l*****m
发帖数: 98 | 1 RT-PCR后酶切,产物2.3kb,跑胶后提纯,浓度很低(5ng/ul).载体酶切,跑胶后提纯(15ng/
ul).连接一个小时,转化.有两个菌.其中一个菌不对.另外一个有一个突变.pcr产物测序
没有问题.请问怎么解决?谢谢. |
|
d***y
发帖数: 8536 | 2 跑胶后提纯。。。看胶的时候UV light对DNA会有损伤的。直接purify后，测序试试看 |
|
s*******r
发帖数: 92 | 3 搞下一代基因组测序怎么样？ 有一个老板在招千老，不是很了解这个方向，请教各位
高人。
谢谢。 |
|
s*******r
发帖数: 92 | 4 没有bioinformatics背景，就分子生物学专业博士毕业。
不知道搞“下一代基因组测序”都是干什么？
请高人指点。谢谢/ |
|
s*******r
发帖数: 92 | 5 “下一代基因组测序”的千老就是干wet lab work？
干这个以后能在工业界找到工作吗？
请您指点？ |
|
w******y
发帖数: 8040 | 6 你可以做基于二代测序的新生物技术开发
不过容易的和应用广的早被搞完了 |
|
c******r
发帖数: 3778 | 7 测序很简单，就是run 4一个single round的pcr，然后每个pcr中在正常actg里面分别
混上一部分modified了的a，c，t，g。这些modified actg一旦被嵌入dna中就无法继续
延长。因此产生了每一个base pair都有一个长度的pcr产物向对应。这样把4个pcr产物
分别跑胶就可以知道停在那个位置就是哪个碱基了 |
|
|
e**r
发帖数: 1144 | 9 我记得08年就有个公司搞高通量测序
现在好像已经在卖了 |
|
|
|
j****x
发帖数: 1704 | 12 这个位点在测序结果中的什么位置？不是在首尾两端吧？ |
|
O******e
发帖数: 4845 | 13 对他自己作用很有限；但对现在和将来的癌症病人或许就有很大的帮助。
如果他当时测序找到了一些常见的有药物可以治疗的突变，那他的生命就又可能被延长
很多了。 |
|
j*****d
发帖数: 787 | 14 他出钱测序的可能性还是很小吧，不过也不贵，才一万。
问题是他乐意公布这一类隐私，才可贵。 |
|
j*****d
发帖数: 787 | 15 死的那天肯定在想，被忽悠了，就算整基因组测序，其实也真没有什么用处。 |
|
X***y
发帖数: 3947 | 16 癌细胞基因组被测序了对我们有什么现实意义？
改变基因组顺序对成人来得急吗？还是只能培养替代部件？或改善下一代？
cancer
openly |
|
e*******e
发帖数: 2 | 17 现在手头上有个 patient sample 是一种 rare cancer. 请问一下有相关经验的人,
如果给这个sample 做个100x genomic测序,把所有的存在的突变搞清楚,有无重大意义?
主要担忧是只有单一样本,出来的结果没有统计意义,下一步不好继续研究真正的致病
基因. 同时,想请教正常组织或细胞是不是也有些随机突变? 那样的话给结果带来的干
扰就更大了 |
|
f**********e
发帖数: 1994 | 18 给组织／瘤测序 coverage 也不能太小。在瘤里边很大部分的细胞还是正常的，所以要有
够深的 coverage 才能至少测到一次坏细胞的 genome. |
|
s******a
发帖数: 472 | 19 碱裂解法提取的质粒能不能直接送测序呢？就是不过柱子的那种
我觉得可以，但是我的supervisor说不行。费半天口舌才让我送两个样本试一下。
他的理由是里面有细菌的genomic DNA和很多蛋白质，我怎么觉得站不住脚。 |
|
s******s
发帖数: 13035 | 20 btw, 想当年国内抽质粒哪有柱子用啊，不是照样测序？ |
|
b******n
发帖数: 4225 | 21 当然可以啦，测序是需要引物的，特异性主要靠引物来保证 |
|
s******a
发帖数: 472 | 22 谢谢。不然我会觉得自己太蠢。
可惜我没有测出来（不过我发现我用测序引物做PCR也是出2条带，我觉得这个应该是原
因）。
不过“他”坚持认为是我没有做纯化，“他”认为不过柱子就不是纯化。 |
|
s****l
发帖数: 10462 | 23 我知道深度测序的精确度会随被测的目的基因改变，举个简单的例子就是一段序列比如
ACGTGGGGGGGGGGGGCTGAC，用454 or Ion来测，精确度或者说准确度肯定会比
ACGTGTACGTCGTACACCGTA要糟糕得多。
但是这不是我想问的，我更想知道除了这种很显然的这两家的技术上的限制之外，有没
有什么原因会导致跨技术平台的精确度的降低。 |
|
s*********e
发帖数: 399 | 24 谁能估计一下nonopore估计测序什么价格？
小的那个大概$500－1， 000一个G
大的呢？ |
|
|
s****l
发帖数: 10462 | 26 我的理解是样品中的核酸分子会不停的进出蛋白孔，如果没有降解的问题，只要有足够
长的时间，就可以产生足够多的序列信息，因为测过的分子还有重新来过。然后通过
assembly，可以得到统计一一上的正真序列。所以看它的介绍里面是说，你要设定一个
统计目的，然后让gridion/minion去测，当达到了你设定的可信区间，这个测序就完成
了。 |
|
b****r
发帖数: 17995 | 27 sample amplification不是为了纠正错误吧？我记得一个是为了增大样品量，一个是为
了在amplicon两头加adaptor。amplification怎么纠正错误，你可否解释一下？
exonuclease干嘛用我确实也没看到，也许是把Mb级别的DNA搞成几十KB的，好一次测一
条吧
“某个 strand 通过测序之后被重复测的几率很低很低”，我在楼上帖解释了我的看法。
一个finger stick，那白细胞确实太少了，我不认为现在任何技术能很好地对其进行高
质量的NGS
nanopore
single |
|
f*******e
发帖数: 628 | 28 文章说，Only about 0.001% of the starting DNA is processed。这才是他们号称不
消耗，可以做完之后还回收做别的。这样一个几率，比如你的例子，20000 个 copy,
只有 0.2 个分子有机会被测序到。所以这样一个 input，至少需要等 5x 的更长时间
，才可能被 process 到。而因为他们的 error rate 高，需要更高的 coverage, 所以
真正需要的时间更长。这样算一下，他们的 throughput 也有待提高。只处理 0.001%
的 starting material 感觉并不是什么好事，需要测的 target molecule 的丰度足够
高才行，量大都没用。
nanopore 通过的机制，感觉好像是通过 motor enzyme 来 ratchet，通过机械手段大
概不太能够做得足够小。 |
|
e***o
发帖数: 344 | 29 借宝地帮朋友发个贴：
擅长电镜、多光子激光共聚焦显微镜、新一代测序设备、气（液）相色谱等大型仪器设
备的专门人才；
要求有支撑相关研究在国际顶级期刊发表论文的经历（不要求第一作者），比照楚天学
者(好像是学校工资+10万补助)提供相应待遇。
站内联系！ |
|
A*******e
发帖数: 284 | 30 请问现在通用的NGS测序，得到的reads的准确性有多高？ 有99%吗， 有没有这方面的
数据或文献， 多谢 |
|
m******5
发帖数: 1383 | 31 在排除样品质量的情况下
用RNA ligase mediated 5'RACE得到的transcription starting site和最早报道的用
cDNA library测序得到的starting site很不一样 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 32 既然你的plasmid 都整合进去了，一般就是直接用WB 来确认整进去的蛋白是否表达更
直接，
然后同时挑个特征序列做个genotype就好了。
chromotin DNA 测序很麻烦的，一般不到万不得已不会做。（比方说出了很奇怪的表状）
amplify |
|
C********4
发帖数: 308 | 33 二代测序，现在你要是不做这种实验，就落伍了。
可是蛋白质还是停留在质谱；即使有了定量质谱。
可是高通量分析蛋白质，灵敏度、更简单的定量手段 都没有进步！ |
|
C********4
发帖数: 308 | 34 搞技术流的人，怎么不开发新的能高通量、定量（不需标记）、灵敏度高的分析蛋白质
的技术
要是有这样的技术，得能和二代测序一样，大大推动发展吧 |
|
C********4
发帖数: 308 | 35 嗯，是没法用二代测序技术的思想做蛋白质
但是不要局限于老的思想啊，打开思路 。。。 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 36
好像没有。。。主要是这块骨头太难啃。。。牛叉的人都跑去搞基因测序了
因为比较容易而且来钱快。 |
|
a*****x
发帖数: 901 | 37 我在想最近的Aptamer技术，可以用DNA特异性识别蛋白。如果可以把这个解码出来，应
该就可以高通量蛋白测序了。 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 38 因为其实就是一个抗体库，用来检测蛋白表达应该可以，用来真正测序则有难度，
特别是因为蛋白会折叠，所以很多地方是检测不到的。如果用trpsin digestion
然后把切出来的小肽用来做底物的话，则复杂度大大增加。 |
|
q****r
发帖数: 26 | 39 生物信息硕士。博士是生物物理方向，主要做分子动态模拟，自由能计算相关的课题，
有五篇一作的文章，影响因子不高（2-4）。熟悉linux，以及脚本编程。用java写过一
些中小程序。感觉蛋白结构方向发展已经比较局限，想转目前比较热门的NGS测序数据
分析和软件开发方向，但没有相关的publication。求问转行是否靠谱，如何获得NGS方
向的博后offer，或者其它好的建议？万分感谢！ |
|
s******9
发帖数: 283 | 40 "转目前比较热门的NGS测序数据分析和软件开发方向"
要有预见能力和具体计划。大家都看得见的或者容易的方向一般都饱和或快饱和了。对
于postdoc而言，programming的能力只是其中一环。 |
|
q****r
发帖数: 26 | 41 你的意思是NGS测序数据分析和软件开发方向很快就饱和了？我现在还看不太出哪个方
向位置更多一点。求指点？
最近看了NGS相关的文献，对这一块基本有了了解。具体转的话应该需要有project做才
行吗，不然根本就不知道怎么下手，如何做规划？
能否再讲的细点，除了programming外，什么方面的能力对博后更重要呢？ |
|
q****r
发帖数: 26 | 42 生物信息硕士。博士是生物物理方向，主要做分子动态模拟，自由能计算相关的课题，
有五篇一作的文章，影响因子不高（2-4）。熟悉linux，以及脚本编程。用java写过一
些中小程序。感觉蛋白结构方向发展已经比较局限，想转目前比较热门的NGS测序数据
分析和软件开发方向，但没有相关的publication。求问转行是否靠谱，如何获得NGS方
向的博后offer，或者其它好的建议？万分感谢！ |
|
s******9
发帖数: 283 | 43 "转目前比较热门的NGS测序数据分析和软件开发方向"
要有预见能力和具体计划。大家都看得见的或者容易的方向一般都饱和或快饱和了。对
于postdoc而言，programming的能力只是其中一环。 |
|
q****r
发帖数: 26 | 44 你的意思是NGS测序数据分析和软件开发方向很快就饱和了？我现在还看不太出哪个方
向位置更多一点。求指点？
最近看了NGS相关的文献，对这一块基本有了了解。具体转的话应该需要有project做才
行吗，不然根本就不知道怎么下手，如何做规划？
能否再讲的细点，除了programming外，什么方面的能力对博后更重要呢？ |
|
t*****2
发帖数: 213 | 45 问题是ngs这风马上就结束了啊，哪有那么多病需要做测序的？测完了就完了，不会有
第二个人再做一样的病。 |
|
b******k
发帖数: 2321 | 46 她老板做这个还要更早吧 hoho 不过委实不用直接测序这么高科技 |
|
f*******e
发帖数: 628 | 47 有意思。那科普一下，无人操作情况下如何从含 dna 的样品直接测序啊。ion torrent
还是要建立 library 和扩增吧。 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 48 这个不是关键。关键是我们凭什么认为火星生命一定要用DNA? 而且还是和
地球生命类似的碱基？
其实现在连火星上到底含不含有机物质都不知道，居然就这么直接跳过去抓
一把土测序？我想这个就是小狐狸妹妹发笑的原因吧？
torrent |
|
f*******e
发帖数: 628 | 49 他们既然这样想，我认为还是有一定的根据和推导的吧。比如有机和无机的分别，也不
一定在火星上面适用啊。
也许并不是要DNA测序，而只是希望能找到和鉴定DNA类似的遗传物质。 |
|
|
