t*******k
发帖数: 87 | 1 困扰很久了，想请教做ubiquitin的大牛：
把纯化的ubiquitin单体SDS电泳，考染一条带没问题，但用ubiquitin抗体做western，
总有一条大小为diubiquitin的条带出现，关键是这个条带在后续的pulldown实验中被
富集，不知道ubiquitin是不是能够自动聚集成多体啊，可能是非共价连接吗？谢谢 |
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g*****n
发帖数: 241 | 2 我觉得我做的一个E3 ubiquitin ligase可能可以ubiquitinate另一个蛋白，想做个In
Vitro Ubiquitin Assay验证一下。但我们实验室不做相关的实验，想找大家推荐一个
性价比比较高的kit。
谢谢 |
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m******h
发帖数: 32 | 3
＃＃不是大牛，但是跑过这个胶，呵呵，＃＃
＃＃我用12％的胶也没有带，后来换到15％就看见了。＃＃
但用ubiquitin抗体做western，
被富集，
＃＃关键是看你用什么来pulldown吧？＃＃
不知道ubiquitin是不是能够自动聚集成多体啊，
＃＃应该不会吧，没有酶催化的话。＃＃
可能是非共价连接吗？谢谢 |
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s******y
发帖数: 28562 | 4 Millipore anti-ubiquitin, Cat MAB1510
So far the best anti ubiquitin antibody I have tested. |
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v***a
发帖数: 1242 | 5 请教大家：
如果一个蛋白发生ubiquitin-mediated的降解，这时候跟它结合的蛋白也有可能进入
ubiquitin-mediated degradation pathway吗？
谢谢～ |
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v***a
发帖数: 1242 | 6 谢谢哈。ubiquitin方面的我不是太懂。有没有可能ubiquitin导致结合的蛋白一块
internalized，然后也进入endosome了？ |
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s******8
发帖数: 233 | 7 请问为什么ubiquitin的gene name 是HMG２０？
UBC ubiquitin C [ Homo sapiens ]
also known as HMG20
这在起源上和HMG２０A， HMG２０b 有什么关系吗？ |
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f*****f
发帖数: 195 | 8 即，不转染Ub，内源蛋白WB就既可以看到被ubiquitination条带。
有没有这样的例子？
好像sumo化也是这样，paper上一般都是过表达Ub或SUMO后，再看ubiquitination和
sumoylation强度 |
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s******y
发帖数: 28562 | 9 Mono-ubiquitination 应该有。比方说Histone H2b.
Poly-ubiquitination 就比较麻烦。除非你先把proteasome 给堵了。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 10 >有可能在不同的条件下可以变换被ubiquitination的位点(从一个lysine换到另
一个lysine)。
Yes, pls check PMID 22588506,
HTTP double dot//www.weizmann.ac.il/sb/faculty_pages/Levy/sites/weizmann.ac.
il.sb.faculty_pages.Levy/files/c2mb25052g.pdf
or
Hagai T et al., (2012).
The origins and evolution of ubiquitination sites.
Mol Biosyst. 8: 1865-77.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22588506
its Fig. 3 attached here. |
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t*******k
发帖数: 87 | 11 或者，有没有人看到文献提到ubiquitin经过100C加热会dimerize呢？
抱歉，问题太专业了，和本版气氛不太和谐， 呵呵 |
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O******e
发帖数: 4845 | 12 How did you purify your oligomeric ubiquitin? No contamination of dimers or
higher forms? |
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m**********e
发帖数: 1045 | 13 If it is?
How am I not be able to search the E3 from Pubmed?
I checked BCL-x in hela, the expression level is too low to detected, so
how can I use MG232 to find the smear ? (ubiquitination band?)
Thank, folks |
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s******y
发帖数: 28562 | 14 我不知道这个蛋白是否会泛素化。
但是，蛋白泛素化一般是不能直接看到smear的，因为泛素化的比例一般都不超过该蛋
白的1%。要看smear一般需要同时transfect 6His-Ub, 或者HA-Ubiquitin,
然后要么pulldown his tag and then use your protein antibody to check the
smear, or pulldown your protein and then use HA antibody to check the smear |
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m**********e
发帖数: 1045 | 15 THank you for inputs.
the overexpress BCL-xl and HA or FLag tag , then IP is a way to get to
confirmed, I am going to try it later!
Since MCL-1 belongs to BCL-2 family and get ubiquitinated,
one have reason to believe BCL-2 and bcl-xl will get the same way, but it
just didn't have chance to get discovered. |
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w**f
发帖数: 38 | 16 I want to check endogenous protein ubiquitination. Does anyone have good
protocol to share? Or any good ubiqutin antibody to recommend? thanks. |
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t******y
发帖数: 716 | 17 IP目的蛋白后，用anti-Ub的抗体，western检测。或者直接纯化目的蛋白，用in vitro
Ubiquitination assay检测，biomol有卖in vitro的试剂盒。 |
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c**l
发帖数: 319 | 18 Is there anybody to attend 2012 Keystone Ubiquitin Meeting at Whistler,
Canada this March?
I am looking for a Chinese man to share my hotel.
If interested, please contact me.
Thanks. |
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o**d
发帖数: 3080 | 19 for total ubiquitin, I use anti-ub antibody from santa cruz (P4D1).
Would you describe more about your experiment? |
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s******y
发帖数: 28562 | 20 对于 endogenous Ubiquitin 我用过最好的是 Millipore (MAB1510) |
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s******8
发帖数: 233 | 21 UBB and UBC are different genes, they are in different chromatin.
Both encodes ubiquitin.
My question is: why UBC is also called HMG20. What is the relationship
between HMG20 and HMG20a and HMG20b. |
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s******8
发帖数: 233 | 22 according to NCBI, UBB and UBC both encode ubiquitin gene.
What is the differenct between UBB and UBC, they are in different chromosome?
UBC is also known as HMG20. what is the relationship between HMG20 and
HMG20a and HMG20b? |
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n********k
发帖数: 2818 | 23 in a way, I could choose Sunny or her:) former boss over the Sumo or
ubiquitin stuff |
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F*K
发帖数: 608 | 24 想研究Ubiquitination对一个蛋白定位是否有影响，但不知道其特异的E3 ligase，也
没有map Ub的修饰位点，请问有什么办法可以快速的测试一下？ |
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S******e
发帖数: 393 | 25 假如一个蛋白可以被泛素化，包括mono, multi-mono, or ub-chain,
那么泛素化的位点(lysine)在这个蛋白上是固定不变的吗？
还是说有可能在不同的条件下可以变换被ubiquitination的位点(从一个lysine换到另
一个lysine)。
Thank you. |
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S******e
发帖数: 393 | 26 假如一个蛋白可以被泛素化，包括mono, multi-mono, or ub-chain,
那么泛素化的位点(lysine)在这个蛋白上是固定不变的吗？
还是说有可能在不同的条件下可以变换被ubiquitination的位点(从一个lysine换到另
一个lysine)。
Thank you. |
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p*****c
发帖数: 20445 | 27 Michael Rape, Ph.D.
University of California, Berkeley
Michael Rape’s love of science began in the basement of his parent’s house
, where he used to conduct rudimentary biochemistry experiments. Today, he
uses far more sophisticated methods to understand a complex process critical
to nearly all organisms: ubiquitylation. The term describes the attachment
of a regulatory protein called ubiquitin—named for its ubiquity—onto other
proteins. Ubiquitin tags communicate a wealth of information to the ... 阅读全帖 |
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w***7
发帖数: 1637 | 28 宋的文章够了，experience不够让人信服。
宋的博士学位在中科院拿的，在us做了3-4 年postdoc。宋在us 待的时间太短，对美国
博士培养体制和科研体制先进之处了解得可能不够。一同面试院长的有几个candidate
文章比宋好。武大可能是看到宋在中科院当个官，搞个管理就把it请过来了。武大应该
找一个在美国拿个PhD，然后在us 做postdoc后海归的当院长。
宋自己的科研做得很好，但对宋领导一个院做出像样的改革，大幅提高整个院科研水平
不太看好。
http://www.bio.whu.edu.cn/News_reads.asp?cid=174&id=2574
学习经历：
1993－1997 南京大学生物科学与技术系，学士
1997－2002 中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所，博士
主要工作经历与任职情况：
2002－2005 美国德克萨斯大学西南医学中心，博士后
2005－2014 中科院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所，研究组长，研
究员，博士生导师，“百人计划”择优支持，“百人计划”终期评估优秀。分子生物学
国家重点实验室... 阅读全帖 |
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w***7
发帖数: 1637 | 29 宋的文章够了，experience不够让人信服。
宋的博士学位在中科院拿的，在us做了3-4 年postdoc。宋在us 待的时间太短，对美国
博士培养体制和科研体制先进之处了解得可能不够。一同面试院长的有几个candidate
文章比宋好。武大可能是看到宋在中科院当个官，搞个管理就把it请过来了。武大应该
找一个在美国拿个PhD，然后在us 做postdoc后海归的当院长。
宋自己的科研做得很好，但对宋领导一个院做出像样的改革，大幅提高整个院科研水平
不太看好。
http://www.bio.whu.edu.cn/News_reads.asp?cid=174&id=2574
学习经历：
1993－1997 南京大学生物科学与技术系，学士
1997－2002 中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所，博士
主要工作经历与任职情况：
2002－2005 美国德克萨斯大学西南医学中心，博士后
2005－2014 中科院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所，研究组长，研
究员，博士生导师，“百人计划”择优支持，“百人计划”终期评估优秀。分子生物学
国家重点实验室... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 30 有啊。
Proc Natl Acad Sci U S A. 1995 Nov 21;92(24):11259-63.
Signal-induced degradation of I kappa B alpha requires site-specific
ubiquitination.
Scherer DC, Brockman JA, Chen Z, Maniatis T, Ballard DW.
Source
The inhibitor protein I kappa B alpha controls the nuclear import of the
transcription factor NF-kappa B. The inhibitory activity of I kappa B alpha
is regulated from the cytoplasmic compartment by signal-induced proteolysis.
Previous studies have shown that signal-dependent phosphorylation ... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 31 我也正想说这个呢。
可以在N-端放Ubiquitin sequence（和SUMO是一样的道理）, 然后后面放楼主要用的序
列，然后如果在真核里表达的话，Ubiquitin 可以直接被细胞里的酶切除，就露出后面
的氨基酸了，这样就不需要从Met 开始了。而且这种方法在理论上不会影响后面跟着的
多肽的折叠。但是要注意的是这种方法不能做出Pro开头的多肽，因为会切不掉。
如果是在细菌里表达的话，既可以同时表达一个ubiquitin hydrolase,也可以纯化之后
再和ubiquitin hydrolase反应。如果要求纯度更高的话，还可以用anti-ubiquitin 来
除去没有切掉的蛋白。 |
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c******a
发帖数: 267 | 32 没想到去年才在板上感慨了一下james chen的过人之处，今年他就院士了。
我就把去年的贴里找点出来重新贴一下吧。
GAS当然很重要，但是文章去年才发，对于他评院士应该不是最重要的贡献。
个人觉得他最重要的发现是发现ubiquitin signaling不光可以诱导蛋白降解，也可以
激活信号通路，而且是一个非常general的mechanism.最早他是在NFkB领域提出的。而
那个时候IkBa的ubiquitination导致IkB降解已经是非常经典的机制，所以当时他的理
论被认为是匪夷所思，被一帮老学霸如MK等打压。后来被多个实验室证实，而且在其他
信号通路比如DNA damage response中也是一种非常普遍的机制。
以下为去年老贴部分内容：
“说起james chen, 确实是一个低调的牛人。同所的xiaodong wang几乎在华人中无人不
晓了，而JC可能只有领域内才知道。几年前jc得过一个welch chemistry award, 这个
是个人成就奖，奖金好像30还是50万刀，记得当时UTSW的校长对其充满溢美之词，说诺
贝尔奖发给那几个发现ubiquitina... 阅读全帖 |
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p****g
发帖数: 5 | 33 想把ubiquitin通过C端连接到另外一个protein上。把ubiquitin的C端loop最后一个残
基突变成了Cystein，把目标蛋白表面也突变了一个地方成Cysteine。
都是带His-tag，用镍柱纯化，纯化的时候都用了TCEP。到最后把两个蛋白都换进一个
没有还原剂的buffer，然后dialyse 过夜。结果每次都发现cysteine活性很低，只有少
数的目标蛋白连上了ubiquitin。更不解的是ubiquitin自己应该很容易形成di-
ubiquitin，但这个形成的都不多。
各位前辈有没有过这方面的经验，能不能提供一些建议？多谢多谢
（我想到的是Cysteine已经被提前切掉了。或者被氧化成了非二硫键的氧化产物，比如
sulfinic acid...） |
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s******y
发帖数: 28562 | 34 你的老板是对的，看到带升高未必就是走ubiquitin pathway, 不过倒也
不需要用S35 （用了也未必有说服力，因为高分子量的smear未必就是ubiquinylated
band，审稿者要挑毛病还是很容易的）
你可以在MG132 处理（以及对照）的情况下直接pulldown IkBalpha, 然后用anti-
ubiquitin直接来看pulldown product 上的ubiquitin signal。至于抗体，推荐你用
Millipore monoclonal anti-ubiquitin。 这个方法就比较无可挑剔了，也不涉及放射
性。 |
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w***r
发帖数: 709 | 35 Lin HK, Bergmann S, Pandolfi PP (2004) Cytoplasmic PML function in TGF-beta
signaling. Nature. 431, 205- 211. News and Vews by Le Roy C. and Wrana J. L
(2004) Nature. 431, 142. Commented by Kotz J (assistant editor of Nature
Chemical Biology) (2004). Selected as a Featured Article (Sep 2004) in
Nature Signaling Gateway from Nature publishing group.
Lin HK*, Wang G, Chen Z, Teruya-Feldstein J, Liu Y, Chan CH, Yang WL,
Erdjument-Bromage H, Nimer S, Tempst P, Pandolfi PP* (2009) Phosphorylation-
de... 阅读全帖 |
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a******g
发帖数: 71 | 36 你再提供点实验过程和kit的具体信息。看不到ubiquitination，p53总看得到吧，是不
是level一点都没变？ubiquitin也是，总看得到free ubiquitin吧？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 37 plus
avoid autocatalytic N terminal or C terminal Ubiquitin/proteasome-GFP
otherwise no positive results from autocatalysis happened.
please refer:
N terminal autocatalytic Ubiquitin/proteasome
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22183254
Proteasomes and protein conjugation across domains of life
(2011)
>These active sites are exposed after autocatalytic removal of N-terminal ...
>site
or
C terminal autocatalytic Ubiquitin/proteasome
HTTPS://www.uni-hohenheim.de/www260/pdf/planta220.pdf |
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l**********1
发帖数: 5204 | 38 Bingo
it was from
更新时间： 2001-June-12
在美国当教授的北大毕业生(部分)
//www.gotopku.cn/data/detail.php?id=1974
----
Recent 2007 database please try:
[八卦江湖] 带大家认识一下顶尖的美国华裔/华侨女科学家们（有PP有真相）
作者：第五哇 发表日期：2010-8-19
//www.tianya.cn/publicforum/content/funinfo/1/2195431.shtml
---
only HHMI PI please go to
//bbs.netbig.com/thread-2113463-1-1.html
发表于 2011-11-18
NB: updated 2012-May-13
著名医学研究HHMI华裔/华侨PI科学家汇总
华裔/华侨 医学研究 HHMI, 科学家, 著名
Howard Hughes Medical Institute （HHMI） 是全球规模最大的非盈利性私立医学研
究所-基金会，拥资120忆，为美国第二大的慈善机构，仅次... 阅读全帖 |
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c******a
发帖数: 267 | 39 Antiviral Innate immunity 的最新进展
最近看到science上面有个innate immunity的牛人连灌两篇，心里很是xmjdh,于是决定
写点自己的浅见来表示对这个领域的大牛的仰慕之情。
就先从这两篇science说起吧。确实这是该领域的突破性进展，发S也是当之无愧。一篇
文章阐述了对于DNA virus 引起的antiviral interferin response的全新机理。以前
该领域一直致力寻找直接结合双链DNA的受体，也找到了好几个，但是在KO小鼠上面表
型并不十分明显。
而Dallas的james chen领导的小组发现DNA virus or ds DNA经常在细胞里诱导核苷酸
的转化，其产物cGAMP则能够直接激活下游的interferin responses. 所以这个cGAMP
就是在这个天然免疫反应里面一个secondary messager。当病毒或者细菌DNA进入细胞
被降解转换的时候，cGAMP 的产生能激活抗病毒免疫反应来诱导干扰素反应和阻止病毒
或者细菌的复制。
那么，自然这个负责转化病毒或者细菌DNA产生第二信使产物的... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 40 Sure
plus one Plos Bio 2012 paper from that Tom Maniatis lab too:
Zhao M. xxx mmm nnn and Tom Maniatis (2012)
Stochastic Expression of the Interferon-β Gene
PLoS Biol. 10: e1001249.
HTTP : //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22617958
plus
2012 one Nature sister:
Multi-layered stochasticity and paracrine signal propagation shape the type-
I interferon response.
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22291574
ps: for how to Stochastic Hidden Markov chain simulating MAVS KEGG pathway
pls just try one R&Pyt... 阅读全帖 |
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y****6
发帖数: 196 | 42 搭车问个问题：市面上的ubiquitin specific antibody 好像都是可以检测任何
ubiquitin，不区别连着的蛋白。有没有识别特定蛋白＋ubiquitin 的抗体？类似于
anti-phospho-protein antibody?
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 1.0.2 |
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发帖数: 1 | 43 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: xiao86 (xiao86), 信区: Biology
标 题: Re: 变态PI需要揭露吗？大家来投票
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Oct 5 21:19:20 2018, 美东)
http://blog.sciencenet.cn/blog-315971-562141.html
Biology方向
Albany Medical College
Dorina Avram
来自罗马尼亚的女老板，对手下人特别Mean, 尤其是女生，已经把实验室无数人骂哭，
学生都跑光了，博后也都不久。但她在招人或Rotation的时候都装的特nice, 一旦定下
来就完全另一幅嘴脸。搞到不但自己系里人（包括系主任）都怕她，别的系里只要和她
有交道打的都见她都躲。而且有学术作假方面的rumor。
Never go to her lab, otherwise your life will be miserable and destroyed.
Albert Einstein
1. Luciano D'Adami 一个nuts... 阅读全帖 |
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S*******l
发帖数: 4637 | 44 找到了，是可以bind to ubiquitin ligase，最后结果是降低干扰素合成。
真狡猾。
J Virol. 2017 Mar 29;91(8). pii: e02143-16. doi: 10.1128/JVI.02143-16. Print
2017 Apr 15.
The Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Nucleocapsid Inhibits Type
I Interferon Production by Interfering with TRIM25-Mediated RIG-I
Ubiquitination. |
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L******s
发帖数: 2349 | 45 you can find it on Cell.com
http://www.cell.com/content/current#cover_caption
On the cover: Presynaptic plasticity is a fundamental, yet poorly understood
, neural phenomenon that is thought to be the basis of learning and memory.
In this issue, Yao et al. (pp. 943–957) identify a novel ubiquitin ligase n
amed SCRAPPER, which is responsible for tuning of synaptic vesicle release p
robability. SCRAPPER ubiquitinates presynaptic active zone protein RIM1, tri
ggering its proteasomal degradation. Ne |
|
l***d
发帖数: 1828 | 46 11．陈志坚 Zhijian，Chen http://hhmi.org/research/investigators/chen_bio.html
陈博士生长于中国南方一个偏远的村庄, 毕业于福建师范大学 （生物学），以第一名
通过吴瑞项目考试 （见注）, 赴纽约州立大学Buffalo校区攻读博士。 在达拉斯，陈
博士如鱼得水, 发现了ubiquitin 的新通路，进而领先于业内。Ubiquitin 信号主要与
免疫及肿瘤相关。
【注：华裔分子生物学家、康乃尔大学的吴瑞教授 （Ray Wu）发起中美生物化学与分
子生物学联合招生项目（China-United States Biochemistry and Molecular Biology
Examination and Application Program, 简称CUSBEA项目）, 在中国国内选拔学生赴
美国学习生化和分子生物学。开辟了国内大规模地选派优秀学生到美国学习生命科学的
通道。经吴教授的不懈努力, 全美40多所一流学府同意参与这项计划. 由北大牵头, 按
国际标准进行了极其严格的考试。自1981年以来，这个计划将数目可 |
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l*******e
发帖数: 214 | 47 我有两个样品,因为标记的关系分子量只差500不到：
1.Uniformly 15N,13C labeled Ubiquitin T66C in 50 mM phosphate buffer, pH6.5,
加了一个paramagnetic DOTA-M8 tag 到C66上, 用900 MHz NMR (ipap)得到了一组 HN
RDC值.我目前只看其中三个residue的值: K33,K27,K29.
2.15N-lys labeled Ubiquitin T66C (7 Lys residues) in 50 mM phosphate buffer,
pH6.5, 也加了一个paramagnetic DOTA-M8 tag 到C66上,用900MHz (ipap) 和 600MHz
(coupled HSQC) NMR分别得到了一组RDC值.也只看其中三个residue的值: K33,K27,
K29. 结果这两组不同场强下的RDC值找不到正比于磁场强度的平方关系, 尤其residue
K27 差得相当大.
当我对比样品一和样品二时，同在900MHz下的RDC值也不相同，也是K2 |
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c********b
发帖数: 363 | 48 1 phosphatase, instead of degradation, could regulate the function.
2 could u define activity specifically? It is hard to imagine functioning
while degrading. If u mean protein binding as activity, binding to ubiquitin
e3 ligase counts
Ubiquitin |
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h**********8
发帖数: 650 | 49 Elimination of C/EBPα through the ubiquitin-proteasome system promotes the
development of liver cancer in mice
补一个例子 s193 磷酸化促肿瘤抑制作用，也促降解
Ubiquitin |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 50 your that 蛋白是用mouse Ab检测的，MW是90 kDa
is its N-terminal or C -terminal had autocatalytic function
by his own protein sequence likes proteasome
if that negative control is same to positive control
N terminal autocatalytic Ubiquitin/proteasome
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22183254
C terminal autocatalytic Ubiquitin/proteasome
HTTPS://www.uni-hohenheim.de/www260/pdf/planta220.pdf
//www.mitbbs.com/article_t/Biology/31633793.html
15F
species,
reference |
|
