t*d
发帖数: 1290 | 1 打算用 NextGen Sequencing 测一些 mRNA 的样本。有经验的同志们请推荐个提供 RNA
-seq service 的公司吧。多谢！ |
s*********e
发帖数: 399 | 2 www.genomics.cn
www.bgiamericas.com |
t*d
发帖数: 1290 | 3 谢谢！看来 BGI 打入美国市场了。
【在 s*********e 的大作中提到】
: www.genomics.cn
: www.bgiamericas.com
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l******n
发帖数: 520 | 4 BGI的价格有绝对优势，他们按数据量收费，好像20G的数据5-8万RMB
而且测序后的生物信息分析支持比美国的傻逼公司要好很多 |
l******n
发帖数: 520 | 5 好像可以直接寄样品给大陆的BGI吧
测序结果直接登录服务器 |
t*d
发帖数: 1290 | 6 cool. 这个计费方法不错。
【在 l******n 的大作中提到】
: BGI的价格有绝对优势，他们按数据量收费，好像20G的数据5-8万RMB
: 而且测序后的生物信息分析支持比美国的傻逼公司要好很多
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s********n
发帖数: 2939 | 7 外行问一下，20G是什么概念？像一般的细菌基因组大概在1-5 M，20G是指20,000M的序
列信息？
【在 l******n 的大作中提到】
: BGI的价格有绝对优势，他们按数据量收费，好像20G的数据5-8万RMB
: 而且测序后的生物信息分析支持比美国的傻逼公司要好很多
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j****x
发帖数: 1704 | 8 你得到了它
还有一个重要的概念叫coverage，无论对于定性的DNA还是定量的RNA-seq。
针对你这个例子，20G的数据理论上可以有4000x-20000x的coverage，这对于序列拼接
或者in-deep sequencing是至关重要的。
【在 s********n 的大作中提到】
: 外行问一下，20G是什么概念？像一般的细菌基因组大概在1-5 M，20G是指20,000M的序
: 列信息？
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s********n
发帖数: 2939 | 9 那这个价格很便宜啊。还有个问题就是比如测一个基因组，多少倍的coverage比较合适？
【在 j****x 的大作中提到】
: 你得到了它
: 还有一个重要的概念叫coverage，无论对于定性的DNA还是定量的RNA-seq。
: 针对你这个例子，20G的数据理论上可以有4000x-20000x的coverage，这对于序列拼接
: 或者in-deep sequencing是至关重要的。
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j****x
发帖数: 1704 | 10 看目的了，如果是细菌基因组resequencing，有参考序列，那么coverage有10x可能
就够了，如果是denovo seq，没有参考序列，那么考虑到拼接问题，一般30x以上，
当然还要看基因组复杂度有没有重复序列。如果你想in-deep找SNP，那么取决于你
需要的敏感度，要想找1%左右的SNP或者mutation，那么理论上也是至少100x，考虑
到防止测序错误造成的假阳性，一般1000x是比较理想的。
适？
【在 s********n 的大作中提到】
: 那这个价格很便宜啊。还有个问题就是比如测一个基因组，多少倍的coverage比较合适？
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s********n
发帖数: 2939 | 11 THX!
【在 j****x 的大作中提到】
: 看目的了，如果是细菌基因组resequencing，有参考序列，那么coverage有10x可能
: 就够了，如果是denovo seq，没有参考序列，那么考虑到拼接问题，一般30x以上，
: 当然还要看基因组复杂度有没有重复序列。如果你想in-deep找SNP，那么取决于你
: 需要的敏感度，要想找1%左右的SNP或者mutation，那么理论上也是至少100x，考虑
: 到防止测序错误造成的假阳性，一般1000x是比较理想的。
:
: 适？
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s*********e
发帖数: 399 | 12 补充一下，因为细菌的genome比较小，所以一般的NGS,一个round就可以很多次.
这样,bgi不推荐reseq, 更推荐直接de novo. 这样的费用和reseq差不多.
【在 j****x 的大作中提到】
: 看目的了，如果是细菌基因组resequencing，有参考序列，那么coverage有10x可能
: 就够了，如果是denovo seq，没有参考序列，那么考虑到拼接问题，一般30x以上，
: 当然还要看基因组复杂度有没有重复序列。如果你想in-deep找SNP，那么取决于你
: 需要的敏感度，要想找1%左右的SNP或者mutation，那么理论上也是至少100x，考虑
: 到防止测序错误造成的假阳性，一般1000x是比较理想的。
:
: 适？
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j****x
发帖数: 1704 | 13 没直接和BGI打过交道，不过身边直接打过交道的朋友不少，反馈都不是太好。
便宜是便宜，但是质量。。。不过这也都是1-2年前的情况了。
你说得这个情况，究竟是denovo还是reseq，其实差别只在于上不上454（目前的情况），
真正意义上的denovo最终还是需要ABI3730来填gap的。
我不知道BGI推荐直接denove的出发点是什么，如果是我，可能还是会选择reseq的策略
【在 s*********e 的大作中提到】
: 补充一下，因为细菌的genome比较小，所以一般的NGS,一个round就可以很多次.
: 这样,bgi不推荐reseq, 更推荐直接de novo. 这样的费用和reseq差不多.
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s********n
发帖数: 2939 | 14 de novo和re-sequence有何区别？只是coverage的区别吗？ |
p******n
发帖数: 874 | 15 20G 5到8万太贵了，现在的cost是10k per genome (human),数据量是30x coverage,
就是100G。 |
p******n
发帖数: 874 | 16 对了，另外还有就是你是做什么的？人的mRNASeq 2个lane就可以了，但是如果是细菌
，1个lane都多余，需要muliplexing,1一个lane能上16个sample, 但是感觉这个做的都
不太好. |
g*********d
发帖数: 233 | |
s*********e
发帖数: 399 | 18 质量问题,仁者见仁智者见智吧. 我的观点是世界上没有任何一个公司的顾客满意率为
100%.
1,2年前的话,多半是国内的老师,因为那时候bgi还没有大规模打入国际市场. 国内的老
师,还是很难伺候的.最近的一个事情就是一个老师死活不给项目完成以后的尾款.这个
项目最终发表到nature genetics, 老师不爽的原因是项目没有发表到nature, 说bgi以
前忽悠了他. 这种事情,难道华大能保证发nature?
其他的事情,华大有错的也有,比如让测植物根的,测成茎了,这事情是发生过的.关键看
怎么解决了.
华大最近在美国的口碑还不错.9月和merck签了5年的service contract,然后和lily,
pfizer都签了几个mil的合同. 项目的进展都很不错. 美国其它的竞争者,现在大一点的
complete genomics,口碑就不太好.我为华大工作,就不多说了.
www.bgiamericas.com, 华大美洲分部建立就是为了解决美洲客户所遇到的问题.大家可
以按上面的联系方式找我们,或者直接pm我,如果遇到任何问题. 我们尽全力让大家满意
, 总不能坠了中国企业的名头.
），
【在 j****x 的大作中提到】
: 没直接和BGI打过交道，不过身边直接打过交道的朋友不少，反馈都不是太好。
: 便宜是便宜，但是质量。。。不过这也都是1-2年前的情况了。
: 你说得这个情况，究竟是denovo还是reseq，其实差别只在于上不上454（目前的情况），
: 真正意义上的denovo最终还是需要ABI3730来填gap的。
: 我不知道BGI推荐直接denove的出发点是什么，如果是我，可能还是会选择reseq的策略
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s*********e
发帖数: 399 | 19 华大就是这个差不多这个价钱. 比这个便宜都有可能,取决于多少sample.
【在 p******n 的大作中提到】
: 20G 5到8万太贵了，现在的cost是10k per genome (human),数据量是30x coverage,
: 就是100G。
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s********n
发帖数: 2939 | |
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s********n
发帖数: 2939 | |
j****x
发帖数: 1704 | 22 hehe，既然你在华大工作，那么我还能说什么呢
没有公司满意率100%，这个我同意，好比taobao上也没有100%好评的商户。
不过我这里关于BGI的差评实在是不少，我觉得这里玩偷换概念的没什么意义。
我说了，这是1-2前的情况。于是你把责任推到因为国内的老师难伺候。说实话，
这不是一个负责任的公司应有的态度。当然，你是代表你的个人观点。事实上这些
人我都很熟悉，有些还是我的客户，他们的要求都很合理，问题很明确，当时BGI
的测序质量确实很差，无论是传统测序还是NGS，这个“口碑”不是一两个人确立
起来的，几乎是共识了。
BGI这两年也许在质控上作的好的多了，你比我有发言权，而且既然要开发国际市场
自然不能想对付国内客户的那种办法来应付，或者你说得，国际客户比国内的老师
“好伺候”。anyway，我评价的只是1-2年前的BGI，今后如果有机会合作，我还是
很愿意看到他们的变化。
【在 s*********e 的大作中提到】
: 质量问题,仁者见仁智者见智吧. 我的观点是世界上没有任何一个公司的顾客满意率为
: 100%.
: 1,2年前的话,多半是国内的老师,因为那时候bgi还没有大规模打入国际市场. 国内的老
: 师,还是很难伺候的.最近的一个事情就是一个老师死活不给项目完成以后的尾款.这个
: 项目最终发表到nature genetics, 老师不爽的原因是项目没有发表到nature, 说bgi以
: 前忽悠了他. 这种事情,难道华大能保证发nature?
: 其他的事情,华大有错的也有,比如让测植物根的,测成茎了,这事情是发生过的.关键看
: 怎么解决了.
: 华大最近在美国的口碑还不错.9月和merck签了5年的service contract,然后和lily,
: pfizer都签了几个mil的合同. 项目的进展都很不错. 美国其它的竞争者,现在大一点的
|
s*********e
发帖数: 399 | 23 同学，我无意和你争执。 我主动说我在华大工作，就是避免因为我说的话有偏见，从
而误导了这里的同学和老师。如果我不提，光说bgi多好多好，至少还有个混淆视听的
作用吧。
至于“不是负责任的公司应有的态度“，我不过是辩解了一下bgi的差评问题，谈不上
你说的那么严重吧。至少，我上来说明我自己不是客观公正的。 我觉得我上来说明自
己的立场，才是负责任的做法。
对于bgi的差评，我这么看待这个问题，很多是双方面的，双方都有责任。我也举例说
明，有些时候确实是客户的责任。 没有客户会主动告诉你，“哎，这事儿，其实是我
自己错了“。 很多情况是双方都有问题，而只有对方的问题才会被提出来。比如说，
国内的回款率不超过50%。 换言之，有50% 左右的老师是赖账的。华大也怕了，现在
都是不全款，不释放数据。 有些老师就会说华大服务不好，但是他们就不会提及自己
没负完钱的问题。当然，很多老师不负全款是因为怕拿到的数据不好，钱负完了，就怕
没有办法在和华大协商解决了。这是国内社会上的一个通病，大家相互缺乏信任，没有
信用体制。 缺乏互信，导致双方的争执和不合。
华大现在整体的名声呢，在我这个员工眼里，我觉得还是越来越好的。08年国内的销售
额1亿，09年3亿，10年6亿。 说明越来越多的客户相信华大的服务。
在美国开展的业务，确实比较重视。所以在这里的同学老师，不用太担心质量问题。如
同华大基本不担心美国的回款问题一样。当然，华大也不可能保证100%的满意率.实际
上没有任何一个公司可以保证。版上前两天还有抱怨sigma的公司。我phd的时候买
invitroge的primer是坏的，导致我3礼拜的时间光作一个pcr，还做不出来。华大目前
一个人盯一个项目，尽最大可能保证中间环节不出问题，保证客户的利益。
实际上，华大在美国的业务是有保险的，如果万一项目有闪失，华大和保险公司会赔偿
损失的。
华大作为生物技术公司，进入海外市场，总会有各种各样的问题。希望诸位多鞭策，多
提意见。华大一定是珍稀自己名声的公司，会尽力解决问题。
1，2年前的项目，不知道还能不能追索。如果你能提供你朋友，客户的联系方式和项目
简介，email我站内邮箱。 我可以尝试帮助解决。
【在 j****x 的大作中提到】
: hehe，既然你在华大工作，那么我还能说什么呢
: 没有公司满意率100%，这个我同意，好比taobao上也没有100%好评的商户。
: 不过我这里关于BGI的差评实在是不少，我觉得这里玩偷换概念的没什么意义。
: 我说了，这是1-2前的情况。于是你把责任推到因为国内的老师难伺候。说实话，
: 这不是一个负责任的公司应有的态度。当然，你是代表你的个人观点。事实上这些
: 人我都很熟悉，有些还是我的客户，他们的要求都很合理，问题很明确，当时BGI
: 的测序质量确实很差，无论是传统测序还是NGS，这个“口碑”不是一两个人确立
: 起来的，几乎是共识了。
: BGI这两年也许在质控上作的好的多了，你比我有发言权，而且既然要开发国际市场
: 自然不能想对付国内客户的那种办法来应付，或者你说得，国际客户比国内的老师
|
j****x
发帖数: 1704 | 24 恩，我还是认同你这里所说的，但是很明显在上一个帖子中你一开始就把别人对BGI的
差评而且不是个别事例偷换概念成为没有公司是100%好评的，这在我看来是典型的诡辩
，之后又看到“国内的老师很难伺候”这样的表述，实在有点忍不住才会和你计较一下
，可能有点意气了，希望你谅解。
关于你所说责任是双方面的，我不否认你们遇到过很多麻烦。问题是，我这里的反馈，
直接是测序质量上的问题，以及相应的售后服务的问题，而且不止一次。部分数据我经
手过，所以我很清楚问题可能出在哪里。这里没有任何你所说的回款问题。而恰恰是这
些“优质客户”，往往没有得到应有的保障，这些朋友只好转向其他公司并得到了比较
满意的结果，所以在这里我也不方便提供他们的信息。我可以征求一下他们的意见，然
后和你沟通。
华大现在以公司的模式运营，而且如你所说业绩一直在稳步增长，我相信是有目共睹的
。当然，公司的声誉，想要树立起来需要花很多的时间，毁起来确实很容易的事情，相
信你们不会做国内国外客户区别对待的事情。
【在 s*********e 的大作中提到】
: 同学，我无意和你争执。 我主动说我在华大工作，就是避免因为我说的话有偏见，从
: 而误导了这里的同学和老师。如果我不提，光说bgi多好多好，至少还有个混淆视听的
: 作用吧。
: 至于“不是负责任的公司应有的态度“，我不过是辩解了一下bgi的差评问题，谈不上
: 你说的那么严重吧。至少，我上来说明我自己不是客观公正的。 我觉得我上来说明自
: 己的立场，才是负责任的做法。
: 对于bgi的差评，我这么看待这个问题，很多是双方面的，双方都有责任。我也举例说
: 明，有些时候确实是客户的责任。 没有客户会主动告诉你，“哎，这事儿，其实是我
: 自己错了“。 很多情况是双方都有问题，而只有对方的问题才会被提出来。比如说，
: 国内的回款率不超过50%。 换言之，有50% 左右的老师是赖账的。华大也怕了，现在
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t*d
发帖数: 1290 | 25 请问人的 RNA-seq 大概需要多少 coverage？能不能同时检测 RNA expression level
，alternative splicing 和 SNPs in expressed RNAs? 大概费用？
样品是送回国做吗？
谢谢！ |
A*****n
发帖数: 243 | 26 这个10K至少是以刀为单位吧？
【在 p******n 的大作中提到】
: 20G 5到8万太贵了，现在的cost是10k per genome (human),数据量是30x coverage,
: 就是100G。
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