能否用solexa测序找到差别表达基因呀? - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 能否用solexa测序找到差别表达基因呀?

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K**********e 发帖数: 188	1 在细胞系里面敲掉某个基因，然后用新一代测序技术测mRNA，跟野生型相比较，看看有哪些基因转录上调哪些下调，上调下调多少倍，可以做吗? 是不是现在没有这样的软件可以分析测序出来的数据? 谢谢
A*****n 发帖数: 243	2 google RNA-seq 能用的软件包括ERNAGE，TOPHAT等或者商用的如CLC Genomics Workbench 但是最好自己有点序列分析的知识。【在 K**********e 的大作中提到】 : 在细胞系里面敲掉某个基因，然后用新一代测序技术测mRNA，跟野生型相比较，看看 : 有哪些基因转录上调哪些下调，上调下调多少倍，可以做吗? : 是不是现在没有这样的软件可以分析测序出来的数据? : 谢谢
K**********e 发帖数: 188	3 有咩有人做这样的工作啊？举个例子吧？…… 我问人家他们说做不了啊?
K**********e 发帖数: 188	4 比如，比较突变体和野生型的转录本，有没有成熟的软件可以用，有没有人找到差异基因、利用这个发表好文章（CNS)？
l******n 发帖数: 520	5 看coverage不就行了？coverage多一倍的说明表达水平高一倍。用perl就可以了

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