t*****z
发帖数: 1598 | 1 我有个6.6kb的DNA序列，是某个细菌基因组中的一段。我想知道还有哪些别的细菌含有
这个片段，就做megablast，但是找到的除了自身，就再也没有有意义的hit了。但是我
知道别的基因组里确实有整段的同源序列的。想来6.6kb也不是很大，那该怎么做好呢
？多谢！ |
y**********n
发帖数: 478 | 2 这段区域有Recombination hotspot 没，有的话估计在别的物种中已被打乱了 |
t*****z
发帖数: 1598 | 3
不清楚啊。怎么预测recombination hotspot呢？
【在 y**********n 的大作中提到】
: 这段区域有Recombination hotspot 没，有的话估计在别的物种中已被打乱了
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l**********1
发帖数: 5204 | 4 just try
GO Term Analysis
//www.geneontology.org
i.e.
//www.jcvi.org/cgi-bin/manatee-euk/shared/go_cgi/show_go_tree.cgi?
db=rca1&GO_TERM=GO:0010844&expand=1&view_mode=Regular&refresh_mode=Fast
or
//www.ebi.ac.uk/QuickGO/GTerm?id=GO:0010844
Two recent papers:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20140238
//www.ntu.edu.sg/home/zhengjie/publications/BIBM%202011.pdf
【在 t*****z 的大作中提到】
:
: 不清楚啊。怎么预测recombination hotspot呢？
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K**4
发帖数: 1015 | 5 单单用blastp就可以了吧
不要用mega
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我有个6.6kb的DNA序列，是某个细菌基因组中的一段。我想知道还有哪些别的细菌含有
: 这个片段，就做megablast，但是找到的除了自身，就再也没有有意义的hit了。但是我
: 知道别的基因组里确实有整段的同源序列的。想来6.6kb也不是很大，那该怎么做好呢
: ？多谢！
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n******7
发帖数: 12463 | 6 用blastp 处理DNA？
【在 K**4 的大作中提到】
: 单单用blastp就可以了吧
: 不要用mega
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n******7
发帖数: 12463 | 7 GO annotation跟这个预测本身不沾边吧？
扫了一眼你贴的文章，似乎就是检查一下结合到predicted sites 的gene 有些富集的
GO terms罢了
【在 l**********1 的大作中提到】
: just try
: GO Term Analysis
: //www.geneontology.org
: i.e.
: //www.jcvi.org/cgi-bin/manatee-euk/shared/go_cgi/show_go_tree.cgi?
: db=rca1&GO_TERM=GO:0010844&expand=1&view_mode=Regular&refresh_mode=Fast
: or
: //www.ebi.ac.uk/QuickGO/GTerm?id=GO:0010844
: Two recent papers:
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20140238
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K**4
发帖数: 1015 | 8 哦，没有看仔细，
那么6kb的dna序列，只有2k的蛋白质阿
很小的
你用blastx 就可以了
【在 n******7 的大作中提到】
: 用blastp 处理DNA？
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b******n
发帖数: 4225 | 9 用blastx
不要用blastn，这个在以genome为subject进行blast的时候很坑爹
原因不知
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我有个6.6kb的DNA序列，是某个细菌基因组中的一段。我想知道还有哪些别的细菌含有
: 这个片段，就做megablast，但是找到的除了自身，就再也没有有意义的hit了。但是我
: 知道别的基因组里确实有整段的同源序列的。想来6.6kb也不是很大，那该怎么做好呢
: ？多谢！
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l**********1
发帖数: 5204 | 10 >回复]
[ 1 ]
发信人: thomasz (thomasz), 信区: Biology
标 题: ？怎样Blast较大的序列？
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Feb 25 14:36:17 2012, 美东)
我有个6.6kb的DNA序列，是某个细菌基因组中的一段
。但是我
知道别的基因组里确实有整段的同源序列的。想来6.6kb也不是很大，那该怎么做好呢
？多谢！
----
and
cited:
------------
出一大堆 somewhat similar to Optimize for Somewhat similar sequences by (blastn)
then what is the next step?
Fishing most important hits?
//www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?
CMD=Web&LAYOUT=TwoWindows&AUTO_FORMAT=Semiauto&ALIGNMENTS=50&ALIGNMENT_VIEW=Pairwi
se&
CLIENT=web&DATABASE=nr&DESCRIPTIONS=100&ENTREZ_QUERY=%28none%29&EXPECT=10&FILTER=L&F
OR
MAT_OBJECT=Alignment&FORMAT_TYPE=HTML&NCBI_GI=on&PAGE=Nucleotides&PROGRAM=blastn&SERVI
CE
=plain&SET_DEFAULTS.x=34&SET_DEFAULTS.y=8&SHOW_OVERVIEW=on&END_OF_HTTPGET=Yes&SHOW_LI
NK
OUT=yes&GET_SEQUENCE=yes
【在 b******n 的大作中提到】
: 用blastx
: 不要用blastn，这个在以genome为subject进行blast的时候很坑爹
: 原因不知
|
b******n
发帖数: 4225 | 11 在细菌中，长达6.6kb的片段不coding任何东西很少见的
如果有，一般是rRNA
VIEW=Pairwi
10&FILTER=L
Translations&
OVERVIEW=on&UNGAP
blastn)
VIEW=Pairwi
10&FILTER=L
PROGRAM=blastn&S
HTTPGET=Yes&SH
【在 l**********1 的大作中提到】
: >回复]
: [ 1 ]
: 发信人: thomasz (thomasz), 信区: Biology
: 标 题: ？怎样Blast较大的序列？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sat Feb 25 14:36:17 2012, 美东)
: 我有个6.6kb的DNA序列，是某个细菌基因组中的一段
: 。但是我
: 知道别的基因组里确实有整段的同源序列的。想来6.6kb也不是很大，那该怎么做好呢
: ？多谢！
: ----
|
l**********1
发帖数: 5204 | 12 是吗?
海洋里的细菌
浮黴菌門
Isosphaera屬
its full Genome sequence report:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21475588
刚出来
你以前就blastx 过了吗?
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31637179_0_2.html
23th floor
【在 b******n 的大作中提到】
: 在细菌中，长达6.6kb的片段不coding任何东西很少见的
: 如果有，一般是rRNA
:
: VIEW=Pairwi
: 10&FILTER=L
: Translations&
: OVERVIEW=on&UNGAP
: blastn)
: VIEW=Pairwi
: 10&FILTER=L
|
