K**********e 发帖数: 188 | 1 在细胞系里面敲掉某个基因,然后用新一代测序技术测mRNA, 跟野生型相比较,看看
有哪些基因转录上调哪些下调,上调下调多少倍,可以做吗?
是不是现在没有这样的软件可以分析测序出来的数据?
谢谢 |
A*****n 发帖数: 243 | 2 google RNA-seq
能用的软件包括ERNAGE,TOPHAT等
或者商用的如CLC Genomics Workbench
但是最好自己有点序列分析的知识。
【在 K**********e 的大作中提到】 : 在细胞系里面敲掉某个基因,然后用新一代测序技术测mRNA, 跟野生型相比较,看看 : 有哪些基因转录上调哪些下调,上调下调多少倍,可以做吗? : 是不是现在没有这样的软件可以分析测序出来的数据? : 谢谢
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K**********e 发帖数: 188 | 3 有咩有人做这样的工作啊?
举个例子吧?…… 我问人家 他们说做不了啊? |
K**********e 发帖数: 188 | 4 比如,比较突变体和野生型的转录本,有没有成熟的软件可以用,有没有人找到差异基
因、利用这个发表好文章(CNS)? |
l******n 发帖数: 520 | 5 看coverage不就行了?coverage多一倍的说明表达水平高一倍。用perl就可以了 |