I****p
发帖数: 101 | 1 每个处理有2-4个重复，好像有人说要按 count data 来分析，但是，normalize 后，
就变成有小数点的数据了，更像芯片类型的数据，可否就用芯片数据分析方法比如SAM
来分析？另外，有重复里有0这种数据，是把它变成1，0.1 或0.001来进行 log
transformation? 先谢！ |
j****x
发帖数: 1704 | 2 可以用Limma来处理，如果真想用类似芯片的分析方法的话。当然首先得transform
count data to log2-counts per million
SAM
【在 I****p 的大作中提到】
: 每个处理有2-4个重复，好像有人说要按 count data 来分析，但是，normalize 后，
: 就变成有小数点的数据了，更像芯片类型的数据，可否就用芯片数据分析方法比如SAM
: 来分析？另外，有重复里有0这种数据，是把它变成1，0.1 或0.001来进行 log
: transformation? 先谢！
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f*********e
发帖数: 24 | 3 DEseq
Use count data and do not need normalization.
SAM
【在 I****p 的大作中提到】
: 每个处理有2-4个重复，好像有人说要按 count data 来分析，但是，normalize 后，
: 就变成有小数点的数据了，更像芯片类型的数据，可否就用芯片数据分析方法比如SAM
: 来分析？另外，有重复里有0这种数据，是把它变成1，0.1 或0.001来进行 log
: transformation? 先谢！
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h*********c
发帖数: 78 | 4 Cuffdiff/Cufflinks has function to handle biological replicates. |
B****m
发帖数: 63 | |
