l********s
发帖数: 70 | 1 在文章中一直看是用这种软件分析的，请问哪里能找到？？？？
谢谢， |
l********s
发帖数: 70 | |
b**********8
发帖数: 349 | 3 那个棒棒糖图啊，参考这个链接
http://www.dxy.cn/bbs/thread/15900186?keywords=BSP#15900186
BSP 主要目的是，通过测定亚硫酸盐修饰后的DNA序列，了解特定基因的具体CpG位点的
甲基化情况。而MSP只能获得该样本是否发生甲基化的信息，BSP则可以详细了解每一个
CpG位点的甲基化情况。
1，首先，按前帖设计引物后，确定BSP反应条件。我们实验室一般都做45个cycle.
提个有意思的题外话，通常BSP的退货温度，会比相应的MSP的退货温度低。
2，BSPCR后，取10ul跑PCR，如条带单一，则直接克隆，具体操作按照Invitrogen的
TOPO试剂盒进行；如条带有杂带，需要进行PCR Screen，具体操作及原理以后再讲；
3，克隆后在LB胶上，培养过夜后，后通常取8-12个克隆，LB培养过夜；
4，过夜后LB液浑浊；按照5-Primer的Mini Plasmid DNA提取试剂盒操作说明，提取质
粒DNA；
5，半量反应后，送Genomic Core测序；
6，测序结果报告用FinchTV软件阅读(可用GOOGLE搜索后在线注册下载安装)，寻找出目
的片段后，建立每一个克隆序列的TEXT文章（后续的BiQ Analyzer用这个文件导入）。
7，将上述文件导入BiQ Analyzer后，按研究需要质控，最后生成BSP直观图，如附图。 |
l********s
发帖数: 70 | 4 谢谢楼上大哥了，， 我看了，不是bio analyzer，，，， 那个我有。 就是yamanaka
ips 里用过的
那个像马蜂窝一样的。 |
b**********8
发帖数: 349 | |
l********s
发帖数: 70 | 6 谢谢楼上大哥了，， 我看了，不是bio analyzer，，，， 那个我有。 就是yamanaka
ips 里用过的
那个像马蜂窝一样的。 |
b**********8
发帖数: 349 | |
B*M
发帖数: 1418 | 8 旁边一个实验室的男生说,BSPCR的效率很低,company许诺90% cover,他做出来的只有10
% cover, 真的吗?
【在 b**********8 的大作中提到】
: 那个棒棒糖图啊，参考这个链接
: http://www.dxy.cn/bbs/thread/15900186?keywords=BSP#15900186
: BSP 主要目的是，通过测定亚硫酸盐修饰后的DNA序列，了解特定基因的具体CpG位点的
: 甲基化情况。而MSP只能获得该样本是否发生甲基化的信息，BSP则可以详细了解每一个
: CpG位点的甲基化情况。
: 1，首先，按前帖设计引物后，确定BSP反应条件。我们实验室一般都做45个cycle.
: 提个有意思的题外话，通常BSP的退货温度，会比相应的MSP的退货温度低。
: 2，BSPCR后，取10ul跑PCR，如条带单一，则直接克隆，具体操作按照Invitrogen的
: TOPO试剂盒进行；如条带有杂带，需要进行PCR Screen，具体操作及原理以后再讲；
: 3，克隆后在LB胶上，培养过夜后，后通常取8-12个克隆，LB培养过夜；
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b**********8
发帖数: 349 | 9
10
不明白，你这里说的90% or 10% cover是什么意思？
【在 B*M 的大作中提到】
: 旁边一个实验室的男生说,BSPCR的效率很低,company许诺90% cover,他做出来的只有10
: % cover, 真的吗?
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l********s
发帖数: 70 | 10 他说的是不是 CpG岛预测？？ 不知道了，反正做bsp比较麻烦。 主要是ta克隆
谢谢楼上大哥 |
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l********s
发帖数: 70 | 11 是这个图谱，一直没找到相关软件
【在 b**********8 的大作中提到】
:
: 10
: 不明白，你这里说的90% or 10% cover是什么意思？
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b**********8
发帖数: 349 | 12
你这个图应该也要先做BSP+克隆测序，拿到序列后才能进行分析
所以TA克隆应该是不可避免的
【在 l********s 的大作中提到】
: 是这个图谱，一直没找到相关软件
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a******7
发帖数: 7936 | |
D******9
发帖数: 2665 | |
l********s
发帖数: 70 | 15
不会是excel吧？？
【在 D******9 的大作中提到】
: KAO, use EXCEL
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b**********8
发帖数: 349 | 16 这位一看ID就知道是做甲基化的高手了，能否展开说说如何用excel来做这类figure？
学习一下
【在 D******9 的大作中提到】
: KAO, use EXCEL
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c*********4
发帖数: 8 | 17 QUMA: quma.cdb.riken.jp/
Very straightforward. Good luck!
【在 l********s 的大作中提到】
: 在文章中一直看是用这种软件分析的，请问哪里能找到？？？？
: 谢谢，
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b**********8
发帖数: 349 | 18 恩
这个挺好的
【在 c*********4 的大作中提到】
: QUMA: quma.cdb.riken.jp/
: Very straightforward. Good luck!
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