c****e
发帖数: 188 | 1 I have two sets of microarray data, mRNA and microRNA, in the same samples.
I need a bioinformatic tool to help me find the connection between the
significantly differentially expressed microRNA and mRNA, and identify the
pathway involved in this interaction. Anybody has good suggestions? Thanks!! |
j****x
发帖数: 1704 | 2 推荐Partek Genomics Suite，个人认为是目前最好的高通量数据分析软件：跨平台，
能够整合分析各类芯片及NGS数据，下游扩展也很丰富。不过软件卖的比较贵。
如果你对bioinformatics及其相关软件不是很熟悉，那么不建议从原始数据开始处理。
通常一般从公司或者core facility拿到processed data之后，那么可以尝试使用一些
现成的webserver，比如：
MicroRNA and mRNA integrated analysis (MMIA): a web tool for examining
biological functions of microRNA expression
Nucl. Acids Res. (2009) 37 (suppl 2): W356-W362.
http://129.79.244.122/~MMIA/
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!!
【在 c****e 的大作中提到】
: I have two sets of microarray data, mRNA and microRNA, in the same samples.
: I need a bioinformatic tool to help me find the connection between the
: significantly differentially expressed microRNA and mRNA, and identify the
: pathway involved in this interaction. Anybody has good suggestions? Thanks!!
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t*d
发帖数: 1290 | 3 很好的信息。谢谢！
顺便打听一下 Partek Genomics Suite 价钱？是不是按年收费？
【在 j****x 的大作中提到】
: 推荐Partek Genomics Suite，个人认为是目前最好的高通量数据分析软件：跨平台，
: 能够整合分析各类芯片及NGS数据，下游扩展也很丰富。不过软件卖的比较贵。
: 如果你对bioinformatics及其相关软件不是很熟悉，那么不建议从原始数据开始处理。
: 通常一般从公司或者core facility拿到processed data之后，那么可以尝试使用一些
: 现成的webserver，比如：
: MicroRNA and mRNA integrated analysis (MMIA): a web tool for examining
: biological functions of microRNA expression
: Nucl. Acids Res. (2009) 37 (suppl 2): W356-W362.
: http://129.79.244.122/~MMIA/
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j****x
发帖数: 1704 | 4 有几种不同的授权方式，自个儿实验室单买的话大概是2000$/Year。目前有很多大学/
研究所都买的group license，但是算下来也不便宜。
【在 t*d 的大作中提到】
: 很好的信息。谢谢！
: 顺便打听一下 Partek Genomics Suite 价钱？是不是按年收费？
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t*d
发帖数: 1290 | 5 非常感谢！
这个价钱还不算太黑。毕竟是小众软件。
【在 j****x 的大作中提到】
: 有几种不同的授权方式，自个儿实验室单买的话大概是2000$/Year。目前有很多大学/
: 研究所都买的group license，但是算下来也不便宜。
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c****e
发帖数: 188 | 6 I am learning MMIA now. Thanks for the information.
Is cytospace a good tool to do this too?
Besides microRNA and mRNA, I also have 450K DNA methylation array data from the
same matched samples. Will Partek Genomics Suite integrate all of the data together?
Thanks!
【在 j****x 的大作中提到】
: 推荐Partek Genomics Suite，个人认为是目前最好的高通量数据分析软件：跨平台，
: 能够整合分析各类芯片及NGS数据，下游扩展也很丰富。不过软件卖的比较贵。
: 如果你对bioinformatics及其相关软件不是很熟悉，那么不建议从原始数据开始处理。
: 通常一般从公司或者core facility拿到processed data之后，那么可以尝试使用一些
: 现成的webserver，比如：
: MicroRNA and mRNA integrated analysis (MMIA): a web tool for examining
: biological functions of microRNA expression
: Nucl. Acids Res. (2009) 37 (suppl 2): W356-W362.
: http://129.79.244.122/~MMIA/
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