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u***e
发帖数: 71 | 2 各位大佬，我们实验室发现某种激素能引起3个转录因子的相互作用 （IP and DNA
pull dwon），并协同激活基因A的表达。现在我们下一步想研究这个3个转录因子相互
结合的kinetics。这三个蛋白之中任两个的相互作用都有人研究过了。大家有什么建议
？谢谢~ |
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s*********t
发帖数: 600 | 3 我在研究一个转录因子。它作为转录因子在细胞核内的功能已经比较清楚了，而我发现
它主要在细胞质里面分布，纯化其在细胞质里面的interaction蛋白，发现其相互作用
蛋白主要是一个E3 ligase， Ubr4.
请教这样该如何进一步研究？还是说没有什么有意思的？
谢谢 |
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s*********t
发帖数: 600 | 4 那你做没做在细胞质的功能？如何入手？
谢谢。
我这个转录因子绝大部分都在细胞质里面呢，只有小部分在核内，奇怪。转录因子是在
核里面才有功能啊，放那么多在细胞质里面不是太浪费了咩 |
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n****3
发帖数: 543 | 5 想利用polyA trap 做基因打靶：long arm-PGK-neo-ires-EGFPFlpe-SD-short arm ，
target 细胞以前整合有Frt-stop-Frt RFP表达盒，平时不表达RFP. 如果转染FLPE表达
质粒，可以切掉stop片段而表达红色萤光。现在想利用polyA trap打靶方法将PGK-neo-
ires-EGFPFlpe－SD片段knockin到目的基因的内含子内. 如果打靶成功，该细胞将可以
表达双荧光，我想尽量减少我筛选打靶事件的工作
转入的片段尽管没有polyA,但启动子和融合蛋白的编码区是完整的，
questions: 那随机整合或瞬时转染会不会也能转录出mRNA(缺少polyA)？如能转录
，这个缺失polyA的mRNA会不会翻译出有功能的EGFPFlpe融合蛋白，并有可能激活红色
荧光蛋白的表达呢？ |
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f****n
发帖数: 67 | 6 使用dsRNA注射昆虫进行RNAi，然后qPCR检测，
dsRNA高温变性后可以反转录成cDNA，
我提取total RNA后不高温变性，直接反转录成cDNA，
不知道注入昆虫体内的dsRNA，会不会影响qPCR的结果。 |
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l******u
发帖数: 936 | 7 RT 实验影响转录水平的研究不仅仅在RNA Seq 中存在， 普通表达谱microArray中也有
，最好的方法是直接读RNA测序，还有的就是现在做转录的很好的工具 nanostring，
但是nanostring 不能做到 de novo sequencing 的很多东西。
trans
is |
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b***2
发帖数: 348 | 8 有问题吧。转录因子和要调控的基因在不在一条染色体上都有得一说吧。 |
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l********e
发帖数: 415 | 9 如前面版友所说，很多都在intron，不一定要upstream
一般情况下，看看TSS(transcription start site)前后20-50kb就差不多了。
结合evolutionary conservation和histone marks看。
题外话：
染色体间的转录调控，这个假说的确是存在的，不过好像还没有很充分的证据。 |
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e**e
发帖数: 166 | 10 我有个非模式植物的高尔基体上的蛋白在不同组织表达量不同。 对这个蛋白非常感兴
趣。 想调出直接调控的转录因子。 现在有transcriptome data. 不知道用酵母单杂交
调转录因子方法成功几率如何？ 国内有没有公司可以做？
thank you |
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s******y
发帖数: 28562 | 11 关键看看内参的差别有多大。如果内参的量做出来差别不超过四倍的话我觉得是可以用
的。
另外，反转录起始的RNA量说明不了什么的，因为很多都是不能被oligo-dT反转录的东
西(rRNA,tRNA, etc.)。 |
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l*******i
发帖数: 153 | 12 一个转录因子即可activate transcription，也可repress transcription。这很常见
。但某个转录因子对同一个靶基因，在不同的dosage下，分别具有activation与
repression的作用，这种情况常不常见？有哪些已报道的发现，与某些重要现象/
phenotype相关的？ |
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T*****e
发帖数: 247 | 13 谢谢你的回复！
我知道可以用Chip-seq或者Chip-chip来找。我不大确定怎么用RNA-seq来找。但这有个
方向的问题。如果已经有某个转录因子的chip-seq数据，那么也许可以。但还必须确定
组织特异性和时间是否吻合。但是如果是从enhancer找结合蛋白，难道大海捞针去看所
有chip-seq的数据吗？也许也可以。如果最终发现的是一个已知的转录因子的话。 |
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T*****e
发帖数: 247 | 14 你说的A转录因子是sequence-specific TF吧
A和X结合是physical binding？X是co-factor？还是X是某个酶？
当然有可能X结合A，抑制B转录
有几种可能：
1. X影响A的入核
2. X在特定条件下被load到A上，但是X是组蛋白修饰酶，改变B启动子区的
accesssibility
3. A正常要形成dimer才能结合B启动子，但是X抑制了这个dimer的形成
其他情况应该还有吧，暂时就这些 |
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g***j
发帖数: 40861 | 15 对一个genome， 是大部分转录都朝一个方向呢，还是两个方向转录的差不多一样多？
为啥？ |
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x********e
发帖数: 35261 | 16 你是问基因在哪个strand上的概率问题？ 从进化上看染色体的translocation和
inversion那么多，不会都朝一个方向的。一段DNA两条strand上都有基因都可转录的情
况也存在。 |
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g***j
发帖数: 40861 | 17 方向整个信息也对推导进化关系有用吧
为啥大部分DNA都只有一个转录方向，有点浪费啊 |
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x********e
发帖数: 35261 | 18 本来就是拼起来的，大方向没有任何意义啊。就像你把一段话剪成小片段打乱然后排成
一排，然后认字，字正着倒着都有可能。除非你统计出所有的字都正着，或者打乱n次
，每次正反比例都一样，那倒能说明有某种机制影响正反。
对于一段DNA来说，如果两边都能转录，那mRNA不是互补了吗？ |
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l****p
发帖数: 27354 | 19 不见得，我遗传学的不好，不代表其他不好。我初步的发现是，原核的promoter到了真
核细胞就哑火了，但真核的基因弄到原核里可以大量转录翻译，比如E Coli经常被人们
当牛做马，做合成蛋白质的苦力。 |
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发帖数: 1 | 20 这个基本不行，密码子不同通用
转录因子也不用一样 |
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d****o
发帖数: 32610 | 21 你真是学生物的吗
我高中水平也知道真核拿到原核里转录的是编码序列
promoter是质粒自带的 |
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l****p
发帖数: 27354 | 22 谢谢！我看了你推荐的 plasmid 101,里面一个帖子在promoter specifity中提到，原
核promoter在真核中不行，看来是一般规律，而非绝对规律。
我用玩具矿车打比方给你解释一下吧。转录就是小车(RNA Pol)在轨道(DNA template) |
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C**********e
发帖数: 23303 | 23 我的意思就是说能不能设计一种方法用在生物的DNA上
保证复制和转录不出错误
比如复制错误 就重新复制 直到完全正确为止 |
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C**********e
发帖数: 23303 | 24 数字化时代的信息复制就可以做到 100% 一样啊？
我的意思就是说能不能设计一种方法用在生物的DNA上
保证复制和转录不出错误
比如复制错误 就重新复制 直到完全正确为止 |
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l**s
发帖数: 9490 | 25 作者 lkcs (缤纷之狼) 看板 HatePolitics
标题 Re: [转录] 石之瑜：「一五新观点」是在打什麽牌？
时间 Wed Apr 8 09:13:40 2015
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38
38
38
这种想法是典型的台湾人一厢情愿，而且钻进了牛角尖
张子强绑架了李嘉诚的儿子，李嘉诚也是乖乖谈判给钱，除非想直接打仗
问题是，这样做符合张子强的利益吗？这是有疑问的，很多人都不想做张子强
台湾的利益究竟在什么地方？每个人都可以有自己的答案
柯文哲的答案是清晰的，民主自由，三万美金
空心菜的答案是什么呢？没有人知道
空心菜没有思想，没有立场，她只想要获得权力，却说不清楚拿权力来办什么事
废人至少也会说，四不一没有是我上届政府的政策，我连任以后也不会改变
废人也知道要说出来，要有承担，后来他背信弃义违反承诺，于是被关到漏尿
之前台北市长，很多人说连胜文躺着选，但连胜文并没有躺着选，他也要说话的
在圆环说双核心，在内湖南港说副都心，在士林北投说这里能帮台北GDP翻一倍
他一... 阅读全帖 |
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l**s
发帖数: 9490 | 26 作者 lkcs (缤纷之狼) 看板 HatePolitics
标题 Re: [转录] 洪秀柱於中常会参选理念之说明全文
时间 Wed Jun 10 18:29:11 2015
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台湾人说她新党化了，这个说法是对的，这是1994年赵少康的翻版
台湾人又说她空心，这个说法也是对的，全文看下来没有什么有用的内容
国民党今天的问题，其实是这个党自古以来的问题，从来没有改善过
贪腐，这是第一；第二，政策的红利不能惠及基层大多数人民
这篇发言完全回避了这两个问题，别说解决方案，根本就是假装不存在
唯一的亮点大概就是“反核”这段，总比用爱发电好那么一点点
别的没啥了，可见这个人对政治，是个外行
→ kkabenson: 他参选背後的力量本来就是红统 06/10 18:31
→ kkabenson: 想说必输 不如测试台湾红统挂KMT可以捞多少票 06/10 18:31
台湾的政治和选举，从来不是以台湾利益为优先，而是为了其... 阅读全帖 |
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a******g
发帖数: 129 | 27 bob们太年轻了。故事会从195x年开始，除了介绍一下重大发现外，主要8g一下大牛们
，不过最近比较忙，所以会拖的比较长，希望大家谅解，先贴个大刚。
1.原核时代
2.操纵子模型
3.真核时代
4.核小体
5.组蛋白，转录，epigenetics及其他 |
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l*********i
发帖数: 332 | 28 转录的文章是要顶的！
这么多年了，终于又有人写这种文章了，哈哈哈哈。
跟着俺的老路走，看来你有朝一日也会被人肉地，不过trust me, it doesn't hurt
that much. |
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a****o
发帖数: 1786 | 29 这是鸡生蛋还是蛋生鸡的问题
前些年有些人提出histone code
认为histone modificaitons编码了regulation informaiton of transcription
但是有些人认为，histone modification是transcription factor recruitment和转录
的结果，虽然histone modificaitons对维持这种状态又作用，但不是动因 |
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e**r
发帖数: 1144 | 30 只是检测mrna水平的话会受rna半衰期影响吧
有什么其他的方法可以定量转录活性? |
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s******n
发帖数: 233 | 31 知道一个基因的promoter序列，想知道那些转录因子调控它的表达，网上一些软件预测
太简单，请高手们推荐一些好的软件和方法，谢谢！ |
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s******n
发帖数: 233 | 32 太多转录因子了，一开始还是用软件预测一下较好吧？！ |
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k****o
发帖数: 589 | 33
These
genes.
rescue
请教一下你所说的rescue实验。假设对于某个基因，有另一个起补偿作用的转录因子存
在导致
insertion mutant不具有明显缺陷，该怎么办？ |
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N*****h
发帖数: 324 | 34 同一家族的两个转录因子，比如我现在正在读论文学习的HIF-1和HIF-2 (hypoxia
inducible factors)，两者的DNA结合序列也是一致的(share the same hypoxia
respose element), 但是调控的下游基因不同。请问各位生物大牛这个是如何实现的啊
？十分感谢。 |
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b******s
发帖数: 1089 | 35 转录因子还可以在细胞间移动起non-cell autonomous functions |
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c***y
发帖数: 615 | 36 3'端的报道好象很少。最近把一段3'段序列连到luciferase 3'端，与相应的转录因子
共同转化细胞，好像还确实影响luciferase 的表达。该怎样分析可能的机制？多谢 |
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s******y
发帖数: 28562 | 37 这个不太可能是反转录的问题，更可能的是你克隆PCR的问题，
因为９k有点长的，一般的酶没有那么processive |
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I*********r
发帖数: 8 | 38 在反转录时，不适用random primer，直接使用你的primer，是否可行？ |
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h**********8
发帖数: 650 | 39 ChIP-seq是正途
如果已知的转录因子的话，可以试试ecr browser online database。
如果还有感兴趣的基因启动子序列，也可以ctrl f, 呵呵，我曾经手工比对过，居然也
找出来了，有闲情闲时间的话，你也可
以试试。 |
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e********r
发帖数: 147 | 40 不想用所谓生物信息的方法预测，请教一般通过什么实验来筛选这个转录因子？ |
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V***b
发帖数: 3419 | 41 很多文章一旦qPCR发现某个基因的mRNA水平高，就断定是transcription水平的调控。
好像也没有人去细究这些。其实mRNA 3' 端结合很多蛋白来调控mRNA的稳定性，保持不
被降解，从而在转录水平不变的情况下，mRNA水平上升。大家说说如果mRNA水平高，还
有哪些可能性造成？
另外就是如何设计实验区分这两种可能性呢？ |
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V***b
发帖数: 3419 | 42 谢谢各位。这个nuclear run-on不错，检测transcription rate，而不是像qPCR那样只
检测transcript expression level。我在想反应时间应该很重要，时间长了，比如6个
小时，mRNA肯定游走出细胞核，mRNA的稳定性也会影响信号强度，最后的结果就不好解
释了。反应时间短的话，10分钟，信号会弱的看不到，实验难度就会太大。谁了解mRNA
转录，转移，降解的大致时间点？谁有这个实验的protocol？ |
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k****o
发帖数: 589 | 43 人源细胞中，如果两个转录因子的结合位点相距2kb，它们还有可能发生physical
interaction并触发transcriptional cooperation吗？如果相隔很近，只有20bp又会如
何？ |
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h****n
发帖数: 2552 | 44 我做那个转录因子也差不多这样，有事胞核有时胞浆，在胞浆内会被泛素化讲解 |
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s*********t
发帖数: 600 | 45 嗯嗯，十有八九就是这样的。
既然如此，是不是就不值得研究了啊？我们这主要是研究转录因子在stem cell的功能
，主要做ChIP seq。
如果是在细胞质里面，又和E3在一起，是不是功能就显而易见了，不值得花时间去研究
啊？
如果值得研究，意义何在呢？如何入手？
谢谢！ |
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D******9
发帖数: 2665 | 46 最近在做一个研究转录因子的靶基因课题， 用siRNA后48小时， 蛋白只剩了不到10%，
然后用Affimatrix array比较non-target control siRNA knock-down 对照后， 看可
能的靶基因。 结果只有几十个基因变化大于1.5-fold。
是人的primary cell, 大家有啥好建议， 谢谢了。 |
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D******9
发帖数: 2665 | 47 我这个序列就是alignment出来的， CTGTAATCCCA， 想知道哪个转录因子能结合它。
用了GENOMATIX的几个软件， 都不行。
谢谢楼上两位。 |
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u**********d
发帖数: 573 | 48 pseudogene即使转录，也应该在序列上有很多变异吧
exon6
intron5 |
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d*******n
发帖数: 6 | 49 我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且
距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？ |
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K**4
发帖数: 1015 | 50 你用A 的转录结合位点在整个基因组上搜索
会找到非常多的hits，其中很多是false positive。
对于你这个情况，如果单单是基于出现的这两个位点而提出假设，往往很危险。 |
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