t*****t
发帖数: 773 | 1 我的理解，DNA甲基化修饰更倾向发生在CpG岛区域。为什么我看到的文献中经常出现
的实际情况是实验中图表中秀的是三五个CpG 位点的甲基化差异？
另外一个随之而来的问题， 这些零星位点的甲基化修饰即使真实发生了，又能对长
达几个Kb的cDNA的表达有多大程度的影响？ 我想只有连续的/密集的CpG区域比如CpG岛
的甲基化修饰才能对基因的表达产生明显差异吧？
|
i**y
发帖数: 71 | 2 CpG island methylation is indeed highly repressive. But it doesn't happen
very often in normal cells. Most CpG island-methylated genes are germ-line-
specific genes or transposable elements.
The effect of sparse mCpG is still debated. There are also regions with
intermediate densities (e.g. CpG shores), where methylation anticorrelates
with gene expression. |
b****r
发帖数: 17995 | 3 只做几个是因为做多个太贵呀，lol
不过作为玩了甲基化dna几年的苦逼可以负责任地说，常识上认为产品island里各个c的
甲基化状态比较均一，这个说法是相当靠谱的，所以基本上确实没有必要在一个island
测很多个
【在 t*****t 的大作中提到】
: 我的理解，DNA甲基化修饰更倾向发生在CpG岛区域。为什么我看到的文献中经常出现
: 的实际情况是实验中图表中秀的是三五个CpG 位点的甲基化差异？
: 另外一个随之而来的问题， 这些零星位点的甲基化修饰即使真实发生了，又能对长
: 达几个Kb的cDNA的表达有多大程度的影响？ 我想只有连续的/密集的CpG区域比如CpG岛
: 的甲基化修饰才能对基因的表达产生明显差异吧？
:
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l*******y
发帖数: 3987 | 4 搭车问个问题，是不是所有的C都有可能被甲基化？以前一直以为CpG位点才能被甲基化
的。 |
t*****t
发帖数: 773 | 5 常识上认为产品island里各个c的
甲基化状态比较均一
--------------
各个C的甲基化状态比较均一是什么意思？ 能展开说说吗？
谢谢 ！
island
【在 b****r 的大作中提到】
: 只做几个是因为做多个太贵呀，lol
: 不过作为玩了甲基化dna几年的苦逼可以负责任地说，常识上认为产品island里各个c的
: 甲基化状态比较均一，这个说法是相当靠谱的，所以基本上确实没有必要在一个island
: 测很多个
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t*****t
发帖数: 773 | 6 Most CpG island-methylated genes are germ-line-
specific genes or transposable elements.
---------
这个信息很重要，谢谢！ 先前我倒没有注意到
【在 i**y 的大作中提到】
: CpG island methylation is indeed highly repressive. But it doesn't happen
: very often in normal cells. Most CpG island-methylated genes are germ-line-
: specific genes or transposable elements.
: The effect of sparse mCpG is still debated. There are also regions with
: intermediate densities (e.g. CpG shores), where methylation anticorrelates
: with gene expression.
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b****r
发帖数: 17995 | 7 就是说一个island里的CpG，要不都被甲基化，要不都不甲基化，不一致的情况总是比
较少的，比如说一个C甲基化，一个不甲基化，一个甲基化，一个不甲基化这样的情况
我反正没见过
【在 t*****t 的大作中提到】
: 常识上认为产品island里各个c的
: 甲基化状态比较均一
: --------------
: 各个C的甲基化状态比较均一是什么意思？ 能展开说说吗？
: 谢谢 ！
:
: island
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b****r
发帖数: 17995 | 8 CpG里的C被甲基化的可能性要高多了，也比较稳定，比较conserve
【在 l*******y 的大作中提到】
: 搭车问个问题，是不是所有的C都有可能被甲基化？以前一直以为CpG位点才能被甲基化
: 的。
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s******s
发帖数: 13035 | 9 不知道你看的啥。反正我的经验是这样的很多见，而且同一盘细胞里面每个细胞都不一样
【在 b****r 的大作中提到】
: 就是说一个island里的CpG，要不都被甲基化，要不都不甲基化，不一致的情况总是比
: 较少的，比如说一个C甲基化，一个不甲基化，一个甲基化，一个不甲基化这样的情况
: 我反正没见过
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b****r
发帖数: 17995 | 10 我一般看到的是一大串甲基化/不甲基化的CpG里，一个例外的CpG
而且这个现象也不是我发现的啊，要是一个island里面那么不均一，那还能叫做island
吗，那只能叫做海里散开的几块石头了
一样
【在 s******s 的大作中提到】
: 不知道你看的啥。反正我的经验是这样的很多见，而且同一盘细胞里面每个细胞都不一样
|
|
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s******5
发帖数: 478 | 11 ISLAND又不是根据均匀的甲基化定义的，所谓一个岛内不均匀的多了
如果不只是你一个人发现的这种均匀的现象，给个文献？
island
【在 b****r 的大作中提到】
: 我一般看到的是一大串甲基化/不甲基化的CpG里，一个例外的CpG
: 而且这个现象也不是我发现的啊，要是一个island里面那么不均一，那还能叫做island
: 吗，那只能叫做海里散开的几块石头了
:
: 一样
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s******5
发帖数: 478 | 12 零星位点不一定就作用小，因为他可能正好在重要的转录因子结合点上，使之完全不能
结合。另外一两个点就可能影响整个区域的三维折叠，使conformation完全改变。
【在 t*****t 的大作中提到】
: Most CpG island-methylated genes are germ-line-
: specific genes or transposable elements.
: ---------
: 这个信息很重要，谢谢！ 先前我倒没有注意到
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u**********d
发帖数: 573 | 13 re
典型的H19 gene imprinting
【在 s******5 的大作中提到】
: 零星位点不一定就作用小，因为他可能正好在重要的转录因子结合点上，使之完全不能
: 结合。另外一两个点就可能影响整个区域的三维折叠，使conformation完全改变。
|
t*****t
发帖数: 773 | 14 谢谢解惑 . 这个解释很靠谱 .
【在 s******5 的大作中提到】
: 零星位点不一定就作用小，因为他可能正好在重要的转录因子结合点上，使之完全不能
: 结合。另外一两个点就可能影响整个区域的三维折叠，使conformation完全改变。
|
t*****2
发帖数: 213 | 15 一般正常细胞的cpg岛是不被甲基化的，基因组的启动子区通常存在cpg岛，基因组的甲
基化是广泛存在于基因组的，包括基因内部甲基化，有些并没有功能。目前的认知是甲
基化只在cpg的c， |
b***h
发帖数: 26 | 16 问个相关问题： CpG 和 GpC 中，哪一个甲基化强？为什么？谢谢。
【在 i**y 的大作中提到】
: CpG island methylation is indeed highly repressive. But it doesn't happen
: very often in normal cells. Most CpG island-methylated genes are germ-line-
: specific genes or transposable elements.
: The effect of sparse mCpG is still debated. There are also regions with
: intermediate densities (e.g. CpG shores), where methylation anticorrelates
: with gene expression.
|
i**y
发帖数: 71 | 17 what do you mean by "强"? endogenous abundance? or repressive effect?
【在 b***h 的大作中提到】
: 问个相关问题： CpG 和 GpC 中，哪一个甲基化强？为什么？谢谢。
|
b***h
发帖数: 26 | 18 甲基化频率 和 repressive effect。
Is GpC endogenous abundance lower than CpG? Thanks.
【在 i**y 的大作中提到】
: what do you mean by "强"? endogenous abundance? or repressive effect?
|
r**a
发帖数: 3 | 19 Dna甲基化酶的底物是CpG序列，有其特异性
【在 b***h 的大作中提到】
: 甲基化频率 和 repressive effect。
: Is GpC endogenous abundance lower than CpG? Thanks.
|
z*t
发帖数: 863 | 20 Non-CG methylation happens a lot in plant. But lots of data now shows non-CG
methylation in mammalian cells.
Jaenisch once showed non-CG methylation is decrease in Dnmt3a KO ES cells.
Yang Shi is also trying to find enzymes catalyze the non-CG methylation.
【在 r**a 的大作中提到】
: Dna甲基化酶的底物是CpG序列，有其特异性
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|
i**y
发帖数: 71 | 21 it doesn't happen much in metazoan cells unless it's GCG. CpGs are the
canonical substrates for DNA methyltransferases.
Repressive effect is currently unknown.
【在 b***h 的大作中提到】
: 甲基化频率 和 repressive effect。
: Is GpC endogenous abundance lower than CpG? Thanks.
|
a*******a
发帖数: 4233 | 22 grimmt做过rDNA的转录调控
-133一个位点被甲基化就可以极大抑制转录
凭记忆说的。 |
a*******a
发帖数: 4233 | 23 不只是CpG, 大多数C都能被甲基化，
好像09年ren bing出过篇文章， base solution mC xxxx 神马的
记不清了
【在 l*******y 的大作中提到】
: 搭车问个问题，是不是所有的C都有可能被甲基化？以前一直以为CpG位点才能被甲基化
: 的。
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s******s
发帖数: 13035 | 24 感觉应该opposite吧？CpG被甲基化以后有变成TpG的危险，
所以频率应该低于多数其他的dinucleotide
【在 b***h 的大作中提到】
: 甲基化频率 和 repressive effect。
: Is GpC endogenous abundance lower than CpG? Thanks.
|
C********4
发帖数: 308 | 25 这个说法不是错的么
以前说ES里有很多单个的C（非CpG）的甲基化
但是Dirk Schübeler去年的那篇nature不是这么个结论？
【在 a*******a 的大作中提到】
: 不只是CpG, 大多数C都能被甲基化，
: 好像09年ren bing出过篇文章， base solution mC xxxx 神马的
: 记不清了
|
u**********d
发帖数: 573 | 26 后者没说前者错。后者说他们得到的pattern和前者大体一致，但是因为non-CpG甲基化
发生的地方一般已经有CpG甲基化，而且non-CpG甲基化频率远低于CpG的，所以他们就
只考虑CpG甲基化了。
【在 C********4 的大作中提到】
: 这个说法不是错的么
: 以前说ES里有很多单个的C（非CpG）的甲基化
: 但是Dirk Schübeler去年的那篇nature不是这么个结论？
|
m*b
发帖数: 1421 | 27 Yang Shi在干这个？很有意思啊
植物里倒是有多种DNA MTase
各司其职，各有个的序列特异性
动物中de novo的就DNMT3a/b两种吧
基因组也侧过序了
DNA MTase序列上还是很保守的
难道还可能有别的DNA MTase没被发现？
CG
【在 z*t 的大作中提到】
: Non-CG methylation happens a lot in plant. But lots of data now shows non-CG
: methylation in mammalian cells.
: Jaenisch once showed non-CG methylation is decrease in Dnmt3a KO ES cells.
: Yang Shi is also trying to find enzymes catalyze the non-CG methylation.
|
b***h
发帖数: 26 | 28 Thank you very much!
One more question. Is there any good program to predict CpG island, or non-
CpG methylation site? Thanks again.
【在 i**y 的大作中提到】
: it doesn't happen much in metazoan cells unless it's GCG. CpGs are the
: canonical substrates for DNA methyltransferases.
: Repressive effect is currently unknown.
|
s******s
发帖数: 13035 | 29 你要这样想，这种methylation很多的都是调控区，细胞特异性的。
所以，你如果不考虑cell type, 那么肯定能predict, 不过这些predict
出来的显然不是很重要的调控元件，真正重要的没法predict
【在 b***h 的大作中提到】
: Thank you very much!
: One more question. Is there any good program to predict CpG island, or non-
: CpG methylation site? Thanks again.
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z*t
发帖数: 863 | 30 Yang Shi自己post在research的介绍中哈
我也觉得是很risky的，这种non-CG methylation可能就是噪音。可能3a/3b是非特异性
的催化？
Yang Shi敢把这个project放在自己实验室的网页上还是证明这东西比较risky或者他们
已经有了发现哈
【在 m*b 的大作中提到】
: Yang Shi在干这个？很有意思啊
: 植物里倒是有多种DNA MTase
: 各司其职，各有个的序列特异性
: 动物中de novo的就DNMT3a/b两种吧
: 基因组也侧过序了
: DNA MTase序列上还是很保守的
: 难道还可能有别的DNA MTase没被发现？
:
: CG
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l*******i
发帖数: 153 | 31 问一个幼稚的问题：
正义链和反义链中同一位置的CpG是同时（去）甲基化吗？如果不同，这中间是怎么调
控的？ |
z*t
发帖数: 863 | 32 CpG甲基化是对称的。
hydroxylmethylation（目前人们认为去甲基化中的一步）在正义链和反义链上不是对
称分布的。Wolf Reik 2011年的nature就发现了这个现象，调控机制目前没人知道。。。
【在 l*******i 的大作中提到】
: 问一个幼稚的问题：
: 正义链和反义链中同一位置的CpG是同时（去）甲基化吗？如果不同，这中间是怎么调
: 控的？
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i**y
发帖数: 71 | 33 there is annotation for CpG islands in the UCSC genome browser, which is
based on CpG frequency. Adrian Bird has a paper in Plos Genetics where they
used CXXC1 to experimentally determine unmethylated CpG islands.
there is no prediction for the location of non-CpG methylation. in ES cells
it's mostly in CAG motif.
【在 b***h 的大作中提到】
: Thank you very much!
: One more question. Is there any good program to predict CpG island, or non-
: CpG methylation site? Thanks again.
|
i**y
发帖数: 71 | 34 presumably not, especially if BER (single-strand break) is involved. the
plant demethylases have higher activity towards mCpG/mCpG than hemi-
methylated CpG, so it won't induce BER on both strands at the same time.
in animals, it is unclear. the problem now is that there is no good in vivo
system to study bona fide demethylation anymore, after the discovery of hmC,
fC and caC.
【在 l*******i 的大作中提到】
: 问一个幼稚的问题：
: 正义链和反义链中同一位置的CpG是同时（去）甲基化吗？如果不同，这中间是怎么调
: 控的？
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b***h
发帖数: 26 | 35 It is very interesting.
Thanks.
they
cells
【在 i**y 的大作中提到】
: there is annotation for CpG islands in the UCSC genome browser, which is
: based on CpG frequency. Adrian Bird has a paper in Plos Genetics where they
: used CXXC1 to experimentally determine unmethylated CpG islands.
: there is no prediction for the location of non-CpG methylation. in ES cells
: it's mostly in CAG motif.
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z*t
发帖数: 863 | 36 can u talk more about the in vivo system demethylation？
vivo
hmC,
【在 i**y 的大作中提到】
: presumably not, especially if BER (single-strand break) is involved. the
: plant demethylases have higher activity towards mCpG/mCpG than hemi-
: methylated CpG, so it won't induce BER on both strands at the same time.
: in animals, it is unclear. the problem now is that there is no good in vivo
: system to study bona fide demethylation anymore, after the discovery of hmC,
: fC and caC.
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a*******a
发帖数: 4233 | 37 额。。 你是说什么结论是错的？
Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic
differences
James A. Thomson5,6,7,8, Bing Ren2,3 & Joseph R. Ecker1
里面提到mCHG mCHH之类的都可以存在
【在 C********4 的大作中提到】
: 这个说法不是错的么
: 以前说ES里有很多单个的C（非CpG）的甲基化
: 但是Dirk Schübeler去年的那篇nature不是这么个结论？
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a*******a
发帖数: 4233 | 38 The role of Tet3 DNA dioxygenase in epigenetic reprogramming by oocytes.
Nature, 477,606-610.
在oocyte里面做的比较多， 不过实验材料不好搞做起来很麻烦。
【在 z*t 的大作中提到】
: can u talk more about the in vivo system demethylation？
:
: vivo
: hmC,
|
i**y
发帖数: 71 | 39 All the evidence in this paper (as well as many other papers) can also be
interpreted as mC to fC/caC conversion. Nobody can show that mC is really
converted to unmethylated C in vivo, which is the definition of "
demethylation".
【在 a*******a 的大作中提到】
: The role of Tet3 DNA dioxygenase in epigenetic reprogramming by oocytes.
: Nature, 477,606-610.
: 在oocyte里面做的比较多， 不过实验材料不好搞做起来很麻烦。
|
z*t
发帖数: 863 | 40 I think that's because no in vivo system can indicate the change from mC->
hmC-> fC-> C. The current system only allow us to catch one step in the
process. But I think in the system we know for sure active demethylation is
existing(like zygotic paternal DNA following natural fertilization). Tet KO
is quite indicative.
Also if an active demethylation exist in other tissue known can happen in
timely manner. We can follow and check different C modification in timely
manner to see whether the these conversion in demthylation is existing.
【在 i**y 的大作中提到】
: All the evidence in this paper (as well as many other papers) can also be
: interpreted as mC to fC/caC conversion. Nobody can show that mC is really
: converted to unmethylated C in vivo, which is the definition of "
: demethylation".
|
|
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i**y
发帖数: 71 | 41 what's the evidence that active demethylation does occur in zygotes?
is
KO
【在 z*t 的大作中提到】
: I think that's because no in vivo system can indicate the change from mC->
: hmC-> fC-> C. The current system only allow us to catch one step in the
: process. But I think in the system we know for sure active demethylation is
: existing(like zygotic paternal DNA following natural fertilization). Tet KO
: is quite indicative.
: Also if an active demethylation exist in other tissue known can happen in
: timely manner. We can follow and check different C modification in timely
: manner to see whether the these conversion in demthylation is existing.
|
z*t
发帖数: 863 | 42 http://www.nature.com/nrm/journal/v11/n9/fig_tab/nrm2950_F2.htm
I can only remember this figure...
Correct me if I'm wrong.
【在 i**y 的大作中提到】
: what's the evidence that active demethylation does occur in zygotes?
:
: is
: KO
|
i**y
发帖数: 71 | 43 that's a model, not evidence
【在 z*t 的大作中提到】
: http://www.nature.com/nrm/journal/v11/n9/fig_tab/nrm2950_F2.htm
: I can only remember this figure...
: Correct me if I'm wrong.
|
z*t
发帖数: 863 | 44 That figure describe change of methylation level during early development. I
don't know whether that figure can be called as a "model" or a "fact"...
Then how do you think this PNAS paper?
http://www.pnas.org/content/108/9/3642.full
Also, since I'm not reading a lot... do you have evidence to prove or
disprove the active demethylation happens in zygotes?
【在 i**y 的大作中提到】
: that's a model, not evidence
|
i**y
发帖数: 71 | 45 you may know that fC/caC behaves like unmethylated C in bisulfite sequencing
. therefore what the PNAS paper reported maybe just mC/hmC becoming fC/caC,
instead of unmethylated C.
simply put, there is really not much solid evidence so far that proves
active demethylation actually happens in vivo. (although i personally
believe that it does)
I
【在 z*t 的大作中提到】
: That figure describe change of methylation level during early development. I
: don't know whether that figure can be called as a "model" or a "fact"...
: Then how do you think this PNAS paper?
: http://www.pnas.org/content/108/9/3642.full
: Also, since I'm not reading a lot... do you have evidence to prove or
: disprove the active demethylation happens in zygotes?
|
a*******a
发帖数: 4233 | 46 似乎active demethylation现在主要的证据有两个
一个是bisulfite, 另一个是immunofluorescence
现在的抗体技术可以很特异的分清mC和hmC
也许再过一阵子就有mC和fC的抗体比较了。
单分子测序也许也能分的开
我觉得从技术上讲应该能观测到变化的。
当然oocyte取材操作什么的都比较麻烦， 不好做
sequencing
,
【在 i**y 的大作中提到】
: you may know that fC/caC behaves like unmethylated C in bisulfite sequencing
: . therefore what the PNAS paper reported maybe just mC/hmC becoming fC/caC,
: instead of unmethylated C.
: simply put, there is really not much solid evidence so far that proves
: active demethylation actually happens in vivo. (although i personally
: believe that it does)
:
: I
|
C********4
发帖数: 308 | 47 如果真的有主动去甲基化
那还有能进一步催化fC/CaC到C的酶咯 有人纯化吗
Tet不能全做这些事吧，尤其到C
没有主动的去甲基化其实也make sense啊
hmC fC CaC在后续的分裂过程中被稀释
到底MeCP2之类的MBD还能否bind hmC？
有没有像MBD一样的hmC binder？
sequencing
,
【在 i**y 的大作中提到】
: you may know that fC/caC behaves like unmethylated C in bisulfite sequencing
: . therefore what the PNAS paper reported maybe just mC/hmC becoming fC/caC,
: instead of unmethylated C.
: simply put, there is really not much solid evidence so far that proves
: active demethylation actually happens in vivo. (although i personally
: believe that it does)
:
: I
|
D*a
发帖数: 6830 | 48 外行问，现在很多paper说epigenetics影响可以到两三代甚至四五代，那是因为去甲基
化不完全？但是我不能理解的是对亲代的各种stress等等会改变精子和卵子的甲基化？
它们不是受保护的吗？ |
l**********1
发帖数: 5204 | 49 Please DIY from below papers:
a,
DNA Methylation Dynamics during In Vivo Differentiation of Blood and Skin
Stem Cells.
Bock C, Beerman I, Lien WH, Smith ZD, Gu H, Boyle P, Gnirke A, Fuchs E,
Rossi DJ, Meissner A.
Mol Cell. 2012 Aug 24;47(4):633-47. Epub 2012 Jul 26.
PMID: 22841485 [PubMed - in process]
b.
In vivo control of CpG and non-CpG DNA methylation by DNA methyltransferases.
Arand J, Spieler D, Karius T, Branco MR, Meilinger D, Meissner A, Jenuwein T
, Xu G, Leonhardt H, Wolf V, Walter J.
PLoS Genet. 2012 Jun;8(6):e1002750. Epub 2012 Jun 28.
PMID: 22761581 [PubMed - in process] Free PMC Article
c.
Sequential ChIP-bisulfite sequencing enables direct genome-scale
investigation of chromatin and DNA methylation cross-talk.
Brinkman AB, Gu H, Bartels SJ, Zhang Y, Matarese F, Simmer F, Marks H, Bock
C, Gnirke A, Meissner A, Stunnenberg HG.
Genome Res. 2012 Jun;22(6):1128-38. Epub 2012 Mar 30.
PMID: 22466170 [PubMed - in process]
link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=Search&=&=&d
if still not get point please send mail to him,
Alex Meissner
Broad Institute Harvard University
Department of Stem Cell and Regenerative Biology
link:
http://www.hsci.harvard.edu/people/alex-meissner-phd
for discussion and others.
Ps: or attend below 2013 June ISSCR Boston conference by Duaself
Track B: Epigenetics of Stem Cells
DNA METHYLATION DYNAMICS IN STEM CELLS AND DEVELOPMENT
Alexander Meissner, SCRB, Harvard University, USA
http://www.isscr.org/Abstract_Selected_Speakers.htm
【在 D*a 的大作中提到】
: 外行问，现在很多paper说epigenetics影响可以到两三代甚至四五代，那是因为去甲基
: 化不完全？但是我不能理解的是对亲代的各种stress等等会改变精子和卵子的甲基化？
: 它们不是受保护的吗？
|
u**********d
发帖数: 573 | 50 methylation sensitive restriction endonuclease digestion
【在 a*******a 的大作中提到】
: 似乎active demethylation现在主要的证据有两个
: 一个是bisulfite, 另一个是immunofluorescence
: 现在的抗体技术可以很特异的分清mC和hmC
: 也许再过一阵子就有mC和fC的抗体比较了。
: 单分子测序也许也能分的开
: 我觉得从技术上讲应该能观测到变化的。
: 当然oocyte取材操作什么的都比较麻烦， 不好做
:
: sequencing
: ,
|
|
|
i**y
发帖数: 71 | 51 what about non-dividing cells?
fC and caC are substrates for TDG in vitro, which presumably induces BER.
MBDs bind to hmC with much lower affinity than mC.
【在 C********4 的大作中提到】
: 如果真的有主动去甲基化
: 那还有能进一步催化fC/CaC到C的酶咯 有人纯化吗
: Tet不能全做这些事吧，尤其到C
: 没有主动的去甲基化其实也make sense啊
: hmC fC CaC在后续的分裂过程中被稀释
: 到底MeCP2之类的MBD还能否bind hmC？
: 有没有像MBD一样的hmC binder？
:
: sequencing
: ,
|
a*******a
发帖数: 4233 | 52 epigenetics不止是dna的甲基化。
我觉得stress可能通过某种感受器调节各种修饰酶的表达情况，
修饰酶调节genome wide表达情况，影响子代。这个过程就说不清楚了。
这篇讲stress和rDNA表达的，由于靶位点单一，还算能说清楚。
Epigenetic Control of rDNA Loci in Response to Intracellular Energy Status
Cell 133, 627–639, May 16, 2008
子代的概念也有模糊的地方，到底是分裂以后的daughter cell就是子代呢，还是一定
要子代动物？
没考虑noncodingRNA怎么调控
【在 D*a 的大作中提到】
: 外行问，现在很多paper说epigenetics影响可以到两三代甚至四五代，那是因为去甲基
: 化不完全？但是我不能理解的是对亲代的各种stress等等会改变精子和卵子的甲基化？
: 它们不是受保护的吗？
|
a*******a
发帖数: 4233 | 53 如果走ber的话就没意思了。。。
【在 i**y 的大作中提到】
: what about non-dividing cells?
: fC and caC are substrates for TDG in vitro, which presumably induces BER.
: MBDs bind to hmC with much lower affinity than mC.
|
a*******a
发帖数: 4233 | 54 =.= 把这个简单粗暴的方法忘了。。
【在 u**********d 的大作中提到】
: methylation sensitive restriction endonuclease digestion
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s******s
发帖数: 13035 | 55 这玩意儿的evidence到底多strong. 我是不太信的。再说，搞下去，
最后和social status也能表观遗传一类的，又要political incorrect
【在 D*a 的大作中提到】
: 外行问，现在很多paper说epigenetics影响可以到两三代甚至四五代，那是因为去甲基
: 化不完全？但是我不能理解的是对亲代的各种stress等等会改变精子和卵子的甲基化？
: 它们不是受保护的吗？
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w********e
发帖数: 1416 | 56 你什么意思啊，island定义跟甲基化没半毛钱关系。
你说的我不怎么同意。
island
【在 b****r 的大作中提到】
: 我一般看到的是一大串甲基化/不甲基化的CpG里，一个例外的CpG
: 而且这个现象也不是我发现的啊，要是一个island里面那么不均一，那还能叫做island
: 吗，那只能叫做海里散开的几块石头了
:
: 一样
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