R****n
发帖数: 708 | 1 现在对一个nucleosome和另一个蛋白的binding感兴趣，我想计算一下他们之间的可能
的binding affinity。PDB文件都有现成的，但是对pipeline不是很清楚，似乎用到VMN
和NAMD，要自己定义一些变量。做这个方向的能不能写个简单的提纲我去看看。谢谢！ |
j*********j
发帖数: 124 | 2 不知道你到底要做什么。。。
我猜，你是不是先要用protein/nucleosome-protein docking 找到binding interface
， 然后才能估计binding affinity啊？ |
R****n
发帖数: 708 | 3 基本上是这样的。似乎要先计算contact map,然后算一下这个蛋白和和几个histone
variant的affinity，我不知道其他还能做些什么。
您能不能写个稍微详细点的pipeline？ 读博士的时候学过一点Pymol,现在估计都忘光
了。
还有几个技术问题：
1）这个蛋白是DNA binding,RCSB上的结晶是施一公做的，那个上边有dsDNA。计算的是
应该去掉dsDNA吧，怎么去掉？
2）这个蛋白和nucleosome wrapping DNA的结合能力，应该需要半放松的DNA双链。
nucleosome的结晶数据是结合比较紧密的。计算怎么模拟？
interface
【在 j*********j 的大作中提到】
: 不知道你到底要做什么。。。
: 我猜，你是不是先要用protein/nucleosome-protein docking 找到binding interface
: ， 然后才能估计binding affinity啊？
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j*********j
发帖数: 124 | 4 完全不明白你想干什么。。。
---通过contact map算binding affinity？不知道你要怎么做，这样coarse grained的
model，精度如何？
---没有什么成熟的pipeline。。。
---pymol和您要做的东西，没有关系。。。
【在 R****n 的大作中提到】
: 基本上是这样的。似乎要先计算contact map,然后算一下这个蛋白和和几个histone
: variant的affinity，我不知道其他还能做些什么。
: 您能不能写个稍微详细点的pipeline？ 读博士的时候学过一点Pymol,现在估计都忘光
: 了。
: 还有几个技术问题：
: 1）这个蛋白是DNA binding,RCSB上的结晶是施一公做的，那个上边有dsDNA。计算的是
: 应该去掉dsDNA吧，怎么去掉？
: 2）这个蛋白和nucleosome wrapping DNA的结合能力，应该需要半放松的DNA双链。
: nucleosome的结晶数据是结合比较紧密的。计算怎么模拟？
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