g****0 发帖数: 425 | 1 实际情况是:
我有6个样品(每组),可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并,6个
合并成3个呢?还是随机选3个?
所有的样品都已经预检测过,都没问题。 |
s******s 发帖数: 13035 | 2 没做过array,就瞎说。统计上当然合并了好,实际上还是随便挑三个吧,
否则MM里面还要墨迹半天
【在 g****0 的大作中提到】 : 实际情况是: : 我有6个样品(每组),可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并,6个 : 合并成3个呢?还是随机选3个? : 所有的样品都已经预检测过,都没问题。
|
T**********t 发帖数: 25 | 3 如果做mechanism 最好不要合并,用individual sample做,可以random选三个样本,
这样发文章比较好;如果做biomarker research,可以合并。
如果合并了,不管是合并两个也好,三个也好,都是pooled sample,没有区别
【在 g****0 的大作中提到】 : 实际情况是: : 我有6个样品(每组),可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并,6个 : 合并成3个呢?还是随机选3个? : 所有的样品都已经预检测过,都没问题。
|
g****0 发帖数: 425 | 4 请问为什么统计上合并会好?因为降低了variation吗?
MM是什么?
【在 s******s 的大作中提到】 : 没做过array,就瞎说。统计上当然合并了好,实际上还是随便挑三个吧, : 否则MM里面还要墨迹半天
|
g****0 发帖数: 425 | 5 是想找mechanism。 为什么用individual samples好?为什么对发文章好?因为好做统
计吗?
【在 T**********t 的大作中提到】 : 如果做mechanism 最好不要合并,用individual sample做,可以random选三个样本, : 这样发文章比较好;如果做biomarker research,可以合并。 : 如果合并了,不管是合并两个也好,三个也好,都是pooled sample,没有区别
|
T**********t 发帖数: 25 | 6 如果是几个individual在一组,那么它们就是biological replicates
生物之间存在biological variation(个体差异)
如果你pool了,就看不到这样的差异
这个问题你应该弄明白
设计的实验的时候 应该有biological replicates和technique replicates
【在 g****0 的大作中提到】 : 是想找mechanism。 为什么用individual samples好?为什么对发文章好?因为好做统 : 计吗?
|
K**4 发帖数: 1015 | 7 随机各选3个
不要混合,
不要忘记了要留些RNA作 realtime PCR. 这样就是 6 control,6 treatment。刚刚够
吧。
【在 g****0 的大作中提到】 : 实际情况是: : 我有6个样品(每组),可是只能送3个样品(每组)去做microarray。 是两两合并,6个 : 合并成3个呢?还是随机选3个? : 所有的样品都已经预检测过,都没问题。
|
c*****g 发帖数: 66 | 8 没错。
microarray技术已经很成熟了,technical variation都很小。如果你只能做三个,两
两pool是最好的。这样也是biological replicates,只要pool和pool之间没有相同的
个体。
【在 g****0 的大作中提到】 : 请问为什么统计上合并会好?因为降低了variation吗? : MM是什么?
|
|
g****0 发帖数: 425 | 9 谢谢提醒,这些RNA样品是用realtime pcr检验过的(已知下游),所以已经留了cDNA
了。
【在 K**4 的大作中提到】 : 随机各选3个 : 不要混合, : 不要忘记了要留些RNA作 realtime PCR. 这样就是 6 control,6 treatment。刚刚够 : 吧。
|
g****0 发帖数: 425 | 10 是的,我不打算作technical duplicates。
【在 c*****g 的大作中提到】 : 没错。 : microarray技术已经很成熟了,technical variation都很小。如果你只能做三个,两 : 两pool是最好的。这样也是biological replicates,只要pool和pool之间没有相同的 : 个体。
|
c*****g 发帖数: 66 | 11 你听我的,两两pool。我可以肯定的说统计上,这个是比随机选三个更好的设计,你的
统计power要大不少。原因就是你讲的,variation减小了。
【在 g****0 的大作中提到】 : 是的,我不打算作technical duplicates。
|
d***y 发帖数: 8536 | 12 microarray sucks.用RNAseq吧 |
g****0 发帖数: 425 | 13 能否展开说说RNAseq?好在哪里?有推荐的公司吗?测6个样品(3X2组),要花多少钱?
我听说不同的样品之间定量不好,是吗?
【在 d***y 的大作中提到】 : microarray sucks.用RNAseq吧
|