r******k
发帖数: 446 | 1 小弟最近做cell fractionation。 用的pierce的kit。 结果用alpha tublin做
cytosolic marker， p-a84做nuclear marker。 竟然观察到tublin在nucleus也有少量
表达，这是为啥呢？难道真有cytosol的污染？ 还是应该换一个cytosolic marker呢？
跪谢！ |
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r******k
发帖数: 446 | 2 谢谢！
但是看到文章上做完cell fractionation发觉他们nucleus里面一点都不能检测到
tublin。 。。。 |
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s********r
发帖数: 312 | 3 做的干净基本上是检测不到的，一般推荐拿掉cyto的supernatant后，pellet用预冷PBS
vortex/Spin down洗3-5遍，然后再加nucleus lysis buffer |
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i***l
发帖数: 1656 | 4 1. Ponceau is not sensitive enough and your samples are composed of many
bands each with low quantity of protein
2. ponceau may not be able to stain certain proteins in your fractions |
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r******k
发帖数: 446 | 5 Hi 师姐～pierce那kit说 highest speed vortex nuclear extraction every 10mins
， 共40mins。 结果确实好少。。。。
你是先把cytosol protein抽出来以后，加NER（pierce的nucleus 裂解液） 以后，放
冰柜放overnight？ 然后再vortex 还是直接就离心呢？
最主要我cytosol protein也很少呀。 郁闷。 我还是过表达的。 每次用了pierce的
kit就跟抽风一样 protein level特别低。。。 |
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m******g
发帖数: 467 | 6 Nature 14.08.14
稍微了解一下：
1. Historical contingency and its biophysical basis in glucocorticoid
receptor evolution
小知识：
1. CRISPR corrects β-thalassaemia
2. Clonal evolution in breast cancer revealed by single nucleus genome
sequencing |
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m******g
发帖数: 467 | 7 最近忙着写DDIG去了，一直没看新番~
Science 14.09.12
推荐：
1. RNA and dynamic nuclear organization
Long noncoding RNAs may function as organizing factors that shape the cell
nucleus
稍微了解一下：
1. Enhanced killing of antibiotic-resistant bacteria enabled by massively
parallel combinatorial genetics (PNAS) |
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m******g
发帖数: 467 | 8 Nature 14.08.14
稍微了解一下：
1. Historical contingency and its biophysical basis in glucocorticoid
receptor evolution
小知识：
1. CRISPR corrects β-thalassaemia
2. Clonal evolution in breast cancer revealed by single nucleus genome
sequencing |
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m******g
发帖数: 467 | 9 最近忙着写DDIG去了，一直没看新番~
Science 14.09.12
推荐：
1. RNA and dynamic nuclear organization
Long noncoding RNAs may function as organizing factors that shape the cell
nucleus
稍微了解一下：
1. Enhanced killing of antibiotic-resistant bacteria enabled by massively
parallel combinatorial genetics (PNAS) |
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r******k
发帖数: 446 | 10 我试了试用293t细胞做cell fractionation，但是总是有cytosol的marker在nucleus的
extract里面。是不是这种细胞不好做呢？我用别的细胞做没那么严重。。。 |
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r******k
发帖数: 446 | 11 我觉得它的意思是把cytosol的遗留物品都洗干净。但是我已经这么做了。。。还是有
很多tublin在nucleus里面。。。。 |
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e****s
发帖数: 1125 | 16 1. overexpress 和endogenous 蛋白分布可能会有差异；
2. 很可能是你的目标蛋白或者目标蛋白的Binding partner(s)的病人细胞中产生突变
了。
我会先看看文献有没有对这个蛋白distribution有重要作用的结合蛋白；
完全没idea的话，IP然后打质谱比较吧。 |
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r*******y
发帖数: 48 | 17 Frist, you need to clarify if that staining in the patient samples is an
artifact. You need control human same tissue samples, or you need to look at
the staining in the normal tissues that surround that diseased tissue (if
you have it) to see if the staining is different. after you clarify this,
then you may go ahead. |
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x********e
发帖数: 35261 | 18 如果你外源表达的带tag，试着把tag放到N端和C端比较下，有时候会有区别。
如果本身没出入核信号，那肯定有binding factor，可以先读读文献看结合蛋白可能是
什么。 |
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T*****e
发帖数: 247 | 19 你本身这个蛋白是个什么蛋白？它是否有入核的需要？它发挥功能是否需要留在核中/
或穿梭？是否需要别的蛋白协同？
有没有入核/出核序列？不一定是经典的入核/出核序列
你外源表达是如何表达的？
你为什么觉得生长因子刺激一定会影响它的核定位？有没有试过别的刺激手段？你是刺
激多久之后检测的？有没有可能漏掉了关键的时间点？ |
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r******k
发帖数: 446 | 20 我做growth factor的stimulation 是 因为TA经常伴随EGFR 的over express。没有
NLS。 请问一般除了 hypoxia 还有什么其他stimulation的手段吗？ |
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D***a
发帖数: 516 | 21 如果你在病人标本里看到的是真的，试一试nuclear export inhibitor （leptomycin
B），看看是不是能让你的蛋白在核内聚集。 |
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T*****e
发帖数: 247 | 22 我大概跟你做的领域不同，无法直接回答你这个问题。
既然你提到EGFR的过表达可能影响了你的目标蛋白的入核。那你是认为你的目标蛋白是
在EGFR的下游了？又或者你认为EGFR下游的某个蛋白促进了你的目标蛋白的入核？这让
我更加疑惑。因为你反复强调你的目标蛋白没有入核序列。那么，你认为它是怎么入核
的？是和别的蛋白先结合之后，再一起入核的吗？
我不清楚你做的是什么组织。但刺激条件肯定有很多种吧。随便瞎说两个。改变培养环
境的离子浓度试试呢？比如K+或者Ca++？另外，我已经提到过，你可能需要注意刺激后
的观察时间。有的刺激可以在几分钟之内让蛋白入核，我不清楚你是用什么方法观察的
，但注意不要错过了特定的观察点。
最后再补充一种可能性。如果不考虑translocation这种机制。你最初在病人样本上观
察到的蛋白核内聚集，有没有可能纯粹是因为核内蛋白的降解有问题呢？看看别的蛋白
有没有类似的情况。
以上，希望对你有帮助 |
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q******g
发帖数: 3858 | 24 我觉得你先确认在病人样品的染色不是非特异性染色。病人样品的切片可能保存了很长
时间， 或者antigen retrival 条件不合适。 |
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r******k
发帖数: 446 | 26 对的 我跟您想法一样。但是如果打质谱 要用病人的sample？ 而且我老板说让我先找
找，如果打质谱一堆蛋白说也说不清楚。。。。太盲目了。 |
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r******k
发帖数: 446 | 27 Thank you。
Yes, this is exactly what we did. =)
at |
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s******r
发帖数: 64 | 28 One postdoctoral position is immediately available to work on computational
analysis of complex genomic data. Expertise in the use of R is essential.
The applicant will participate in a team of molecular and computational
biologists to develop probability model-based methods to analyze the three-
dimensional organization of the genome in the eukaryotic nucleus using Hi-C
approaches (Hou et al. Mol Cell 48, 471-484; Phillips-Cremins et al. Cell
153, 1281-95). Additional information on the researc... 阅读全帖 |
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b***2
发帖数: 348 | 29 实验中发现把RNAse A放进细胞之后，它会进到nucleus，并且会聚集到subnuclear
body里面去。这个发现有没有什么意义呢？ |
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m*********D
发帖数: 1727 | 30 （其实生物里有些应用方面的研究还是挺好玩的。就是付出和收获不成正比。我六年前
不去Novartis,就是因为对筛药有兴趣。作出一个药的可能性比中lottery的机会还小。
这个行当真的只合适不愁吃穿的人。回头看看，真希望当年转了行。可太太英文不通找
不到工作，一个家要养，还有两边父母要照顾，这些年我有多少无奈！好在太太愿意和
我一起吃苦，一起为小家奋斗，一步一步，我们也终于看得见隧道那头的亮光了。两边
父母的任务接近完成，孩子一个大学毕业一个也快上大学了。我和太太说，最差就是卖
了房子给儿子上大学，我们自己租个小房子住。
不管你转不转行，早点学习投资理财还是要的。没有希望的日子最难熬，如何把枯燥的
日子过得有希望，也是生活的艺术。我等太太从国内外回来就准备庆祝我们结婚25周年
了。没有钻戒，没有鸽子蛋。但60岁之前退休是我给太太的承诺。下面是我和太太开玩
笑的一个梦，但当太太从local报纸上看到我们研究的报道，她说：真的哟，都上报纸
了。这个要成功了，咱们可以搬到一个气候好的地方舒服舒服地退休了。）
投资理财坛最近流行千万梦，俺博士后挣得少，还不能冒险，能不能也有一个千万梦呢？
昨天... 阅读全帖 |
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l***y
发帖数: 1166 | 31 We owe the discovery of this mysterious biogenetic process to our scientist
AOYOO 221.
It had been discovered a long time before that in the human brain were
krypton atoms (a rare gas that you know), and this discovery was a
significant, transcendent one. It was quite simply the key to the OEMBUAW,
MAN'S THIRD FACTOR, which you do not know and which acts as a link between
the HEART and the BODY (BUAWAA and OEMII).
69 XEE before [approximately 18 months NdT ], in laboratory fertilization
experime... 阅读全帖 |
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B***v
发帖数: 113 | 32 谢谢。有现成的protocol我可以照着做吗？
按你说的就是用生化的方法分离出caveolin-1 fraction和no caveolin-1 fraction (
clathrin)，然后western blot这些分子对吧。我分离过ER, nucleus, mitochondria,
fractionation还是挺tricky的。
and |
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c*********r
发帖数: 1312 | 33 她很有热情。Broad Institute里，据说Eric Lander最喜欢的就是Aviv Regev和张锋。
这两个实验室也是Broad里最看重的两个实验室。
Regev实验室人超级多，各种合作特别多，常驻的加上临时的各种人员有100+。她应该
是以色列过来的，有些口音。Regev实验室常年有以色列的访问学者、学生来交流合作
，也有很多美国或者其他地方的学者来短期或者长期交流。实验室专门有个Hotel区来
供这些人作为临时办公室。再加上Broad内部的和Boston地区的其它各种合作交流，
Regev实验室做很多项目，不少项目都用到当前前沿的技术和概念。Regev实验室还有几
个人专门负责数据分析和软件开发，比较有名的比如Trinity de novo assembly的作者
Brian Haas，所以他们有很牛的技术和数据分析能力。
目前知道的一些项目涉及single cell sequencing，single nucleus sequencing，结
合Microfluidics，Microscopy based single cell isolation等等，做了好多项目。... 阅读全帖 |
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s*****o
发帖数: 26 | 34 别激动。就事论事。可能不同细胞系PPM1A的定位不同。我们重复的实验就是和这篇
Cell文章一样的HaCaT 。你看的公司抗体信息里IF实验是HaCaT细胞里的结果么？有
negative control么？
我只是想搞明白这个疑问。没有泼水的意思。因为我转载的这篇文结果也是在细胞质里
。贴一下相关的Abstract
Protein phosphatases play a key role in balancing the cellular responses to
the transforming growth factor-β (TGFβ) signals. Several protein
phosphatases have been attributed roles in the regulation of the TGFβ
pathway. Among these, PPM1A is the only phosphatase reported to
dephosphorylate SMAD2/3 in the nucleus. However we observed PPM1A... 阅读全帖 |
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w***r
发帖数: 709 | 35 扯淡一样的故事，关键是不是圈中人，我是捂裆派的。
Science. 2015 Jan 2;347(6217):83-6. doi: 10.1126/science.1258857.
Aging. Lysosomal signaling molecules regulate longevity in Caenorhabditis
elegans.
Folick A1, Oakley HD2, Yu Y2, Armstrong EH3, Kumari M4, Sanor L5, Moore DD6,
Ortlund EA3, Zechner R4, Wang MC7.
Author information
Abstract
Lysosomes are crucial cellular organelles for human health that function in
digestion and recycling of extracellular and intracellular macromolecules.
We describe a signaling role for ly... 阅读全帖 |
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B***v
发帖数: 113 | 36 四色pseudocolor用哪几个颜色发表文章好？以前最多三色，现在搞四色觉得不太好办。
color 1: green
color 2: red
color 3: blue
nucleus: violet (purple)
这样做是因为1,2,3之间是有可能有colocalization的。但问题是13区别不大，
colocalize之后颜色是cyan，发表文章好像不太好看。问老板，也不懂。
第二个问题：
colocalization%用什么软件定量？我们学校的显微镜只能收集data，不能分析data，
因为分析data的package要收额外的钱，没钱。 |
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n**********g
发帖数: 196 | 37 You comments are funny and clearly show you don't understand gene editing or
this paper at all. The reason you found evidences against Han are weak is
simply because you picked weak ones to fight against.
1) You avoided to answer the lack of reproducibility. You want to "window"
as long as possible to deny this concern. But Han distributed plasmids to
many Chinese laboratories during talks and more than 100 labs acquired his
NgAgo plasmid through Addgene. Yet there is only a single (unverified) ... 阅读全帖 |
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l*****7
发帖数: 8463 | 38 1
http://disinfo.com/2011/05/could-human-photosynthesis-power-the-future/
Could Human Photosynthesis Power The Future?
Posted By: phunkychic666 MAY 4, 2011
Chlorophyll. Photo: Wilfredo R. Rodriguez H. (CC)
Chlorophyll. Photo: Wilfredo R. Rodriguez H. (CC)
By Hank Mills for Pure Energy System News:
Dr. Arturo Solis Herrera has developed a technology that utilizes the
properties of melanin – the animal analogue to chlorophyll. His melanin
based (polihydroxyindol) photo-cell absorbs a broad spectru... 阅读全帖 |
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s***r
发帖数: 67 | 39 356. Synthetic antimalarials. Part XXXI. 2-p-chloroanilino-4--
diethylaminoethylaminoquinazolines containing various substituents in the
quinazoline nucleus
F. H. S. Curd, J. K. Landquist and F. L. Rose, J. Chem. Soc., 1948, 1759
DOI: 10.1039/JR9480001759
thanks |
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h********g
发帖数: 143 | 40 Thank you very much!
Are you talking about the triplet of CDCl3 in C-NMR?
Actually, I don't think it is due to C-CL coupling.
I searched the triplet of CDCl3 in C-NMR and found this:
http://u-of-o-nmr-facility.blogspot.com/2007/09/isotope-shifts-
The CDCl3 signal is a 1:1:1 triplet due to the J coupling to the deuteron
which is a spin I=1 nucleus having three energy levels. The chemical shift
difference between the CHCl3 and CDCl3 isotopomers is called an isotope
shift.
Question 1: Since chlorin... 阅读全帖 |
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H*****9
发帖数: 11 | 41 I now discuss some of the Chinese Classical literature and prep the patient
mentally:
The Huang Di Nei Jing states that the organs produce Qi and that the Qi of
the
different organs have differing functions. However, in healthy people the Qi
of
each organ feeds and balances the receiving organ. This Qi must then travel
from
the Organs to nourish the ends of the fingers, nose, toes, and brain. So, we
have this simplified idea of Qi from the Huang Di Nei Jing. But the magic
questions are, “What is... 阅读全帖 |
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u*****r
发帖数: 12 | 42 诚邀参加第三届电子科技大学国际青年学者论坛
Warmly Welcome to the Third UESTC International Forum for Young Scholars
一、介绍
1. Introduction
电子科技大学国际青年学者论坛（“成电论坛”），旨在将海内外优秀青年学者汇聚在
“天府之国”——成都，促进海内外青年学者之间的交流，增强不同研究领域之间的合
作。
UESTC International Forum for Young Scholars (UESTC Forum) aims at gathering
outstanding scholars all over the world to Chengdu—the Land of Abundance,
and enhancing the interaction and cooperation between prominent young
scholars with interdisciplinary backgrounds.
电子科技大学是国家首批“211工程”和“985工程”重点建设大学，是... 阅读全帖 |
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m******a
发帖数: 16 | 43 诚邀参加第三届电子科技大学国际青年学者论坛
Warmly Welcome to the Third UESTC International Forum for Young Scholars
一、介绍
1. Introduction
电子科技大学国际青年学者论坛（“成电论坛”），旨在将海内外优秀青年学者汇聚在
“天府之国”——成都，促进海内外青年学者之间的交流，增强不同研究领域之间的合
作。
UESTC International Forum for Young Scholars (UESTC Forum) aims at gathering
outstanding scholars all over the world to Chengdu—the Land of Abundance,
and enhancing the interaction and cooperation between prominent young
scholars with interdisciplinary backgrounds.
时间安排/Forum Agenda
2015年11月29日 报... 阅读全帖 |
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a**v
发帖数: 800 | 44 【 以下文字转载自 JobHunting 讨论区 】
发信人: adiv (adiv), 信区: JobHunting
标 题: 有人感兴趣硅谷小公司吗？可以refer
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jul 17 16:14:44 2012, 美东)
Video Communication Engineer
Required Skills
•Extensive experiences in architecting, designing, developing, and
verifying video transport systems
•Knowledge of H.264, H.263, and/or MPEG1/2/4 video/audio codecs
•Both qualitative and quantitative measurement of video quality
•Basic knowledge of wireless or wired networking with bandwidth and
la... 阅读全帖 |
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d****i
发帖数: 4809 | 45 这个绝无可能，嵌入式系统不管是传统的RTOS像VxWorks，QNX，Nucleus这些, 还是
embedded Linux，都是C写的，然后提供的API也全部都是C的API, 底层和中层的编程全
部都是C，应用层一般是C++和C的混合。如果是在Android上面编程，应用层倒是可以用
Java，但是底层的还是C, 很多场合为了速度和效率android应用还是要用NDK来写。
Java在嵌入式上面永远不会是主流，这是由于嵌入式系统大都有实时性要求，还要
memory footprint， code size要小，功耗要小，还要直接能和硬件，操作系统
interface，这些要求都只有C可以达到。 |
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a*****4
发帖数: 986 | 46 NMR的T1和T2是最基本的，通常指特定的nucleus具有的 relaxation times，NMR的发展
基于研究T1T2开始。建议你读一下polymer NMR 的书。在研究固体的polymer，T1T2都
可以用来研究chain dynamics 和 domain size，这些都基于高分子多相，它们具有不
同relaxation times。在高分子溶液，理论上T1T2可能一样。Spiess和 Schmidt-Rohr
的multidimensional NMR polymer是一本很好的书。在这本书的致谢里提到了“
Yuliang Yang”杨玉良，现在复旦大学的现任校长（搞高分子物理），还提到了我老板
。呵呵，这世界很小 |
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k**e
发帖数: 2728 | 47 sounds like wrong to me though
most of mRNA post transcription modification take place in the nucleus... in
clude capping it.. hmmm... you can try to hit the "feedback" button write to
them and see?
cytoplasm |
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z****o
发帖数: 368 | 48 A 48-year-old man comes to his physician because his wife noticed that his
right pupil is "small." Physical examination shows that the right pupil is
constricted and does not react to light. His left pupil is normal. These
findings are most likely due to a lesion involving which of the following
structures on the right?
A) Cervical spinal cord
B) Frontal eye fields
C) Lateral geniculate nucleus
D) Optic tract
E) Visual cortex
你的选择？麻烦再简单说一下原因。多谢 |
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a******e
发帖数: 88 | 49 left homonymous hemianopia. where's is the injury?
我的理解：
A: Caudate nucleus
B: Temporal
C: Thalamus
D: visual cortex
E: Internal capsule?
我的疑问是 visual cortex injury 有 macular sparing。最合适的答案应该是optic
tract。 这个的位置在哪里？我原先以为是在E附近。谢谢 |
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l*******8
发帖数: 290 | 50
25) In a patient with a movement disorder , positron emission tomography (
PET), using a radioactive ligand for the dopamine 1 (D-1) receptor, shows a
marked reduction in the structure indicated by the arrow in the MRI of the
normal head. Which of the following is the source of the innervation of this
structure by dopamine-containing axons?
A) Globus pallidus
B) Motor cortex
C) Motor thalamus
D) Striatum
E) Substatia nigra
The arrow in the MRI points to the Caudate Nucleus. |
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