switch
to single molecule. As to who will win, I think there will be no single
winner. Pac Bio will be the single molecule version of 454 with fewer,
longer reads. Helicos will survive either as a st |
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m***T
发帖数: 11058 | 4 我知道咱这里藏龙卧虎，说得稍多一点儿就会被人肉的。现在看来所料不错，哈哈。
我列的两者各自的优势：
PacBio
1. 技术
2. 从VP，R&D，marketing, sales and support都有认识，尤其顶头上司是前老板，工
作中会比较便利
3. 今年内很可能IPO
AB
1. 公司的结构完整、成熟，会有相当多的resource，这点儿多数中小公司都没法比
2. 其实还是第一条的廷伸，因为公司大，有足够强的实力来支撑NGS的发展
3. Single Molecule Dection技术也见雏形，尽管比PacBio的要晚些 |
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m***T
发帖数: 11058 | 5 我也不是什么内行，不过我的工作性质尽管是technical的，但与sales及marketing关
系相对密切，所以平时看公司的发展很少从纯技术角度来看，更多的是从business。
依我看，HLCS在自己是唯一一家SMS的时候没能及时占领市场，已经丧失了做为领跑者
的最好机会，随着PacBio及IonTorrent等公司产口的上市，它的这种机会只会越来越小。当
然做为随跑者，它还是有它的市场的。至于stock，我觉得能涨点儿，但有限。如果
PacBio的early access的十台机器在今年年内拿到的data还不错的话，HLCS就更悬了。如果它的stock不能在短期内冲上并持续在$1以上，很有可能被摘牌，到可能惨了。
你是不是买了它家不少股票？ |
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d*********p
发帖数: 1531 | 6 【 以下文字转载自 Stock 讨论区 】
发信人: DonaldTrump (POTUS), 信区: Stock
标 题: Illumina bought PacBio for 1.2B
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Nov 2 13:57:39 2018, 美东)
niubi! |
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m***T
发帖数: 11058 | 7 如果给的package差不多，你会选择PacBio还是SOLiD? |
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k*******s
发帖数: 214 | 8 sure PacBio,
Forget Solid |
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m***T
发帖数: 11058 | 9 楼上的的几位都不看好SOLiD？它不是年初刚卖给ignite一百台SOLiD4吗？BC cancer也
刚又加了8台。我怎么觉得市场还行呢？另外，AB比较让我动心的是其3rd gen的
prototype也是不久前刚在AGBT上展示过。
PacBio的优势是技术新，从目前看很会吸引眼球（marketing做得不错）。而且公司里
从上到下有很多以前的同事，包括我的两个前老板。但有两点concern，一是它的error
rate，公司CEO一直回避这个问题，看来还是没有解决得很好。另外就是前几天和前老
板谈，当问到公司文化的时候，听起来他有些犹豫，虽然没直接说什么，我能感
觉出来比我现公司要差。估计可能是startup，产品被赋予很高的期望，所以每个人的
压力都非常大。其实就是个DO OR DIE的问题。这点AB（现在的LIFE TECH）就好很多，
因为公司大，有经济后盾，小的风吹草动不太受影响。 |
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f**********e
发帖数: 1994 | 10 看你要的是什么。我两边都认得人，所以我知道你提供的条件不足。AB 的工作条件，
福利
都过得去，PacBio 比较 cut-throat, 里头充满了 former-AB and AFFY. (所以
我猜你是 Affy 的) marketing 做得好很多。 |
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t*****l
发帖数: 25 | 11 I think there is too much hype about PacBio. They are probably preparing for
IPO to get their money back for their investors... Still need to see what
their system can do in term of sequencing. For sure, people buy their
machine are also interested in doing all kind of single molecular
experiments using ZMW. I would say their released data so far is not
impressive as promised.
Life seems to be the only company that has next-next generation tech in the
pipeline. Solid itself seems to be very g |
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c*********r
发帖数: 1312 | 12 同意他们不会做生意。PacBio，Complete Genomics等等都很高调，有什么好消息都争
着往外宣传，Helicos已经好久好久没有什么消息了，都不知道他们在干吗。。。 |
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m***T
发帖数: 11058 | 13 是说PacBio吗？我不太清楚具体的#，但相信比其它的主要competitor高不少 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 14 陆续买了几千股吧，平均$1.4。。。我是纯粹从技术角度看了Helicos的Nature paper
选的股。。。
PacBio的IPO你怎么看？
小。当
。如果它的stock不能在短期内冲上并持续在$1以上，很有可能被摘牌，到可能惨了。 |
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m***T
发帖数: 11058 | 15 PacBio的hype可能会持续一小段时间,至于其何时能IPO我不知道,尽管其CEO急于如此,
但能否不是由他说了算的.其early access的data也会在很大程度上影响其IPO.
paper |
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m***T
发帖数: 11058 | 16 这个嘛,AB的人最有发言权.大公司的压力再大也比不上象PacBio这样的startup. |
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b*****e
发帖数: 6 | 17 PacBio science 做得不错，不过很快就没钱了，所以紧敢着要IPO，弄得好还能赚点，
不过很RISKY得
LIFE 大公司，CULTURE不太好。 |
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m***T
发帖数: 11058 | 18 PacBio的背景我相对更清楚些,毕竟有不少connection在那边.LIFE这边消息就不太灵了.这个culture不好具体是指什么呢?是Invitrogen还是AB呢? |
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b*****e
发帖数: 6 | 19 CULTURE不好是指AB. INVITROGEN还是不错的。PACBIO很多AB过去的，抱团。
了.这个culture不好具体是指什么呢?是Invitrogen还是AB呢? |
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d*****r
发帖数: 2583 | 20 PacBio joins a handful of other life science tools firms that recently have
cut their workforce including Life Technologies, PerkinElmer, and Beckman
Coulter. |
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a********t
发帖数: 270 | 21 Background:
Fireflies! These silent fireworks on warm summer nights fill us with wonder.
But so much about these fascinating critters remains shrouded in mystery-
from the details of how they light up their lanterns to the way some species
are disappearing.
The firefly genome project is one of 5 FINALISTS TO WIN A FREE DE NOVO
GENOME SEQUENCING hosted by the PacBio 2016 “Explore Your Most Interesting
Genome” genome contest， which will be determined by community polling.
Request:
If you’d lik... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 22 很有意思的project！
不过最后看了五个候选名单之后投了中国团队的重金属超级累植物东南景天基因组测序
了，治理重金属污染的土地和研究重金属耐性和超积累能力还是挺有意义的。不好意思
。。。
PacBio的长reads在genome测序中应用越来越有分量了啊。希望成本能尽快降下来。^_^ |
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c*********r
发帖数: 1312 | 23 哈哈哈哈 ^_^
本来我也想投给萤火虫的，支持MIT Jing-Ke Weng 翁教授这么有意思的项目。。。可
惜PacBio太小气，只许投一票。
既然这样，换个邮箱再投一票萤火虫吧，俩家都支持，俩家的闺女都漂亮！^_^ |
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c*********r
发帖数: 1312 | 24 都是华人科学家，投票多多益善。希望最后PacBio两个项目都能支持。 |
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s******r
发帖数: 1245 | 25 就给一万块，真想做的话哪儿找不到这点钱，抱一下大佬掉根汗毛都够了
这个其实就是给pacbio打广告吧，顺便宣传一下新开实验室做的东西 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 26 我真不是大牛，还得和各位多多请教。只是交流一下个人的一点浅见。
我的PACB均价8.72，不过没多少。我是想长期持有。我以前也看走眼过，买过不少HLCS
，所以我的投资眼光一般般。
最近看了一些PacBio的文章，关注了他们的一些会议和博客什么的，才知道现在的各种
reference genome其实还有很大的改进空间，Illumina bias不小，coverage再高，重
复复杂区间还是有gap。大多数情况下不太影响结果，但是某些情况下就不一样了。
其实我看好PacBio最重要的一个原因是来自一个以后可能要做的项目。未来的博后老板
是个学校测序中心的头，计划上一个类似于1000-genome project，主要测一种人类寄
生虫，genome不大，20+ MB。他计划用PacBio做，这个让我很吃惊。他接触过的测序项
目很多，计划这样做肯定是有原因的。不过我这也许是一叶障目。而且这个项目最大的
问题是成本，library制作的成本和PacBio测序的成本都很高。library prep如果用
BluePippin做20kb以上的大文库，成本挺高，PacBio还没有支持20kb以上... 阅读全帖 |
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r**********e
发帖数: 587 | 27 1. 不同个体之间的各种SVs大概有多少？
SV的问题是，有不同种类deletion，insertion，duplication, CNV, translocation,
inversion, segmental duplication...
而且有不同的size，小的1bp，大的好几MB
这两个维度都是SNP研究里不曾遇到的
如果你要问一个human being有多少SV？ 我觉得目前都无法回答。因为目前的研究大部
分还是基于short reads的针对基因组的uniq sequence。真正SV hotspot是repetitive
region，但我们无法研究。当然，对于NA12828，人们做了大量研究，really high-
depth seq, Pacbio long reads，或许对这个样本的总结可以给你答案
所以不管是NGS技术，还是后续的计算，SV都是基因组学最大的难关；而难关中的难关
就是那些repetitive seq。
2. 这些SVs是不是对于以后个性化治疗什么的极为重要
对于非常巨大的比如1MB deletion，一般会造成新生儿的neurodevelop... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 28 谢科普！
我以前也觉得PacBio错误率高，嫌弃它。现在搞明白了，PacBio可以通过对同一个分子
重复测序来correction，把错误率降到非常低。但是PacBio成本比较高，比Illumina还
是贵不少。不缺钱的话应用PacBio可以做不少事情，de novo assembly在好几个物种里
一个染色体就是一个contig，在人里边还是差一些但是比illumina要厉害。
等PacBio成本降下来了，肯定对SV研究会有新的方法和认识。
translocation,
repetitive |
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s*********e
发帖数: 399 | 29 Pacbio肯定会逐渐变好，不过不可能走向主流。 可以作为ilmn的伴随出现，不会有神
经病单独用pacbio来测人的基因组（个别一个两个有可能）。最好的结果，测序主要用
ilmn （比如60x）, 然后用pacbio作个补充 （1x），这样争取兼顾准确性和读长。 当
然，1x未必在想要的位置上，这个问题也无法解决。所以大规模应用pacbio,恐怕不是
我们能看到的。
CG的话。 华大刚刚买入了5台hiseq4000。 我觉得可以说明对cg
的信心了。 |
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t*d
发帖数: 1290 | 30 The lawsuit says, for example, that a claim from PacBio that "'The circular
consensus sequencing protocol uses a circular DNA template which enables
multiple reads across the same sequence to achieve 99.99 [percent] accuracy
at single molecule resolution from a single DNA strand,'" is "materially
false and misleading" as the PacBio RS sequencing platform did not have this
capability when it was made and still doesn't.
In reporting its earnings for the first time as a publicly traded company in
N... 阅读全帖 |
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g*r
发帖数: 67 | 31 pacbio的数据产量低。除非基因组很小，要deep就上illumina。
比较这两种平台，illumina的优势是量大质优又便宜，pacbio的优势是序列很长。各自
的优点都是对方的弱点，因此常有人在两种平台上都测。pacbio用于测基因组比较常见
，因为long read对解决repeat/duplicated区域很有帮助。
你已经在illumina测了non-normalized，pacbio要扬长避短测normalized，这是很合理
的。 |
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i*******i
发帖数: 145 | 32 除了pacbio，没有一家的sequencing能在理论上达到perfect assembly。
pacbio只要有足够的coverage （现在很多大lab有钱，能达到100x以上的coverage），
是可以做perfect assembly的。所以做science的未来是pacbio的。
oxford有pacbio的优点，而且比illumina还要便宜。他们的问题并不是accuracy差，是
不stable。但是我相信这些都是engineering的问题。最终都会解决的。所以future是
oxford的 |
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f*******2
发帖数: 14 | 34 对于LZ的项目，用PacBio的成本要比Sanger sequencing少。
multiplex是在PCR step. Barcodes can be added at the 5' end of both forward
and reverse primers for each sample. After PCR, purify and pool the
amplicons together with equal amount. Making one PacBio library with the
pooled sample and run one SMRT cell. Total price about 500 for PacBio
sequencing. The total throughput is about 100Mb per smrt cell with about 20-
50K reads.
LZ的200个PCR pool, 每个至少有100x coverage. 应该可以检测到50% or 100%突变. |
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y******8
发帖数: 1764 | 35 这个更像pacbio的技术。但是要好很多。测conductivity可以避免现在pacbio的致命缺
陷。
从原理上看精准度应该和现有的nanopore差不多，但也可能好上一个数量级。毕竟合成
的速度比单纯的过一个孔要慢很多。如果现在nanopore是raw error rate 4%, 这个应
该在0.1 - 5%.
从读长上应该和pacbio差不多，都是取决于polymerase的processability. 500bp-4kb
左右吧，但是可以宣称做到10-20kb。 |
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n******7
发帖数: 12463 | 36 link plz？
前几年pacbio要死的时候，也是这种hybrid 策略救了一命
目前ONT的error rate比pacbio还高一个数量级
不知道还有救没有
ONT的直接竞争者应该就是pacbio |
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c*********r
发帖数: 1312 | 37 真不错，我觉得搞生物的能抓住这些机会就挺成功的。想赚钱的话其实也有不少机会的
，而且这些机会有很多都是为搞生
物的准备的，学生物的要眼界开阔一些，学以致用。即使过几年死掉的也有了的原始积
累和各种资源去投资下一个热点。
关于PacBio，这里确实是一个很大的“如果”，前几年PacBio快死的时候确实也没看好
过它家。不过现在想想，那时候对测序的理解还是有局限；现在也有局限。我现在觉得
长reads、低bias的技术一定会有重要的市场份额，不管是科研还是医疗。就是不知道
这个领域会被PacBio一家做大，还是Illumina也会发展自己的技术，当然还有Oxford
Nanopore等其它竞争者。 |
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s****l
发帖数: 10462 | 38 IPO Market Unlocking for 'Omics-related Companies, but It's 'Anything but
Robust'
December 30, 2010
Type size:
-
+EmailPrinter-friendly versionRSS FeedBy Tony Fong
NEW YORK (GenomeWeb News) – For most of 2010, the IPO market froze out the
life science tools and 'omics market, but by the end of the summer, there
were signs that the public markets may be slowly welcoming firms operating
in the space, as a handful of public offerings ended a cold snap.
The IPO market for 'omics firms has been a gri... 阅读全帖 |
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b*****y
发帖数: 229 | 39 转我在没有图神俱乐部发的PACB供参考。发贴时间Tue Jan 7 16:40:27 2014
我个人看长。曾经在股版和看空的扯过几句。版上站出来的专家（此处删掉7个字）。
http://www.homolog.us/blogs/blog/2013/12/30/six-emerging-themes
few keywords “Researchers essentially gave up on PacBio technology by the
end of 2012” ， “Fast forward by one year. The experts present at the #
UCDAssemble workshop made the following forecast: by Dec 31, 2015, PacBio
will be the only thing used to sequence bacterial genomes"
上面链接里还有一篇博文End of Short-Read Era，分析了PACB的FA. |
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b*****y
发帖数: 229 | 40 对已有genome的模型生物，Illumina 的方法是把未知当已知（不明白的去查查bowtie
这个软件）。对没有genome的物种，可以说是瞎蒙，数据一塌糊涂。
微生物病原体这个不是我瞎说。我再贴一遍我回帖的内容。
http://www.homolog.us/blogs/blog/2013/12/30/six-emerging-themes
few keywords “Researchers essentially gave up on PacBio technology by the
end of 2012” ， “Fast forward by one year. The experts present at the #
UCDAssemble workshop made the following forecast: by Dec 31, 2015, PacBio
will be the only thing used to sequence bacterial genomes"
前面有人说有个点TA看可上可下，FA要是上，那么你就有信心了，不对吗？ |
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a********f
发帖数: 444 | 41 Illumina虽然beat了预期，但是股价还是跌了不少。在我看来，他家的股价还是太高了
。这么高的市盈率没有高增长的话很难支撑现在的股价。bio板块的泡沫已经很多了。
Illumina的新一代测序仪用的是鸟枪法（shotgun sequencing），简单而言就是把DNA
打成大量碎片，然后读取这些碎片把他们拼接起来，就跟玩拼图差不多。他家的仪器优
点就是成本低，通量（throughput）大，产生的数据多。
TMO家生产的测序仪用的也是鸟枪法，不过技术不一样，他们用的是ion torrent。总体
而言和Illumina的优缺点都差不多。
但是这两家测序仪有一个致命缺点，就是每个read的长度不大，一般在几百个base
pair左右。而如果一个DNA里面的重复片段（repeat）太长的话，通量再大也无法完全
还原。具体说来，如果DNA里面的三重复片段或者交替重复片段长度大于read的长度，
那么从理论上来说，这个DNA是无法用他们的仪器还原的。以人类基因组举例，人的
chromosome很多都有大几千的重复片段，所以这些测序仪是没法从头还原的。
现在技术最好的公司其实是Pacbio... 阅读全帖 |
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a********f
发帖数: 444 | 42
首先我声明我不是来推荐股票的。
既然你是做NGS的，那你肯定也知道现在throughput很多时候已经不是瓶颈了，处理这
些数据的平台和算法越来越重要。Sanger时代的瓶颈是数据采集，一是慢二是贵。那时
候的sequencing都是人工做的。现在的next gen sequencing时代，这两个已经有了很
大的改善，而数据处理的瓶颈才开始凸显出来。
我同意你说的，许多时候不需要de novo assembly。但是现在离所谓基因治疗时代还远
得多，大多数测序仪仍然是科研机构购买的。而且现在只有极少数的物种的全基因组被
分析过。在科研领域全基因测序仍然有很大市场。而就像我前面说的，对于几千bp的
interleaved repeat，只靠高通量测序是没有可能的。
Pacbio的测序长度是近两年来才有了很大提高。他们之前推出的产品是不成熟的，这也
是我对他们的市场策略非常不解的地方。这个直接后果就是很多年Pacbio的测序仪销量
低迷，在前几年每个季度都只有几台销量。
现在几乎所有的de novo重建算法都是基于graph上的哈密顿回路或者欧拉回路的。这些
算法需要很长的bridgi... 阅读全帖 |
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m***T
发帖数: 11058 | 43 二代技术靠什么赚钱？机器本身只是一部分，另外的可持续性的营收还是在于reagents
。SOLiD的一个优势正在于此，invitrogen和ambion分别提供DNA和RNA的kits，这点儿
ILMN是比不上的。另外，由于是dibase，所以accurate rate会略高些。ILMN的优势在
于市场份额（处于dominate的地位）以及简单的workflow。至于454的位置则比较尴尬
，throughput比不上前两家，read length又比不上三代技术，所以市场应该会进一步
萎缩。
三代技术目前看还不够成熟，以领先的PacBio为代表，error rate高及throughput低的
问题都还没有得到有效的解决，而且这些不是短期内就能解决得了的。我个人感觉
PacBio野心太大，最近一年来扩展的步伐相当大，招了不少可招可不招的人，对于一个
产品没有上市，完全靠烧钱过日子的startup来说它的步子太大了点儿。它的这种
marketing strategy比较risky，如果成功可以一下领先对手不少，一旦结果不好，甚
至有可能会重蹈helicos的覆辙。
严格意义上讲Comp... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 44 try to“抛砖引玉”
For tools
The most fashionable things nowadays are tons of IP and related high
throughput sequencing ChIP/Me-IP/hm-IP, the application of hybridization
chips are not as popular as several years. But take DNA methylation(the only
staff I'm familar with:)) as example, the Me-IP can highly enrich promoter
region with dense CpG, the hybridization chips developed by Andy Feinberg
are more unbiased. But as everyone knows, the best way is whole genome
bisulfite sequncing, which is expensiv... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 45 单分子RNA-seq 测序仪器的错误率从15%减少到了不到0.1%。
pls refer :
美研究人员成功解码“学习能力”相关基因
translation from article:
Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing
reads
by
Koren S. et al. Nat Biotech (2012)
2012-07-18
据外媒报道，有US科学家称，他们组合了一条更完整的基因链条，这个基因链条可
以控制鹦鹉模仿主人和其他声音的能力。
研究者用一种新技术分解了鹦鹉的基因组中的某个区域，进行了单分子测序，并用
来自较早的DNA解码设备的数据对其进行了纠错。研究者还解码了来自玉米和细菌的难
以测序的基因物质，以此来证明他们新的排序方法。
单分子测序“在去年获得了大量宣传”，因为它产生了测序长读取，“使组装基因
组中的复杂部分变得更容易，”研究参与者之一，Duke大学的神经生物学家Erich
Jarvis说。
Jarvis对那些控制鹦鹉模仿能力的序列很感兴趣，因为它们能... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 46 >Pacific Biosciences (PacBio) RS, the first TGS platform to offer very long
reads, has an average read length of 2–3 kb
cited from by PacBio one new paper,
pls check,
Au KF at al., (2013).
Characterization of the human ESC transcriptome by hybrid sequencing.
Proc Natl Acad Sci U S A. 110: E4821-30.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24282307 |
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f*******2
发帖数: 14 | 47 If you are interested in sequencing the full-length 16s rRNA gene, PacBio
might be another choice. I have done some sequencing of 1.6Kb 16s RNA with
PacBio. So far data looks good. Let me know if you want more info. |
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b******n
发帖数: 4225 | 48 上次看DNAstar的webseminar
那里面的讲解员也说pacbio的data错误率高
所以他们的软件暂时不支持pacbio的data |
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C***H
发帖数: 508 | 49 是的，很像pacbio，误码率低了不止一个数量级，原理上读长应该差不多，不知道为什
么他们只用50mer。
另外一个奇怪的地方是他们加了9V的电压在IgG的两臂上。溶液里加这么高的电压完全
不make sense... 就算没问题，基本上一个电子transfer的能量就是9eV或者4.5eV，可
比pacbio的光子能量大多了，不知道会不会损伤蛋白。
4kb |
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f******t
发帖数: 2699 | 50 杂交荧光测序？我还以为是按不同碱基通过nanopore产生不同电流信号。我没看过他家
的原理，道听途说而已。如果是杂交的话，就不能读Cm了吧？那PacBio也许还有发展前
途。
现在这个已经能应用了么？有人知道error rate是多少吗？PacBio的都超过10%了，基
本可以直接进垃圾桶，还要靠illumina来纠错。 |
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