i*********0
发帖数: 915 | |
M*P
发帖数: 6456 | 2 no polyA tail.
【在 i*********0 的大作中提到】
: 能做cDNA synthesis么？
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j****x
发帖数: 1704 | 3 RT
【在 i*********0 的大作中提到】
: 能做cDNA synthesis么？
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c********b
发帖数: 363 | 4 wrong (or at least inaccurate) answer
【在 M*P 的大作中提到】
: no polyA tail.
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s******s
发帖数: 13035 | 5 有啊。有时候会克隆出来
【在 i*********0 的大作中提到】
: 能做cDNA synthesis么？
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i*********0
发帖数: 915 | 6 谢谢啦！如果我看到一个gene intron表达是在control 和mutant里面比较一致，但是
检测exon的水平有差异的话，是不是表明，这个gene的转录后调控出了问题？ |
s******r
发帖数: 1245 | 7 你能肯定不是genomic dna contamination？
【在 i*********0 的大作中提到】
: 谢谢啦！如果我看到一个gene intron表达是在control 和mutant里面比较一致，但是
: 检测exon的水平有差异的话，是不是表明，这个gene的转录后调控出了问题？
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i*********0
发帖数: 915 | 8 做cDNA synthesis之前做了DNAse 1的处理。在去qPCR的时候，我同时做了这个gene的
exon，3‘UTR 和2个introns的PCR，exon和3’UTR 有3倍的表达差异，两个intron都没
有差异。 |
m******u
发帖数: 12400 | 9 能确认这是pre-mRNA，而不是alternative splicing产物？若是后者，这应该算是成熟
的mRNA。
严格意义上pre-mRNA是没有poly（A）的，更严格意义上说，是没有pre-mRNA这个东西
的，因为转录过程中，帽子已经加上了，前边的intron已经间接了。
（当然，因为细胞内的所有的代谢过程是会出错的，很短很小的转录本（含一或两个内
含子的）肯定会有没被剪接的内含子，在外在变现就是有poly（A）tail的 pre-mRNA）。
发信人: shakuras (doskey), 信区: Biology
标 题: Re: premRNA也有polyA tail么？
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Feb 25 10:47:25 2014, 美东)
有啊。有时候会克隆出来 |
s******r
发帖数: 1245 | 10 dnase处理不一定是完全的，需要做no RT control来排除
【在 i*********0 的大作中提到】
: 做cDNA synthesis之前做了DNAse 1的处理。在去qPCR的时候，我同时做了这个gene的
: exon，3‘UTR 和2个introns的PCR，exon和3’UTR 有3倍的表达差异，两个intron都没
: 有差异。
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j****x
发帖数: 1704 | 11
这个也可以叫pre-mRNA
）。
【在 m******u 的大作中提到】
: 能确认这是pre-mRNA，而不是alternative splicing产物？若是后者，这应该算是成熟
: 的mRNA。
: 严格意义上pre-mRNA是没有poly（A）的，更严格意义上说，是没有pre-mRNA这个东西
: 的，因为转录过程中，帽子已经加上了，前边的intron已经间接了。
: （当然，因为细胞内的所有的代谢过程是会出错的，很短很小的转录本（含一或两个内
: 含子的）肯定会有没被剪接的内含子，在外在变现就是有poly（A）tail的 pre-mRNA）。
: 发信人: shakuras (doskey), 信区: Biology
: 标 题: Re: premRNA也有polyA tail么？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Feb 25 10:47:25 2014, 美东)
: 有啊。有时候会克隆出来
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i*********0
发帖数: 915 | 12 good comments! Thanks!
【在 s******r 的大作中提到】
: dnase处理不一定是完全的，需要做no RT control来排除
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s******s
发帖数: 13035 | 13 你搞啥捏。没出核的就是pre-mRNA啊。
细胞里面基本是先polyA再剪切的，polyT调出来的RNA
很多有intron, 当然取决于抽提方法，尽量保留核结构
大多数就出不来了
）。
【在 m******u 的大作中提到】
: 能确认这是pre-mRNA，而不是alternative splicing产物？若是后者，这应该算是成熟
: 的mRNA。
: 严格意义上pre-mRNA是没有poly（A）的，更严格意义上说，是没有pre-mRNA这个东西
: 的，因为转录过程中，帽子已经加上了，前边的intron已经间接了。
: （当然，因为细胞内的所有的代谢过程是会出错的，很短很小的转录本（含一或两个内
: 含子的）肯定会有没被剪接的内含子，在外在变现就是有poly（A）tail的 pre-mRNA）。
: 发信人: shakuras (doskey), 信区: Biology
: 标 题: Re: premRNA也有polyA tail么？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Feb 25 10:47:25 2014, 美东)
: 有啊。有时候会克隆出来
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