求助，如何验证mRNA在细胞内的二级结构？ - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 求助，如何验证mRNA在细胞内的二级结构？

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c*******0 发帖数: 190	1 最近有一篇关于BRCA1 mRNA检测的paper被打回来，reviewer说我们的实验把mRNA在细胞内的结构想得过于简单，它们往往都有二级或更高级的结构。虽然这个基因比较大，但我们检测的序列目标大约就在4000bp左右，如何设计一个实验验证这段区域是否有高级非线性结构啊？或者有什么推荐的数据库来预测吗？谢谢大家先。
f*****h 发帖数: 228	2 Chemical probing For prediction, you can check out rnastructure , Vienna package, mfold
j*p 发帖数: 411	3 类似 RNA SHAPE analysis in living cells. http://www.nature.com/nchembio/journal/v9/n1/pdf/nchembio.1131. Genome-wide measurement of RNA secondary structure in yeast http://www.nature.com/nature/journal/v467/n7311/pdf/nature09322 Hopefully Human PARS will come out soon.

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