K**********e
发帖数: 188 | 1 华人科学家鲁白谈事业选择：学术界与企业界科学家的区别
来源： 许艳军的日志
(根据在上海交通大学医学院讲座录音整理)（ZT自丁香园论坛求职招聘版）
谢谢大家，我要站着讲不坐着讲，和大家有个互动，我想感受下做超级歌星的滋味
。(笑声)大家都
是研究生，研究生都要做科研，大家一定在想，今后要做什么?走上科研的道路, 一般
比较多的是两条
路，一个是学术界，一个是工业界，也就是在大药厂或生物高科技公司做药物的研究开
发。大家对在学
校在研究所做研究有相当的了解，但对在医药工业界如何做研究，怎么做，却不太清楚
。我自己也是长
期以来一直在学术界工作，但现在在药厂从事药物的研究开发，有很多体会。我想和大
家分享一下，在
学术界与企业界做科研，到底有多少差别和类似的地方。学术界和工业界，对学生对科
学家有什么不同
的要求。
一 选择适合自己的，自己喜欢的，自己的激情之所在
不管你今后要做什么，有一个基本点，就是怎样选择最适合你的事业。中国的社会
发展越来越快。即
使你今天你觉得以后要做什么，但过10年、20年后再看看，到底有多少人会坚持最初的
选择?社会在进
步，对人的要求在改变，人的兴趣也会改变... 阅读全帖 |
|
b****r
发帖数: 17995 | 2 看看干细胞的来源是什么mouse strain，然后找个已知的SNP测个序就知道了
如果不知道找SNP，告诉我啥strain，我给你找 |
|
M*****n
发帖数: 16729 | 3 俺们用SNP chip用了N年了，这个paper的结论N年之前就知道了。
发现的当事人不承认/不知道的近亲结婚若干起。
前两年老板花了不少钱，就为了证明这个SNP的mapping limit是多少，结果paper被所
有大的
journal 据了一遍。 |
|
e*****t
发帖数: 642 | 4 it's hard to answer your question if you don't provide details.
how many snps you are going to genotype? are u using array for genome wide
or taqman for a few snps? |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 5 Both are new 2012 Nature papers:
//www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature10945.html
尤其这篇
//www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature11011.html
its full text noted SHANK3:
//www.hudsonalpha.org/sites/default/files/nature11011.pdf
NB: 不温故SHANK3哪来知新 SNP
还有要是不同组出了 自闭症 自相矛盾的gene locus SNP 结果一次的话 还好说 注意这里指基因名称
反复出现的话
Nature Senior Editor 2011 还混2013 senior editor 那 啊!?
|
|
n******7
发帖数: 12463 | 6 不好意思，又来问白痴问题了。
我们有两个allele，就算是SNP位点吧，一个是A，一个是C。在diploid生物里面就有3
种基因型：AA,AC,CC。我们假设数量性状Q跟这个SNP相关，比如A会上调，C会下调，这
样Qaa > Qac > Qcc。 问题是，怎样衡量这个相关性？做个regression看r方？
我觉得这是个很基本的问题，轻点拍。。。 |
|
K******S
发帖数: 10109 | 7 Just set up a search against human(or whatever species) database with no-
enzyme, the disadvantage is you can only find out "normal" peptides, if
there's a mutation or SNP, you can't get those information. Someone from
Vanderbilt just published a paper talking about their mutation/SNP database
searching.
peptide |
|
k*****d
发帖数: 12 | 8 用SNP array找copy number variation算不算genomic cancer study? 在这一期的
Nature上（Nature. 2008 Oct 16;455(7215)）有四篇文章讲到发现neuroblastoma 有
ALK mutation，其中三篇是用snp array先找到了ALK amplification in
neuroblastoma，然后再对ALK测序，发现还有mutation。另一篇是用传统的lingage
analysis找到了ALK mutation in neuroblastoma。 |
|
|
n******7
发帖数: 12463 | 9 根本就不需要用这种词汇，这只会增加更多不必要争论
她就认为，统计检验是这样的：你不需要任何预先的假设，把数据弄上来一算，比如
chi-square test，然后根据p值(大于0.05还是小于）判断我们需要取哪个假设。并且
，她认为null/alternative hypo是对称的。
她的根据是，GWAS study里面，p>0.05了，大家就说某个SNP跟疾病没有关联了，这显
然是符合p<0.05去一个假设，p>0.05取另一个假设的。她翻来覆去的说，如果我说的是
对了，她学得所有的统计难道都不对？
我对GWAS不熟，但是我觉得大家说的其实是，p>0.05，某个SNP就不是跟疾病显著关联
了。为了控制type I error， 把可能有一定correlation的位点也算作没有了。 |
|
H*******g
发帖数: 321 | 10 如果都是SNP的话，Sequenom应该挺便宜，十几cents per snp per sample.
saliva提出的DNA做genotyping一般没什么问题 |
|
p*****m
发帖数: 7030 | 11 也可以用genome microarray或者SNP array做GWAS,这样本质上和用NGS做好像没啥区别
事实上 做gwas的，用SNP array的比你说的彻底sequencing才是主流吧
所以我有点被你弄糊涂了。。 |
|
i*e
发帖数: 352 | 12 这也就是1E-7阈值所在，那时候500M的SNP set
不过最近听一个报告，目前5M的SNP set
也被模拟论证不用再提高阈值了
其实最重要的是能否被replicate出来，p值倒是其次的 |
|
p*****m
发帖数: 7030 | 13 也可以用genome microarray或者SNP array做GWAS,这样本质上和用NGS做好像没啥区别
事实上 做gwas的，用SNP array的比你说的彻底sequencing才是主流吧
所以我有点被你弄糊涂了。。 |
|
i*e
发帖数: 352 | 14 这也就是1E-7阈值所在，那时候500M的SNP set
不过最近听一个报告，目前5M的SNP set
也被模拟论证不用再提高阈值了
其实最重要的是能否被replicate出来，p值倒是其次的 |
|
O******e
发帖数: 4845 | 15 测序问题导致假的SNP的几率太小，如果抛除人为因素的化。
对GWAS文章本身就只能给出一个相关性，至于SNP是不是疾病的原因这个只有后续
研究才能验证。 |
|
m****c
发帖数: 244 | 16
我也不是一生，以下关店进攻参考。
首先你的理解是错的。孩子和妈妈是可以配上的，就像孩子可以和一个不相关的人配上
一样。只是又巧了一下。
你是怕BGI把母亲的血样当孩子的了。
可以再做一个 SNP array for the trio, 应该比HLA typing便宜好多。
在MHC区的3000个SNP，95％都可以知道phase。是不是HLA typing 时血样错了很容易看
出来。
这个意大利钻驾的意思是：妈妈和爸爸共享的haplotype完全一样的可能性很低（除非
是近亲）。
你测的亚型只是到四位，还有更细的分型，6位，8位，等等。
而如果是兄弟姐妹的话，只要配了，就是几乎完全一样。
单就HLA来说，我会选妈妈。因为至少有一个haplotype是完全配。
另一个haplotype的不配程度应该和donor的不配程度一样。
：是不是用妈妈的骨髓存在一些特别的排异呢?
不懂你的伊斯。 |
|
G***G
发帖数: 16778 | 17 what is allele
what is snp?
what is the difference and similarity between allele and snp? |
|
x******0
发帖数: 1490 | 18 【 以下文字转载自 Statistics 讨论区 】
发信人: xzxz0000 (凶涨凶涨), 信区: Statistics
标 题: R 编程面试题，被弄残废了，在这里求解，钱不多，但会鼎力散财，
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Apr 14 20:21:09 2012, 美东)
面试了一个software职位，本以为很有戏，但考我的题基本上全是job description上
没有的R 编程，希望这里的大侠帮助解惑答疑，在下感恩不尽。
1）
An analytical technique used in a molecular biology lab involves dispensing
solutions of DNA in very
low concentration into 384-well plates. Consider the perfectly random
distribution of N=30 molecules
onto this device
a) What is the probability that two molecules fall... 阅读全帖 |
|
I***W
发帖数: 218 | 19 我是新手，完全不懂人类基因组的，所以愚蠢问题莫怪。
你所说的hg18 & 19是不是指更新的版本，其实是同一个genome，只是不同版本之间的
信息完整度有差别？那这个genome是纯的还是杂合的？我的意思是问这个genome的信息
是来源于一个个体还是多个个体？你说的中国（1%？）一开始就参与我有所耳闻，但参
与测序用的还是西方的样品吧，也就是白种人的genome？还是我理解有误？
就现在研究的结果而言，不同人种在genome上的差异大吗？我的意思是指有没有发现整
个基因的差别而不只是SNP差别而已（当然SNP是非常重要的，但在这里不是我想了解的
重点）？比如说有没有发现某个基因在黄种人里存在但不存在于白种人或黑人呢？
谢谢你的推荐，我回去看看这个Genome 1000。
project |
|
G***y
发帖数: 1082 | 20 对我来说生物信息是工具不是问题。你现在要想明白的是你自己的兴趣到底在哪边，是
生物还是计算机。
如果你喜欢的是生物，你要找到你感兴趣的，可以用生物信息学方法解决的生物问题，
比如rare SNP对疾病的贡献。
如果你喜欢的是计算机或者算法，你可能要再上一些CS的课程。你的研究方向可以是如
何提高现有的算法，比如如何快速精确的进行whole genome de novo assembly。
这两个方向虽说都归在生物信息下面，但是用到的知识和研究的性质还是有很大区别的。
sequencing成本越来越低，越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的；然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是，
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie；然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
；然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
了那就是自己的；以后用的到。而我们这种... 阅读全帖 |
|
|
s******s
发帖数: 13035 | 22 本来就是这样的啦，当然细节问题也很多啦
你都说了肿瘤多克隆了，那么是不是要先single cell seq搞的大路化了
才行呢。一个病人的肿瘤是不是要采几十个空间点，好几个时间点呢？
不同肿瘤可能完全不同
怎么说服药厂出钱搞这个SNP的研究？clinical trial的成本大家都
知道啦。要说成千上万的candidate snp，几百种药，上百种各式肿瘤，
multiply几百上千甚至更多的病人加control。妈呀，这是多少trial啊 |
|
b****r
发帖数: 17995 | 23 again，我说的是将来的状况。现在的技术还远远没有到可以简单地认为可以沿用现有
的知识和技术路线解决癌症。非要到NGS的能力可以差不多穷尽地找到真正致癌的那些
突变，这样药厂筛药的失败率才会真正降下来，成本才会降下来，治疗效果才会好起来。
而且请不要再频繁使用SNP这个词。对于NGS时代的肿瘤遗传学，SNP很快就会是一个非
常非常过时的名词。我们的唯一目标是找到真正的functional mutation，无论是点突
变，片段缺失重复，或者是epigenetics的改变 |
|
u*********1
发帖数: 2518 | 24 Actually the reference genome comes from mixed samples of different
individuals of different populations.
So it's just the "reference", it's not even the major allele. The SNP
identified by comparing sequences of case with reference is "alternative
allele", not "minor allele". For a long time I used to think bases in
reference genome are "major allele", which is true most of time, but not
definitely true.
Why we need "reference genome" is because it's still challenging to directly
sequence the w... 阅读全帖 |
|
t******g
发帖数: 372 | 25 a specific SNP, which was cited by a GWAS study
@+-
in the paper, there is no mention of that SNP.
唯一合理的解释。。。文章看乱了
how
by
!! |
|
g*********3
发帖数: 177 | 26 文章已经提得很清楚了，GWAS和Regulatory region有很大的overlapping，不知道你有
没有看paper~
个人认为ENCODE可以很好的说明GWAS的价值~
当然了GWAS SNP result到底能explain多少，找到的SNP怎样解释，这个不是GWAS的事
情！ |
|
u*********1
发帖数: 2518 | 27 这个，还是少说点废话空话大话。。。
说个对自己研究最实在的：
我分析exome data，希望寻找可能的disease-causing mutation；目前大家主要关注的
还是exon里面的nonsynonymous mutation，或者frameshift mut （主要还是SNP，然后
加上少数indel）；而且还要通过1000G的筛选找到rare mutation，还要根据疾病的模
型进一步筛选。所以筛选到最后，反正我自己的project就是找不到。
那么我就想问，是不是这个ENCODE出来了以后，等于说更多的genome被annotate了？那
我们的寻找disease mutation的眼光就不用只放在exon上了？。。。可能致病位点就是
在那些regulatory sites上呢。。。当然这样就不能仅限于exome测序了。。。。。但
到底多少疾病是因为regulatory region的SNP导致的呢？我看nature genetics上很多
遗传病或者遗传相关的疾病还是exome的突变导致的 |
|
n******7
发帖数: 12463 | 28 我觉得你说到点上了，应该M起来
“4.对基因组，genome biology本身的认识。其实纵然是whole-genome sequencing，我
看大部分的paper也就是先找找coding region/splicing的SNP/indel；或者说大家还是
gene-centric的。现在我们对基因组的认识还很不完善，且不说loci interaction，就
连最基本的每个loci是什么作用都不清楚。很多基因的功能都不知道，而且gene本身的
概念也在被扩充，不断有新的gene被发现，以及各种新型的什么miRNA gene啊，
linkRNAgene被发现。还有很多regulatory region比如被ENCODE给annotate出来。除了
非常明显的罕见的large deletion/duplication，或者一些repeat expansion，我们的
精力还是停留在missense mutation上，因为这个最好解释。而splicing site，或者
regulatory region有一个哪怕是罕见的A到T的突变，请问你能立刻给我解释下这个
rare SNP ... 阅读全帖 |
|
y***i
发帖数: 11639 | 29 common SNP也许能在提供disease related gene方面提供些线索？如果能这样也是很
有用了。“临床应用”SNP大概不可能吧。
WGS对cancer应该是很有用。
你说的copy number是指什么？WGS代替copy number arry? (我没做过NGS) |
|
m*****7
发帖数: 366 | 30 Depends on your hypothesis, if you want to test just SNPs. Just genotype
some SNPs in your gene, while usually it needs controls, but of course you
can compare it with public available data such as 1000 genomes..
If you want to really "sequence" the gene, I know there are some targeted
sequencing toolkit such as Ion Torrent. In such case you can see the rare
mutation of this gene.
I am not sure where are you and what your university/center usually do,
while I know in our school there is a sequen... 阅读全帖 |
|
b*******n
发帖数: 8420 | 31 说起penetration这个事，那就很有意思了
假设同性恋基因存在，有些人携带同性恋基因但是并没有表现出来，在生理和心理上都
是异性恋，然后正常与异性结婚生子，从而将基因传递下去，是有这种可能的。
但是老衲的遗传学基本概念还没有完全忘光，penetration这东西也是有不同的degree
的。除非假设中存在的同性恋基因是完全的dichotomous，只有严格的同性恋和严格的
异性恋表型，否则在这两者之间还是会有若干程度不同的双性恋的。所以我说如果gay
坚持认为gay是天生的，那么gay流传至今必然会有乱性的存在。
想从理论上给同性恋正名的，还是多花点钱，多找几个同性恋测测序，看看同性恋是不
是跟某些SNP有关，这些SNP是不是和某些有利的表型有关联。不过看这样子同性恋多是
上蹿下跳的主儿，要真刀真枪干点什么事情就萎了。 |
|
j*****9
发帖数: 716 | 32 这些位点比SNP大，是微卫星标记（microsatellite），简单说起来就是在基因组中含
有大量“二核苷酸、寡核苷酸”重复，重复次数（重复次数多则片段长）在个体间呈高
度变异性
按孟德尔遗传规律遗传：通过大量的家系调查证明，子代DNA 中所有等位核子基因
带都可以在双亲的DNA中找到，片段的传递符合孟德尔遗传规律。
/////////////////////////
上面是我找到的最详细的亲自鉴定的介绍。
文中提到的十几至几十个DNA位点是不是就是SNP啊？ |
|
g***n
发帖数: 14 | 33 小弟我研究的是寄生线虫。我的课题基本是找一个phenotype的相关基因。
我手上有两个wildtype (A和B)，phenotype在这两个wildtype之间的表型非常不一样，
A为0%，B为100%
用A做突变体，筛了几个phenotype在30%-40%之间的突变体。
然后对全基因组测序，拿到差异snps
请问有什么方法可以确定最有可能的基因或者最有可能的snps吗？
急等毕业，可是本来做数据分析的合作者换工作跑路了，指望不上了。
求教各位指点一下后续分析的方法，小弟在此拜谢了！ |
|
u*********1
发帖数: 2518 | 34 既然你有了全基因组的序列，就赶紧在这些SNP上下功夫；先不说association的问题，
如果你的hypothesis是rare/novel variants导致这个phenotype（也就是上面说的
effect size很大），那么你的1500个SNPs完全可以那去和数据库的common variants做
比对，找出罕见的同时改变protein序列的missense mutation或者影响splicing的，甚
至miRNA target啥的，也就是annotation。我不是做线虫的，但我估计也肯定是有相关
的database的吧。这一步大家一般用annovar这个软件
如果你的phenotype是个罕见的missense mutation导致的，那么你的9个样本中哪怕出
现了2个都是很有意义的。当然我的这套办法都是对于human genome的，如果你寻找的
是common variants或者更复杂的epistasis啥的就当我上面的没说。
association study往往是对于comman variants的，最经典的就是用plink。不过plink
也是好复杂... 阅读全帖 |
|
u*********1
发帖数: 2518 | 35 上面是我的经历，下面说下我的感想感悟：
1. 永远别怀疑自己的能力；尤其bioinformatics这一行。说白了我到现在也是个大外
行，不懂计算机。但bioinformatics ！= 计算机，bioinformatics ！= coding。除非
你做什么algorithm的开发，对coding技术要求很高，不然的话对我们大部分所谓的
bioinformatician，我们都是用人家已经开发好的program，什么BWA，什么GATK；你觉
得你开发的过人家Broad的那群天才吗？相反，我觉得很多CS出身人压根不懂生物或者
医学，他们能做的就是写点什么新的程序，然后证明下自己的计算power比已有的要强
，发个文章，他们也不maintain他们的program，N多bug，也不会有人用他们的program
；在我看来他们就是制造垃圾paper的。所以bioinformatics的本质不是coding，而是
等你有生物医学的问题的时候，你要会用计算机来解决你的生物问题。这才是核心。很
多不懂生物医学的计算背景的人，他们无非是看bio的funding多，钱多人傻来忽悠忽悠
，混口饭吃罢... 阅读全帖 |
|
u*********1
发帖数: 2518 | 36 SR methods are definitely the most accurate because it provides the exact
breakpoint; but we're not lucky enough to have reads encompassing
breakpoints all the time even for SV in unique region, not to mention those
complex structural variants involving repeats/duplication.
So till now, SV field or even indel calling, I would say still quite messy
with lots of false positives, and whole field is lagging behind compared
with SNP calling.
If you are interested in repeats, please first define "repe... 阅读全帖 |
|
u*********1
发帖数: 2518 | 37 makes NO sense at all in my perspective
你可以看到很多prediction的软件/网站；不同网站预测出来的结果完全不一样。
TF binding motif，我想都是非常variable的吧（http://en.wikipedia.org/wiki/Position-specific_scoring_matrix），当然我是外行，我想请教做TF binding的内行，到现在能准确identify比如MEF2A的binding site就一定是比如ATGGCC（我随便乱说的）？
但根据俺的经验，纵然MEF2A是exclusively的bind到ATGGCC；也不是说每个ATGGCC都一
定会被MEF2A target，一定还是要做实验的
现在我比较相信的是：加入chip-seq的数据表明TF会bind在某个基因的某个loci，然后
这个loci的某个SNP被软件预测可以改变binding motif；那么我相信这个SNP 会通过这
个TF binding调控基因的表达 |
|
j****x
发帖数: 1704 | 38 去年11月13号，NIBS李文辉博士的研究团队在eLife创刊号上首次发表了其开创性的研
究成果，即NTCP为HBV病毒的功能性受体，揭开了该领域近20年来一个未解之谜。随后
，这一发现及其相关报道立刻在本版引发的热烈的讨论，赞美，质疑，讥讽，各种论调
此起彼伏，着实热闹了一阵子。之前长期潜水的我，当时也不甘寂寞，一抒己见（http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31752161.html）。
转眼间一年就这么过去了，今天查资料的时候无意中看到，该文在google scholar上显
示的引用已经超过了40次。然而当时的各种讨论，想必已被大部分人所遗忘，回头再看
，不由得会心一笑。节前索性做一回顾以资纪念吧。
eLife首文之中，受质疑和诟病最多的，应该算是细胞模型（HepG2/Huh7）上并不理想
的感染/复制效率，以及非肝源性细胞上感染实验的缺失。尽管根据已有的知识和经验
，前者并不意外，后者乃是时间问题，但在当时，确实让很多尤其是非本领域的人士心
存疑虑，NTCP究竟真的是受体，或仅仅只是一个复制相关必需因子。
在今年10月份上海举办的第2... 阅读全帖 |
|
D*a
发帖数: 6830 | 39 这么严重的应该不是23andme测的那些SNP，或者别的公司测的那些大规模测序估算糖尿
病风险之类的，再找那些公司测也没有用。很可能是突变或者隐性遗传的。隐性遗传的
例子见http://matt.might.net/articles/my-sons-killer/ 一个类似的例子，他们四岁多才确诊（找到基因），突变的我在网上遇到过一个国内的（聊过几句），是有症状之后两年多确诊，这么“快”可能是因为这个基因导致的遗传病是很清楚的，可能确认什么罕见病折腾了一阵子。这边的很多罕见病的病人自述也有不少是半年多一年多才确诊的，而且貌似不知道病就没法测基因，上面那个例子是exom测序，因为不知道什么病，没办法挑基因去测，估计大部分罕见病人不是这么弄的。楼主也没说清楚到底是一般测序还是全基因组测序还是SNP还是芯片还是什么的。楼主虽然说全基因组测序但是貌似只测了几个跟代谢有关的基因，这不叫全基因组测序，--不是挑刺，因为很多人可能会理解错了。也许联系一下罕见病的机构会有帮助，bless！ |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 40 Plus
To LZ:
just check,
>http://bcbio.wordpress.com/tag/ngs/
cited:
>Access VCF variant information
>In addition to extending the GATK through walkers and annotations you can
also utilize the extensive API directly, taking advantage of parsers and
data structures to handle common file formats. Using Clojure’s Java
interoperability, the variantcontext module provides a high level API to
parse and extract information from VCF files. To loop through a VCF file and
print the location, reference alle... 阅读全帖 |
|
c**********r
发帖数: 891 | 41 --------------------------------------------------
他说的意思是如果你track 父系的SNP的话，经过若干代之后在子嗣的基因组里这些来
自父系的SNP就被稀释到可以忽略的地步了。
其他的同意你说的。 |
|
r*****l
发帖数: 457 | 42 职位描述
岗位职责：
1、 建设分子生物学公共服务基础实验室，建设SNP基因组分型Array Tape平台，为通
州国际种业科技园区内外众多种子企业、科研机构提供基础服务，并为最终建成中国领
先、世界一流的分子育种实验室及分子育种平台。
2、 在平台搭建成功后，使该平台具备年分析能力达到10000个样品以上，能够初步具
备进行SNP基因标记的开发，高通量基因组分型、构建遗传连锁图谱、基因定位、ELISA
分析等的主要功能。
3、 以国际化的视野，根据市场需要，为平台引进先进的设备和技术，且不断研究和改
进相应技术，不断提高为种业企业及科研院所服务的能力和水平。
任职要求：
1、 作物遗传育种专业，博士学位，华裔；
2、 从事过至少10年以上的育种研发工作，有美国一流种业公司研发工作经历，个人业
绩及声望在世界排名前十，每年至少能在国内工作10个月；
3、 具有国际化的视野，在育种研发方面有很深的造诣，对国内种业行业的现状有深刻
理解，在实验室管理方面有丰富的经验。
4、 很好的组织协调能力。
个人发展平台：除了平台运营所产生的社会效益及经济效益以外，园区将会为核心团队
成员每年提供不低... 阅读全帖 |
|
o******n
发帖数: 511 | 43 谢谢你的回复。
那如果不是balanced design请问怎么处理好？
比如实际中，有的样品测序没有出来，所以不是每个genotype都有3个replicates。
gwas里面每个genotype应该也会测几个replicate的吧，而且也不一定是balanced
design，他们是怎么把不一样大的trait data matrix和kinship matrix联系起来的呀？
也许做gwas的人不会遇到我这个问题吧，他们的每个replicates也都genotype过，有
SNP data，所以trait data和kinship的矩阵大小一致。可是我们没有每株植物的SNP
data。
我这个问题看来真的不好办…… :-( |
|
s******y
发帖数: 28562 | 44 哎，我怎么觉得好像是反面宣传啊？ 搞得大家在看笑话似的。
从这个稿件看来那个研究还是有一定水平的，因为发现这种分子会把intron 保留着而
且能调节所在染色体位置的基因的转录，这些其实都是很有意义的突破，尤其是后者其
实很有意义。举个例子就是在测序中发现的很多很疾病相关的snp 都是位于intron ，
很少有位于exon的。但是那些snp一般都不会直接影响那个基因的splicing, 所以一直
有猜测这个是通过regulatory RNA 造成的。他们这个文章应该是找到了一种可能的机
制，估计也是他们下面的研究重点。在这个意义上他们的研究的确和很多疾病的机理有
关。但是被说成包治百病的暗物质听起来像是民科骗子似的。 |
|
g**********y
发帖数: 423 | 45 Below are two SNPs I obtained for two samples from Exom DNAseq and Sanger.
From Sanger's results, it seems both SNPs are heterozygous, while GATK(v3.2)
call one sample as homozygous.
Does this mean we still need to do filtering based on sequencing depth,
which is hard filtering, then why do we need the machine learning-based soft
filtering?
If we need to do filtering based on sequencing depth, what threshold would
you recommend?
Sample1:GATK Sample2:GATK Sanger for both samples Sample1:IGV Sampl... 阅读全帖 |
|
x********e
发帖数: 35261 | 46 想起我一朋友用CRISPR在果蝇里做SNP的点突变。很快就做出来了，突变率还特别高，
大家都兴奋得不得了。结果后来发现是cas9的line里面带了这个SNP。 |
|
g*********3
发帖数: 177 | 47 这种软件写了发不出去吧。
你这个问题shell script就应该能解决（repeat的primer可能不太好弄）：
把human genome fasta下载下来，然后准备好你的所有SNP的bed file，用
fastafrombed（类似这样的工具太多了）找出序列，直接在SNP左右加减比如300bp，随
机从两端选取20bp，countGC content。这样就足够了。
找个周围做bioinfo的，几分钟能帮你解决。 |
|
b****r
发帖数: 17995 | 48 谢谢，这个还不错，不过似乎没有躲避SNP和repeat的功能啊。先请收俩包子
我刚才倒是自己搜到一个，在UCSC里其实已经整合好了，叫做ExonPrimer，纠正一下，
确实有躲开SNP和repeat的功能，有点可惜的是没有batch design的功能
喜欢 |
|
i*e
发帖数: 352 | 49 SNP array可以做CNV，但是技术更新换代快呀，现在测序中心有的买SNP array只是用
作NGS的QC，也就是说上NGS的话，可以有两套数据可以call CNV，想怎么玩就怎么玩，
也是哈皮的 |
|
r**********e
发帖数: 587 | 50 请问版上有人用CRISPR研究noncoding loci的么？比如很多疾病的GWAS loci都在
noncoding区域
noncoding SNP或者genetic variation的效果一般都是比较modest的，所以好奇是否有
人做过这种研究，crispr改变noncoding SNP后如果做RNA-seq，不知道基因表达量有多
大变化呢？或者说这种方法的robustness如何。。。
第二个问题，不知道现在CRISPR到底发展到啥程度了？如果现在才开始做，会不会算落
后了呢？
谢谢 |
|
