g***n
发帖数: 14 | 1 小弟我研究的是寄生线虫。我的课题基本是找一个phenotype的相关基因。
我手上有两个wildtype (A和B)，phenotype在这两个wildtype之间的表型非常不一样，
A为0%，B为100%
用A做突变体，筛了几个phenotype在30%-40%之间的突变体。
然后对全基因组测序，拿到差异snps
请问有什么方法可以确定最有可能的基因或者最有可能的snps吗？
急等毕业，可是本来做数据分析的合作者换工作跑路了，指望不上了。
求教各位指点一下后续分析的方法，小弟在此拜谢了！ |
m*****s
发帖数: 156 | 2 你测序了几个线虫？phenotype是百分比，或者说连续的？你这个是个GWAS study，如
果你的样本量够大的话。不过样本量只是影响power的一个因素，如果你的突变effect
size够大小样本应该也没问题。你搜索一下常用的gwas软件好了，如果你的样本之间没
有血缘关系，我推荐用plink
【在 g***n 的大作中提到】
: 小弟我研究的是寄生线虫。我的课题基本是找一个phenotype的相关基因。
: 我手上有两个wildtype (A和B)，phenotype在这两个wildtype之间的表型非常不一样，
: A为0%，B为100%
: 用A做突变体，筛了几个phenotype在30%-40%之间的突变体。
: 然后对全基因组测序，拿到差异snps
: 请问有什么方法可以确定最有可能的基因或者最有可能的snps吗？
: 急等毕业，可是本来做数据分析的合作者换工作跑路了，指望不上了。
: 求教各位指点一下后续分析的方法，小弟在此拜谢了！
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g***n
发帖数: 14 | 3 太感谢了
我一共测了9个线虫。phenotype是线虫dauer development的百分比，每个突变体的百
分比不一样。
我是以一个线虫为基础，做了一些突变体，所以每个线虫都是有血缘关系的。
我现在担心的是，样本量可能不够大（一共只有9个基因组），得出的结果是不是不可
靠？
另外，数据中有差异的snps一共不到1500个，分布在不到400个基因里
不知道你有没有相关经验，这样的数据能不能用gwas来分析？
effect
【在 m*****s 的大作中提到】
: 你测序了几个线虫？phenotype是百分比，或者说连续的？你这个是个GWAS study，如
: 果你的样本量够大的话。不过样本量只是影响power的一个因素，如果你的突变effect
: size够大小样本应该也没问题。你搜索一下常用的gwas软件好了，如果你的样本之间没
: 有血缘关系，我推荐用plink
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u*********1
发帖数: 2518 | 4 既然你有了全基因组的序列，就赶紧在这些SNP上下功夫；先不说association的问题，
如果你的hypothesis是rare/novel variants导致这个phenotype（也就是上面说的
effect size很大），那么你的1500个SNPs完全可以那去和数据库的common variants做
比对，找出罕见的同时改变protein序列的missense mutation或者影响splicing的，甚
至miRNA target啥的，也就是annotation。我不是做线虫的，但我估计也肯定是有相关
的database的吧。这一步大家一般用annovar这个软件
如果你的phenotype是个罕见的missense mutation导致的，那么你的9个样本中哪怕出
现了2个都是很有意义的。当然我的这套办法都是对于human genome的，如果你寻找的
是common variants或者更复杂的epistasis啥的就当我上面的没说。
association study往往是对于comman variants的，最经典的就是用plink。不过plink
也是好复杂的软件，要完全搞明白还是要点功夫的（尤其对于不做bioinformatics的新
手）。但是你的确只有9个样本，对于common variants的power可能比较低。
但你的优势是你是全基因组序列，所以想必你肯定会有一些rare的东西，甚至
structural variants，可以先关注关注它们吧
当然对于worm我是外行。。。
【在 g***n 的大作中提到】
: 太感谢了
: 我一共测了9个线虫。phenotype是线虫dauer development的百分比，每个突变体的百
: 分比不一样。
: 我是以一个线虫为基础，做了一些突变体，所以每个线虫都是有血缘关系的。
: 我现在担心的是，样本量可能不够大（一共只有9个基因组），得出的结果是不是不可
: 靠？
: 另外，数据中有差异的snps一共不到1500个，分布在不到400个基因里
: 不知道你有没有相关经验，这样的数据能不能用gwas来分析？
:
: effect
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u*********1
发帖数: 2518 | 5 我是以一个线虫为基础，做了一些突变体，所以每个线虫都是有血缘关系的
这个在我眼里是多么求之不得的事情。这就好比你做tumor variants的分析，你有
tumor和control，那么这个control样本可以帮你排除掉ＮＮＮＮＮ多的noise；直接看
看mutant都出现了什么新的SNP所以导致了phenotype
这是做cancer genomics最爽的地方，因为有天然的control；而我们做一般complex
disease的就只能依靠common variants的数据库了。
不过我不太明白的是为什么A和Ｂ两个wildtype的phenotype如此不同；既然是wildtype
那genome难道会有很大差别么？（可能是很silly的问题因为我是外行）
anyway，先找到只在mut里产生的variants，做点annotation，或许你就已经找到了你
想要的东西，不用去care什么association power了
【在 g***n 的大作中提到】
: 太感谢了
: 我一共测了9个线虫。phenotype是线虫dauer development的百分比，每个突变体的百
: 分比不一样。
: 我是以一个线虫为基础，做了一些突变体，所以每个线虫都是有血缘关系的。
: 我现在担心的是，样本量可能不够大（一共只有9个基因组），得出的结果是不是不可
: 靠？
: 另外，数据中有差异的snps一共不到1500个，分布在不到400个基因里
: 不知道你有没有相关经验，这样的数据能不能用gwas来分析？
:
: effect
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g***n
发帖数: 14 | 6 谢谢你详细的回复
我的mutant实际上还有很多noise，原因是我的线虫体外回交成功率极低，这也是为什么
而且，我研究的线虫基因组还没有发表，所以也没有common variants数据库了，我这
个搞非模式生物的也只能流口水
所谓的wildtype A和B，是同一个isolate里发现的，理论上来说genome的variation很
小，测序数据也证明了这点
其中一个问题是，两个wildtype的差异基因很可能是控制上游表达的，而mutant中的
candidates基本都靠近下游。这是通过研究c elegans的ortholog 得出的结论。但不是
很肯定，因为线虫间的差异很大。
另外，我手上还有两个wildtype在stage L2的transcriptome，这个stage是所谓
phenotype的决定期。通过分析发现不到30个基因差异表达。有没有什么方法可以把
genome和transcriptome放在一起做个cross analysis的？
你上一个回复中提到的structure variation，是指rna的还是蛋白的？是怎么做呢？如
果有已经发表的文章，能不能给个链接？多谢了！
wildtype
【在 u*********1 的大作中提到】
: 我是以一个线虫为基础，做了一些突变体，所以每个线虫都是有血缘关系的
: 这个在我眼里是多么求之不得的事情。这就好比你做tumor variants的分析，你有
: tumor和control，那么这个control样本可以帮你排除掉ＮＮＮＮＮ多的noise；直接看
: 看mutant都出现了什么新的SNP所以导致了phenotype
: 这是做cancer genomics最爽的地方，因为有天然的control；而我们做一般complex
: disease的就只能依靠common variants的数据库了。
: 不过我不太明白的是为什么A和Ｂ两个wildtype的phenotype如此不同；既然是wildtype
: 那genome难道会有很大差别么？（可能是很silly的问题因为我是外行）
: anyway，先找到只在mut里产生的variants，做点annotation，或许你就已经找到了你
: 想要的东西，不用去care什么association power了
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