U*O
发帖数: 99 | 1 不知道sequence所以不能用qpcr
请教一下用什么办法测少于10ng/ul的微量RNA(length, sequence unknown)比较好？
实验室里有人推荐bioanalyzer，但是怎么知道不是DNA contamination呢？ |
U*O
发帖数: 99 | 2 有人知道吗，自己顶一下
【在 U*O 的大作中提到】
: 不知道sequence所以不能用qpcr
: 请教一下用什么办法测少于10ng/ul的微量RNA(length, sequence unknown)比较好？
: 实验室里有人推荐bioanalyzer，但是怎么知道不是DNA contamination呢？
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W*******a
发帖数: 1769 | 3 do DNase treatment control
【在 U*O 的大作中提到】
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: 请教一下用什么办法测少于10ng/ul的微量RNA(length, sequence unknown)比较好？
: 实验室里有人推荐bioanalyzer，但是怎么知道不是DNA contamination呢？
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s******y
发帖数: 28562 | 4 我记得好像有一种机器叫做nanodrop 可以测微量的RNA
【在 U*O 的大作中提到】
: 不知道sequence所以不能用qpcr
: 请教一下用什么办法测少于10ng/ul的微量RNA(length, sequence unknown)比较好？
: 实验室里有人推荐bioanalyzer，但是怎么知道不是DNA contamination呢？
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U*O
发帖数: 99 | 5 好像测不到10ng/ul以下的，有没有更加敏感的方法
【在 s******y 的大作中提到】
: 我记得好像有一种机器叫做nanodrop 可以测微量的RNA
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s*********t
发帖数: 600 | 6 nanodrop不能测那么微量的吧
bioanalyzer可以，有个kit能测量几十pg以上的
【在 s******y 的大作中提到】
: 我记得好像有一种机器叫做nanodrop 可以测微量的RNA
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s******s
发帖数: 13035 | 7 nanodrop 10ng/ul以下就不准了，bioanalyzer大概能有pg的芯片能用。
我最近一个sample, nanodrop给的是负值，bioanalyzer大概50pg/ul
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: 好像测不到10ng/ul以下的，有没有更加敏感的方法
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D******y
发帖数: 723 | 8 这个浓度啥都不准的
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O******e
发帖数: 4845 | 9 nanodrop非常好用，就是贵
【在 s******y 的大作中提到】
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D******y
发帖数: 723 | 10 做mol biol的还是最好弄一个
【在 O******e 的大作中提到】
: nanodrop非常好用，就是贵
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W*******a
发帖数: 1769 | 11 不到1万美元，几个lab share一下很便宜了。话说这个bioanalyzer一台大概要
多少钱，我们可能预计要买一个
【在 O******e 的大作中提到】
: nanodrop非常好用，就是贵
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k****o
发帖数: 589 | 12 如果是mRNA,digital PCR应该可以。 |
C*******e
发帖数: 4348 | 13 顶这个
用bioanalyzer的pico chip
然后同时跑RNase-free DNase treated样品做对照
nanodrop低于10ng/ul就不太准了
不过在测核酸方面省样品，实在是个好东西
这年头我以为已经是标配了呢
【在 s*********t 的大作中提到】
: nanodrop不能测那么微量的吧
: bioanalyzer可以，有个kit能测量几十pg以上的
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c*********r
发帖数: 1312 | 14 The price for the instrument in around $17,000 and that includes
installation and training. The chips are roughly $500 a kit and can run
anywhere from 250 to 300 samples pet kit depending on which kit you are
using.
From a sale representative.
【在 W*******a 的大作中提到】
: 不到1万美元，几个lab share一下很便宜了。话说这个bioanalyzer一台大概要
: 多少钱，我们可能预计要买一个
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W*******a
发帖数: 1769 | 15 谢谢，比我预计的便宜多了，好，回头就买一台。
【在 c*********r 的大作中提到】
: The price for the instrument in around $17,000 and that includes
: installation and training. The chips are roughly $500 a kit and can run
: anywhere from 250 to 300 samples pet kit depending on which kit you are
: using.
: From a sale representative.
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f*******e
发帖数: 628 | 16 不知道你要“测”什么，是你的 RNA 的长度加量的组成，还是 sequence, 还是什么别
的。你的微量 RNA 如果是个混合物，用 bioanalyzer 出来是 smear，基本上看不出什
么来，更别说定量。如果是单一成分，用 bioanalyzer 才有可能。而且好像最好别太
小，低于 bioanalyzer 的最低 marker，就不行了。我用过的好像是 50 bases？
如果就是想知道一个总的量 （pg/uL)，可以用染色的 dye, 然后用可以测荧光的
nanodrop 来定量。
【在 U*O 的大作中提到】
: 不知道sequence所以不能用qpcr
: 请教一下用什么办法测少于10ng/ul的微量RNA(length, sequence unknown)比较好？
: 实验室里有人推荐bioanalyzer，但是怎么知道不是DNA contamination呢？
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c*********r
发帖数: 1312 | 17 有米的人啊。。。
好像kit比较贵，有好多种。
【在 W*******a 的大作中提到】
: 谢谢，比我预计的便宜多了，好，回头就买一台。
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f*******e
发帖数: 628 | 18 bioanalyzer 主要是 kit 很费钱。如果 lab 用得不多，其实没有必要买。
用过的 chip 一次能跑 10 个样品，一个 kit 里面有好几个 chip,然后一套 reagents。
【在 c*********r 的大作中提到】
: The price for the instrument in around $17,000 and that includes
: installation and training. The chips are roughly $500 a kit and can run
: anywhere from 250 to 300 samples pet kit depending on which kit you are
: using.
: From a sale representative.
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T**********t
发帖数: 1604 | 19 bioanalyzer比nanodrop贵多了啊，何况还得买chips，耗材更不得了。
当然用途也不一样就是了。
我同意13楼的，nanodrop这年头应该属于标配，测样品太方便了，目前为止还没用过比
它更方便的。 |
W*******a
发帖数: 1769 | 20 kit确实很贵，折合下来20多美元一片吧，不管是1个还是11个sample，一次就得用掉。
最划算的当然是学校有个Center提供服务，把各家的sample凑起来在一个chip上run，
每家的费用就少多了
【在 c*********r 的大作中提到】
: 有米的人啊。。。
: 好像kit比较贵，有好多种。
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W*******a
发帖数: 1769 | 21 做high throughput seq的，bioanalyzer还是必须的
reagents。
【在 f*******e 的大作中提到】
: bioanalyzer 主要是 kit 很费钱。如果 lab 用得不多，其实没有必要买。
: 用过的 chip 一次能跑 10 个样品，一个 kit 里面有好几个 chip,然后一套 reagents。
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s******s
发帖数: 13035 | 22 我们学校$8一个样品，很便宜，基本上都是当天能做出来，估计
六七个样品一凑就run了
掉。
【在 W*******a 的大作中提到】
: 做high throughput seq的，bioanalyzer还是必须的
:
: reagents。
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T**********t
发帖数: 1604 | 23 嗯，而且bioanalyzer最好是有专人操作，这玩意儿一个弄不好一块chip就废掉了，新
手很容易出状况。所以有专门的facility提供服务是最理想的。
掉。
【在 W*******a 的大作中提到】
: 做high throughput seq的，bioanalyzer还是必须的
:
: reagents。
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l******u
发帖数: 936 | 24 nano kit 还算准， pico kit 非常不准，不建议用agilent bioanalyzer 测浓度。
老款的nano drop能测的精度到20ng/微升， 最新款的没用过，可能更好些。
【在 s*********t 的大作中提到】
: nanodrop不能测那么微量的吧
: bioanalyzer可以，有个kit能测量几十pg以上的
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l******u
发帖数: 936 | 25 Agilent bioanalyzer所有分析RNA的kit我都用过，还好吧，
这个比做microarry简单多了。
不过如果不是一些omics的lab，一般不会买这个东西。
【在 T**********t 的大作中提到】
: 嗯，而且bioanalyzer最好是有专人操作，这玩意儿一个弄不好一块chip就废掉了，新
: 手很容易出状况。所以有专门的facility提供服务是最理想的。
:
: 掉。
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T**********t
发帖数: 1604 | 26 我好久没用这个了。
我记得prep那些chip的时候，不是要用个注射器压还是抽什么的么，好像很有讲究的，
时间，还有位置，一个弄不对chip就跑不出来。而且chip弄好了5分钟之内要load上，
否则也跑不好，反正挺麻烦的就是。当然手熟了就好了，不过后来我就不做了。
【在 l******u 的大作中提到】
: Agilent bioanalyzer所有分析RNA的kit我都用过，还好吧，
: 这个比做microarry简单多了。
: 不过如果不是一些omics的lab，一般不会买这个东西。
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s******y
发帖数: 28562 | 27 nanodrop 是哪个公司的最好？
【在 C*******e 的大作中提到】
: 顶这个
: 用bioanalyzer的pico chip
: 然后同时跑RNase-free DNase treated样品做对照
: nanodrop低于10ng/ul就不太准了
: 不过在测核酸方面省样品，实在是个好东西
: 这年头我以为已经是标配了呢
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l******u
发帖数: 936 | 28 Thermo Scientific
【在 s******y 的大作中提到】
: nanodrop 是哪个公司的最好？
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T**********t
发帖数: 1604 | 29 nanodrop是注册商标，那个公司被thermo scientific买了。别家就算有类似的仪器应
该也不能叫nanodrop。不过我没看过有类似的仪器，估计他们设计也有专利的。
【在 s******y 的大作中提到】
: nanodrop 是哪个公司的最好？
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s******y
发帖数: 28562 | 30 哦。这样的啊
【在 T**********t 的大作中提到】
: nanodrop是注册商标，那个公司被thermo scientific买了。别家就算有类似的仪器应
: 该也不能叫nanodrop。不过我没看过有类似的仪器，估计他们设计也有专利的。
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C*******e
发帖数: 4348 | 31 Nanodrop这个公司是最先出的
但他们被Thermo吞下了
所以现在的是Thermo的
有单孔的，8孔的，读荧光的，不读荧光的
不过说实话我觉得单孔的就差不多了
而且用nanodrop做protein assay（BCA，Bradford之类）的话就比较不方便了
因为一样的做标准曲线，一样准备样品
然后还要一个一个点上样测
比较累
虽然用的样品少
nanodrop最方便的就是用于核酸测量
像Agarose Gel回收产物，就上1 ul就可以
简单的蛋白UV reading也可以
但如果做protein assay
最方便还是大的那种spectrophotometer
一排六个holder，自动的那种
还有一些用比色法测酶活性的assay也是
还是大的好用
不过两者不可互相取代
【在 s******y 的大作中提到】
: nanodrop 是哪个公司的最好？
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T**********t
发帖数: 1604 | 32 这个可以用biotek的microplate reader，上样量也很小，还可以多个样品同时测，很
方便。
但如果做protein assay
最方便还是大的那种spectrophotometer
一排六个holder，自动的那种
还有一些用比色法测酶活性的assay也是
还是大的好用
不过两者不可互相取代
【在 C*******e 的大作中提到】
: Nanodrop这个公司是最先出的
: 但他们被Thermo吞下了
: 所以现在的是Thermo的
: 有单孔的，8孔的，读荧光的，不读荧光的
: 不过说实话我觉得单孔的就差不多了
: 而且用nanodrop做protein assay（BCA，Bradford之类）的话就比较不方便了
: 因为一样的做标准曲线，一样准备样品
: 然后还要一个一个点上样测
: 比较累
: 虽然用的样品少
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C*******e
发帖数: 4348 | 33 有microplate reader那是可以咯
不过我觉得microplate reader不如nanodrop普遍
如果不是实验需要用microplate
如果我是老板
我肯定优先买nanodrop
【在 T**********t 的大作中提到】
: 这个可以用biotek的microplate reader，上样量也很小，还可以多个样品同时测，很
: 方便。
:
: 但如果做protein assay
: 最方便还是大的那种spectrophotometer
: 一排六个holder，自动的那种
: 还有一些用比色法测酶活性的assay也是
: 还是大的好用
: 不过两者不可互相取代
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T**********t
发帖数: 1604 | 34 嗯，同意。我提microplate reader是说它可以替代你说的大的那种spectrophotometer
，一排六个holder那种。
【在 C*******e 的大作中提到】
: 有microplate reader那是可以咯
: 不过我觉得microplate reader不如nanodrop普遍
: 如果不是实验需要用microplate
: 如果我是老板
: 我肯定优先买nanodrop
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s******y
发帖数: 28562 | 35 这个仪器贵么？不贵的话我也买一个
【在 C*******e 的大作中提到】
: 有microplate reader那是可以咯
: 不过我觉得microplate reader不如nanodrop普遍
: 如果不是实验需要用microplate
: 如果我是老板
: 我肯定优先买nanodrop
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W*******a
发帖数: 1769 | 36 5年前隔壁lab买过一个，那时候刚出来，要1万块左右，不知道现在降价了没有
【在 s******y 的大作中提到】
: 这个仪器贵么？不贵的话我也买一个
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T**********t
发帖数: 1604 | 37 单孔的nanodrop大概8000左右吧，biotek的synergy microplate reader要贵很多，不
确定多少钱，估计以万为单位。回头我问问我们那台是多少钱买的。我依稀记得一个数
忘了是2万还是5万。。。
【在 s******y 的大作中提到】
: 这个仪器贵么？不贵的话我也买一个
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m*********n
发帖数: 215 | 38 Nanodrop有不同型号的，有的可以测极低的浓度。 |
C*******e
发帖数: 4348 | 39 前辈，做新发考题不能这么烧钱吧
我觉得最好跟系里的老师搞好关系
有些又贵又用的不多的仪器
一开始先借一借用
比较划算
：）
【在 s******y 的大作中提到】
: 这个仪器贵么？不贵的话我也买一个
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O******e
发帖数: 4845 | 40 常用的东西，还是买来自己用方便。你老是去借，人家就烦了。
【在 C*******e 的大作中提到】
: 前辈，做新发考题不能这么烧钱吧
: 我觉得最好跟系里的老师搞好关系
: 有些又贵又用的不多的仪器
: 一开始先借一借用
: 比较划算
: ：）
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C*******e
发帖数: 4348 | 41 关键字“又贵又用的不多”
：）
【在 O******e 的大作中提到】
: 常用的东西，还是买来自己用方便。你老是去借，人家就烦了。
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c*****g
发帖数: 66 | 42 I think what you need is a single strand RNA specific dye such as RiboGreen,
and read on a fluorometer.
【在 U*O 的大作中提到】
: 不知道sequence所以不能用qpcr
: 请教一下用什么办法测少于10ng/ul的微量RNA(length, sequence unknown)比较好？
: 实验室里有人推荐bioanalyzer，但是怎么知道不是DNA contamination呢？
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