b*****n
发帖数: 55 | 1 GeneChip Mouse 2.0ST by Affymetrix.
还有四个探针死活找不到线索，哪位大侠帮一下，谢谢！！
Unique ID:
17551169;
17551165;
17550683;
11550687. |
F*****d
发帖数: 23 | 2 前三个是control probe, 第四个不在芯片上（也有可能你问的是17550687，也是
control）。
你可以从Affy下载annotation file
http://www.affymetrix.com/estore/browse/products.jsp?productId= |
b*****n
发帖数: 55 | 3 非常感谢！！！抱歉第四个错误，确为17550687。
请问为何这四个对照probe sets的fold change为何居在Class Comparison (WT vs. KO
) 第一到第四位呢？
【在 F*****d 的大作中提到】
: 前三个是control probe, 第四个不在芯片上（也有可能你问的是17550687，也是
: control）。
: 你可以从Affy下载annotation file
: http://www.affymetrix.com/estore/browse/products.jsp?productId=
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F*****d
发帖数: 23 | 4 对照probe有时会和mouse RNA发生非特异杂交，产生假阳性。
一般分析都是要把对照probe在结果里除掉。 |
b*****n
发帖数: 55 | 5
再次感谢!理解了你说的意思，就是对照探针应该是小鼠基因组里没有的序列。但因为
四组对照探针的fold change位于前四位（WT vs. KO），是否意味着野生型都不杂交，
而敲除组几乎就是完美匹配杂交，请问是这样吗？有无进一步探索的必要？
【在 F*****d 的大作中提到】
: 对照probe有时会和mouse RNA发生非特异杂交，产生假阳性。
: 一般分析都是要把对照probe在结果里除掉。
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x*****d
发帖数: 704 | 6
完全没必要。那几个probe是QC用的。用于扫描的时候校准激光。
【在 b*****n 的大作中提到】
:
: 再次感谢!理解了你说的意思，就是对照探针应该是小鼠基因组里没有的序列。但因为
: 四组对照探针的fold change位于前四位（WT vs. KO），是否意味着野生型都不杂交，
: 而敲除组几乎就是完美匹配杂交，请问是这样吗？有无进一步探索的必要？
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