f*******a
发帖数: 671 | 1 请问做过CHIP-seq的同学，一个样品多少reads足够？
我用illumina, 30M sequences/lane,我一条lane上几个样品比较好？我做的是转录因子。
谢谢！ |
j*p
发帖数: 411 | |
s******s
发帖数: 13035 | 3 30M就不要省了。200M的可以multiplex一下
因子。
【在 f*******a 的大作中提到】
: 请问做过CHIP-seq的同学，一个样品多少reads足够？
: 我用illumina, 30M sequences/lane,我一条lane上几个样品比较好？我做的是转录因子。
: 谢谢！
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h****n
发帖数: 2552 | 4 就我的经验来讲，一般7-8个M足以，如果初次结果还可以，你又想要足够的deep的话，
可以第二次一个样品上一个lane |
f*******a
发帖数: 671 | 5 谢谢。
【在 j*p 的大作中提到】
: 1个
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f*******a
发帖数: 671 | 6 多谢。
【在 s******s 的大作中提到】
: 30M就不要省了。200M的可以multiplex一下
:
: 因子。
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f*******a
发帖数: 671 | 7 谢谢，facility的人也是建议我一条lane上2个样品比较合适。其他的论坛上面也有人
建议10M的。
【在 h****n 的大作中提到】
: 就我的经验来讲，一般7-8个M足以，如果初次结果还可以，你又想要足够的deep的话，
: 可以第二次一个样品上一个lane
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