s******y
发帖数: 28562 | 1 就是那种可以查看DNA sequencing results的软件，并能够把好几条序列合并到一起
最后给出全序列的软件。
Sequencer 要价太高了。
想看看有没有别的来源。 |
C*****h
发帖数: 926 | 2 FinchTV
免费的，查询sequence，reverse complement等等，看图很方便。
但是，不能把几个序列连在一起。
【在 s******y 的大作中提到】
: 就是那种可以查看DNA sequencing results的软件，并能够把好几条序列合并到一起
: 最后给出全序列的软件。
: Sequencer 要价太高了。
: 想看看有没有别的来源。
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j****d
发帖数: 1958 | 3 Sequencer多少钱？
【在 s******y 的大作中提到】
: 就是那种可以查看DNA sequencing results的软件，并能够把好几条序列合并到一起
: 最后给出全序列的软件。
: Sequencer 要价太高了。
: 想看看有没有别的来源。
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s******y
发帖数: 28562 | 4 哦，那就不适合我们用。
我们经常要克隆一些很长的基因，必须能够把好几个序列（而且往往是不同方向测序
的序列）拼成一个全长的序列。
【在 C*****h 的大作中提到】
: FinchTV
: 免费的，查询sequence，reverse complement等等，看图很方便。
: 但是，不能把几个序列连在一起。
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s******y
发帖数: 28562 | 5 3000~3500 美元。
【在 j****d 的大作中提到】
: Sequencer多少钱？
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b******n
发帖数: 4225 | 6 著名的DNAstar（lasergene）
【在 s******y 的大作中提到】
: 就是那种可以查看DNA sequencing results的软件，并能够把好几条序列合并到一起
: 最后给出全序列的软件。
: Sequencer 要价太高了。
: 想看看有没有别的来源。
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l**********1
发帖数: 5204 | 7 Just taste free version:
Combines two (or more) multiple sequence alignments into a single one. In the colored output, portions
inconsistent between the combined alignments are in blue, consistent ones are red. You need at least 2
alignments and the combination works even if the alignments do not contain exactly the same sequences.
Limitations: Maximum number of sequences is 80
Limitations: Maximum length of sequences is 2400
//tcoffee.vital-it.ch/cgi-bin/Tcoffee/tcoffee_cgi/index.cgi?stage1=1&daction
=COMBINE::Regular
for non-free version please contact to them:
//tcoffee.vital-it.ch/
cited from
//www.ch.embnet.org/index.html
【在 s******y 的大作中提到】
: 就是那种可以查看DNA sequencing results的软件，并能够把好几条序列合并到一起
: 最后给出全序列的软件。
: Sequencer 要价太高了。
: 想看看有没有别的来源。
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l**********1
发帖数: 5204 | 8 sunnyday 的实验室不能想太平洋对岸的中科院某些Lab 那样 用盗版的DNASTAR的 至少
生物谷里边的
密码和序列号 绝对不能用。
不然一个被FBI 或母公司的人 查到 Lab啥就都没有啦
Cost Analysis
Table 4. Quotes for the alignment softwares.
Initial License Cost
Service Plan Renewal
SeqScape
$8820 (CND)
-
Lasergene
$4496 (USD)
$780 (USD)
Sequencher
$3450 (USD)
$325 (USD)
//dataserver.robarts.ca/pi/Supplemental_Material/Sequence%20Alignment%
20Algorithms.pdf
【在 b******n 的大作中提到】
: 著名的DNAstar（lasergene）
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p**********t
发帖数: 2636 | 9 你可以和系里其它实验室share一个sequencher的online license
我们系就是开始是2个实验室share一个，后来实在排不开，现在3个实验室share了4个
license
【在 s******y 的大作中提到】
: 就是那种可以查看DNA sequencing results的软件，并能够把好几条序列合并到一起
: 最后给出全序列的软件。
: Sequencer 要价太高了。
: 想看看有没有别的来源。
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s******y
发帖数: 28562 | 10 恩，这个似乎是一个不错的主意。。。
我去问问其他实验室有没有兴趣。。。因为其实这个软件真正用起来也就是每周
几个小时而已。
【在 p**********t 的大作中提到】
: 你可以和系里其它实验室share一个sequencher的online license
: 我们系就是开始是2个实验室share一个，后来实在排不开，现在3个实验室share了4个
: license
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t*d
发帖数: 1290 | 11 这个玩意儿为什么需要一个软件？自己在word里面连一下不久好了？
【在 s******y 的大作中提到】
: 就是那种可以查看DNA sequencing results的软件，并能够把好几条序列合并到一起
: 最后给出全序列的软件。
: Sequencer 要价太高了。
: 想看看有没有别的来源。
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s******y
发帖数: 28562 | 12 倒。。。如果你以前从来不用这个功能的话，那还挺难解释的。
我们经常测很长的序列，而且不同的方向反复测来保证序列的准确性，
所以常常要同时align 十几条序列，还得在某些位点上查看色谱图来保证那个点
是正确的。这些事情，如果完全要手工来做是不现实的。
【在 t*d 的大作中提到】
: 这个玩意儿为什么需要一个软件？自己在word里面连一下不久好了？
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j****d
发帖数: 1958 | 13 用多久啊？
怎么会这么贵呢？
【在 s******y 的大作中提到】
: 3000~3500 美元。
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l*****a
发帖数: 1431 | 14 geneious 我们实验室的人都很喜欢。 大概3-400刀 |
s******y
发帖数: 28562 | 15 就是这么贵的。。。
而且已经是针对新人打过折了。不然还要更贵
【在 j****d 的大作中提到】
: 用多久啊？
: 怎么会这么贵呢？
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s******y
发帖数: 28562 | 16 这么好啊！ 能读abi file 么？可以组建contig 吧？
【在 l*****a 的大作中提到】
: geneious 我们实验室的人都很喜欢。 大概3-400刀
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l******g
发帖数: 1623 | 17 VectorNTI 可以做assemble/alignment, 和sequencher 一样方便， 不如sequencher的
是不能看电泳谱。我用的是suite v11. 不知道多少钱
【在 s******y 的大作中提到】
: 就是那种可以查看DNA sequencing results的软件，并能够把好几条序列合并到一起
: 最后给出全序列的软件。
: Sequencer 要价太高了。
: 想看看有没有别的来源。
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s******y
发帖数: 28562 | 18 Vector NTI 用来储存plamid 是非常方便的，我以前用过，印象很好。
但是他们的contig express 功能我没有用过。如果不能查看电泳图的话那就没有什么
用了。
【在 l******g 的大作中提到】
: VectorNTI 可以做assemble/alignment, 和sequencher 一样方便， 不如sequencher的
: 是不能看电泳谱。我用的是suite v11. 不知道多少钱
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s******s
发帖数: 13035 | 19 我怎么觉得这种software做的align很脑残，2seq blast很match的
东西，一align就乱七八糟。还是设置上有什么trick
【在 l******g 的大作中提到】
: VectorNTI 可以做assemble/alignment, 和sequencher 一样方便， 不如sequencher的
: 是不能看电泳谱。我用的是suite v11. 不知道多少钱
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t******s
发帖数: 55 | 20 写个R code给你用用？
除了色谱图那个不太清楚怎么回事，其他应该很容易。
【在 s******y 的大作中提到】
: 倒。。。如果你以前从来不用这个功能的话，那还挺难解释的。
: 我们经常测很长的序列，而且不同的方向反复测来保证序列的准确性，
: 所以常常要同时align 十几条序列，还得在某些位点上查看色谱图来保证那个点
: 是正确的。这些事情，如果完全要手工来做是不现实的。
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i*****i
发帖数: 154 | 21 contig express当然可以用来看abi峰值图，我自己大概用了4-5年了，非常好用。
虽然我克隆的基因都不大，2-6kb，最多的时候也就align 12个片段左右。
可以下载一个绿色版本来，放在USB上就可以了。 |
m******5
发帖数: 1383 | 22 用盗版真的会查么？我用lasergene盗版好多年了 |
s******y
发帖数: 28562 | 23 太好了！如果Vector NTI 里面包含的contig express 也能这么用的话那就是
最合适我的软件了。
DNAstar 他们的质粒管理软件没有vector NTI 那么好用，而且和contig assmeble
软件分开放在不同的软件包里买，而且还塞给你一大堆乱七八糟的我根本不会去用的软
件。
不过他们的价格倒是和vector NTI 差不多。
【在 i*****i 的大作中提到】
: contig express当然可以用来看abi峰值图，我自己大概用了4-5年了，非常好用。
: 虽然我克隆的基因都不大，2-6kb，最多的时候也就align 12个片段左右。
: 可以下载一个绿色版本来，放在USB上就可以了。
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s******y
发帖数: 28562 | 24 这个风险我可不敢去冒
【在 m******5 的大作中提到】
: 用盗版真的会查么？我用lasergene盗版好多年了
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s******y
发帖数: 28562 | 25 哎。。。我要是自己能写那么高质量的code... 也不至于沦落到做生物了。呵呵
【在 t******s 的大作中提到】
: 写个R code给你用用？
: 除了色谱图那个不太清楚怎么回事，其他应该很容易。
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l*****a
发帖数: 1431 | 26 可以，跟sequencher差不多，但好用多了。我们实验室的sequencher已经没人用了。
【在 s******y 的大作中提到】
: 这么好啊！ 能读abi file 么？可以组建contig 吧？
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s******y
发帖数: 28562 | 27 我今天下午去下载了一个测试版genious，用着有点不明白。功能貌似很多，
但就是各种指令藏得特别深，而且Help 做的不好。有些选项看了让人莫名其妙。
对了，如果我发现测出的序列里面有个位点肯定是错的话，我怎么改？
软件告诉我说要先enable editing, 可是我根本找不到那个功能选项。
【在 l*****a 的大作中提到】
: 可以，跟sequencher差不多，但好用多了。我们实验室的sequencher已经没人用了。
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w******h
发帖数: 47 | 28 Vector NTI 用来做序列分析很好的，好多年前用他作过contig，还挺不错的，多花点
时间看help应该可以找得到答案的，我记得当年也费了一些功夫才弄明白，既然经常用
，花一点时间也是值得的。 |
C*********m
发帖数: 213 | 29 VectorNTI的contig express有点问题，数据信噪比不很高的时候会自己切掉一些序列
，而且没法复原。这个问题geneious处理得好得多．但是我没有搞明白geneious怎么自
动把反向测序的结果和正向测的组合起来，只能先做一次reverse complimentary.这个
又不如ＶｅｃｔｏｒＮＴＩ做得好。
对于组合之后的序列进行注释和翻译，又是ｇｅｎｅｉｏｕｓ方便。
ＶｅｃｔｏｒＮＴＩ的好处是最新版都能找到破解，ｇｅｎｅｉｏｕｓ只有４．ｘ的版
本有破解，５．ｘ的没有找到。网上有些宣称５．ｘ的破解实际上是病毒，上次差点中
着。
【在 w******h 的大作中提到】
: Vector NTI 用来做序列分析很好的，好多年前用他作过contig，还挺不错的，多花点
: 时间看help应该可以找得到答案的，我记得当年也费了一些功夫才弄明白，既然经常用
: ，花一点时间也是值得的。
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C*********m
发帖数: 213 | 30 enable editing就在谱图上面，见附件
【在 s******y 的大作中提到】
: 我今天下午去下载了一个测试版genious，用着有点不明白。功能貌似很多，
: 但就是各种指令藏得特别深，而且Help 做的不好。有些选项看了让人莫名其妙。
: 对了，如果我发现测出的序列里面有个位点肯定是错的话，我怎么改？
: 软件告诉我说要先enable editing, 可是我根本找不到那个功能选项。
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C*********m
发帖数: 213 | 31 这话说的，隐蔽的劝退贴啊．
【在 s******y 的大作中提到】
: 哎。。。我要是自己能写那么高质量的code... 也不至于沦落到做生物了。呵呵
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l**********1
发帖数: 5204 | 32 一点不隐蔽呀
她/他sunnyday 大哥/大姐/小妹/小弟
说的是推出纯细胞分子生物学
进入生物信息学 或系统理论计算生物数学 最近的大忽悠学科之一 等领域吧
【在 C*********m 的大作中提到】
: 这话说的，隐蔽的劝退贴啊．
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l**********1
发帖数: 5204 | 33 ChromasPro is fully functional for a period of 60 days while unregistered.
The registration fee is US$240 for a single user, and includes all future
upgrades free of charge. ChromasPro can be registered by purchase order or
online through share-it.
For suggestions and technical problems, e-mail:
com.au>
//www.technelysium.com.au/ChromasPro.html
Ps: one decade ago our paper used this one.
from it is so far away from now and i also quit this field works so
yesterday forgot it name.
Now sunnyday you can try test it within fully functional for a period of 60
days while unregistered.
Ps: DNASTAR and VectorNT both we used then but found that ChromasPro plus
GENETYX-MAC Ver. 10.1 to 13 or 14 software package (Genetyx, http:// www.sdc.co.jp/genetyx/
reference:
//jxb.oxfordjournals.org/content/62/6/1887.full.pdf
Ps: 站内短你了 sunnyday (飞鱼)
不想被人肉的只能这样联系吧
【在 s******y 的大作中提到】
: 就是那种可以查看DNA sequencing results的软件，并能够把好几条序列合并到一起
: 最后给出全序列的软件。
: Sequencer 要价太高了。
: 想看看有没有别的来源。
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l**********1
发帖数: 5204 | 34 If you try to share
one note: never use neighbor lab their PC/Mac/Unix hard disk from even you
delated all relative
your own lab works folders/files likes 4 years ago Edison Chang
//zh.wikipedia.org/wiki/陳冠希
later you manuscript results might be stolen by someone (even he/she is not
used in
neighbor lab PI's manuscript i mean sent to outside of your college/
university.
So please use 100 TB hard disk
//www.tomshardware.com/news/hdd-ssd-harddrive,11048.html
or 10TB your Lab own hard disc for sharing soft with neighbor lab.
【在 s******y 的大作中提到】
: 恩，这个似乎是一个不错的主意。。。
: 我去问问其他实验室有没有兴趣。。。因为其实这个软件真正用起来也就是每周
: 几个小时而已。
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l**********1
发帖数: 5204 | 35 Java they used for chromatography abi file read DNA sequence
//www.dnaseq.co.uk/chrom_view.html
【在 t******s 的大作中提到】
: 写个R code给你用用？
: 除了色谱图那个不太清楚怎么回事，其他应该很容易。
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h***e
发帖数: 146 | 36 genious蛮好用 我们实验室都是用这个
看sequence 比对测序后的序列 很好用
可能开始入门是比较难的 入门之后就很好用啦 |
t*d
发帖数: 1290 | 37 呵呵，确实不懂啊。
多谢解释。
【在 s******y 的大作中提到】
: 倒。。。如果你以前从来不用这个功能的话，那还挺难解释的。
: 我们经常测很长的序列，而且不同的方向反复测来保证序列的准确性，
: 所以常常要同时align 十几条序列，还得在某些位点上查看色谱图来保证那个点
: 是正确的。这些事情，如果完全要手工来做是不现实的。
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s******y
发帖数: 28562 | 38 谢谢！ 我听说过这个软件。等会试试看好不好使。
technelysium.
【在 l**********1 的大作中提到】
: ChromasPro is fully functional for a period of 60 days while unregistered.
: The registration fee is US$240 for a single user, and includes all future
: upgrades free of charge. ChromasPro can be registered by purchase order or
: online through share-it.
: For suggestions and technical problems, e-mail: : com.au>
: //www.technelysium.com.au/ChromasPro.html
: Ps: one decade ago our paper used this one.
: from it is so far away from now and i also quit this field works so
: yesterday forgot it name.
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s******y
发帖数: 28562 | 39 不需要这么麻烦吧? 其实就是买一个dynamic network license,
每次只能有一台机器在运行那个程序。所以是各用各的电脑，不是让他们
跑到我的实验室里用。
not
【在 l**********1 的大作中提到】
: If you try to share
: one note: never use neighbor lab their PC/Mac/Unix hard disk from even you
: delated all relative
: your own lab works folders/files likes 4 years ago Edison Chang
: //zh.wikipedia.org/wiki/陳冠希
: later you manuscript results might be stolen by someone (even he/she is not
: used in
: neighbor lab PI's manuscript i mean sent to outside of your college/
: university.
: So please use 100 TB hard disk
|
l**********1
发帖数: 5204 | 40 Ok i see That is good. From lab note is also belong to intelligence
property so never allow
other Lab stuff saw it from my former one advisor told me while he was in
Yale 1950s then.
【在 s******y 的大作中提到】
: 不需要这么麻烦吧? 其实就是买一个dynamic network license,
: 每次只能有一台机器在运行那个程序。所以是各用各的电脑，不是让他们
: 跑到我的实验室里用。
:
: not
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l**********1
发帖数: 5204 | 41 不客气 PC OS use it.
if Mac/Linux just please try another one..
【在 s******y 的大作中提到】
: 谢谢！ 我听说过这个软件。等会试试看好不好使。
:
: technelysium.
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