由买买提看人间百态

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全部话题 - 话题: novo
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l**********1
发帖数: 5204
1
It is CS PhD and Biostatistic MD/PhD schlors both their duties, not wet bio/
medi MD/PhD's works.
pls check,
http://www.cs.helsinki.fi/u/vmakinen/
or
DAlign Computes the unit cost edit distance between a haploid and a
reference guided recombination of two diploids.
Maximal Unique Matches computed with a bidirectional BWT-index.
Traph. A software for RNA transcript expression prediction from RNA-
sequencing data. See RECOMB-seq and WABI 2013 papers below.
Normalized N50 calculator. A tool to extr... 阅读全帖
l**********1
发帖数: 5204
2
It is CS PhD and Biostatistic MD/PhD schlors both their duties, not wet bio/
medi MD/PhD's works.
pls check,
http://www.cs.helsinki.fi/u/vmakinen/
or
DAlign Computes the unit cost edit distance between a haploid and a
reference guided recombination of two diploids.
Maximal Unique Matches computed with a bidirectional BWT-index.
Traph. A software for RNA transcript expression prediction from RNA-
sequencing data. See RECOMB-seq and WABI 2013 papers below.
Normalized N50 calculator. A tool to extr... 阅读全帖
x*****d
发帖数: 704
3

_^
推荐Trinity,作者写了一个protocol。从de novo assembly到ORF预测,还有
differential expression,都有。http://www.nature.com/nprot/journal/v8/n8/full/nprot.2013.084.html
x*****d
发帖数: 704
4

_^
推荐Trinity,作者写了一个protocol。从de novo assembly到ORF预测,还有
differential expression,都有。http://www.nature.com/nprot/journal/v8/n8/full/nprot.2013.084.html
G*****o
发帖数: 315
5
来自主题: Biology版 - 请推荐一款text mining的工具
Find a gene name dictionary and write a simple program is probably the best
way to do it. Those "de novo" gene tagging tools are not very accurate.
j****x
发帖数: 1704
6
来自主题: Biology版 - 计算机模拟蛋白结构?
Baker是典型的“走自己的路,让别人无路可走”。de novo prediction这块,他的方
法一出来,基本上其他人就都死掉了。
其实他做的东西离真正的靠谱还差得远,虽然灌水无数了
T*R
发帖数: 36302
7
Glaxo Scientists 慙ive or Diein Research Overhaul
By Albertina Torsoli - Nov 30, 2011 12:53 AM CT
Six months ago, Roberto Solari talked eagerly about his research into the
mechanisms that govern asthma. Now he must let someone else finish the job.
Solari, who until last month headed one of GlaxoSmithKline Plc (SAN)抯
targeted research units, is one of the casualties of the company抯 new
approach to drug discovery.
Glaxo is conducting one of the industry抯 boldest experiments, changing the
way it loo... 阅读全帖
e*r
发帖数: 103
8
来自主题: Biology版 - protein carry over and de novo synthesis
In vivo, 如何证明蛋白在细胞分裂后是新合成的还是 carryover。
v*********d
发帖数: 382
9
来自主题: Biology版 - protein carry over and de novo synthesis
in vitro 还能把细胞block 在 Metaphase,再pulse-chase
in vivo 想都不敢想, 呵呵
S**********l
发帖数: 3835
10
来自主题: Biology版 - server?
外行问一句,de novo assembly的程序为啥不用上磁盘捏?都放在memory里也太烧钱了
r****t
发帖数: 10904
11
来自主题: Biology版 - server?
哪敢,我是看了你的贴去读 wikipedia de novo assembly 条目的那水平。要不你给科
普个算法吧?或者推荐本书好不?
l**********1
发帖数: 5204
12
来自主题: Biology版 - multiple desktops vs a server
what you want to do?
if NGS
de novo assembly
please go to
//www.mitbbs.com/article_t/Biology/31629315.html
b****r
发帖数: 17995
13
来自主题: Biology版 - NGS物种识别
没有亲手做过NGS,原理应该基本还是懂
做一个de novo alignment
选质量比较高的比较长的一段/几段
到UCSC 里面一blat就出来了
基本不可能错
b****r
发帖数: 17995
14
来自主题: Biology版 - NGS物种识别
没有亲手做过NGS,原理应该基本还是懂
做一个de novo alignment
选质量比较高的比较长的一段/几段
到UCSC 里面一blat就出来了
基本不可能错
l**********1
发帖数: 5204
15
Merci 老大。
还有一篇几乎同时投的偶群众作者的 manuscript outside reviewers response
站内PM你了,
理论Math/Systems/Synthetic Biology 的
看了这个 老大可能会茅塞顿开吧.
NB:
今后 你 挑头 加Peoplem 我们三个把JSMF 三个方向一同申请个triple R01 如何?
可能的一个题目是
"The undersea water immigrants (12♂+12♀) their
a)
Brain Cancer
b)
Complex Systems
c)
Understanding Mars Immigrants Cognition with
Cutting Edge Methods for their In Vivo/In Vitro/De Novo/In Silico
adaptation and evolution/devolution problems within under seawater systems".
From
2200Y AC NY area might be un... 阅读全帖
c**********e
发帖数: 70
16
Congratulation to him.
-----------------------------
March 14, 2012 | Heng Li, a research scientist at the Broad Institute, is
the winner of the 2012 Benjamin Franklin Award for Open Access in the Life
Sciences.
“I have to say I’m a little surprised,” Li told Bio-IT World, of the
award, though his contributions speak for themselves. Li made essential
contributions to the next generation sequencing (NGS) field with tools like
SAMtools, BWA, MAQ, TreeSoft and TreeFam, many of which began as proj... 阅读全帖
l**********1
发帖数: 5204
17
来自主题: Biology版 - 有没有这样一种工具?
ZOTERO already had online catch and de novo saving function:
please go to
//www.zotero.org/
more:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31647111.html
10th floor
s**f
发帖数: 365
18
来自主题: Biology版 - 求paper!谢谢!
哪为高人帮个忙?我在大学里面看不到这篇。
Email: suffcn @hotmail .com
谢谢
标题: Discovering a potent small molecule inhibitor for gankyrin using de
novo drug design approach
作者: Thakur, Prasoon Kumar
杂志: International journal of computational biology and drug design
ISSN: 1756-0756 Date: 2011
Volume: 4 Issue: 4 Page: 373
DOI: 10.1504/IJCBDD.2011.044404
G***y
发帖数: 1082
19
来自主题: Biology版 - bioinformatics吐下槽
对我来说生物信息是工具不是问题。你现在要想明白的是你自己的兴趣到底在哪边,是
生物还是计算机。
如果你喜欢的是生物,你要找到你感兴趣的,可以用生物信息学方法解决的生物问题,
比如rare SNP对疾病的贡献。
如果你喜欢的是计算机或者算法,你可能要再上一些CS的课程。你的研究方向可以是如
何提高现有的算法,比如如何快速精确的进行whole genome de novo assembly。
这两个方向虽说都归在生物信息下面,但是用到的知识和研究的性质还是有很大区别的。

sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
了那就是自己的;以后用的到。而我们这种... 阅读全帖
u*********1
发帖数: 2518
20
来自主题: Biology版 - bioinformatics吐下槽
谢谢。你说的很有道理。
我的问题基本也是找rare SNP vs de novo assembly算法的开发。
我自己在独立的医学院,根本就没有CS的course;所以其实目前的现实是:偏生物的。
好像老板的意思也是先computational work的找target,至于以后怎么弄再说(比如以
后要是找到target,或许也可能回归benchwork做validation,这样就成纯生物了)但
我挺不甘心啊,我想学CS。但又怕自己小打小闹的效率不高或者根本是野鸡。
说到兴趣,我其实还是很喜欢biology的。但一定做的东西是“真"的,而不是一堆
artifact自己都不相信,那就太没意思了。
但我还是羡慕CS的,积累一些真经验真本事。而且工资高。
所以我自己也迷茫

的。
d********m
发帖数: 3662
21
来自主题: Biology版 - 合成生物学
现在只合成了细菌吧。从原核到真核的跨越不是多合成一套同源染色体的需别吧。
真能de novo合出有性生殖的酵母,我看好无数重大发现的产生。
s********n
发帖数: 2939
22
来自主题: Biology版 - 合成生物学
现在连E. coli都还不能de novo合成,谈yeast有点早吧?个人不是很看好。如果能合
成全新物种另当别论
l**********1
发帖数: 5204
23
来自主题: Biology版 - 审稿人这么说有道理么?
12.4 hr interval should be taken between IN VIVO De Novo blood sampling of
same tissue of
--Mouse/+-Mouse/++Mouse her/his mRNAs and proteins
if that mRNAs and produced proteins are Circadian controlled
please check one paper:
Connor K. and Gracey A.(2011)
Circadian cycles are the dominant transcriptional rhythm in the intertidal
mussel Mytilus californianus.
PNAS 108:16110-16115.
Abstract
Residents in the marine intertidal, the zone where terrestrial and marine
habitats converge, inhabit an env... 阅读全帖
g*********3
发帖数: 177
24
好帖~
1)我前几天在想personal medicine,我们是不是策略可能有点问题~ 通常的做法是
find a commonly occured desregulated pathway based on many samples---Find
drug---Treat people carrying this abnormal pathay with drug.
其实由于heterogeneity,找出癌症共有的通路本身就是很难的【这个可以部分解释为
什么microarray做了这些工作,取得的效果不是很明显】~ 我的想法是直接进入
personal medicine,忽略第一步,直接进入第三步不见得难~ 当然这个成本目前还不
可能被接受~
2)LZ说的第二点很好~ 我个人的观点是怎样从这么多mutation中找出driver mutation
,这个面有不少牛组在做了,进展不是很大,另外有人提到了一点,很多不是
druggable的,这个比较棘手,很多TFs,我估计是driver mutation,恰好很多TFs不是
druggable的,这个是老板的经验,他说可能和TFs ... 阅读全帖
b****r
发帖数: 17995
25
1.直接personal我觉得是不现实的。怎么个peronalize,你怎么找切入点?人的一辈子
,除了DNA是相对稳定的,其他的东西变化太厉害,对于科学研究来说可以说是个相当
捉摸不定的东西
2.大牛组进展不大很正常,现在遗传学技术的通量对于癌症的复杂程度根本差得太远太
远,说九牛一毛也不一定夸张了。至于是不是drugable,也不好一概而论,但是我觉得
原则上只要癌症和正常细胞还有本质的区别,它就一定有致命的靶点
3.microarray就别提了,太逊了。我反复强调的一点,就是有没有可能穷尽一个东西。
只要能穷尽地研究一个东西,这个东西就能被搞清楚,这是我的信念。microarray只能
针对一部分基因的很小一部分信息,说它挂一漏万,肯定没有夸张。 proteinomics理
论上当然好,但是刚才我说过,蛋白变化太大,而且即使一个细胞里不同蛋白都可以有
无数种位置区别,不同的化学修饰,再加上和另外几十几百个protein的互作,然后人
体有几亿亿个细胞,现有的人类技术不知道要多少年才能穷尽。我觉得这是一条低效率
的路。
4.癌症致死,归根结底是癌细胞越来越多。

1)我前几天在想p... 阅读全帖
l**********1
发帖数: 5204
26
来自主题: Biology版 - RNA-seq map工具
LZ pls refer
Koren S. and Jarvis ED et al. (2012)
Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing
reads
Nature Biotechnology. 10. 1038/nbt.2280.
full text PDF link:
//jarvislab.net/Publications/Koren_et_al_2012.pdf
or
//wap.creaders.net/newsViewer.php?nid=523980&id=1170990&aid=13&fontsizetype=
large&ipage=2
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31697345_0_7.html
135th floor
m*b
发帖数: 1421
27
来自主题: Biology版 - 问个DNA甲基化研究的技术问题
Yang Shi在干这个?很有意思啊
植物里倒是有多种DNA MTase
各司其职,各有个的序列特异性
动物中de novo的就DNMT3a/b两种吧
基因组也侧过序了
DNA MTase序列上还是很保守的
难道还可能有别的DNA MTase没被发现?

CG
l*******i
发帖数: 153
28
来自主题: Biology版 - 2012年诺贝尔生物医学奖
iPS本身最大的创新可能是1)技术的简易化,使得其迅速普及;2)其本身机制的研究
促进了epigenetics等领域的发展。
reprogramming这个概念早就存在。就体细胞向ESC逆编程而言,SCNT应该比iPS更好,
可惜的是,到目前为止还无法在人的细胞上完全实现。
iPS细胞刚出来时,几乎所有人都对其临床应用充满了期待,随着研究的深入,该领域
内怀疑其clinical therapy价值的人渐渐增多,其主要弱点有:
1)iPS与ESC的identity:Yamanaka现在似乎仍然坚持iPS与ESC是非常相似的,但是他
本人也承认现在iPS还根本无法取代ESC;相反的一派认为iPS与ESC根本就是两种不同的
细胞,无论是在transcriptome水平,还是epigenetic水平——蛋白组水平的研究,我
只看到两篇文章,不知为啥这方面的研究到目前还少之又少。当然,就目前已有的ESC
株,不同实验室分离的,不同人种来源的,相互之间也有比较大的差别,甚至这种差别
影响到了其pluripotency/分化能力。我个人的看法是,ESC是一个动态变化的cell
population(... 阅读全帖
l**********1
发帖数: 5204
29
来自主题: Biology版 - 2012年诺贝尔生物医学奖
>ESC是一个动态变化的cell
population(或者说其heterogeneity非常大),即使subcloning以后,一个cell pool
里,各个细胞之间差别可能比我们想象的要大———无论是transcriptome水平,还是
epigenetic水平——但这一点,估计得靠singel cell analysis来验证的。
Sure
plus Monte Carlo Markov Chain Stochastic approch
pls refer
Hanna J et al. (2009)
Direct cell reprogramming is a stochastic process amenable to acceleration.
Nature. 462: 595-601.
link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19898493
or
Max Flöttmann et al. (2012)
A Stochastic Model of Epigenetic Dynamics in Somatic Cell R... 阅读全帖
s******9
发帖数: 283
30
其实楼主的问题我以前问过,当时没有什么讨论。再跟进一点想法:
高通量蛋白分析可以分in vivo(proteins in natural environment)和in vitro方法
。in vitro主要是protein array和Y2H,in vivo当然是MS。不用多说,各有明显优缺
点。
NGS的优点在于它是separation independent & single-molecule based。其他的
single-molecule技术都不能做high-throughput,原因是受限于limited fluorophores
。同理,蛋白分析能够也做到SM sensitivity和separation independent,将是true
breakthrough。
MS的优势很明显,但是sensitivity, throughput和cost-effectiveness都有瓶颈的。
所以in vivo基本无法做到single-molecule proteomics。但是对于in vitro,如果
protein被DNA barcoded(比如ribosome di... 阅读全帖
S**********e
发帖数: 1789
31
他前期的一些博后很短时间就走掉了。 他独立了8年,自己也是讲席教授了,但在美国
没有一个独立AP出来。
Postdoctoral Fellows:
Heng Wu 12/2004 – 01/2006
Current Position: Postdoctoral Research Associate, UT- Southwestern Medical
Center
Guohong Hu 10/2005 – 08/2009, NJCCR Fellowship
Current Position: Principal Investigator and Professor, Shanghai Institute
of Heath Sciences,
Chinese Academy of Sciences and Shanghai Jiao Tong University
Yi Luo 11/2005 – 11/2006, Susan G. Komen Fellowship
Current Position: Scientist, Beijing Novo Nordisk Pharmaceutic... 阅读全帖
z*t
发帖数: 863
32
当不起,但我倾向于认为glioblastoma(GBM)是遗传上与glioma II/III完全不同的疾病
。如果你看GBM和其他级别的关系,其实不是一个从低级别到高级别进展(类似MDS 到
AML)的过程。GBM的发病往往是de novo的,不存在从其他级别发展来的说法
b*******g
发帖数: 1309
33

这叫 De Novo Peptide Sequencing,有一些 software 可以做,
但是还不是很efficient,因为sequence coverage不可能是100%,
而且需要的计算能力比较高
u*********1
发帖数: 2518
34
来自主题: Biology版 - 大家对NGS的发展如何看?
我觉得要考虑几个方面:
1.如何定义“遗传因素比较大”? 想确定到底是familial还是sporadic,肯定要收集
足够的sample吧。。有时候对于有的疾病sample都很难收集。这不仅是人力,精力,
funding的问题,有的疾病病人死的很快,或者sample本身很少,总是很难碰到一个好
的大的pedigree的
2.NGS技术本身我当然是很看好的了,肯定越来越精确成熟,而且越来越便宜。但到底
能有多便宜?什么时候可以很轻松的给每个人做全基因组测序?read length可以达到
长?(肯定是越长越好)计算机的硬件能跟上NGS数据发展的趋势吗?
3.生物信息分析。我只能说现在的bioinformatic pipeline,除了read alignment和
SNP calling变的非常成熟(不仅sensitivity/specificity很高,而且可以做
population-level的分析),在其他方面,要么很艰难,要么很混乱。就是说无法达成
一个统一大家公认的最好的pipeline,我开发一个方法,你开发一个软件,最后把使用
者都搞的糊里糊涂的。比如indel cal... 阅读全帖
n******7
发帖数: 12463
35
来自主题: Biology版 - 大家对NGS的发展如何看?
我觉得你说到点上了,应该M起来
“4.对基因组,genome biology本身的认识。其实纵然是whole-genome sequencing,我
看大部分的paper也就是先找找coding region/splicing的SNP/indel;或者说大家还是
gene-centric的。现在我们对基因组的认识还很不完善,且不说loci interaction,就
连最基本的每个loci是什么作用都不清楚。很多基因的功能都不知道,而且gene本身的
概念也在被扩充,不断有新的gene被发现,以及各种新型的什么miRNA gene啊,
linkRNAgene被发现。还有很多regulatory region比如被ENCODE给annotate出来。除了
非常明显的罕见的large deletion/duplication,或者一些repeat expansion,我们的
精力还是停留在missense mutation上,因为这个最好解释。而splicing site,或者
regulatory region有一个哪怕是罕见的A到T的突变,请问你能立刻给我解释下这个
rare SNP ... 阅读全帖
n******7
发帖数: 12463
36
来自主题: Biology版 - 大家对NGS的发展如何看?
我理解你的想法
就是我们只要知其然,不用知其所以然,照样可以预测疾病风险。就我所知,现在有个
已经在使用的软件基本就是这样,依靠背后巨大的病人数据库。现在的de novo CNV数
据也基本有很高的预测效果了,谁要不幸有了,基本也是个病人。
问题在于:
1. 何时我们可以穷尽所有,或者大部分的致病variants? 特别是复杂疾病,gene之间
的协同会很复杂,我觉得只关注一个variant site的话,会有很多site跟多种疾病关联
。而考虑site之间的combination的话,可能的情况太多太多。。疾病的定义本身,也
是个问题
2. 更重要的,理解疾病的机制还是最终的目的,才有可能去治疗或者缓解疾病。这点
太难了,不知道近几十年可以搞明白不,也许是我要求太多吧

epigenetics
conclusive
u*********1
发帖数: 2518
37
如果你不是做技术开发,就直接的PCR+sanger sequencing
尤其因为你的样本不多,而且只做一个基因(当然一个基因或许有multiple的exon)
如果你要做比如3000个sample,同时做40个基因,那这个方法肯定就不行了,
最先进的办法请看:
Multiplex Targeted Sequencing Identifies Recurrently Mutated Genes in Autism
Spectrum Disorders
http://www.sciencemag.org/content/338/6114/1619.abstract
当然未来whole exome测序的成本变得非常非常低的时候,这方法估计也要淘汰
btw,上面的science paper测了几千个样本的44个基因,最后也就发现6个recurrent
de novo mutated gene,也只能解释1%的sporadic ASD,所以我觉得disease genetics
还是任重道远
f*******2
发帖数: 14
38
来自主题: Biology版 - 问个gene测序的问题
主要有三个方面的改进:
1。硬件上光学系统,升级后可以同时检测15万 ZMWs,通量增加俩倍:200-500Mb per
smrt cell
2。更好的DNA Polymerase,可以跑最长两个小时,增加了average read length up to
5Kb.
3。分析软件的更新,可以只用PAcBio data for de novo assembly, targeted
resequencing for variants detection and DNA modification detection.
u*********1
发帖数: 2518
39
来自主题: Biology版 - 请教neurogenomics职业规划
你说的common SNP估计是GWAS的结果吧。
我才入行一年,正好碰到sequencing这个潮流,所以直接关注的都是rare mutation;
对于complex disease,基本上现在exome seq做的多的就是rare/de novo SNP,认为他
们有large effect size,可以解释autism这样幼儿疾病;这点我个人是很相信的。但
过去的GWAS所有的common SNP就都没意义吗?我觉得有些common SNP对于疾病的
susceptibility还是有贡献的,只不过是small effect size。。。所以我觉得如果有
足够多的样本,每个样本都有序列(目前当然不可能),完全可以做个sequencing-
based的association study。
其实我倒巴不得测序成本降低的慢点,这样做我们这行的就不会太吃力,有更多的时间
来“忽悠”。比如现在你要再起步做exome sequencing就都已经晚了,因为做的人已经
太多太多了。
但其实我个人觉得测序成本降低的很快,所以很快就可以做很多的whole genome
sequencing... 阅读全帖
t*****2
发帖数: 213
40
这个就有问题了。从理论上讲,用5'aza处理为何还有甲基化的dna? 去甲基化是否彻
底?还是de novo的甲基化?
n******7
发帖数: 12463
41
来自主题: Biology版 - 有没有CNV-Phenotype的数据库?
你说的这个问题也就是我看CNVD的paper的时候的疑问
我不知道他们怎么annotate disease associated CNV的,文章里面根本没提。
我对CNV感兴趣,也是因为以前做psychiatric disease的。一般如果是trio studies,
do novo CNV是很强的因素。不过有的sample没有family信息,就麻烦一些。我看有的
文章是把比较大的CNV,又没有跟DGV有overlap的也算作significant的
总体上,是没有一个统一的标准。 我希望的是有个high quality的dataset,哪怕漏掉
一些,可以先做些基本的分析。有一些false positive也ok,我想做的方法一定程度可
以控制这个。 可能我还是得找个10来篇数据多点的paper自己搞一个。

schizophrenia
control
artifact
a*****t
发帖数: 81
42
来自主题: Biology版 - 有没有CNV-Phenotype的数据库?
Karyotyping can detect aberrant regions larger than 5MB. aCGH has much
better sensitivity in smaller microdeletion/microduplications than
karyotyping. For CNV larger than 300kb (ACMG recommendations for clinical
reports), false positive rate is pretty low.
On the contrary of your example, autism is a very well studied disorder in
aspect of genotype phenotype correlation. De novo CNV strategy is more
frequently used in CNVs with unknown of clinical significance.

schizophrenia
control
artifact
f******e
发帖数: 887
43
来自主题: Biology版 - 请帮忙查一个文章全文
Eur J Hum Genet. 2013 Feb 20. doi: 10.1038/ejhg.2013.18. [Epub ahead of
print]
Disruption of EXOC6B in a patient with developmental delay, epilepsy, and a
de novo balanced t(2;8) translocation.
my email: f******[email protected]
谢谢版上同学
j***x
发帖数: 1469
44
来自主题: Biology版 - paper help, thanks !
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0002929713002
The American Journal of Human Genetics
Volume 93, Issue 1, 11 July 2013, Pages 124–131
Cover image
Report
De Novo Mutations in the Genome Organizer CTCF Cause Intellectual Disability
---------------------------------
Please send to l************[email protected]
Thank you very much!!!
V**3
发帖数: 12756
45
首先发错地方了,lol
这职位年薪30-35万是招不到符合条件的
还5年industrial experience呢
有5年下游处理industrial experience的在美国挣多少知道么?

diabetes
R
For
n******e
发帖数: 110
46
在做肿瘤RNA测序相关的研究,最近才开始注意到反转录酶的出错率,看了一些文献报
道,觉得这是个大的问题,尤其是在做一些de novo sequence 研究的时候。比如trans
-splicing 和alternative splicing,大多数开始的实验是通过cDNA来作研究的。对于
一两个的transcript到是可以用传统的方法来验证通过cDNA sequence 的结果,可是对
于高通量的测序结果,好像没有人去一个个都验证吧。下面是两篇由反转录酶引起假阳
性的例子。
有没有同学对这方面熟悉的,比如反转录酶的错误率,怎么控制RNA sequence的准确,
希望可以讨论讨论。
1. Houseley, J. and D. Tollervey, Apparent non-canonical trans-splicing is
generated by reverse transcriptase in vitro. PLoS One. 5(8): p. e12271.
2. Zeng, X.C. and S.X. Wang, Evidence that BmTXK beta-B... 阅读全帖
l******u
发帖数: 936
47
RT 实验影响转录水平的研究不仅仅在RNA Seq 中存在, 普通表达谱microArray中也有
,最好的方法是直接读RNA测序,还有的就是现在做转录的很好的工具 nanostring,
但是nanostring 不能做到 de novo sequencing 的很多东西。

trans
is
w******e
发帖数: 1437
48
来自主题: Biology版 - paper help (转载)
【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
发信人: wyysmile (wyy), 信区: Chemistry
标 题: paper help
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Oct 25 21:48:00 2013, 美东)
I need the chapter 1 ( page 1-28 )in PDF format.
Chapter 1 : “De Novo Approaches to Monosaccharides and Complex Glycans”
Authors: Michael F. Cuccarese, Jiazhen J. Li, George A. O'Doherty
DOI: 10.1002/9783527658947.ch1
Book title: “Modern Synthetic Methods in Carbohydrate Chemistry: From
Monosaccharides to Complex Glycoconjugates”
Editors: Daniel B. Werz, Sébastien Vidal
非常感... 阅读全帖
e*****n
发帖数: 139
49
来自主题: Biology版 - 未雨要绸缪-千老不是一个职业
我也有加拿大枫叶卡。去年Novo Nordisk 给了个job,让我给回绝了。理由很简单,我
不喜欢干industry.
T*G
发帖数: 600
50
你还是和bmwcar多联系一下吧,象他说的如果是已经知道的肝代谢病,一般稍微有经验
的专业医生都会让你做一些正规routine的检测,为人父母很明白天下父母心,可是说
句negative的话,你就是做Whole Genome Sequencing如果lucky找到de novo mutation
的话,如果不是常规的疾病基因,医院也没有stardard care 去改善症状呵。这里大部
分人是做research的,建议从research角度讲都不错,可是不一定能帮到你宝宝。在美
国看疑难杂症最重要的是找到这方面的牛医生,经验和水平对勘这种病很重要。还是和
bmwcar联系一下,BCM是diagnosis field 的老大和标杆了,如果他能给你一些有用的
信息,应该挺有帮助的。希望你宝宝快快好起来。

MCT
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