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l********h
发帖数: 16 | 2 "View WebEx Video
View PDF | Robust Multiple Array Analysis (RMA) Augments Affymetrix
Probe-Level Analysis
Rafael A. Irizarry
Department of Biostatistics
Johns Hopkins University
Rafael Irizarry presents a 25-minute WebEx tutorial explaining this
additional method for analysis of Affymetrix probe-level data. This algorithm,
also available in Bioconductor, is implemented in GeneTraffic UNO versions 2.5
and later.
View Color PDF
View Black & White PDF | Advancements in Affymetrix Pr |
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k****n
发帖数: 158 | 3 导师要看合作者的一批基因芯片数据，把和我们相关的通路做了go分析，然后想转换到
affymetrix ID看看芯片数据的情况。请教有没有什么方法可以批量把go 的基因转换到
affymetrix ID的？
谢谢 |
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c*******s
发帖数: 28 | 4 不很清楚你说的“go的基因”指什么，如果指基因名称、并且你的芯片是比较常见的芯
片，ensembl的biomart应该可以转换。在www.ensembl.org点上面的BioMart，Database
选Ensembl Genes 63，然后选物种，然后（可选）建立filter，选你要输出的
Attributes就行了，microarray在External->Microarray里面，如果里面有你的
platform的话。
或者去affymetrix的网站下载你的platform的相关文件里面应该能找到对应关系。matlab里面
也有可以处理affymetrix data的包，也许比R的更容易使用一点，至少文档更清楚…… |
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r*****n
发帖数: 972 | 5 请教大家，在gene expression analysis 中，如何collape probe set into just one
gene value. 看到有paper 是这样做的。。。
Practically speaking, we use a CDF which combined the probes as described
above, in combination with the aroma.affymetrix R library. Similar CDFs can
be obtained from the AffyProbeMiner website.
谁有这方面的经验，可以解释一下，或者提供一下aroma.affymetrix的code啊，多谢多
谢！ |
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s******n
发帖数: 47 | 6 请问版上的大侠，听说affymetrix array data都是publicly accessible的。请问到哪
里去找并且下载这些data？不甚感激！ |
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g**********y
发帖数: 423 | 8 any idea for mapping Affymetrix U133P2 probeset ID to Illumina Human-6_v2
probeID.
Any comments are welcome and appreciated. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 9 Please go to
//www.switchtoi.com/probemapping.ilmn
then click
Illumina Human-6v2 to Affymetrix U133Plus2.0 |
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b*****n
发帖数: 55 | 10 GeneChip Mouse 2.0ST by Affymetrix.
还有四个探针死活找不到线索，哪位大侠帮一下，谢谢！！
Unique ID:
17551169;
17551165;
17550683;
11550687. |
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t**h
发帖数: 82 | 12 最近，请我们学校microarray core（据称有１５年经验）做个Affymetrix microarray
比较正常小鼠和杂合子鼠（有表型）一组织的基因表达谱，他们用的是GeneChip®
Mouse Transcriptome Assay 1.0。结果只有１５个基因有差异（变化1.5倍以上）。请
教可能的原因。谢谢! |
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n*****t
发帖数: 41 | 13 有人知道去哪里能找到1 million affymetrix 6。0 的数据? 主要是allele
frequcncy 和 map position. |
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f**********g
发帖数: 2252 | 15 来自主题: _pennystock版 - AFFX I prefer AFFX than AFFY.
Affymetrix to Host Conference Call on October 27, 2010 to Announce Third
Quarter Results
Wednesday 10/13/2010 4:00 PM ET - Businesswire
Related Companies
Symbol Last %Chg
AFFX 4.59 1.66%
As of 12:10 PM ET 10/14/10
Affymetrix, Inc. (NASDAQ: AFFX) today announced that it will release
operating results for the third quarter of 2010 after close of the stock
market on Wednesday, October 27, 2010.
The Affymetrix management team will host a conference call on October 27,
2010 a... 阅读全帖 |
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j****x
发帖数: 1704 | 16 可以说基本上不存在你提到的这种问题
1. 曾经的gold standard for chip data analysis，也就是Genespring软件，早就被
agilent收购了，直至今日，仍然是最好的软件之一。
2. Bioconductor的大部分的包，对Affymetrix, Illumina, Nimblegen, Agilent的支
持都很好。某些特殊的专有芯片除外。当然因为历史原因，很多不再更新的老包仅仅支
持Affymetrix和传统cDNA芯片，自然这些老包基本也都被取代了。
Affymetrix前几年明显在走下坡路，不仅市场占有率第一的位置被Illumina取代，还在
逐步被Nimblegen, Agilent蚕食，自身的问题不少。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 17 用David
//david.abcc.ncifcrf.gov/conversion.jsp
把Drosophila, 几个candidate genes Illumina probeID 转换成 Affymetrix ID
then try piRNA-producing transcripts
with Affymetrix gene expression data
FTP//ftp.aarnet.edu.au/pub/bioconductor/packages/2.8/Drosophila_melanogaster.html
Reference link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20022248
key description:
>
Selective Production of 3’-UTR-Directed piRNAs
from Gonadal mRNAs
We next assayed the relationship of piRNA-producing transcripts
with Affymetrix gene exp... 阅读全帖 |
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M*P
发帖数: 6456 | 19 终于让你识破了。
确实是这样。字符界面就是不想让外行上手。要是都跟PCR/Western那样的技术，中专
水平的学生培训一下就能做，那我们还怎么挣钱？不都成生物千老了？
你说的公司搞出容易用的界面的软件，然后我们就没工作了。 这个不太可能发生。为
什么？你看affymetrix？他们的软件界面简单，容易操作。但是没人用。原因一是贵，
好几千一个license,做生物的都抠门不愿意买。生物信息软件我们写的都是免费，自然
会有人来用。好不好用再说。有的是人排着队学用字符界面。
公司的软件不会替代我们的软件，还有一个原因，那就是我们会组织起来discredit那
些公司。再看affymetrix,他们一开始自己有个软件做芯片分析，后来怎么样？
Berkeley，Priceton，UW Seatle，Harvard的统计系元老们起头搞自己的软件，用各种
方法证明affymetrix的软件有问题。你是信这些教授还是信公司？人民大众生来就是不
信任大公司，认为所有公司都有自己的阴谋. 特别是搞科研的，认为公司搞统计的都是
吃干饭的，当不了教授才去的公司。最后结果就没人用affy他们的软件，bioc... 阅读全帖 |
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s*****e
发帖数: 18 | 21 现状
目前基于DNA的生物芯片主要应用在两个方面。一是作为某些疾病的特定基因突变诊断。这
方面的主要例子是Affymetrix的GeneChip，它的P53基因芯片用于P53肿瘤抑制基因的多态
性检测；HIV基因芯片用于检测HIV-1蛋白酶基因和病毒逆转录酶基因突变；P450基因芯片
用于肝脏药物代谢酶的基因检测。Affymetrix还有许多此类基因芯片在开发中，如检测乳
腺癌基因的BRAC1，以及用于细菌性病原体检测方面的。另外的例子有Hyseq的HyGnostics
模型等。
另一个应用是检测正常细胞和病理细胞内基因表达水平的差异。区别和认识这种细胞内基
因表达水平的差异不仅有助于诊断，而且还可能发现那些只有病理细胞才具有的药物靶点
。例如在癌变过程中癌基因和原癌基因是处于激活状态的，而在正常细胞中这些基因决不
会处于这种状态，仔细分析这些基因会有可能发现新的治疗方法。用于这种基因表达检测
的生物芯片有Affymetrix的一系列标准人类，老鼠，酵母等基因芯片以及其合作实验室定
制的各种芯片；Hyseq用于心血管疾病和中枢神经系统及感染性疾病的HyX基因分析模型。
除了DNA和RN |
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j****u
发帖数: 1413 | 22 附一：部分硅谷中国科大校友
以下为新创校友基金会整理的部分硅谷中国科大行业校友代表，期望的职业道路对年轻
校友或许有所启发。我们相信更多被遗漏的校友事业同样出色。本节与下一节从硅谷海
归的校友均不列举律师与咨询行业校友，原因在本文提及的行业报告有多位校友的情况
。感兴趣者可方便的获取信息。
王瑞平，792，Applied Materials
王瑞平，792，应用材料公司高级总监，俄勒冈州立大学固体物理博士。1995年至今供
职于Applied Materials。曾任太阳能技术中心总经理（西安）、Head of Technology
、Senior Director。
郝宏，796，三星半导体副总裁
郝宏，796，Sr. Vice President, Foundry Business at Samsung Semiconductor，郝
宏是斯坦福大学博士。
ACD创始人罗宇龄（803）、陈世平（809）
2016年7月11日，美国NASDAQ上市公司Bio-Techne宣布以3.25亿美元收购基因(组)分析
试剂公司Advanced Cell Diagnostics (ACD... 阅读全帖 |
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y*******n
发帖数: 22 | 23 [问题] 给定N=m*n个相同长度的字符串(例如L=20)，欲找到一种算法
，
把它们排列到一个m*n的方阵上，使得所有相邻两个字符串的距离之
和最小。此处两个字符
串的距离定义为它们之间不同的字符位数，例如
dist(ABCDCGA,ABEDCAA) = 2.
[背景] Affymetrix生产的基因芯片基本原理是针对一个物种的每一
个基因(可以考虑成ACTG
组成的字符串)设计一组特定的引物(primer)(即一系列长度一定的字
符串)，然后在一块固
定大小的载体(如玻璃或尼龙)上并行合成这些引物。实验时把载体同
这种生物细胞中的mRNA
(或RT-PCR后的cDNA，经过染料修饰)杂交，根据每个引物杂交信号的
大小来推断各个基因在
细胞中的表达量。上述问题与Affymetrix的芯片合成技术有关。
考虑在2*2的方阵上合成如下设计好的引物，用1234来表示四个孔的
编号，
AC CC 1 2
AG GC 3 4
通过这样一个方案：
(1)在溶液中放核甘酸A，打开样孔1，3，这样，1，3样孔里就合成上
A：
A -
A -
(2)在溶液中放核甘酸G，打开样孔3，4，这样，3，4样孔 |
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n********b
发帖数: 27 | 24 There is a Research Associate II position opening in a Genomics-Microarray
Core in a Cancer Center in southern CA-Los Angeles Area. Please send your
resume/CV to o****[email protected], if you are interested
in it. Thanks.
See job descriptions:
Job Descriptions
Research Associate II
Functional Genomics Core
1. Perform bench work related to research projects & services using
different genomic technologies including Affymetrix GeneChip, Agilent, Roche
NimbleGen and Illumina’s HiScanSQ microarray platfo... 阅读全帖 |
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c*2
发帖数: 24 | 25 I vote for Affymetrix. The analysis method for affymetrix data is well
studied (with many open source tools available), which is NOT the case for
agilent arrays. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 26 OMG
LZ used degenerated primer for cDNA single strand synthesis
R U Seriously? an amateur molecular biologist LZ?
Please go to
//www.protocol-
online.org/prot/Molecular_Biology/RNA/Reverse_Transcription__RT____cDNA_Synthesis/index.html
RT reaction is also called first strand cDNA synthesis. Three types of primers can be used for RT reaction:
oligo (dT) primers, random (hexamer) primers and gene specific primers with each having its pros and cons.
or
/media.affymetrix.com/support/technical/usb... 阅读全帖 |
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B****m
发帖数: 63 | 27 用过一次affymetrix的芯片，很不喜欢。确实很多probe set没有明确标注。对于这些
probe set，你可以到affymetrix的官方网站上搜索信息（需要注册）。在他们的官网
上，每个probe set都会有个链接，连到gemome browser上。我的经验是，如果官网上
实在没有这个probe set的信息，但是在genmome browser上 这个probe set 覆盖了基
因A的一部分，那我就手动把这个probe set的对应基因标注为基因A。 做这个手动工作
很烦人，所以手动查询一下变化倍数大的为止probe set 就行了，变化小的不管。
将probe set的变化转化成基因后，要用gene ontology对这些基因进行功能分类，进而
信号通路分析。 |
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t******7
发帖数: 318 | 28 请教一个Ease software使用问题
大家好，在这里请教一个使用Ease 程序进行microarray gene expression数据分析问
题。本人是纯生物出身，从没做过数据分析工作。这次我们做了一个microarray实验，
得到了一大堆数据，正在用上述这个软件进行functional and biological analysis。
马上就遇到了问题，首先是，不知怎样才能把我们的gene list upload 上去。第二个
问题，是不知道为什么没有我们所用的Agilent microarray chips这个选项，而是只有
“Affymetrix”这个defauld选项，可是我们的microarray不是这个“Affymetrix”公
司的。下面同样的问题是population gene list 也只有David选项，不知怎样才能把我
们所用的Agilent的Whole gene list upload上去？这些可能是非常基本的问题，但确
实不知道怎么办。哪位同胞如果熟悉这个程序，麻烦您给予指教。非常非常感谢！
张 |
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y*******n
发帖数: 22 | 29 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
【 原文由 yuelushan 所发表 】
[问题] 给定N=m*n个相同长度的字符串(例如L=20)，欲找到一种算法
，
把它们排列到一个m*n的方阵上，使得所有相邻两个字符串的距离之
和最小。此处两个字符
串的距离定义为它们之间不同的字符位数，例如
dist(ABCDCGA,ABEDCAA) = 2.
[背景] Affymetrix生产的基因芯片基本原理是针对一个物种的每一
个基因(可以考虑成ACTG
组成的字符串)设计一组特定的引物(primer)(即一系列长度一定的字
符串)，然后在一块固
定大小的载体(如玻璃或尼龙)上并行合成这些引物。实验时把载体同
这种生物细胞中的mRNA
(或RT-PCR后的cDNA，经过染料修饰)杂交，根据每个引物杂交信号的
大小来推断各个基因在
细胞中的表达量。上述问题与Affymetrix的芯片合成技术有关。
考虑在2*2的方阵上合成如下设计好的引物，用1234来表示四个孔的
编号，
AC CC 1 2
AG GC 3 4
通过这样一个方案：
(1)在溶液中放核甘酸A，打开样孔1，3，这样，1，3样孔 |
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t******7
发帖数: 318 | 30 请教一个Ease software使用问题
大家好，在这里请教一个使用Ease 程序进行microarray gene expression数据分析问
题。本人是纯生物出身，从没做过数据分析工作。这次我们做了一个microarray实验，
得到了一大堆数据，正在用上述这个软件进行functional and biological analysis。
马上就遇到了问题，首先是，不知怎样才能把我们的gene list upload 上去。第二个
问题，是不知道为什么没有我们所用的Agilent microarray chips这个选项，而是只有
“Affymetrix”这个defauld选项，可是我们的microarray不是这个“Affymetrix”公
司的。下面同样的问题是population gene list 也只有David选项，不知怎样才能把我
们所用的Agilent的Whole gene list upload上去？这些可能是非常基本的问题，但确
实不知道怎么办。哪位同胞如果熟悉这个程序，麻烦您给予指教。非常非常感谢！
张 |
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N*******w
发帖数: 74 | 31 大家好，在这里请教一个使用Ease 程序进行microarray gene expression数据分析问
题。本人是纯生物出身，从没做过数据分析工作。这次我们做了一个microarray实验，
得到了一大堆数据，正在用上述这个软件进行functional and biological analysis。
马上就遇到了问题，首先是，不知怎样才能把我们的gene list upload 上去。第二个
问题，是不知道为什么没有我们所用的Agilent microarray chips这个选项，而是只有
“Affymetrix”这个defauld选项，可是我们的microarray不是这个“Affymetrix”公
司的。下面同样的问题是population gene list 也只有David选项，不知怎样才能把我
们所用的Agilent的Whole gene list upload上去？这些可能是非常基本的问题，但确
实不知道怎么办。哪位同胞如果熟悉这个程序，麻烦您给予指教。非常非常感谢！
张 |
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f********B
发帖数: 39 | 32 我最近刚搬到湾区，想找一份product development/transfer, or quality assurance
的工作。我有一个分析化学的MS和生物化学的MS,在德州一个生化公司的生产部门工作
过2年多。如果有在Affymetrix，Boston Scientific，ThermoFisher Scientific，
Illumina等公司工作的朋友，能否帮我internal refer? 或是在其它生化公司工作的朋
友，如果你公司有这样的positions open，能否也帮我递个简历呢？请帮忙的朋友发信
到我信箱，多谢！！！ |
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k*p
发帖数: 1526 | 33 怎么没有affymetrix和illumina？ |
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v**********m
发帖数: 5516 | 34 At this price, I will stay away from this company.
From its income sheets during 2010-2012, it does not look like a promising
stock, though it may be a promising company.
===================================================
FROM SEEKING ALPHA
http://seekingalpha.com/article/1319051-1-software-1-biotech-an
Insider selling by insider (last 30 days)
Gajus Worthington sold 10,000 shares on April 1 pursuant to a Rule 10b5-
1 trading plan. Gajus Worthington currently controls 185,159 shares or 0.7%... 阅读全帖 |
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l***s
发帖数: 841 | 35 生物时代还没有到来。因此想要靠生物股发财还很难。 目前还是马工的天下。 ILMN很
难讲，搞不好会是下一个Affymetrix,那就惨了。 测序领域竞争太激烈。Monsanto比较
稳，不过增长空间有限，想翻番很难。 虽说对各家生物技术公司较了解，我自己基本
不碰生物股。 |
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L*******a
发帖数: 293 | 36 股价已经很高了。主要市场在科研，严重依赖NIH的经费，11年大跌就是NIH没钱了。临
床成熟的也就是产前诊断，其它的都不太成熟，而且芯片什么的也可以做。疾病DNA能
解释的不多，常见病复杂点的都说不清，如肥胖，癌症，糖尿病，长寿，学术上都没有
突破，临床上只能做做分型，搞搞偏忽悠的预测。市场成熟还需要时间。而且其他技术
也可以做。技术上来说只能说是目前领先，而且技术一直没有本质突破，只是密度越来
越高，CCD越来越好。下一代nanopore有突破的话很可能一夜回到解放前，参见
affymetrix。高科技，高风险，一不小心就被淘汰。外行做长线的话要谨慎。 |
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E*********r
发帖数: 4984 | 37 Microarray实际上是一个在淘汰边缘的技术，不知道你从哪里得来越来越多大学医院要
使用Microarray技术？ 我去年在一家专做Microarray疾病诊断的公司做过一年多。事
实上一个检测的成本非常高，大约是600-700美元。一块定做的Affy芯片是60几块，但
是要上到Hybridisation的话，前期要使用一些生物试剂作mRNA-cDNA-ssCNDA
amplification, 这个试剂盒5000美元一个，只能做50个反应，还有Consumables都很贵
，还有人工等等。你看看Affymetrix的股价从2000年140多块跌倒现在8块多就是一个好
的证明。现在诊断技术很多，即便用到分子诊断，Microarray也不是首选，基本上是RT
-PCR，便宜，速度快。千万不要去想每天多少人怀孕，多少人去做某项检测。我手上好
的检测技术和项目一大堆，也曾经编织过类似的美梦，但到中国去了解了一下，要解决
SFDA，医保问题，还有物价局的定价。另外现在如果不是非常有必要的检测项目，孕妇
们未必会去做，她们不傻，也会从网上去阅读有关内容。
microarray
Assume... 阅读全帖 |
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r*******e
发帖数: 60 | 38 http://www.ssfcareerevents.org/
Date: March 3, 2010
Time: 10am to 4pm
Location: South San Francisco Conference Center
Some of the companies attending:
Abbott
Affymetrix
Baxter
BioMarin
Boston Scientific
Catholic Healthcare West
Cepheid
FibroGen
Fluidigm
Genomic Health
Geron
Gilead
Impax Laboratories
Intuitive Surgical
MediImmune
Medivation
Live Leaf
Nektar
Novartis - Emeryville
Novartis - San Carlos
Pharmatech
ProGenTech
StemCells, Inc.
SuperGen
United Biosource
veracyte
XDx
Zeltiq Aesthetics
Go |
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j****u
发帖数: 1413 | 39 新闻与简报：http://www.ustcif.org/default.php/page/193
10月1日，中国科大硅谷科技峰会将进行，峰会将汇聚美中企业家、创业与投资人士。
中国科大新创校友基金会已邀请到超50位杰出校友出席峰会。新创基金会执行团队将在
近日公布酒店地点；逐步细化分论坛设置，发布峰会专题网站。首批嘉宾信息谨向校友
通报如下：
确认出席嘉宾
罗宁一，772，维林光电董事长、千人计划入选者
罗宁一，772校友，中国科技大学激光物理学的理科学士学位和理科硕士学位。美国德
克萨斯理工大学激光光谱专业博士毕业，现任维林光电（苏州）有限公司董事长兼总经
理。2009年度苏州、工业园区科技领军人才称号，2010年度入选第五批国家“千人计划
”，2011年度获“姑苏领军人才”的称号及“金鸡湖双百人才计划”海外高层次领军人
才的荣誉称号。 罗宁一博士在激光与光电子业从事了20多年的新产品研发、市场营销
和管理工作，先后在Continuum Electro-Optics（连续光电公司）、 JDS Uniphase(捷
迪讯)和New-Wave Research（伊塞－埃特（ESI-AT... 阅读全帖 |
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l******8
发帖数: 9475 | 40 http://newsroom.ucla.edu/portal/ucla/dogs-likely-originated-in-
【纽约时报】最新发现认为犬类起源中东
作者：Nicholas Wade
2010年3月17日
最近，研究人员借助人类疾病遗传学研究手段得出了一项研究成果，认为犬类的起源最
早来自中东地区某地对狼的驯养，而非之前另一项研究所暗示的东亚起源论。
中东是目前已知的人类最早开始改良植物以及驯养非犬类家畜的地区，而这一新发现认
为，人类最早的驯化行为——养狗，也同样起源于此，这一结论同时加强了人类社会第
一批家养动物出现与约一万年前农业的诞生之间存在的联系。
此外，中东起源说与现有的考古学证据更加相符，而且，从大约两万年前游猎部落与狼
的关系到维多利亚时代犬类爱好者创造的诸多现代犬种，中东起源说使遗传学家们能够
完整地重建一部犬类发展史。
由加州大学洛杉矶分校的Bridgett M. vonHoldt和Robert K. Wayne领导的一个研究组
分析了来源于世界各地的大量狼和狗的基因组样本。通过对相似序列的比对，研究组发
现，中东地区狼和狗的基因组相似度最高，尽管东... 阅读全帖 |
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j****u
发帖数: 1413 | 41 新闻与简报：http://www.ustcif.org/default.php/page/193
10月1日，中国科大硅谷科技峰会将进行，峰会将汇聚美中企业家、创业与投资人士。
中国科大新创校友基金会已邀请到超50位杰出校友出席峰会。新创基金会执行团队将在
近日公布酒店地点；逐步细化分论坛设置，发布峰会专题网站。首批嘉宾信息谨向校友
通报如下：
确认出席嘉宾
罗宁一，772，维林光电董事长、千人计划入选者
罗宁一，772校友，中国科技大学激光物理学的理科学士学位和理科硕士学位。美国德
克萨斯理工大学激光光谱专业博士毕业，现任维林光电（苏州）有限公司董事长兼总经
理。2009年度苏州、工业园区科技领军人才称号，2010年度入选第五批国家“千人计划
”，2011年度获“姑苏领军人才”的称号及“金鸡湖双百人才计划”海外高层次领军人
才的荣誉称号。 罗宁一博士在激光与光电子业从事了20多年的新产品研发、市场营销
和管理工作，先后在Continuum Electro-Optics（连续光电公司）、 JDS Uniphase(捷
迪讯)和New-Wave Research（伊塞－埃特（ESI-AT... 阅读全帖 |
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w***g
发帖数: 5958 | 42 请版上的生物专家帮忙。
我有一批基因芯片数据，型号是affymetrix HG-U133_Plus_2。
需要把.CEL文件处理成适合机器学习的格式。
目前我用的就是三行R程序。
data <- ReadAffy(filenames=args[1])
eset.mas5 <- mas5(data)
write.exprs(est.mas5, file=args[2])
想请教下这种数据应该做什么样的normalization或者别的预处理
才适合进行后续机器学习。
穷酸就穷酸吧。我反正是靠情怀活着，偶尔也做点火坑专业的事情。 |
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w***g
发帖数: 5958 | 43 请版上的生物专家帮忙。
我有一批基因芯片数据，型号是affymetrix HG-U133_Plus_2。
需要把.CEL文件处理成适合机器学习的格式。
目前我用的就是三行R程序。
data <- ReadAffy(filenames=args[1])
eset.mas5 <- mas5(data)
write.exprs(est.mas5, file=args[2])
想请教下这种数据应该做什么样的normalization或者别的预处理
才适合进行后续机器学习。
穷酸就穷酸吧。我反正是靠情怀活着，偶尔也做点火坑专业的事情。 |
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n***h
发帖数: 11 | 44 No. It's like the other way around...
Affymetrix chips use synthesized 25-base long oligonucleotides as probes,
including perfect match and mis-match probes. A set (16-20 ) of probes are
designated to detect one transcript. So all the probes on the chip stand
for known genes, which is nice for reproducibility and further analysis of
your data, while could be a limitation too: you can only detect the expression
level of the probes they provide.
I haven't worked with the so-called "arrays", but as |
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l*****k
发帖数: 587 | 45 you should read Affy manual, the P call percent depends on the sample
you used, and should be consistent for the same type of samples.
there are probe level methods other than MAS5 or GCOS, like dCHIP or RMA.
it is said they are better than MAS5, I suggest you to give them a try if you
have time. |
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h******b
发帖数: 312 | 46 There are primarily 2 types of microarray, comercial Affymetrix chip and
spotted array(cDNA/pcr), I guess u mean spotted array.
two major differences between the 2 types:
1. spotted material: affy use de novo synthesized oligo, 20mer or 25 mer,
called a probe, each gene is represented by 11? or 16 probes. the whole thing
called a probeset, so a probeset correspond to a gene. spotted array is
relative flexible, can print on the chip cDNA(comercially synthesized) or pcr
product, or even promoter s |
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l*****k
发帖数: 587 | 47 well, I just read all the replies, seems no one asked you how
many chips you did and what is your exact defination of
down or up regulation, algorithm used, etc.
clustering, in most cases, does not make biological sense at
all. What you can do is to select the list of genes with good
P value and use Affymetrix's website for GO analysis, it is hard
to save results but kinda give you a tree like structure based
on your genes GO identity.
for probe level analysis: Dchip, RMA, MAS5.
For higher level |
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l*****k
发帖数: 587 | 48 1. what algorithm did you use to calculate the P value? Each method may
give a different P value magnitude.
2. Affymetrix netaffyx has a GO tool, it is kinda useful.
3. It is very hard to publish in good journals with ONLY microarray
data now. You need to do more work to confirm your array data. I
personally don't belive in PCR confirmation.
4. I would suggest you do a permutation based analysis, one tool you can
use is ArrayTools from NCI Biometrix group.
Good Luck |
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f**r
发帖数: 70 | 49 It's indeed hard to argue. Irizarry wrote a paper to compare the 3 algorithms
in 2003 on Nucleic Acids Res. We've done some simulation studies and found
that his conclusions are pretty objective. While RMA is better with the
lower-expressed genes, it underestimates fold changes in a great deal, which
often times is very annoying to explain to the clinicians. But it's
interesting that in Affymetrix's to-be-released new algorithm (not called
MAS6, but some new name), they inherit the quantile |
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n********b
发帖数: 27 | 50 There is position opening in a Genomics Core-Staff Scientist (supported by
hard-money) in a medical center/research institute in S CA area with good
retirement/benefit package. Please send you CV to o****[email protected], if you
are interested in. Thanks.
See job descriptions:
Staff Scientist
Functional Genomics Core
1. Perform bench work related to research projects & services using
different DNA microarray technologies/platforms including Affymetrix
GeneChip, Agilent, Roche NimbleGen and Illuman’s |
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