由买买提看人间百态

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全部话题 - 话题: 序列
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T*****e
发帖数: 247
1
首先,这是个问题。
其次,我列举几种我知道的方法,并稍微评价优缺点。
最后,希望大家补充其它方法。目的是集思广益。
1.找到调控序列(Regulatory elements)
这个可以做promoter bashing,一段一段去掉调控序列中的某一部分。根据剩余部分是
否仍然有表达或者对某个刺激有反应,这样可以推测出Enhancer中哪一段序列是必须的
。这个运气好的话,应该能找出一小段必要的序列。我看有人能找到大概500bp就可以
了,有人能缩小到100bp,还有牛人能缩小到20bp。好吧,那基本离最后的调节序列的
大小不远了。
Pros:思路相对简单,结果相对清楚
Cons:如果调控序列有几个,并且分布不集中,又或者有几个不同的转录因子参与,于
是乎有不同的调控序列且分布分散,那么,很难有干净容易解释的结果。
2.做reporter盲筛
有了Enhancer当然很容易做reporter,从早年的CAT到现在随处可见的luciferase或者
GFP之类的,reporter用的相当普遍。有了reporter想要找转录因子,最简单的就是挨
个试了。过表达或者KD都行。
Pros:rep... 阅读全帖
c*******y
发帖数: 161
2
我目前得到大量微生物同一基因的的DNA序列,可以直接对DNA序列进行比对,得到进化关
系,我发现DNA序列存在着差异,同时我想进一步利用DNA序列进行相关蛋白质的序列比对
. 因为考虑到DNA序列虽然有差异,但是在蛋白质水平上也许未必有差异.请问如何利用
DNA序列进行蛋白质的比对呢?不想一个一个的翻译,觉得太麻烦了,有每没有专用的软件
呢?可以直接把大量的DNA序列转为蛋白质序列进行比对?请了解朋友解释一下,多谢了.
c******f
发帖数: 2144
3
最短公共超序列问题(Shortest common supersquence):给一些字符串 比如 abc ,bcd
,def
然后可以判断是否有长度为 x 的字符串是这些字符串的父串,换句话说是否有一个长
度为x 的字符串能包含着三个字符串,比如abcdef就能,如果x为6 我们就能找到长度
为6的字符串包含了abc, bcd, def
再给一个例子,如果有这些字符串 abc, bcd, efg, x还是为 6,是否有长度为6的字
符串能包含这3个字符串么?没有!最短的是abcdefg 也就是说这三个字符串的最短公
共超序列长度为7
我现在不需要求最短公共超序列,但是我想证明这个问题是NP hard的,我想用TSP旅行
商问题 或者汉密尔顿路的问题reduce到这个问题上来证明这个最短公共超序列也是
nphard的,因为如果我们能把任何一个nphard的问题reduce到最短公共超序列问题上来
,就能证明最短公共超序列问题也是nphard的了。换句话说,我不明白怎么能给一个旅
行商问题或者汉密尔顿路径的问题,根据这些问题建立出一个最短公共超序列问题,然
后如果最短公共超序列问题可以解
c******f
发帖数: 2144
4
最短公共超序列问题(Shortest common supersquence):给一些字符串 比如 abc ,bcd
,def
然后可以判断是否有长度为 x 的字符串是这些字符串的父串,换句话说是否有一个长
度为x 的字符串能包含着三个字符串,比如abcdef就能,如果x为6 我们就能找到长度
为6的字符串包含了abc, bcd, def
再给一个例子,如果有这些字符串 abc, bcd, efg, x还是为 6,是否有长度为6的字
符串能包含这3个字符串么?没有!最短的是abcdefg 也就是说这三个字符串的最短公
共超序列长度为7
我现在不需要求最短公共超序列,但是我想证明这个问题是NP hard的,我想用TSP旅行
商问题 或者汉密尔顿路的问题reduce到这个问题上来证明这个最短公共超序列也是
nphard的,因为如果我们能把任何一个nphard的问题reduce到最短公共超序列问题上来
,就能证明最短公共超序列问题也是nphard的了。换句话说,我不明白怎么能给一个旅
行商问题或者汉密尔顿路径的问题,根据这些问题建立出一个最短公共超序列问题,然
后如果最短公共超序列问题可以解
M****o
发帖数: 4860
5
来自主题: Mathematics版 - 证明可以取无限次子序列吗?
举个例子吧,大家看对不对
假设 {x_n} {y_n} 是两个实数列
f是个二元函数
{f(x_m,y_n)} 对固定的每个m都是有界序列
假设我要证明:存在一个{y_n}的子序列(还是用{y_n}表示)使得
对每个固定的m,{f(x_m,y_n)}当n趋无穷都收敛
可不可以通过一直取{y_n}子序列来实现
第1步,首先取一子序列使得{f(x_1,y_n)}收敛
第2步,然后取上述子序列的子序列使得{f(x_2,y_n)}收敛
……
然后无限重复以上步骤。这种证明可行不?如果可行,逻辑上有什么依据?我觉得不可
以,因为这个证明并没有构造性的给出一个子序列。
注:确实可以用diagonal argument来构造一个满足条件的子序列。
M****o
发帖数: 4860
6
来自主题: Mathematics版 - 证明可以取无限次子序列吗?
举个例子吧,大家看对不对
假设 {x_n} {y_n} 是两个实数列
f是个二元函数
{f(x_m,y_n)} 对固定的每个m都是有界序列
假设我要证明:存在一个{y_n}的子序列(还是用{y_n}表示)使得
对每个固定的m,{f(x_m,y_n)}当n趋无穷都收敛
可不可以通过一直取{y_n}子序列来实现
第1步,首先取一子序列使得{f(x_1,y_n)}收敛
第2步,然后取上述子序列的子序列使得{f(x_2,y_n)}收敛
……
然后无限重复以上步骤。这种证明可行不?如果可行,逻辑上有什么依据?我觉得不可
以,因为这个证明并没有构造性的给出一个子序列。
注:确实可以用diagonal argument来构造一个满足条件的子序列。
W*********n
发帖数: 775
7
想获取一个一个物种的某基因A的序列,从其5'UTR及开始的25个编码区碱基设计
Morpholino序列用于基因阻断。 从朋友那边(正在做此物种测序)获取了一包含这个
基因的测序序列:包含这个基因的所有内含子,外显子以及启动子区域 (只是中间也
有几个大片的NNNNN区)。我通过将其和另外一个亲缘最近的同属的其他物种(已经测
序)进行比较,找出了编码区的内含子和外显子(因为蛋白序列高度相似)。
现在的问题是:怎样从原始序列中找出5'UTR的确切序列? 这个5'UTR是否一定在第一
个编码区的外显子上,还是可能在这个外显子的上游还可能有一个外显子,用来剪贴出
全部或者部分5'UTR? 怎样判断5'UTR的起始位点?
请问用什么软件可以分析?谢谢!
d*********o
发帖数: 6388
8
http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2020/2/435360.shtm
晚上9点,是记者和刘为勇约定的采访时间。
然而,直到深夜12点以后,他还没有回复微信。
刘为勇在武汉,华中科技大学同济医学院附属同济医院检验科,做新型冠状病毒检测工
作。
刘为勇在实验室
直到第二天下午,记者才等到他。
熬3通宵测出全基因组序列 拿到结果有不好预感
?《中国科学报》:您是哪一天接到第1个疑似样本的?
● 刘为勇:
我这边有记录。我们一直在监测,也向国家CDC反映过。我们第一例大概是在1月2号开
始做的。在1月7日就获得了这个病毒的全基因组序列。
?《中国科学报》:你们自己完成了测序?
● 刘为勇:
我们是一个团队,包括来自武汉大学病毒学国家重点实验室和中南医院的团队、中山大
学团队和华中科技大学同济医学院附属同济医院的科研人员。大概4天就测出了病毒全
基因组序列。
相关成果已经写成文章,投给了国际期刊EMI(Emerging Microbes & Infections)。
?《中国科学报》:论文内容您能介绍一下吗?
● 刘为勇:
论文讲的是我们针对两个病例,采了标... 阅读全帖
c***3
发帖数: 251
9
来自主题: Biology版 - 怎么从ncbi大批量下载基因序列
我明白他的意思
他就要找一个基因,名字是固定的。
直接通过名字搜索,但是ncbi上结果出来400多个,他根据每一个结果的locus去下载序
列,发现序列长短不一,相似度也不是那么高。
所以他希望能够有个程序直接通过基因名字把所有相关序列都下载下来,然后根据序列
相似度聚类。
碰巧我这两天也在下载序列,不过我跟你需求不一样,我有locus列表,根据列表下载
序列。你要是不着急我可以过几天帮你弄弄

不同序列?还是你
s********2
发帖数: 138
10
我最近调一个基因的基因组序列,根据cDNA序列的5'和3’UTR区域设计了一对引物,在
基因组里扩增,结果发现了能扩增出来三条带。经测序,发现外显子的序列是一致的,
但是内含子的序列差异很大。这三种情况,内含子的插入位置是一致的,并且是都只有
两个内含子。第一种和第二种相似,但是第二种比第一种在内含子上多了250bp的序列
。而第三种的内含子和这两种就完全不同了。我不知道大家遇到过类似的基因么?如果
遇到这种情况,接着往下做的思路是怎么样的呢?这个基因可能是和抗病相关,我本来
是打算做这个基因外显子部分的SNP和抗病的相关性分析的。但是出来这样的结果,觉
得可以往下做点东西,但是又没有什么思路。希望大家能够给予指导。谢谢!
c****9
发帖数: 95
11
我现在有30多个与某一种属A相似的菌株序列,另外还有分属别的属的菌株10个。菌株
的SPECIES未明,我做了SEQUENCE SIMILARITY MATRIX和NJ 的phologenetic trees. 但
是其中在树内显示的同源性较高的几个菌株(BOOTSTRAP 70-100)的序列相似度只有90%
多。但是我导师说菌株序列相似度要到98.6%才能算一个SPECIES。我现在这种情况怎么
解释呢? 1. 是否是进化树的问题,是否需要用ML和MP建立别的进化树观察。以期得到
与SEQUENCE SIMILARITY MATRIX符合的进化树呢? 2. 这个所谓的98.6%的序列相似度
才算是一个SPECIES是否正确呢?我到处找也没搜到这个据?或者90%多就足够支持两者
是一个SEPECIES了呢? 3. 是否是根据进化树为主,序列相似度为辅推测序列直接的同
源性的呢?
麻烦了解的说明一下,谢谢。
f**********u
发帖数: 348
12
然而,这一工作的开展正受到阻滞。
首个将新冠病毒的序列公布在virological.org网站,供全球研究者共享的,是中国疾
控中心研究员、复旦大学公共卫生学院兼职教授张永振的团队。他们在北京时间1月11
日上午提交了序列。
序列提交是非常重要的,相当于原始数据,是分析病毒变异进化、特性等工作的基础源
泉,足够多的序列,对于科学研究至关重要。
然而,据知情人士透露,张永振所在的上海公共卫生临床中心P3实验室,在1月12日便
迎来有关部门的调查,并在1月13日关停整顿。
该实验室在提交了整改报告之后,未得到明确答复。
“不知道是什么原因,但一切都发生在基因序列公开之后的第二天。重新申请活病毒的
培养等相关的研究,也无法得到审批。”一位上海公共卫生临床中心工作人员说。
而他们实验室由于还处于整顿期间,目前只能做一些临床检测。上述实验室的一名合作
方告诉《财经》记者。


: 据哪里说封了?

T*****n
发帖数: 897
13
【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: Tonyvan (Tony), 信区: Biology
标 题: Re: 基因序列和氨基酸序列的对应
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Nov 20 17:45:39 2011, 美东)
谢谢!我记得原来还查到整个CDNA的序列,其中在coding sequence,下面还标出了相对
应的氨基酸序列。这样很容易查到哪三个核苷酸编码哪个氨基酸。正在做基因突变相关
的课题,需要这些信息。不要见笑,请帮忙。
o******n
发帖数: 511
14
来自主题: Biology版 - 怎么从ncbi大批量下载基因序列
对的,就是用一个基因名字搜索,找出在不同物种里的序列,但很多这些序列是
unannotated的,要进到全基因组序列里根据locus tag id才能定位到所要基因的序列,
很麻烦,而且有几百个这样的,头大.
我的另外一个问题就是看有没有软件能把这些序列按相似度分组.
谢谢czcz3 :)

发帖数: 1
15
如果是发现了vector序列,100%没得跑,其他同源没啥大惊小怪的,但是载体序列出现
在病毒当中,那就说不过去了。谁把序列贴上了,我给你blast一下,或者自己把序列
扔进ncbi里面blast
s***r
发帖数: 270
16
来自主题: Military版 - 尽量不要上传病毒全序列
不是有一篇报道说如果有了全序列就比较容易依葫芦画瓢造病毒了吗?。。。
在某个族群中发现的序列至少说明那个序列可以感染那族人,告诉别人不是傻瓜吗?。
。。
到目前为止,伊朗和意大利的病毒序列都还没有公开吧?。。。
s*********l
发帖数: 103
17
来自主题: JobHunting版 - 寻找子序列/子段落
http://fayaa.com/tiku/view/167/
问题1:
给定两个序列A和B(A,B可以是字符串,也可以是其它类型的一维数组),求B中最短的包
含A的子序列(i.e. the shortest subsequence of B which is the supersequence of
A)。这里'包含'的意思指被包含的
序列(subsequence)可以由包含序列(supersequence)删除一些位置上的元素而得到,而
且顺序必须保持一致。
比如对输入
A: 'hello world'
B: 'hello our world hello my world'
输出应为'hello my world'.
另外当A固定,而B变化巨多或者B固定而A变化居多时应如何处理以提高性能?
问题2:
给定一段文本text和一些关键字集合keywords,求文本text中包含所有keywords的最短
子段落。这里
关键字出现的顺序不重要。比如对输入
text: 'hello our world hello my world'
pattern: {'hello','world'}
p****p
发帖数: 3360
18
1。上游有promoter吗?
2。ATG附近有Kozak序列吗?
3。这段序列中间有intron吗?
4。这段序列中间有转录终止信号吗?
5。这段序列中间有polyA剪接信号吗?
6。中间有in-frame的stop codon吗?

atgcagttacttcgctgtttttcaatattttctgttattgcttcagttttagcacaggaactgacaactatatgcg
agcaaatcccctcaccaactttagaatcgacgccgtactctttgtcaacgactactattttggccaacgggaaggc
aatgcaaggagtttttgaatattacaaatcagtaacgtttgtcagtaattgcggttctcacccctcaacaactagc
aaaggcagccccataaacacacagtatgtttttgccggtggtttatccgctgtgcagcctaatgttagtttaggcg
aagtactggatgtttctgctaacagaaccgctgctgacggaacagttgaatggcttatcccaacagtaactgc
q*****d
发帖数: 445
19
没有intron啊,我要构建一个cellulosome的骨架,这上面有一个AGA2基因的信号肽,
三个cohesion分别来自三个微生物,第二和第三个cohesion之间有一个CBD(cellulose
binding domain),现在问题出在第二个cohesion序列上,如果用这人序列就不能翻译
为一个蛋白,但是把第二个改变一下大小,就可以翻译成一个蛋白了。到底是什么原因
,我现在也没有搞清楚,我反正是把序列改动一下,就OK了!难道这个Vector NTI能够
自动识别intron吗? 这是最新的序列,大家如果有空可以比对一下,只有几个碱基不
同而已,太令人匪夷所思了。
atgcagttacttcgctgtttttcaatattttctgttattgcttcagttttagcacaggaactgacaactatatgcg
agcaaatcccctcaccaactttagaatcgacgccgtactctttgtcaacgactactattttggccaacgggaaggc
aatgcaaggagtttttgaatattacaaatcagtaacgtttgtcagtaattgcgg
c*******y
发帖数: 161
20
非常感谢!我是得到的两个相连基因的部分序列,并不是完整的基因的全部序列,这样的
话,由于转换的时候都是从site 0开始翻译,是不是翻译出来的序列都打乱了呢?有没有
办法进行比较呢?我不会编程.希望能有个好点的解决办法. 多谢了!
e********r
发帖数: 147
21
正在研究一个细胞膜受体,胞外区与胞内区连接处只有17个aa,预测是一段alpha序列。
受到 ligand 刺激后,这段序列的螺旋度可能发生变构反应,激活胞内区的激酶活性。
因为是膜蛋白,做3D结构是不现实的,俺们也不懂。请问用什么样的生物化学或遗传学
方法可以证明这个肽段是alpha序列,并且会变构。看文献有些是在前面连一个coiled-
coil序列,有木有更直接一些的方法?
T****u
发帖数: 424
22
http://blog.sina.com.cn/s/blog_12d8810790102uyry.html
有微友私信问设计siRNA、shRNA和gRNA. 今天先说siRNA和shRNA吧。
一般我是take advantage of sigma. 他们有现成的shRNA产品,而且反响很好。
当然了,土豪可以自己去Dharmacon订购siRNA, 或者在sigma订购shRNA,甚至是包装好
的病毒。
1.第一步去sigma英文网站,一定要是英文网站
http://www.sigmaaldrich.com/united-states.html
#华夏小奇说实验的事#设计siRNA和shRNA
2. 搜索你感兴趣的基因。如TNFR, 出来结果之后点击shRNA(下图黑色剪头所示)
插播广告 订购基因敲除小鼠请访问公司网站(2-4个月,小鼠转基因、敲除敲入、条件
性敲除)
#华夏小奇说实验的事#设计siRNA和shRNA
3. 点击进入下个页面,点击pricing,会出现每个shRNA的hairpin的序列。
如下面的序列,介于“CCGG”和"CTCGAG"之间的,就是shRNA的目... 阅读全帖
t*******8
发帖数: 170
23
【 以下文字转载自 Statistics 讨论区 】
发信人: today2008 (初行者), 信区: Statistics
标 题: 请教两个序列的比较问题
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Aug 16 00:57:15 2010, 美东)
遇到一个难题了:
现有两个序列,每个序列有100个值,每个值是在20种可能性中取一个。
那么有什么方法可以比较这样两个序列呢?
谢谢先!
L****g
发帖数: 155
24
红军长征部队序列及领导人、著名将领长征时的年龄!
一、中央红军(红一方面军,下辖军委纵队及红一、三、五、八、九军团)
1、 中共中央、中央革命军事委员会:
中央政治局委员、临时中央负责人 博 古 27岁
中央政治局委员 张闻天 34岁
中央政治局委员 毛泽东 41岁
中央政治局委员、红军总司令 朱 德 48岁
中央政治局委员、红军总政委 周恩来 36岁
中央政治局委员 陈 云 29岁
中央政治局候补委员、红军总政治部主任 王稼祥 28岁
中央政治局候补委员 刘少奇 36岁
中央政治局候补委员 邓 发 28岁
中央政治局候补委员 凯 丰 28岁
红军总参谋长 刘伯乘 42岁
2、军委纵队(下辖4个梯队)
司令员 叶剑英 37岁
政 委 陈 云 29岁
第一梯队 司令员兼政委 彭雪枫 27岁
第二梯队 司令员兼政委 罗 彬(后为何长工)
第三梯队 司令员兼政委 武 亭(后为李维汉)
第四梯队 司令员 陈 庚 31岁
政 委 宋任穷 25岁
2、 红一军团(下辖第1、2、15师)
军团长 林 彪 28岁
政 委 聂荣臻 35岁
政治部主任 罗荣桓 32岁
参谋长 左 权 29岁
政治部宣传部... 阅读全帖

发帖数: 1
25
火箭军新一代中远程弹道导弹正式加入战斗序列。据央视18日报道,该型弹道导弹或弥
补中国导弹序列在射程上的空白。这次整建制装备该导弹旅的武器系统,是中国自行研
制、具有完全自主知识产权的新一代中远程弹道导弹——东风-26。它核常兼备,可实
施快速核反击,能对陆上重要目标和海上大中型舰船实施常规中远程精确打击,是中国
战略威慑和打击力量体系中的新型利器,是作战部队“杀手锏”武器中的骨干力量。在
目前中美关系处于飘摇且台海关系敏感之际,东风-26的公开亮相,其意义是什么呢?
自从3年前公开以来,东风-26的威名一直很盛,还参加了2次阅兵活动,所以外界
都知道这种导弹的存在,也知道该弹是一款中程对陆打击和具备反击大型水面舰艇能力
的弹道导弹。但是对于东风-26的装备情况,以及该导弹的打击范围和精度却知之甚少
。现在,在国家权威媒体公开后,以及基本判定东风-26的反航母型号是东风-26C,有
效打击范围是4500公里,打击精度比东风-21C提高2倍,据称精度为CEP为≤30米,基本
能确保命中航母的核心部位。
现在,公开3年以后的东风-26C终于正式加入战斗序列,这里面的潜台词就是该导
弹已形成... 阅读全帖
c*********d
发帖数: 9770
26
http://mil.news.sina.com.cn/china/2018-10-09/doc-ifxeuwws2419052.shtml
中国公安消防部队移交应急管理部不再列入武警序列
2018年10月09日14:11军报记者
刚刚
公安消防部队移交应急管理部交接仪式
正式举行
53年的消防现役成为历史
在时间的沉淀里
我们这代人将送走最后的消防战士
国家机构改革大幕拉开后
警种部队改革陆续展开
8月28日,武警黄金部队转制
8月30日,武警水电部队转制
9月29日,武警森林部队转制
今天,轮到消防部队了
目前
中国有17万现役消防军人
另有约20万政府专职消防员
如今,他们见证了历史
这是最后的消防部队
这是最后的消防战士
2018年3月21日
中央印发《深化党和国家机构改革方案》
公安消防部队不再列武警部队序列
全部退出现役
现役编制全部转为行政编制
2018年10月4日
《综合性消防救援队伍消防救援衔条例(草案)》
征求意见最后截止
提出建立消防救援衔级制
2018年10月9日
消防部队移交仪式正式召开
……
至此
消防部队列入武警序列共计35年
消防官兵以现役身份服役53年... 阅读全帖
s***r
发帖数: 270
27
来自主题: Military版 - 尽量不要上传病毒全序列
为什么有人会指责中国隐瞒部分序列?应该指责中国公开了太多的序列。。。
说实话,如果只是白人公布的白人感染的病毒全序列,我都不敢太相信。。。
除非是亚洲人亲自从重病的白人患者身上提取并全测序获得的数据才有可靠的价值。。
V*****2
发帖数: 7930
28
这病毒不停地在被测序,经过比较,所有的病毒序列99%以上都是完全相同的。
所以疫苗是有效的。
甚至休斯顿的贝勒医学院,说上次的SARS疫苗,已经经过了动物
试验,可以用来做人体试验,序列有80%以上相似的,疫苗一样会对新冠病毒有效。
所以更加别说完全根据新冠病毒序列设计的疫苗。有些不可知论的千老又开始卖弄可怜
的陈旧知识。所以说,因此混不下去,被迫改行了,只能说是曾经是千老的码工。
V*****2
发帖数: 7930
29
因为目前为止,99%以上的序列没发生变异。根据序列设计的多肽,应该是针对多个病
毒蛋白表面序列来设计的,那个陈薇院士长期搞这疫苗的,搞出来的东东,大概率是应
该有效果的。虽然不能说一定有效。
s*********s
发帖数: 318
30
来自主题: JobHunting版 - 问个最长递增序列的问题
我的土方法:
假设从一个点开始找最长递增序列到 和这个点前面的点。一个完整的树列。
再从中间点开始,找最长递增序列 到和中间点前面的点。
哪个最长递增序列长,就选哪个,
r****o
发帖数: 1950
31
来自主题: JobHunting版 - 问个最长递增序列的问题
我有个想法不知道对不对,
假定有个数组是
7,2,-1,3,0,4,-2,6,-2,0,-1,1
我们先找到它的最长递增子序列是2,3,4,6, 包含这个子序列的子数组是2,-1,3,0,4,-2
,6
不属于这个子数组的其他元素是7和-2,0,-1,1
然后我们考虑两种情形,
一种是把这些元素加到子数组左边,即 -2,0,-1,1,7,2,-1,3,0,4,-2,6
另一种是把这些元素加到子数组右边,即2,-1,3,0,4,-2,6,-2,0,-1,1,7
然后找这两个新数组的最长递增子序列,取最长的那个作答案。这里是-2,-1,1,2,3,4,
6.
感觉这个方案不一定对,而且可能你也想过这个方法了。如果不对的话,能否给出反例?

分被

发帖数: 1
32
【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: SUSTech (), 信区: Biology
标 题: 南方科技大学生物系招收研究序列faculty
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Sep 26 07:12:19 2016, 美东)
南方科技大学招收研究序列助理教授、副教授和教授。待遇优厚。该位置虽然不是独立
PI,需挂靠某一课题组,但是可以独立申请各种项目,指导研究生,发表论文作为共同
通讯作者。
如果符合深圳市海外高层次人才-孔雀计划标准http://www.szhrss.gov.cn/xxgk/qtxx/zxzcfg/201609/t20160922_4962788.htm
比如入选孔雀计划C类,可享受160万元人民币税后补贴。
本课题组研究方向为发育神经生物学方向,已在Neuron, Journal of Neuroscience,
Cell等期刊发表多篇重要论文。现诚邀发育神经生物学方向的海外英才回国加盟,一起
工作。基本要求为接受过出色的教育和科研训练,已在国际重要期刊发表过第一作者的
论文。
研究序列faculty招聘目标人群为已完成postdoc训... 阅读全帖
k*****a
发帖数: 1518
33
【 以下文字转载自 History 讨论区,原文如下 】
发信人: FluidMech (流体力学), 信区: History
标 题: 辽西会战匪我参战序列及兵力:东北匪共参战序列及兵力
发信站: Unknown Space - 未名空间 (Mon Jan 24 05:44:01 2005) WWW-POST
东北野战军
司令林彪
政治委员罗荣桓
参谋长刘亚楼
政治部主任谭政
后勤部长钟赤兵
第一整训司令部
司令周保中
政治委员刘道生
第二纵队
司令刘震
政治委员吴法宪
第四师(师长胡继成,政治委员李世安)
第五师(师长吴国章,政治委员石英)
第六师(师长张遏诚,政治委员李少元)
第五纵队
司令万毅
政治委员刘兴元
第十三师(师长徐国夫,政治委员李辉)
第十四师(师长彭龙飞,政治委员丁国顿)
第十五师(师长王振祥,政治委员何善远)
第六纵队
司令黄永胜
政治委员赖传珠
第十六师(师长李作鹏,政治委员张拙明)
第十七师(师长龙书金,政治委员徐斌州)
第十八师(师长阎捷三,政治委员袁克服)
第二整训司令部
司令吕正操
政治委员张奇函
第七纵队
司令邓华
政治委员吴善富
第十九师(师长徐
k*****a
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34
【 以下文字转载自 History 讨论区,原文如下 】
发信人: FluidMech (流体力学), 信区: History
标 题: 辽西会战之匪我参战序列及兵力:我军参战序列及兵力
发信站: Unknown Space - 未名空间 (Mon Jan 24 05:51:48 2005) WWW-POST
东北剿匪总司令部总司令卫立煌
副总司令郑洞国、范汉杰、孙渡、马占山、万福麟、梁盛华、陈铁、张作相
参谋长赵家骧
第一兵团
司令官郑洞国、副司令官曾泽生、彭杰如
新七军军长李鸿
新三十八师
暂编第五十二师
暂编第五十三师
第六十军军长曾泽生
第一八二师
暂二十一师
暂五十二师
第八兵团
司令官周福成、副司令官蒋希斌
第五十三军军长周福成
第一一六师
第一三零师
第九兵团
司令官廖耀湘、副司令官杨焜
新三军军长龙天武
第十四师
第五十四师
暂五十九师
新六军军长李涛
新二十二师
第一五九师
暂编第六十二师
锦州指挥所
主任范汉杰
第六兵团
司令官卢浚泉、副司令官杨宏光
第九十三军军长盛家兴
暂十八师
暂二十师
暂二十二师
第一八四师
新五军军长刘云翰
暂编第六十师
第四十三师
第二
o******n
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35
来自主题: Biology版 - 怎么从ncbi大批量下载基因序列
输个基因名进去,有好几百条结果,这是问题之一.
问题之二在于,绝大部分的这个基因都是unannotated,在测序过的全基因组里,所以点了结果进去看不到直接的单独的基因序列.我目前用最笨的方法,先进入全基因组,再根据locus tag的号码找我要的基因.
几百个结果,这么做太没效率了,有什么好办法?
还有个问题,等我找出这几百个序列,有没有软件可以帮我把它们按序列相似性分类,比
如这几十个很像,放一组,另几十个长些,放另一组,免得比对出来很乱.
谢谢!
q*****d
发帖数: 445
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请教大家一个技术问题。我用过一个荧光定量PCR试剂盒,效果挺不错,想了解一下引
物和探针的具体序
列,但是试剂盒里这些oligo DNA是混一起的,质谱很难分开。想了一个办法,把扩增
产物上T载测
序,就知道引物的位置,但是具体序列上只知道5‘端开始的序列,却不知引物的3‘端
序列具体在哪里终
止,因为一般引物大约18-25 nt长度,有很多的可能性。各位有没有什么办法解决这个
问题?
h*******0
发帖数: 48
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来自主题: Biology版 - 请问一个序列比对网站
就是把两条序列输进去后,出来的比对结果有个直观图用两条线段表示两条序列大致在
哪个位置是最大程度配对的,还有用一个矩形表示序列的配对情况。曾经用过这样的网
站,不过忘记了网址。不知道有没有板油用过类似的网站
y******e
发帖数: 277
38
用MEGA打开DNA序列
可以直接转成protein序列
不过只能in frame的转
不能检测stop codon或者frame shift
因为转换的时候都是从site 0开始翻译
自己写个小程序最方便啦
2 directions, translate from site 0 1 2
看哪一个in frame
s********2
发帖数: 138
39
是一种牡蛎,还没有基因组的序列。是我经过PCR扩增,自己测序得到的序列。嗯,要
不我就做个genome-walking,拿到启动子看看。
j****x
发帖数: 1704
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pseudogene一般不会出现外显子序列及剪接位点完全一致,只是内含子序列不一致的情
况。
找找ortholog以及paralog,看看在其他物种尤其是近缘物种里有什么特点
c*******y
发帖数: 161
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各位朋友,我刚开始接触生物信息,想对两株细菌的全基因组序列和蛋白质序列进行比
对,找出两株细菌之间的差别,有哪位朋友知道什么软件可以解决这个问题,并请说明
一下具体怎么安装、怎么使用?多谢了,我的邮箱g***********[email protected]
T**********t
发帖数: 1604
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你需要做的这种比对叫multiple sequence alignment
只是比较两个序列的话,用在线工具就可以了,一般都是用clustalw。
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/
如果需要比较的序列多于500条,就只能用offline版本,上面那个网站也有下载链接的
c*******y
发帖数: 161
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非常感谢您的回复,我的两个基因组序列有4MB多,估计有上千个基因序列,所以只能用
offline版本,可否告知如何下载,我去网站上看了,不知道在那里能下载这个程序,多谢!
t**k
发帖数: 16
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各位老师,如题,我有2k大小的dna片断序列,大概10个,我想作多序列的比对,来观
察相对保守的部分! 比如10-
20bp大小的共有序列,作个图,什么软件比较方便,实用!
新手求教! 多多帮忙!
h*********e
发帖数: 55
45
想对ChIP-chip的序列进行一些motif的分析,但不知道怎么得到这些序列。
一般文章里都会有一个excel文件,里面有peak的chromosome location.有什么简单的
方法或程序得到这些序列吗?
谢谢!
b*******e
发帖数: 288
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98.6%的这个不知道,sequence similarity matrix的这个也不知道,不过
phylogenetic tree这里:
1、你用的什么序列?做进化树很灵活的,比方说很多用核糖体小亚基的rDNA序列,
有的人只用里面的conserved的部分来做,有的人则比的是SSU rRNA的二级结构
2、你进化树怎么做的,如果你序列比对的不好,也影响最后的结果,你可以自己再手
动调整调整那个比对的结果
3、用不同的方法做进化树,同样的dataset得出来的树也不一样,因为各个方法的算法
不同。你可以试一下MP,Bayesian和ML. 其中MP最简单,计算量最小。ML计算量很大。你的数据要很大的话,估计ML
太麻烦。

90%
b*********g
发帖数: 506
47
来自主题: Biology版 - 序列比对求助
已知一个exon的序列,是mouse的,如果比对它跟其他种属的同源性?
有没有哪个网站,我输入我的序列,它能自动帮我找到其他种属的序列,并给出对比的图
多谢
T*****n
发帖数: 897
48
来自主题: Biology版 - 基因序列和氨基酸序列的对应
请问怎么查mRNA基因序列和氨基酸序列的对应?可以以MYH9为例。谢谢!
T*****n
发帖数: 897
49
来自主题: Biology版 - 基因序列和氨基酸序列的对应
我知道Blast网页,但我不知道怎么找到基因序列和氨基酸序列对应的信息。你知道怎
么找到the alignment of coding sequence and its appropriate amino acids?
T*****n
发帖数: 897
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来自主题: Biology版 - 基因序列和氨基酸序列的对应
谢谢!我记得原来还查到整个CDNA的序列,其中在coding sequence,下面还标出了相对
应的氨基酸序列。这样很容易查到哪三个核苷酸编码哪个氨基酸。正在做基因突变相关
的课题,需要这些信息。不要见笑,请帮忙。
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