f*******a 发帖数: 671 | 1 请问做过CHIP-seq的同学,一个样品多少reads足够?
我用illumina, 30M sequences/lane,我一条lane上几个样品比较好?我做的是转录因子。
谢谢! |
j*p 发帖数: 411 | |
s******s 发帖数: 13035 | 3 30M就不要省了。200M的可以multiplex一下
因子。
【在 f*******a 的大作中提到】 : 请问做过CHIP-seq的同学,一个样品多少reads足够? : 我用illumina, 30M sequences/lane,我一条lane上几个样品比较好?我做的是转录因子。 : 谢谢!
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h****n 发帖数: 2552 | 4 就我的经验来讲,一般7-8个M足以,如果初次结果还可以,你又想要足够的deep的话,
可以第二次一个样品上一个lane |
f*******a 发帖数: 671 | 5 谢谢。
【在 j*p 的大作中提到】 : 1个
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f*******a 发帖数: 671 | 6 多谢。
【在 s******s 的大作中提到】 : 30M就不要省了。200M的可以multiplex一下 : : 因子。
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f*******a 发帖数: 671 | 7 谢谢,facility的人也是建议我一条lane上2个样品比较合适。其他的论坛上面也有人
建议10M的。
【在 h****n 的大作中提到】 : 就我的经验来讲,一般7-8个M足以,如果初次结果还可以,你又想要足够的deep的话, : 可以第二次一个样品上一个lane
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