i*********0
发帖数: 915 | 1 目前猜测某蛋白是RNA结合蛋白，如何初步确定这个假设。
多谢！ |
j*********g
发帖数: 463 | 2 IP，加或不加RNase，RT-qPCR
RIP，WB
FISH+抗体染色。
三个实验如果能共同证明一个问题，得证。
[在 iseeyou1210 (iseeyou1210) 的大作中提到：]
:目前猜测某蛋白是RNA结合蛋白，如何初步确定这个假设。
:多谢！ |
l********e
发帖数: 415 | 3 这些都有直接或间接的问题。最好加上RNA gel shift
: IP，加或不加RNase，RT-qPCR
: RIP，WB
: FISH 抗体染色。
: 三个实验如果能共同证明一个问题，得证。
: [在 iseeyou1210 (iseeyou1210) 的大作中提到：]
: :目前猜测某蛋白是RNA结合蛋白，如何初步确定这个假设。
: :多谢！
【在 j*********g 的大作中提到】
: IP，加或不加RNase，RT-qPCR
: RIP，WB
: FISH+抗体染色。
: 三个实验如果能共同证明一个问题，得证。
: [在 iseeyou1210 (iseeyou1210) 的大作中提到：]
: :目前猜测某蛋白是RNA结合蛋白，如何初步确定这个假设。
: :多谢！
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m*********D
发帖数: 1727 | 4 有仪器的话，RNA用fluorecein标记，直接作旋光分析，比gelshift简单。
【在 l********e 的大作中提到】
: 这些都有直接或间接的问题。最好加上RNA gel shift
:
:
: IP，加或不加RNase，RT-qPCR
:
: RIP，WB
:
: FISH 抗体染色。
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: 三个实验如果能共同证明一个问题，得证。
:
: [在 iseeyou1210 (iseeyou1210) 的大作中提到：]
:
: :目前猜测某蛋白是RNA结合蛋白，如何初步确定这个假设。
:
: :多谢！
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i*********0
发帖数: 915 | |
i*********0
发帖数: 915 | 6
不知到结合哪个特异性的RNA怎么破？
这个只是共定位，无法直接证明binding吧。
【在 j*********g 的大作中提到】
: IP，加或不加RNase，RT-qPCR
: RIP，WB
: FISH+抗体染色。
: 三个实验如果能共同证明一个问题，得证。
: [在 iseeyou1210 (iseeyou1210) 的大作中提到：]
: :目前猜测某蛋白是RNA结合蛋白，如何初步确定这个假设。
: :多谢！
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m****t
发帖数: 24 | 7
NGS怎么证明啊
【在 j*********g 的大作中提到】
: IP，加或不加RNase，RT-qPCR
: RIP，WB
: FISH+抗体染色。
: 三个实验如果能共同证明一个问题，得证。
: [在 iseeyou1210 (iseeyou1210) 的大作中提到：]
: :目前猜测某蛋白是RNA结合蛋白，如何初步确定这个假设。
: :多谢！
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m******e
发帖数: 459 | 8 传统方法：northwestern
【在 i*********0 的大作中提到】
: 目前猜测某蛋白是RNA结合蛋白，如何初步确定这个假设。
: 多谢！
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j*********g
发帖数: 463 | 9 背景很多吧，还是RIP-seq或者CLIP assay＋NGS seq好。
【在 m******e 的大作中提到】
: 传统方法：northwestern
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v********a
发帖数: 646 | 10
RIP/CLIP是已知该蛋白有RNA结合活性的前提下，来鉴别该蛋白的target
【在 j*********g 的大作中提到】
: 背景很多吧，还是RIP-seq或者CLIP assay＋NGS seq好。
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S**********e
发帖数: 620 | 11
没错，rip不知道target没法测量，clipseq步骤非常复杂（建议hcy有空挑战一下这个
实验就知道什么叫做高潮技巧），背景高。建议如下
1，gelshift，当然得知道和什么rna结合，才可以标签。
2，如果没有可以try的序列，clip做到标记那一步骤，看看有没有特异信号，必须是
rnaseh霉resistant的信号，这个基本上算金标准。
2，domainmapping，看看哪段aa去掉之后失去结合活性
3，确定之后，clip，seq做目标seq
4，把序列RNA找到，做KO，看是不是下游活性受到影响。怎么影响，RNA功能，还是稳
定性。
做到这4点，基本结果令人信服了。不造假的前提下，必需抱着中彩票的信心。
【在 v********a 的大作中提到】
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: RIP/CLIP是已知该蛋白有RNA结合活性的前提下，来鉴别该蛋白的target
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m******e
发帖数: 459 | 12 赞热心回复！
【在 S**********e 的大作中提到】
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: 没错，rip不知道target没法测量，clipseq步骤非常复杂（建议hcy有空挑战一下这个
: 实验就知道什么叫做高潮技巧），背景高。建议如下
: 1，gelshift，当然得知道和什么rna结合，才可以标签。
: 2，如果没有可以try的序列，clip做到标记那一步骤，看看有没有特异信号，必须是
: rnaseh霉resistant的信号，这个基本上算金标准。
: 2，domainmapping，看看哪段aa去掉之后失去结合活性
: 3，确定之后，clip，seq做目标seq
: 4，把序列RNA找到，做KO，看是不是下游活性受到影响。怎么影响，RNA功能，还是稳
: 定性。
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S**********e
发帖数: 620 | 13
嗳，上周五码了半天字，从院士一路骂到hcy，一串妖魔鬼怪，结果第二天被班猪删帖
，都不给个理由。原本对生物科学心灰，现在对这个社会心寒，连个自由论坛都没有。
相反，一堆水军跟蛀虫似的，天天爬都没人管。好不容易看到讨论科学的人，还是另人
一丝安慰。
【在 m******e 的大作中提到】
: 赞热心回复！
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s******r
发帖数: 1245 | 14 这个list没有三五年做不完，挖了个大坑让人跳
【在 S**********e 的大作中提到】
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: 嗳，上周五码了半天字，从院士一路骂到hcy，一串妖魔鬼怪，结果第二天被班猪删帖
: ，都不给个理由。原本对生物科学心灰，现在对这个社会心寒，连个自由论坛都没有。
: 相反，一堆水军跟蛀虫似的，天天爬都没人管。好不容易看到讨论科学的人，还是另人
: 一丝安慰。
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j*********g
发帖数: 463 | 15 哈哈，这个list上的实验都做完，可以发个Mol Cell了。
[在 skycolor (ss) 的大作中提到：]
:这个list没有三五年做不完，挖了个大坑让人跳 |
S**********e
发帖数: 620 | 16
差不多吧，不过很多时候做不出来，更多时候做出来了别人重复不来，呵呵
【在 j*********g 的大作中提到】
: 哈哈，这个list上的实验都做完，可以发个Mol Cell了。
: [在 skycolor (ss) 的大作中提到：]
: :这个list没有三五年做不完，挖了个大坑让人跳
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j*********g
发帖数: 463 | 17 除了像韩副主席那种放了个卫星的，一般性的结论没有多少人重复，重复不出来也不好
说什么。就怕那种惊世骇俗或者整个领域都关注的，那就有点尴尬了 ...
【在 S**********e 的大作中提到】
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: 差不多吧，不过很多时候做不出来，更多时候做出来了别人重复不来，呵呵
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S**********e
发帖数: 620 | 18
上了mol cell之类的杂志受到关注会比较大，如果作假，就看有没有人想搞，没立太多
敌人，模棱两可的结果，故事写的也比较全面，应该不会人搞。所以很hcy并不可怕，
他树立的榜样太可怕！造假不被抓出来的太多太多了。
【在 j*********g 的大作中提到】
: 除了像韩副主席那种放了个卫星的，一般性的结论没有多少人重复，重复不出来也不好
: 说什么。就怕那种惊世骇俗或者整个领域都关注的，那就有点尴尬了 ...
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