c*********r
发帖数: 1312 | 1 这个问题我也很感兴趣，期待版上高人回答。
我的理解，人跟人之间的基因组的差异还是有一些，尤其是病人的话，大家肯定想找出
差异。如果简单的把序列map到reference genome上边，有些差异比如SNP，小的indel
还是可以找得到，但是很多复杂的差异，大片段的indel、invertion什么的，也许就不
太容易找到了。
这里有篇很好的2015年的nature review：Genetic variation and the de novo
assembly of human genomes
“Short-read massively parallel sequencing has revolutionized our ability to
discover genetic variation but is insufficient to generate high-quality
genome assemblies or resolve most structural variation. Full resolution of
variation is only guaran... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 2 我的一点感觉，一个很重要的不同在于NGS等DNA/RNA测序可以做de novo assembly/
discovery，MS做蛋白、代谢物等测序高度依赖于数据库，没有办法做de novo，数据库
里没有的，即使检测到了，也很难知道是什么东东，而且成本高。
什么时候MS也能做de novo assembly，来发现数据库里没有的序列和结构了，那时绝对
又会是一个推广MS应用的大高潮。 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 3 是的，有没有生信/CS高手计算一下只有四种信号和有20中信号的de novo assembly的
算法复杂度分别是什么？
所以de novo assembly很关键，要在protein上做DNA/RNA这样的不依赖于data base（
reference）的de novo assembly，要是有基于Oxford nanopore这种蛋白质测序技术就
好了。
或者可以随机fragmentation（不要用sequence-dependent proteinase消化），然后做
MS。但是这里的MS还是需要借助data base search来确定peptide序列，不然就miss掉
了。还是要有完整的data base。 |
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g*****x
发帖数: 3283 | 4 这个不是有或无这么简单。比如在一级质谱测到了一个峰是737.1837 m/z，那么它是不
是一个peptide，或者只是一个nobody？这个就得具体看二级质谱里fragmentation之后
的碎片，能不能和amino acid的pattern match上。假如一个十肽中检测到十八九个碎
片离子而且质量和数据库序列计算出的理论质量吻合很好，那么对于这个十肽的score
就比较高；相反如果只检测到一两个fragment或者质量match的误差较大，那么对应的
score就低。
对于质谱de novo蛋白测序，本质上就是鸟枪法 拼图，在样品纯度高的时候work得不错
，但因为氨基酸复杂程度比核酸高太多，所以对复杂体系基本无能为力，所以应用远不
如bottom-up proteomics广泛。
: 这两个系统的打分系统一样吗？可以互换或者类比吗？
: “如果match不好，那么peptide得到的匹配分数就很低。但是你要
是不介意也可
以使用
: 。”
: 理论上，如果仪器没有问题，测出来的信号就应该表示是样本里存在的蛋
白序列
... 阅读全帖 |
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b*****d
发帖数: 61690 | 5 【多维新闻】菲律宾一家华人商场9日发生火灾。经查实，火灾原因属于人为纵火，迄
今为止已造成24人死亡，至少4人被困。
综合媒体5月10日报道，菲律宾警方9日称，该国南部北阿古桑省武端市蒙蒂拉大道上“
NOVO”服装店凌晨起火，火势随后蔓延至邻近商业大厦，消防部门在当天6时左右控制
火情，9时将其完全扑灭。该商场系由华人经营，而火灾原因属于人为纵火，迄今为止
已造成24人死亡，至少4人被困。
菲律宾卡加拉警方发言人Martin Gamba表示，截止目前为止，菲律宾警方已将18位遇难
者遗体从废墟中找出，仍有6位死者遗体还被埋在因火灾造成的废墟中，目前挖掘工作
仍在继续。
据悉，火灾发生后凌晨7点，商场内被困的3名女售货员跳出位于该建筑物二层的紧急出
口，得以逃生。警方同时表示，此次火灾中，大多数遇难者系菲律宾当地服装零售商
Novo品牌的雇佣员工。
关于此次火灾的原因，菲律宾警方目前正在调查中。据悉，这家发生火灾的商场由菲籍
华人Boy Tan经营，火灾发生后，商场内员工曾试图逃离，但由于通道处大门被人为反
锁两道，导致商场内员工无法逃离。
中菲船只在南海黄岩岛海域对峙已经超过两个星期。... 阅读全帖 |
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f*******n
发帖数: 12623 | 6 不是appeal，是trial de novo。
http://www.dmv.ca.gov/pubs/vctop/d17/vc40902.htm
(d) If the defendant is dissatisfied with a decision of the court in a
proceeding pursuant to this section, the defendant shall be granted a trial
de novo. |
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I******e
发帖数: 266 | 7 谢谢美妈美爸回复。
我爸用的是诺和诺德（丹麦novo nordisk）精蛋白生物合成人胰岛素注射液笔芯。六个
月的量的确是二十几只，应该是可以带到客舱的，就准备随身携带了。我爸有一个保温
杯，是玻璃胆的，效果不错，就是不知道玻璃胆能不能过安检。实在不行，我就在
amazon上买个保温包给他寄过去了。
还有个问题就是，万一不够的话，novo nordisk美国这边有没有卖啊？ |
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g****y
发帖数: 72 | 8 看到版上经常有人问,我自己也曾经花了不少冤枉钱,最近才找到经济可靠的购买渠道.
瓶装普通胰岛素在大部分州是OTC (Novolin N, Novolin R, Novolin 70/30).需要用注
射器.可以在Walmart 买到. 10ml一瓶$25.(其他药房很贵, CVS $180 一瓶,太evil了.)
. 胰岛素放在药房里面,需要向药房工作人员购买.
胰岛素笔用的penfill 是处方药,美国没有处方买不到.
如果从国内带,一定要随身携带,不能托运.因为胰岛素冷冻后会失效.
另外这里药房买的药,保存的好,活性效力高.
Insulin Script required/Syringe Script required (2007 list) Check your state
for the most updated information.
Alabama No No
Alaska Yes Yes
There are some reports that indicate prescriptions are not needed for either
insulin or syri... 阅读全帖 |
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a********f
发帖数: 444 | 9
首先我声明我不是来推荐股票的。
既然你是做NGS的，那你肯定也知道现在throughput很多时候已经不是瓶颈了，处理这
些数据的平台和算法越来越重要。Sanger时代的瓶颈是数据采集，一是慢二是贵。那时
候的sequencing都是人工做的。现在的next gen sequencing时代，这两个已经有了很
大的改善，而数据处理的瓶颈才开始凸显出来。
我同意你说的，许多时候不需要de novo assembly。但是现在离所谓基因治疗时代还远
得多，大多数测序仪仍然是科研机构购买的。而且现在只有极少数的物种的全基因组被
分析过。在科研领域全基因测序仍然有很大市场。而就像我前面说的，对于几千bp的
interleaved repeat，只靠高通量测序是没有可能的。
Pacbio的测序长度是近两年来才有了很大提高。他们之前推出的产品是不成熟的，这也
是我对他们的市场策略非常不解的地方。这个直接后果就是很多年Pacbio的测序仪销量
低迷，在前几年每个季度都只有几台销量。
现在几乎所有的de novo重建算法都是基于graph上的哈密顿回路或者欧拉回路的。这些
算法需要很长的bridgi... 阅读全帖 |
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n***s
发帖数: 897 | 10 和NNIT 做过几个PROJECT， 没想到这个 NOVO 支持的几个股票貌似都不错，
今年上市的 NVRO , OTIC 都快一番了
NOVO A/S: Declared Holdings
Company/Relationship Reported Shares Ownership
Akebia Therapeutics, Inc.
Beneficial Owner (10% or more)
NasdaqGM:AKBA
(historical quotes, profile, other insiders) 25-Mar-14 1,516,387
Direct
Alder BioPharmaceuticals, Inc.
Beneficial Owner (10% or more)
NasdaqGM:ALDR
(historical quotes, profile, other insiders) 13-May-14 3,201,183
Direct
Flexion Therapeutics, Inc.
Benefi... 阅读全帖 |
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G***Y
发帖数: 9698 | 11 大苹果活动看板（2012-10-07）
发布于： 2012年10月09日 星期二 11:00
[本报编译林婷、庄巧祎纽约报道]
体育·活动
★★★★秋季鸡尾酒派对：庆祝日渐繁盛的公园（Fall Cocktail Party:
Celebrate Our Growing Park）一年一度的秋季鸡尾酒派对将在布碌仑大桥公园举办，
届时将提供各式鸡尾酒和美食小吃，旣可以游览第5码头，还可以观赏精彩纷呈的现场
音乐表演。时间：10月11日星期四下午5点半到晚上9点地点：布碌仑大桥公园（Brookl
yn Bridge Park）。交通：地铁A、C车到High Street, 2、3号到Clark Street, F车到
York Street，B25公车。网站：brooklynbridgepark.org。
★★★★第十届“我的狗狗爱中央公园”集会（My Dog Loves Central Park
Coun
-try Fair）一年一度的“我的狗狗爱中央公园”集会即将举办，届时狗狗将和它的主
人一起前来参加这个特别的活动，让狗狗们回归自然的怀抱，而主... 阅读全帖 |
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y********m
发帖数: 1981 | 12 我也奔一下呵呵。。。。
e-ring是T家的novo, wedding band是配套的novo band ring, 2mm. 都比较简单。 |
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s***s
发帖数: 7178 | 13 问题是我的帖子你看不见啊
About: Ramesses IIIAn Entity of Type : people, from Named Graph : http://dbpedia.org, within Data Space : dbpedia.org Ramesse III (... – ... ) è stato il secondo sovrano della XX dinastia egizia. |-bgcolor="EFEFEF" |align="center"|Nome Horo |align="center"|Altri nomi |- |align="center"|Ka-nekhet Aa-nesyt (numerose varianti) |align="center"|Ramesse III |}
Property Value
dbpedia-owl:abstract ■Ramses III. (* um 1221 v. Chr. ; † 7. April
1156 v. Chr. ) war ein altägyptische... 阅读全帖 |
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G****e
发帖数: 11198 | 14 introduction:
http://chem.berkeley.edu/people/faculty/xu/xu.html
group page:
http://www.mse.berkeley.edu/groups/xu/index.htm
Research Interests: Polymers, Biomaterials, Materials Chemistry
The key to future technology is the design and fabrication of functional materials having structures ordered down to the molecular level. This goal can't be reached by conventional "top-down" approaches and remains as the "holy grail" using synthetic materials such as block copolymers. In addition, there have ... 阅读全帖 |
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B**T
发帖数: 294 | 15 祝贺！
materials having structures ordered down to the molecular level. This goal
can't be reached by conventional "top-down" approaches and remains as the "
holy grail" using synthetic materials such as block copolymers. In addition,
there have been limitations in the functionalization of these
nanostructured materials. On the other hand, nature has made a dizzying
array of materials using a few building blocks. Remarkable progre: ss has
been made in de novo protein design and various peptides ha... 阅读全帖 |
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T****n
发帖数: 2195 | 16 06年出去那个MIT的不知道怎么样了。
materials having structures ordered down to the molecular level. This goal
can't be reached by conventional "top-down" approaches and remains as the "
holy grail" using synthetic materials such as block copolymers. In addition,
there have been limitations in the functionalization of these
nanostructured materials. On the other hand, nature has made a dizzying
array of materials using a few building blocks. Remarkable progre: ss has
been made in de novo protein design and var... 阅读全帖 |
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m*********e
发帖数: 216 | 17 不是大工的，也来凑个热闹，祝贺一下。
再批评一句：不就是个伯克利的aP（小写的a，不是大写的A），至于吗？让这个藤那个
藤的AP， P们情何以堪？
materials having structures ordered down to the molecular level. This goal
can't be reached by conventional "top-down" approaches and remains as the "
holy grail" using synthetic materials such as block copolymers. In addition,
there have been limitations in the functionalization of these
nanostructured materials. On the other hand, nature has made a dizzying
array of materials using a few building blocks. Remarkable prog... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 1065 | 18 你们怎么不去看看这个姐姐的老公是谁
materials having structures ordered down to the molecular level. This goal
can't be reached by conventional "top-down" approaches and remains as the "
holy grail" using synthetic materials such as block copolymers. In addition,
there have been limitations in the functionalization of these
nanostructured materials. On the other hand, nature has made a dizzying
array of materials using a few building blocks. Remarkable progre: ss has
been made in de novo protein design and vario... 阅读全帖 |
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m*********e
发帖数: 216 | 19 不是大工的，也来凑个热闹，祝贺一下。
再批评一句：不就是个伯克利的aP（小写的a，不是大写的A），至于吗？让这个藤那个
藤的AP， P们情何以堪？
materials having structures ordered down to the molecular level. This goal
can't be reached by conventional "top-down" approaches and remains as the "
holy grail" using synthetic materials such as block copolymers. In addition,
there have been limitations in the functionalization of these
nanostructured materials. On the other hand, nature has made a dizzying
array of materials using a few building blocks. Remarkable prog... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 1065 | 20 你们怎么不去看看这个姐姐的老公是谁
materials having structures ordered down to the molecular level. This goal
can't be reached by conventional "top-down" approaches and remains as the "
holy grail" using synthetic materials such as block copolymers. In addition,
there have been limitations in the functionalization of these
nanostructured materials. On the other hand, nature has made a dizzying
array of materials using a few building blocks. Remarkable progre: ss has
been made in de novo protein design and vario... 阅读全帖 |
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m*******a
发帖数: 16 | 21 冬天在成都NOVO的也贴贴吧
NOVO在春熙路哪个地方？好久不回家，路盲了。 |
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l*****c
发帖数: 17 | 22 De novo assembly of a 40 Mb eukaryotic genome from short sequence reads:
Sordaria macrospora, a model organism for fungal morphogenesis. Minou
Nowrousian, Jason E Stajich, Meiling Chu, Ines Engh, Eric Espagne, Karen
Halliday, Jens Kamerewerd, Frank Kempken, Birgit Knab, Hsiao-Che Kuo, Heinz
D Osiewacz, Stefanie P?ggeler, Nick D Read, Stephan Seiler, Kristina M Smith
, Denise Zickler, Ulrich
De novo assembly of human genomes with massively parallel short read
sequencing. Ruiqiang Li, Hongme |
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k*****o
发帖数: 1486 | 23 植物natural product不是一般难做。Gene都是乱跳的，人们一般拿各种homolog去碰运气，所以一般一个novo gene/protein就是一篇Cell（请注意是“novo”，没啥homolog,一般用forward genetics搞出来的那种）。
当然这种研究价值就不用说了，但是风险就明摆在那了。还有一个很费劲的问题就是即使有了这些东西资料，能做反应precursor的量简直是少的可怜。
还是楼上的说了，做这个东西，你必须either是个全才，或者你有N多collaborator. |
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M*****n
发帖数: 16729 | 24 俺们有两个lab在搞,但是最近说都有问题，还没有搞出来。
你那个是人还是老鼠，有没有de novo assembly 的经验？我这个只能做de novo
assembly. |
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s********n
发帖数: 2939 | 25 Protein engineering满大街都在做，大部分都是修修补补，只有几个小组是真正在做
de novo design，他是#1。他的报告让我印象最深的有两点：
1. de novo design - 他有一个protein scafolds的数据库，里面的scafolds都已经通
过实验证明是可以表达，而且与预测结构相符合的。然后分析target reactions的
transition stages，提出可能的catalytic residues和binding residues及其空间分
布，然后就从数据库里调scafolds，找到能够维持催化和底物结合构象的scafolds，一
般有好几十个candidates，然后就是实验验证了（基因合成，蛋白表达和活性测定）。
一般能够得到Kcat/Km=1E4-1E5的artificial catalysts，这就差不多是catalytic
antibodies的水平了，当然离天然酶还挺远（1E8 - 1E12），但可以以此为模板做
directed evolution。感觉其最重要的一点是在于可以设计一些biocatalysts... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 26 我想分析一些RNA-seq的东东，尤其是de novo assembly的分析，因为我们这个模式生
物（海胆）的基因组说实话不是很完善，虽然改进了不少，但是自己感兴趣的一些基因
的拼接都有些问题，希望能从de novo assembly中获得些正确的信息。
那我下次试试galaxy或者genepattern。那么velvet怎么样？好像也有好多人在用。^_^
最爱经验交流贴了。^_^
pipeline |
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c*********r
发帖数: 1312 | 27 我想分析一些RNA-seq的东东，尤其是de novo assembly的分析，因为我们这个模式生
物（海胆）的基因组说实话不是很完善，虽然改进了不少，但是自己感兴趣的一些基因
的拼接都有些问题，希望能从de novo assembly中获得些正确的信息。
那我下次试试galaxy或者genepattern。那么velvet怎么样？好像也有好多人在用。^_^
最爱经验交流贴了。^_^
pipeline |
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l**********1
发帖数: 5204 | 28 单分子RNA-seq 测序仪器的错误率从15%减少到了不到0.1%。
pls refer :
美研究人员成功解码“学习能力”相关基因
translation from article:
Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing
reads
by
Koren S. et al. Nat Biotech (2012)
2012-07-18
据外媒报道，有US科学家称，他们组合了一条更完整的基因链条，这个基因链条可
以控制鹦鹉模仿主人和其他声音的能力。
研究者用一种新技术分解了鹦鹉的基因组中的某个区域，进行了单分子测序，并用
来自较早的DNA解码设备的数据对其进行了纠错。研究者还解码了来自玉米和细菌的难
以测序的基因物质，以此来证明他们新的排序方法。
单分子测序“在去年获得了大量宣传”，因为它产生了测序长读取，“使组装基因
组中的复杂部分变得更容易，”研究参与者之一，Duke大学的神经生物学家Erich
Jarvis说。
Jarvis对那些控制鹦鹉模仿能力的序列很感兴趣，因为它们能... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 29 那种很巨大的microdeletion，比如5MB，那一般还只能是通过CGH-array来确定。
可且不说array的breakpoint resolution，很多时候array也照样给你一堆的false
positive。这种intensity或者read depth的signal是SV研究里最不可靠的。
另外，纵然在病人里，我相信5MB这种巨大的CNV是很罕见的。所以array给你一堆的
false positive，你如何找出哪个是真的呢？所以你看不管autism还是schizophrenia
的研究，他们的hypothesis都是de novo CNV；他们会拿病人的父母的样本作为control
，这样就可以筛选掉很多很多的artifact了。所以做de novo mutation或者cancer
research，这种有control的研究是很爽的，control可以自动帮我们清除很多artifact |
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a******k
发帖数: 1190 | 30 I've seen that paper. My impression is that Cufflink remains the only one
that can do reference-based transcript assembly. Please correct me if I am
wrong.
Some tools like Augustus are originally designed to identify transcript(gene
models) without RNA-seq data. They now can use RNA-seq data, but
interesting is that the performance does not increase a lot with more
information. Most of the other tools do de-novo transcript reconstruction.
SLIDE seems another unique tool that do transcript abunda... 阅读全帖 |
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m****c
发帖数: 244 | 31 BCM exome测序对Mendelian疾病的检出率只有25%。small indel，tandem repeat 都
call不好。并且抓exome的时候会丢掉一部分，所以覆盖不全。建议：
1）TCH的检测实验室可以做lipid panel，只抓lipid相关的exome，抓不到的会sanger
测序补上。你可以去试试。
2）做high coverage 的 whole genome sequencing，父母孩子一起做，call de novo
mutation，但这是一个科研问题了。并且可能要做细致的de novo assembly，耗时长，
没有成熟的pipeline。我们在做这方面的研究，但遗憾的是还不能立刻用。
祝福孩子！
MCT
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8 |
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j*********j
发帖数: 124 | 32 你的猜测完全正确！！我们就是做de novo design的，不过不是什么大牛，但是有一定
的基础。你的评价很中肯，我完全同意你的观点！
de novo design的难点就是，你不知道你设计的氨基酸序列可不可以折叠成你设计的结
构（或者，我们根本就不知道，什么结构我们可以设计，或者说，给定一个结构，我们
不知道可不可能找到一个氨基酸序列），现在的大牛实验室（David Baker超级大牛）
发N/S，也要试很多序列，才能成功一次。完全同意，结构预测还远远没有成熟。不过
如果只是用同源蛋白，只改变几个氨基酸，可以改变蛋白质的性质。但是我们要做的是
设计全新的蛋白质结构（确实，这个目标太遥远了。。。）。
谢谢您的这些很好的建议！如果只是统计意义的成功，试很多序列才成功一次，其实我
们并没有找到规律。只有每个设计的序列都会成功，才是真正的科学规律。
十分感谢您提供的Profinity eXact purification kit的信息！对我们很有帮助。
突。 |
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j*********j
发帖数: 124 | 33 很同意你的观点，de novo design的关键部分是计算机的算法和我们对蛋白质折叠的认
识，如果我们能让计算方法更准确一些，de novo design就会变得不那么烧钱了，大家
就可以一起玩了。
好像David Baker在做公司，不知道这个方向商业上的做的怎么样了？希望大家能把这
个方向做大。 |
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s****l
发帖数: 10462 | 34 有人愿意讨论这里面提及的测序技术吗？优缺点，可行性，第一手经验等等
这里面谁现在是赢家很清楚，但是可见的将来和更远的将来谁会赢？
http://cen.acs.org/articles/92/i33/Next-Gen-Sequencing-Numbers-
全文拷贝如下
试试看图能不能贴上
/1407973177171.jpg
/1408028636124.jpg
OVER STORY
Next-Gen Sequencing Is A Numbers Game
As technical and cost barriers fall, instrument firms move their systems
into research and clinical markets
By Ann M. Thayer
Department: Business
Keywords: instrumentation, gene sequencing, diagnostics, genomics, cancer
[+]Enlarge
09233-cover-Openercxd_17647969-690
A... 阅读全帖 |
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y*******1
发帖数: 164 | 35 你说的motif prediction使用以下两种都是可行的方法。
A)已知的transcription factor binding sites，例如jaspar+FIMO
B) de novo motif finding，例如MEME
不过A)已知的binding sites信息量不是很大，像是Jaspar里，比较可信的也就是8-900
个左右。而使用B) de novo，虽然很comprehensive，但是也有很多限制的因素。例如
motif size的选择，或者找到motif后，也不知道是哪个transcription factor。
这些motif prediction都是对之后的实验有一定的指导作用。例如如果你做一个TF KO
的chipseq，如果你在peak中没有看到这个TFBS的enrichment，那一般来说实验肯定有
问题。不过因为这些都是纯序列的prediction，真正的信息量有限，不建议over
interpret。那些指着TFBS prediction直接发文章的，通常结果也不太可信。 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 36 PacBio P6-C4 单个read读长可以达到50%大于20KB
组装的contig长度最长能达到多少我不知道，和测序深度有关。人的染色体50M到300M
大小。目前还没有见过de novo assembly可以组装成完整染色体的。
单看de novo assembly，PacBio完败Illumina。 |
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发帖数: 1 | 37 I ask for paper, due to unavailability of downloading in our hospital.
J Heart Lung Transplant. 2016 May 6. pii: S1053-2498(16)30110-3. doi: 10.
1016/j.healun.2016.04.007. [Epub ahead of print]
The effect of timing and graft dysfunction on survival and cardiac allograft
vasculopathy in antibody-mediated rejection.
Clerkin KJ1, Restaino SW1, Zorn E2, Vasilescu ER3, Marboe CC3, Mancini DM4.
Author information
Abstract
BACKGROUND:
Antibody-mediated rejection (AMR) has been associated with increased... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 38 多谢大牛给建议！
因为要用到一个软件HyLiTEhttps://hylite.sourceforge.io/做杂合体中的Allele-
specific expression，类似相当于人里边检查小孩基因组里来自父亲和来自母亲的等
位基因分别的表达水平，只不过我的实验里是用的来自两个不同物种的父亲和母亲以及
他们的杂交后代，在杂交后代里检查来自两个物种的基因的各自表达水平，从而研究基
因调控。这两个物种种内的突变就有4-5% (Coding sequence低一些，Stampy map结果
显示整体平均在1.7%-3.4%之间，个别基因肯定会超出这个范围)，种间的突变更高，用
stampy map结果显示整体平均的variation比例在7%左右。第一步怎么mapping是个很头
疼的问题。
HyLiTE可以使用一个亲本的genome/transcriptome做reference，自动分析allele-
specific expression，比较省心。默认的是用bowtie，但是bowtie最大的突变率好像
是5%(1 mismatch per 20 bp seed?)。所以我... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 39 peptide的de novo sequencing通量怎么样？可以和NGS相比吗？
de novo post-translational modification identification有相关的信息吗？
我们做非典型模式生物，不像人和老鼠有那么全面的database，怎么破？
cDNA |
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c*********r
发帖数: 1312 | 40 这两个系统的打分系统一样吗？可以互换或者类比吗？
“如果match不好，那么peptide得到的匹配分数就很低。但是你要是不介意也可以使用
。”
理论上，如果仪器没有问题，测出来的信号就应该表示是样本里存在的蛋白序列吧。如
果match不好，是不是侧面说明data base里也许并没有包括了完全匹配的这个peptide
的信息？
RNA-seq也有很多没有map到reference（类比data base）上的序列。如果reference不
够好，那么可以做de novo assembly 来解决这个问题。对于MS，如果没有match的
peptides/fragments (这里我也许理解有误)，可以做de novo assembly吗？ |
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发帖数: 1 | 41 没错，文特尔可以de novo合成一个细菌、现在可以de novo合成一个酵母，以后说不定
更高等。这是从一个维度接近合成生命这个问题。
那么，能否从另一个维度？通过删除，接近合成生命这个问题（查出来到底哪些基因有
用）。（能合成，有助于理解；或者，理解，才能合成。相辅相成）。
最后说不定两个角度的行军，会师。
目的、意义，显而易见。如果真的能搞出来一个10亿碱基对且没有明显表型的老鼠，
100%上BBC、纽约时报头条。 |
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s**********8
发帖数: 25265 | 42 PMA
Premarket Approval (PMA)
Please note: As of October 1, 2002, FDA charges a fee for review of
Premarket Approvals1
Overview
When a PMA is Required
Devices Used in Blood Establishments
Data Requirements
References
Overview
Premarket approval (PMA) is the FDA process of scientific and regulatory
review to evaluate the safety and effectiveness of Class III medical devices
. Class III devices are those that support or sustain human life, are of
substantial importance in preventing impairment of... 阅读全帖 |
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y******a
发帖数: 590 | 43 it's unlikely to be Blau. Blau is caused by an autosomal dominant mutation
of NOD2 gene. if both parents are healthy, the affected kid most likely has
a de novo mutation of the gene. it would be very unlikely for two kids
have same de novo mutation. Blau patients usually have arthritis, uveitis
and granulomatous dermatitis. So, skin biopsy, ophthalmology consult and
genetic test are important for diagnosis. do they have rash and skin biopsy
?
If it's confirmed that they have Blau, oral ... 阅读全帖 |
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R*******8
发帖数: 35 | 44 下个月就是结婚一周年啦，奔个小钻先。好开心，感谢老公，感谢婆婆。我婆
婆一直教育我老公要给老婆买钻钻，结婚的时候就只是买了个金色的小环儿。我这个虚
荣的本性被长辈一眼看穿，汗……
首先是款式，个人比较喜欢那种设计简洁的戒指。我的手很小，戴复杂的也不
是很好看。另外还是4爪比6爪更显大哦。其实很喜欢T家NOVO款，外方内圆的设计很独
特。但是T家太贵，而且NOVO款一圈小钻带着恐怕不会很舒服。所以基本上定了基本款4
爪的设计。
至于其他的指标，研究了2个星期，看了各种帖子，然后就开始在BN上挑啊挑啊
挑。本来准备要个D或者E色的，VS1或者VS2，中度及其以下荧光度，3EX切工，加上600
多的黄金戒托不超过4000刀的。
但是有一天我去我家附近一个很高大上的珠宝店看了几颗石头，顿时发现I色以
上的几个石头我肉眼完全分不出来，但是尺寸的区别还是很明显的。一个做鉴定的朋友
也说颜色可以放宽到G，荧光度最好是无荧光，净度VVS2以上。于是设定新的条件又筛
选了一轮：
颜色：G以上
净度：VS2以上
切工：至少两个EX
荧光度：faint或... 阅读全帖 |
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w*z
发帖数: 71 | 45 勃列日涅夫*列昂尼德*伊里其
HOBO=novo
参见de novo. hehe
勃列日涅夫这么长啊 |
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