b****r
发帖数: 17995 | 1 做病人DNA测序的时候我们经常会发现一些看起来功能和患者症状体征很符合的基因里
有variant of unknown significance，而且有时候一个基因有多个患者。这种数据应
该还是很有趣的。可惜的是，在遗传实验室里，虽然很多时候我都基本知道做几个什么
样相对短周期的小实验就可以成为一个完整的故事，发一篇有点分量的文章，但是就是
没有这点条件去做。
我现在尝试过的做法一个是在附近找有相关背景的人合作，但是目前来看，完全背景符
合的人一个是难找，就是找到方向差不太远的，对方一般兴趣也不能算浓厚。我的分析
是，毕竟首先就不一定能做出来，其次多一篇和他本身方向不完全一致的文章，对于他
申请基金啥的可能帮助也不太大？毕竟在这里，拿到钱才是硬道理
另一个想法是找公司做，特别是国内的公司，毕竟国内人力便宜。我开始觉得平时也在
网上看到有同行海归了国内的生物公司，帮人家做实验外包，但是我联系了好几家，有
的是朋友推荐有的是网上搜到的，没有一个靠谱的，要不就是不回信，要不就是一开口
就发现根本没啥干货。
还尝试过在本版上找人合作，有几位同行来询问过，但是几个月了还是毫无进展，估计
原因和第一条差不多。
板上牛人多，集思广益，能帮俺想想办法，提供点信息吗？ |
h*******n
发帖数: 50 | 2 你举个具体的例子说一下吧。
只是在患者的同一个基因里看到变异，不能说明太大的问题，还要看这个变异在人群中
的丰度，至少要看在control中的丰度。
即使是确定了统计相关性，in vivo做出来也不容易。。。而且好找的基因基本上都被
找光了。 |
b****r
发帖数: 17995 | 3 比如其中一个data是一种dyskinesia，就是某种异常神经放电造成的疾病
遗传方面的东西还是不会有什么问题的。是个大家系里先连锁再测序发现的，LOD>3。
Case control和GWAS的data那确实很多都难说，我目前没有打算往那方面做
这个突变是truncating mutation，造成premature stop codon，因为在外周血不表达
，还不知道会不会non sense mediated decay。ESP6500和1000Genome 都没有。而且老
鼠KO也有一点类似表型，in vitro也有几篇JBC之类的文章证实和sodium channel互相
作用
其实如果能再发现个家系，直接就nature genetics或者AJHG了，只是好家系这东东像
你说的，再找个真不容易，万一让人家抢先了可惜，能加点功能的先发了也好
【在 h*******n 的大作中提到】
: 你举个具体的例子说一下吧。
: 只是在患者的同一个基因里看到变异，不能说明太大的问题，还要看这个变异在人群中
: 的丰度，至少要看在control中的丰度。
: 即使是确定了统计相关性，in vivo做出来也不容易。。。而且好找的基因基本上都被
: 找光了。
|
a****d
发帖数: 1919 | 4 不是牛人，说一下个人意见仅供参考：
不少做iPSC disease model的lab对unknown variants 会感兴趣。已知的容易做得基本
搞得差不多了，而用这个model来筛选鉴定未知的variants还有不少矿藏可挖掘.你们可
以联系一下这方面的实验室合作一下。如果有core facility提供iPSC generation and
differentiation, 你们说不定也可以自己搞一搞。
另外如果你们有eye degenerative diseases 比如AMD相关的raw data，请站内投条。 |
h*******n
发帖数: 50 | 5 这个我感觉最好找做这个疾病的实验室去合作，他们对深入挖掘这个基因应该比较感兴
趣。
或许查查文献，看哪个组做了这个？其实你们做这个病的genetics，应该也对做这个病
的其他实验室有了解吧。
【在 b****r 的大作中提到】
: 比如其中一个data是一种dyskinesia，就是某种异常神经放电造成的疾病
: 遗传方面的东西还是不会有什么问题的。是个大家系里先连锁再测序发现的，LOD>3。
: Case control和GWAS的data那确实很多都难说，我目前没有打算往那方面做
: 这个突变是truncating mutation，造成premature stop codon，因为在外周血不表达
: ，还不知道会不会non sense mediated decay。ESP6500和1000Genome 都没有。而且老
: 鼠KO也有一点类似表型，in vitro也有几篇JBC之类的文章证实和sodium channel互相
: 作用
: 其实如果能再发现个家系，直接就nature genetics或者AJHG了，只是好家系这东东像
: 你说的，再找个真不容易，万一让人家抢先了可惜，能加点功能的先发了也好
|
b****r
发帖数: 17995 | 6 这么做你知道会有个啥问题吗，做这个病的lab一般都是医生，他们知道是哪个基因后
，很容易就可以在自己的标本里测一下，找到突变的话把我们就可以踢一边了
【在 h*******n 的大作中提到】
: 这个我感觉最好找做这个疾病的实验室去合作，他们对深入挖掘这个基因应该比较感兴
: 趣。
: 或许查查文献，看哪个组做了这个？其实你们做这个病的genetics，应该也对做这个病
: 的其他实验室有了解吧。
|
b****r
发帖数: 17995 | 7 做了iPS，接下来还是要做分子生物细胞生物的功能啊，还是做不了。而且我目前手里
的基因我觉得都不用ips这么高端的，先摘low hanging fruit嘛
我们最多的应该是developmental delay, intellectual disability和seizure的
and
。
【在 a****d 的大作中提到】
: 不是牛人，说一下个人意见仅供参考：
: 不少做iPSC disease model的lab对unknown variants 会感兴趣。已知的容易做得基本
: 搞得差不多了，而用这个model来筛选鉴定未知的variants还有不少矿藏可挖掘.你们可
: 以联系一下这方面的实验室合作一下。如果有core facility提供iPSC generation and
: differentiation, 你们说不定也可以自己搞一搞。
: 另外如果你们有eye degenerative diseases 比如AMD相关的raw data，请站内投条。
|
m******n
发帖数: 194 | |
h*******n
发帖数: 50 | 9 一般医生没那么损吧。。。至少我合作的医生，还是很讲道理的。做这事太伤人品了。
而且他发文章，要是没有你前面的genetics的部分，也不好发吧。
【在 b****r 的大作中提到】
: 这么做你知道会有个啥问题吗，做这个病的lab一般都是医生，他们知道是哪个基因后
: ，很容易就可以在自己的标本里测一下，找到突变的话把我们就可以踢一边了
|
b****r
发帖数: 17995 | 10 我还是听到过有这么干的
我们做的这个病并不是那么罕见，有若干个医生手里起码有几十个family，如果有谁要
这么做，他直接从自己的family里测这个基因，找到突变就等于做完整了
不过你说得还是很对，如果实在找不到理想的合作者，我们可能就去找这些医生，跟他
们一起做了
【在 h*******n 的大作中提到】
: 一般医生没那么损吧。。。至少我合作的医生，还是很讲道理的。做这事太伤人品了。
: 而且他发文章，要是没有你前面的genetics的部分，也不好发吧。
|
T********e
发帖数: 59 | 11 While it is pretty common concern among all collaborations. I have to ask
where do you get pateint's DNA when you do sequencing? From patient sample?
provided by MD? Do you treat them as collaborator? If so, how about ask them
to refer some potential collaborators?
【在 b****r 的大作中提到】
: 做病人DNA测序的时候我们经常会发现一些看起来功能和患者症状体征很符合的基因里
: 有variant of unknown significance，而且有时候一个基因有多个患者。这种数据应
: 该还是很有趣的。可惜的是，在遗传实验室里，虽然很多时候我都基本知道做几个什么
: 样相对短周期的小实验就可以成为一个完整的故事，发一篇有点分量的文章，但是就是
: 没有这点条件去做。
: 我现在尝试过的做法一个是在附近找有相关背景的人合作，但是目前来看，完全背景符
: 合的人一个是难找，就是找到方向差不太远的，对方一般兴趣也不能算浓厚。我的分析
: 是，毕竟首先就不一定能做出来，其次多一篇和他本身方向不完全一致的文章，对于他
: 申请基金啥的可能帮助也不太大？毕竟在这里，拿到钱才是硬道理
: 另一个想法是找公司做，特别是国内的公司，毕竟国内人力便宜。我开始觉得平时也在
|
y******s
发帖数: 92 | 12 其次多一篇和他本身方向不完全一致的文章，对于他申请基金啥的可能帮助也不太大？
一起合作申请基金不就可以了吗？申请到每人一半。
你的困境其实是你想自己占有95% credit。分个30% Credit出来合作，肯定有人愿意。
【在 b****r 的大作中提到】
: 做病人DNA测序的时候我们经常会发现一些看起来功能和患者症状体征很符合的基因里
: 有variant of unknown significance，而且有时候一个基因有多个患者。这种数据应
: 该还是很有趣的。可惜的是，在遗传实验室里，虽然很多时候我都基本知道做几个什么
: 样相对短周期的小实验就可以成为一个完整的故事，发一篇有点分量的文章，但是就是
: 没有这点条件去做。
: 我现在尝试过的做法一个是在附近找有相关背景的人合作，但是目前来看，完全背景符
: 合的人一个是难找，就是找到方向差不太远的，对方一般兴趣也不能算浓厚。我的分析
: 是，毕竟首先就不一定能做出来，其次多一篇和他本身方向不完全一致的文章，对于他
: 申请基金啥的可能帮助也不太大？毕竟在这里，拿到钱才是硬道理
: 另一个想法是找公司做，特别是国内的公司，毕竟国内人力便宜。我开始觉得平时也在
|
b****r
发帖数: 17995 | 13 我觉得如果我们找不到更多家系，只有这一个的话，起码是要给合作者一个
cocorresponding的，实际上我也是这么跟询问的人说的。估计还是有些我没有想到的
因素吧
【在 y******s 的大作中提到】
: 其次多一篇和他本身方向不完全一致的文章，对于他申请基金啥的可能帮助也不太大？
: 一起合作申请基金不就可以了吗？申请到每人一半。
: 你的困境其实是你想自己占有95% credit。分个30% Credit出来合作，肯定有人愿意。
|
b****r
发帖数: 17995 | 14 现在的情况，这些事情恐怕都还得靠我做
?
them
【在 T********e 的大作中提到】
: While it is pretty common concern among all collaborations. I have to ask
: where do you get pateint's DNA when you do sequencing? From patient sample?
: provided by MD? Do you treat them as collaborator? If so, how about ask them
: to refer some potential collaborators?
|
