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Biology版 - 做线虫的有人试过WGS+SNP的方法一步测序出mutant吗?
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g*****n
发帖数: 241
1
别人介绍了这个方法给我: “C. elegans mutant identification with a one-step
whole-genome-sequencing and SNP mapping strategy”,看上去不错,不知道版上有
没有人用过这个方法找出forward genetic screen里筛到的mutant?这个方法是否容易
,或者有没有什么瓶颈?
谢谢
f****y
发帖数: 13
2
理论上是的,但实际很困难。因为当你比较诱导突变型和野生型,你肯定可以发现上千
的SNPs,所以需要传统的遗传基因定位法。当然虫子容易拿到突变体,如果你能同时拿
到5,6个同基因不同的alleles,还是可能不需要定位了。

step

【在 g*****n 的大作中提到】
: 别人介绍了这个方法给我: “C. elegans mutant identification with a one-step
: whole-genome-sequencing and SNP mapping strategy”,看上去不错,不知道版上有
: 没有人用过这个方法找出forward genetic screen里筛到的mutant?这个方法是否容易
: ,或者有没有什么瓶颈?
: 谢谢

f****y
发帖数: 13
3
Refer to research from Oliver Hobert in Columbia.
http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pon

step

【在 g*****n 的大作中提到】
: 别人介绍了这个方法给我: “C. elegans mutant identification with a one-step
: whole-genome-sequencing and SNP mapping strategy”,看上去不错,不知道版上有
: 没有人用过这个方法找出forward genetic screen里筛到的mutant?这个方法是否容易
: ,或者有没有什么瓶颈?
: 谢谢

g*****n
发帖数: 241
4
谢谢回复。请问你用过或者知道有人用过这种方法吗?你链接里的文章我读了,但不知
道是不是操作起来像他们说的那么容易。谢谢
a***e
发帖数: 1010
5
doable.
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