w*********r
发帖数: 42116 | 1 Kwangmyŏngsŏng-1, 31 August 1998
The United States initially claimed the launch was a test of a Taepodong-1
intercontinental ballistic missile,[9] however it later agreed that the
rocket's trajectory indicated an orbital launch attempt.
Kwangmyŏngsŏng-2, 5 April 2009
According to The Christian Science Monitor, South Korean experts asserted
that the satellite was a dummy. Myung Noh-hoon, director of the Space
Research Centre at KAIST was quoted as saying "They cannot have been... 阅读全帖 |
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f***y
发帖数: 4447 | 2 本报记者 陆子矜 北京报道
又一款国产基因测序仪即将问世，计划以其更高的精准度分
羹市场份额。
此新型测序仪核心技术来自于新入选的中国科学院外籍院士
、美国两院院士谢晓亮教授和北京大学工学院黄岩谊教授共同领导的研究团队。谢晓亮
教授同时为北京大学未来基因诊断高精尖创新中心主任。黄岩谊教授也为该中心研究员
，并曾任国家863计划“新一代测序仪及配套试剂研发”首席专家。
这一新型测序仪创造性地结合了“荧光发生”和“纠错编码
”技术，研发团队确信，该测序仪的结果将具有更精准、更高效、更经济的显著特点，
将为国产高端医疗设备制造和市场应用带来新鲜血液。
为了推动该研究成果从实验室切实走向产业化，赛纳生物科
技（北京）有限公司在2015年成立，科学家兼企业家吴镭博士出任公司CEO，落户北大
医疗产业园。在刚刚过去的11月中旬，赛纳生物再次获得B轮1.3亿元融资，主要用于新
型测序仪的量产、注册工作。
吴镭博士希望，赛纳测序仪可以成为国产测序仪的生力军，
增强国产测序仪在市场上的竞争力。
与其他测序仪不同，赛纳测序仪采用了两项独特技术：“荧
光发... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 3 JD如下，欢迎有兴趣者报名，也可以站内联系，谢谢！
Job Description
Biostatistician 2 - 69226
Description
Stanford University is seeking a Biostatistician 2 to support two basic
science research laboratories with moderate level of independence, to define
hypotheses, design studies and devise analysis plans. Work with senior
Bioinformatician(s) to implement analysis plan and publish findings. Present
results orally to clinical and basic science investigators. Provide
guidance to clinical and basic science investigators on... 阅读全帖 |
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q******o
发帖数: 17 | 4 赛福解码（北京）基因科技有限公司（简称“赛福基因”）坐落于中关村核心区域，是
微软创投加速器孵化的唯一一家针对医疗健康基因大数据深度挖掘与精准分析的初创团
队，并已于近期完成天使轮融资。赛福基因由顶级美国生物信息学和转化医学的海归博
士组成，公司高级顾问团包括美国唯一生物医学信息科学院院士、美国精准医疗联盟技
术负责人以及美国遗传咨询师等。
赛福基因专注于中国人基因大数据在健康管理与疾病诊疗领域的产业化应用，致力于推
进中国的精准医疗事业，让每个中国人都拥有一本基因使用说明书。
我们为医院、科研单位和三方检测机构提供数据分析解读服务及各类疾病基因检测产
品的研发服务，同时我们也正在开发自动化基因数据分析平台，并着手建立专属于中国
人的疾病数据库。
在赛福基因，等待你的除了有增长空间的报酬，更有一帮有才、有趣、敢想、敢拼的同
事，会用心向你传授经验，期待与你共同成长！
如果你热爱生命，期望去影响甚至改变数亿中国人的健康事业，请联系我们，期待你的
加入！
具体招聘职位及招聘要求如下：
1. 生物信息分析师
工作地点： 北京
数量：2名
岗位职责：
· 肿瘤及遗传疾病相关的NGS数... 阅读全帖 |
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w**k
发帖数: 6722 | 5 LinkedIn的目标市场会有多大？感觉它这32B的市值很高了。
这样吧，大概算算
全美150M个工作，其中50M岗位需要本科以上的文凭
50M岗位里面算30M需要通过猎头或者类似的服务来找到合适的人
30M里面人均每5～10年换一个工作，也就是说每年3～6M的位置
每个位置假设需要雇主付出1～2K的钱来找合适的人
1～2K x 3～6M = 3～12B
这是美国市场
算LNKD能占领50%的市场吧，那就是1.5~6B，折中吧3.5B
海外市场虽然整体上要比美国市场大，但是LNKD不一定能占大优，也算美国一样大吧
那么一年的营业额是7B，这是终极市场价值
如果25%的net profit margin，那就是1.75B利润
因为是终极市场利润，那么PE算15，也就是26B的市值
现在LNKD的营业额才2B，就已经市值33B了
按照LNKD目前已经放缓的增长率来看，从2B到7B估计需要4～5年时间。如果按照10%的
discount rate，那么LNKD应该是23B
之所以能算出LNKD的终极市场价值，是因为就业市场最大也就那么大。LNKD你再能发展
，到最后也就是那么大而已。
回过头... 阅读全帖 |
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S***A
发帖数: 50 | 6 Gnomegen LLC is a start up biotech company in Sorrento Valley. It has
developed patent pending technologies for Next Generation Sequencing (NGS)
Sample Preparation. Now Gnomegen is offering an exciting career opportunity
for molecular biologists to further develop and utilize the technologies
for NGS related product development and services. This is a great career
opportunity if you are interested in working in a highly collaborative, fast
-paced environment and being an integral part of the ... 阅读全帖 |
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t*******y
发帖数: 10477 | 7 ngs, ngs是小荷的专用称谓，没她啥事就别ngs滥用ngs了。 |
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t*******y
发帖数: 10477 | 8 ngs, ngs是小荷的专用称谓，没她啥事就别ngs滥用ngs了。 |
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m****g
发帖数: 2185 | 9 写得不错啊, 等便宜了也买一个, 记得以前玩NGS每天一关, 心情暴爽(忍犬难度,见笑,
呵呵), 感觉一切恰到好处, 唯一的缺陷是Rachel的胸部太大了, 有点不协调且摇的太
多, 另外不是中文的有些遗憾, 那些招数用英文描述就有些缺乏神韵. NG2玩着痛苦的
成份大与快乐, 虽然也是最低难度, 但是每天打一关的感觉没有NGS那种酣畅淋漓的感
觉, 主要是NG2里杂兵的AI和配合提高很多,让人欲哭无泪,好在不重生,NGS杂兵重生的
设定很恶心.
我记得以前有人说NGS里隼是王重阳, 敌人是比王重阳略差一点的武林高手,大家一起华
山论剑见招拆招. NG2里隼是王重阳, 敌人都是头下脚上的发了疯的欧阳峰,一群一群的
朝你扑过来, 不是想和你比武, 就是来要你命的.
真挺喜欢这个游戏, 他的招式兵器系统做的太绝了,我现在还真想象不出比它更好的招
式兵器系统. |
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m***T
发帖数: 11058 | 10 如果还没有绿卡，不建议你找公司的工作，一是没身份非常不容易进，二是公司的工作
和学校相比稳定性要差一些，所以在等身份期间你可以暂时take这个工作。
至于NGS，如果你的单位只有这一台，几年内你的位置应该会相对稳定的。等几年后身
份拿到后，你对NGS的知识和技术掌握得差不多的时候，很可能就是NGS真正进入临床的
时候了，到时候你的NGS和临床的双背景应该会在你往上升或找下家的时候起到很大的
作用。
当然，关键是看人，EQ很重要，它基本上决定了你往前走的时候会不会有人帮你。在这
种core的环境里，应该会有不少机会接触不同的人，所以对你也有好处。 |
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o********r
发帖数: 775 | 11 NGS只是一个平台，很难回答你到底能做啥事，主要取决于你的实验设计
FDA is planning a one-day public meeting on June 23rd, 2011, to discuss
potential approaches and questions around assessing analytical validity of
whole genome sequencing platforms for clinical applications, focusing on NGS
and newer/upcoming platforms. Meeting will be held in Silver Spring, MD (
FDA campus). There will be a free webcast during the meeting and it will be
accessible through the archives after the meeting. You are invited to
register for the me... 阅读全帖 |
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j****x
发帖数: 1704 | 12 你可能没有明白我的意思，我可没有说生物信息分析或者高通量数据分析不存在技术屏
障，相反，瓶颈多的很，屏障哪里都是
你说的这些命题始终都是难题，但并不是伴随NGS所产生的，实际当多年前我第一次接
触芯片数据分析的时候，这些难题就已经存在了。正如我前面也提到了的，实际上NGS
数据分析到了后期，和芯片分析也就殊途同归了，显然对之前芯片数据分析所面临的挑
战所未能解决的问题，NGS也是同样的问题。但是我这里显然没有把这部分算成是NGS自
身的技术屏障，而只是系统生物学自身的未解难题之一。
我有一个建议，大家最好就事论事，充分理解别人观点的前提下交流意见，而不是引申
什么是不是这个领域的人，甚至什么top不top的lab，显得有失格调。
genetic |
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k****o
发帖数: 589 | 13 部分同意楼主观点。NGS提供更加可靠的数据，对癌症诊断治疗肯定有巨大推动作用的
。但是癌症治疗目前至少有这几个难点：
1. 很多癌症有多个靶点，target一个不光疗效有限，而且复发率偏高；
2. 癌症的亚型太多，而且有stage－specific signatures，这给分析NGS数据提出很大
挑战；
3. 癌症不光是突变在起作用。癌细胞的signaling pathway往往具有rewiring的能力，
而这样的行为很大程度上不受突变的支配；
4. 超大project立项前不光要在科学上证明可行性，还有诸多政策监管上的问题。另外
NGS数据分析不止一种方法，如何在那么多参与人员中达成共识也是个问题。
我对NGS在癌症领域的潜力还是有所保留。当年基因组测序前不也号称攻克癌症不是梦
吗，结果呢？未来20年内全面攻克癌症在我看来是不可能的任务。 |
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g*********3
发帖数: 177 | 14 我本人并不是说NGS对cancer研究没用，只是说不会产生革命性的突破~
1）NGS穷举出mutation不会很难，这也是NGS牛逼的地方，但是真正找到driver很难
2）在function研究方面，无论是RNA-Seq还是ChIP-Seq说的都是一个故事：
transcription，一些初步的数据已经证实protein level翻译水平的贡献率大概是2/3,
另外我觉得NGS的定量分析和microarray一样很丑陋
3）我比较赞同进化的观点，因为cancer不能完全归功于mutation~ LS有两位在讨论
reprogrammed signal pathway~ 这个当然有mutation的例子，但是和mutation无关的
例子简直是太多了~ e.g.a lot of weird metabolism pathways will totally rewire
the epigenetic profiling. Some abnormal metabolites can change the pathway.
.....the interaction between dif... 阅读全帖 |
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l****b
发帖数: 400 | 15 我的首个回贴是针对有位老兄最先的complain说因为在常规体检只能做验血，因此不能
早期
查出肿瘤。我认为这个说法很不正确。从我提供的大量依据看，我说的有错么？
没想到我的回帖引来跟帖，都扯上我认为NGS没有敏感性，是垃圾等等。我是说NGS能否
作为screening method要拭目以待（退一步讲，有没有临床价值也得等几年），这就等
同于我认为NgS没有价值了么？话说回来，一种检测就是没有screening的价值，就是没
有价值了么？什么逻辑！那CT，MRI，PET， 甚至B超岂非都没有价值了？有些检查是诊
断用，有些是screening用，有些甚至指出治疗方案用。我的首个回帖明明白白是说目
前为止，验血之外好的screening检查不多，所以在普通人群中常规不做。这和NGS将来
的应用扯得上关系么？ |
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d*****3
发帖数: 167 | 16 现在在做试管婴儿。做了染色体胚胎检查。 结果是有一个胚胎、是六号染色体的
第24个点位缺失：
46, XY, del(6)(p24)
用的是NGS的技术做的Comprehensive Chromosome Screening (CCS)。这个点位的缺失
是致病的。 我的理解是如果是整条染色体缺失，是非常容易查出来的。但是越是小段
的缺失，越考验技术。却容易活产。 如果是正常怀孕做绒毛穿刺，这样的缺失能查出
来吗？绒毛或是羊水穿刺是用的CMA技术，这个技术能有多高的resolution?比如一个是
六号染色体的第24个点位缺失是治病的。这个如果是自然怀孕做绒穿能查出吗？NGS是
相对新的科技。 一般大医院还不用。 在产检中用的是Prenatal Chromosomal
Microarray Analysis. 这个技术的resolution 能达到什么程度？能检查出比如六号染
色体的短臂第24个点位缺失吗？
有没有产前诊断（CVS)当中用NGS技术的？NGS的好处是resolution更高还是便宜？ |
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j*p
发帖数: 411 | 17 JD如下，欢迎有兴趣者报名。也可以站内联系。
Job Description
Biostatistician 2 - 69226
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Stanford University is seeking a Biostatistician 2 to support two basic
science research laboratories with moderate level of independence, to define
hypotheses, design studies and devise analysis plans. Work with senior
Bioinformatician(s) to implement analysis plan and publish findings. Present
results orally to clinical and basic science investigators. Provide
guidance to clinical and basic science investigators on de... 阅读全帖 |
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o********c
发帖数: 1257 | 18 赞同！
我开始是做某个冷门领域的算法的，折腾了几年，倒是发了一篇很不错的文章，后果就
是，其他领域的东西一点都不熟。接着NGS的大潮来了，我以前的方向也快做不下去了
。于是下决心投入到NGS的大潮里。当然，大部分时间是去设置一下别人的软件，优化
一下系统，分析一下数据什么的。
我感觉现在的软件，发文章的时候，具体的算法都语焉不详，给个框架就行了，然后就
开始吹performance，你也不知道哪个好哪个坏。要想真正彻底的用好某个软件，有时
候需要花几个月的功夫。这时间花的非常不值。
我还有个感觉，有些年纪大点的PI，已经跟不上NGS的步伐了，他们脑子里就是本领域
那几个gene，所以即使有了NGS，很多时候数据都浪费了，就算你给出结果，他们也不
会解读，或者进行深一步的分析和挖掘。和我合作的医生，恨不能就是测个序，连
paper都想让我给他写出来。
同时，在很多的生物学家眼里，bioinformatician就是个technician，就是个跑程序算
T test的，连个码工都算不上。
估计以后bioinformatics这个行业，慢慢会冷落的，或者跟着市场调节的。 |
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o********c
发帖数: 1257 | 19 赞同！
我开始是做某个冷门领域的算法的，折腾了几年，倒是发了一篇很不错的文章，后果就
是，其他领域的东西一点都不熟。接着NGS的大潮来了，我以前的方向也快做不下去了
。于是下决心投入到NGS的大潮里。当然，大部分时间是去设置一下别人的软件，优化
一下系统，分析一下数据什么的。
我感觉现在的软件，发文章的时候，具体的算法都语焉不详，给个框架就行了，然后就
开始吹performance，你也不知道哪个好哪个坏。要想真正彻底的用好某个软件，有时
候需要花几个月的功夫。这时间花的非常不值。
我还有个感觉，有些年纪大点的PI，已经跟不上NGS的步伐了，他们脑子里就是本领域
那几个gene，所以即使有了NGS，很多时候数据都浪费了，就算你给出结果，他们也不
会解读，或者进行深一步的分析和挖掘。和我合作的医生，恨不能就是测个序，连
paper都想让我给他写出来。
同时，在很多的生物学家眼里，bioinformatician就是个technician，就是个跑程序算
T test的，连个码工都算不上。
估计以后bioinformatics这个行业，慢慢会冷落的，或者跟着市场调节的。 |
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q******o
发帖数: 17 | 20 赛福解码（北京）基因科技有限公司（简称“赛福基因”）坐落于中关村核心区域，是
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队，并已于近期完成天使轮融资。赛福基因由顶级美国生物信息学和转化医学的海归博
士组成，公司高级顾问团包括美国唯一生物医学信息科学院院士、美国精准医疗联盟技
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赛福基因专注于中国人基因大数据在健康管理与疾病诊疗领域的产业化应用，致力于推
进中国的精准医疗事业，让每个中国人都拥有一本基因使用说明书。
我们为医院、科研单位和三方检测机构提供数据分析解读服务及各类疾病基因检测产
品的研发服务，同时我们也正在开发自动化基因数据分析平台，并着手建立专属于中国
人的疾病数据库。
在赛福基因，等待你的除了有增长空间的报酬，更有一帮有才、有趣、敢想、敢拼的同
事，会用心向你传授经验，期待与你共同成长！
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加入！
具体招聘职位及招聘要求如下：
1. 生物信息分析师
工作地点： 北京
数量：2名
岗位职责：
· 肿瘤及遗传疾病相关的NGS数... 阅读全帖 |
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e******6
发帖数: 6 | 21 Job Description
Cooperation Introduction
GenScript is a contract research organization (CRO) specialized in
biological research and drug discovery services. Ever since its inception in
2002, GenScript has experienced rapid, constant, and organic growth. Now
GenScript has become a leading biology contract research organization (CRO)
in the world, with a global operating team of over 900 dedicated scientists,
staffs.
Headquartered in Piscataway, New Jersey, GenScript has become a leading
Biology C... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 22 我们是：深圳市达仁基因科技有限公司
我们的方向：基因组大数据分析软件和分析云平台开发
我们位于：深圳市南山区科技园（科发路8号金融基地1栋）
我们需要：
（1）云平台架构师： 主要方向为基于AWS的云计算平台开发（使用EC2，RDS，S3，IAM
等）。需硕士及以上学历。
（2）用户界面工程师：主要方向为 web front end开发（使用JavaScript，CSS，
HTML5等），以及数据visualization（例如使用D3）。需硕士及以上学历。
（3）NGS数据分析算法工程师：主要方向为NGS和genomics analysis算法及工具开发。
需博士学历。
（4）生物信息高级研发工程师：主要方向为 NGS analysis pipeline开发、优化、及
维护。需博士学历。
薪酬：根据应聘者的学历、背景、及经历，基本工资为30万到50万人民币。
福利：五险一金（医疗、养老、失业、工商、住房公积金）；我们每一个项目都有
performance-based奖金（视项目的大小，金额从几千到几万不等）；对于在深圳没有
家的，公司一开始会安排食宿；我们有股权奖励制度；对于达到政府... 阅读全帖 |
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t*******y
发帖数: 10477 | 23 ngs你说啥？
ngs我不懂！
横批：就ngs吧 |
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A*****y
发帖数: 300 | 24 那老大不是还没醒透就个RYU叫唤起来吗.
最后的BOSS还没前面的难.跟NGS倒是一个劲.
龙剑我压根就没升级,不出所料拿了那眼睛后就直接跳到四了.
GENSHI的剑不能单用吧,得和龙剑当双剑使.和那个龙爪虎牙差不多,我觉得太慢了,不好
用.UT倒是猛的不行.
我挺喜欢NGS里的NINJA CHALLENGE和天一无缝,可都没了.
不过我觉得NGS2应该卖的比一好,好看,容易玩,没那么HARDCORE,图象非常漂亮.就是
REPLAY VALUE
比NGS差点. |
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w******y
发帖数: 8040 | 25 hehe, no offense
bioinfo faculty位置大膨胀 only exists in your dream
NGS did create bunch of data analyst positions, but not many faculty
positions.
It is much easier for the existing bioinfo faculty members to
jump into the NGS field and get funded... unless your school does not have
any good bioinformaticians.
Finally, there is a real demand for people who know
the state-of-the-art high performance computing in the NGS field,
but it is a pure CS stuff. |
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s******s
发帖数: 13035 | 26 不说作者说的有没有道理，他找了一个所谓当时同成本的NGS比较。
要知道，虽然Chip也在提高密度，但和NGS的发展速度完全不能比。
microarry做transcription研究从质量上全面落后，价格上也好不
到哪里去；当然，做genome里面比如SNP/CNV还是有很大价格优势，
不过NGS这个发展速度完全打破摩尔law, 超过array也就是几年的问题 |
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Y**I
发帖数: 444 | 27 俺phd做array,工作后做NGS的。可以负责的告诉你NGS数据比array好太多。
另，做生物的不做medical的多了。不是每个都有array。从头做，更贵。
colon sample用NGS做不要好太多。现在低质量，低数量的RNA都可以得到很好的测序结
果。
signal/ |
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m***T
发帖数: 11058 | 28 看来你老板挺好的，更支持你暂时先呆在这里，一是等身份，二是学技术。既然你手下
有人干活，你的任务可能更多是实验设计或后期的数据分析和整合。
你如果能有自己的research，你老板是MD/PHD再加上你以前有临床研究的背景，你应该
很容易用NGS做临床方面的研究。NGS只是手段，不能只凭它吃一辈子，关键是如何利用
NGS技术为你的research服务。在目前来看，似乎ION TORRENT是最适合临床的（因为
cost和running time)。
持我申请点课题。但目前让我集中精力很快掌握，因为有很多东西等着要做。
每次都会笑着说‘it is a good start'. 然后告诉我要申请课题我的写作是个大问题
，得慢慢的在他手下练几年。我一听‘几年‘就崩溃了。没有信心了。以前的PhD 老板
从来没有这样说过。 |
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l*********1
发帖数: 351 | 29 两三个月前扫了一眼，也没觉得有多有趣。其实原理很明显。唯一值得称到的是一步
evolution＋NGS，快速得到高亲和力的抗体。时间上较传统的方法更具优势。存在的问题么，是不是所有的作用都是加合性质的，有没有可能存在negative synergy？
不过NGS＋protein engineering似乎能成为一个卖点，Pluckthun最近也应该会出那么片文章应用NGS提高GPCR表达水平的文章。 |
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l*****a
发帖数: 1431 | 31 目前是cyto要好找工作，但是现在很多molecular lab 都在准备或着已经开始上NGS。
如果你有NGS的背景，我个人觉得机会会好不少。而且随着array和NGS的普及，纯看染
色体的cyto就是deadend，个人观点。 |
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l*****a
发帖数: 1431 | 32 目前是cyto要好找工作，但是现在很多molecular lab 都在准备或着已经开始上NGS。
如果你有NGS的背景，我个人觉得机会会好不少。而且随着array和NGS的普及，纯看染
色体的cyto就是deadend，个人观点。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 33 多谢！ 这个会看上去很有意思，就算不用听听应该很好玩。
我其实也不懂到底哪种适合干什么，我自己是想借这个机会学学NGS的。 你说NGS主要
是找基因，那找到之后还
必须要全长重新用sanger法再从头到尾测一遍么？还是能缩小到比较小的一段？
NGS
be |
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j****x
发帖数: 1704 | 34 数据分析，从来都不会成为诊断应用的瓶颈，因为诊断应用，永远要使用最简单易行最
直观最保险的数据分析方法，也许我这话说得绝对了，但是对于NGS，我相信这个说法
目前NGS数据分析对于研究型实验室而言可能确实是一个挑战，但是实际上挑战主要在
操作海量的数据上，这对多数实验室而言可能没有多少经验，基于图形界面的尤其是
WIN下的傻瓜软件也不像其他生物信息数据分析那么丰富。但技术层面上说实际上没有
什么特别高深的屏障，相比之前的芯片数据分析甚至还要简单一些，另外，例如RNA-
seq分析到了后期和芯片分析也是殊途同归。目前做NGS数据分析的，主流就是从这些传
统数据分析领域转过来的“熟练工”。
diagnosis
times |
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y*******r
发帖数: 3 | 35 Associate/Assistant Director/Group Leader, Bioinformatics
We are looking for team leaders in bioinformatics to perform next generation
sequencing data analysis in newly formed WuXi AppTec Genomics Center in
Shanghai. Requirements: Ph.D. or Master in bioinformatics, computational
biology, genomics, statistics or a related field with minimum 3 years hands-
on experience in bioinformatics (1 year in NGS data analysis, preferred in a
genomics center). In-depth knowledge in existing NGS data analysi... 阅读全帖 |
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g********r
发帖数: 8017 | 36 【 以下文字转载自 Statistics 讨论区 】
发信人: goldmember (蔬菜<<<菜鸟), 信区: Statistics
标 题: 帮人贴个上海bioinfo招聘
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 12 10:03:40 2011, 美东)
高低职位都有，高的pay会很好。我不是猎头，纯帮忙。直接到网站申请就好了。
http://jobs.chinahr.com/html/2011-07/13/22200300440519000275.ht
We are looking for team leaders in bioinformatics to perform next generation
sequencing data analysis in newly formed Wuxi Genomics Center.
Requirements: Ph.D. or Master in bioinformatics, computational biology,
genomics, statistics or a related field with min... 阅读全帖 |
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h***0
发帖数: 248 | 37
NGS = next generation sequencer 就是我们说的新一代测序技术,或者说这个技术得
到的数据,反正你懂的
比如BGI家的137台(好像)Illumina HiSeq 2000高通量测序仪
用这种测序仪或技术,可以得到DNA-seq、small RNA-seq、transcriptomic、ChIP-seq
、meta-genomics的数据,
我说 我做NGS,就是说我的研究对象是NGS产生的数据,这些高通量的数据(比如说用重测
序做GWAS)自己就能做一个大项目来研究(你PCR就不行了)
因为我们不但要分析这些高通量数据,我们还有整合大量的已知的功能数据,生物学资源
,预测的功能数据,系统生物学等BLABLA的
我表达能力不好,不知道说明白了没 |
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t*d
发帖数: 1290 | 38 这个估计只能芯片或者NGS了。
芯片的难处在设计探针。探针设计完以后，操作比较简单些，便宜。NGS 的难处在建库
，操作比较复杂。
总的说来，NGS 可能更适合些。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 39 shRNA based high throughout fluorescence screening and identification with
NGS platform?
paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22219365
and
Tools:
//codex.cshl.org/research.php
outsourcing NGS service:
//www.genetics.pitt.edu/forms/flyers/GPCL-NGS%20flyer2_11.pdf |
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g*********3
发帖数: 177 | 40 好帖~
1）我前几天在想personal medicine，我们是不是策略可能有点问题~ 通常的做法是
find a commonly occured desregulated pathway based on many samples---Find
drug---Treat people carrying this abnormal pathay with drug.
其实由于heterogeneity，找出癌症共有的通路本身就是很难的【这个可以部分解释为
什么microarray做了这些工作，取得的效果不是很明显】~ 我的想法是直接进入
personal medicine，忽略第一步，直接进入第三步不见得难~ 当然这个成本目前还不
可能被接受~
2）LZ说的第二点很好~ 我个人的观点是怎样从这么多mutation中找出driver mutation
，这个面有不少牛组在做了，进展不是很大，另外有人提到了一点，很多不是
druggable的，这个比较棘手，很多TFs，我估计是driver mutation，恰好很多TFs不是
druggable的，这个是老板的经验，他说可能和TFs ... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 41 1.直接personal我觉得是不现实的。怎么个peronalize，你怎么找切入点？人的一辈子
，除了DNA是相对稳定的，其他的东西变化太厉害，对于科学研究来说可以说是个相当
捉摸不定的东西
2.大牛组进展不大很正常，现在遗传学技术的通量对于癌症的复杂程度根本差得太远太
远，说九牛一毛也不一定夸张了。至于是不是drugable，也不好一概而论，但是我觉得
原则上只要癌症和正常细胞还有本质的区别，它就一定有致命的靶点
3.microarray就别提了，太逊了。我反复强调的一点，就是有没有可能穷尽一个东西。
只要能穷尽地研究一个东西，这个东西就能被搞清楚，这是我的信念。microarray只能
针对一部分基因的很小一部分信息，说它挂一漏万，肯定没有夸张。 proteinomics理
论上当然好，但是刚才我说过，蛋白变化太大，而且即使一个细胞里不同蛋白都可以有
无数种位置区别，不同的化学修饰，再加上和另外几十几百个protein的互作，然后人
体有几亿亿个细胞，现有的人类技术不知道要多少年才能穷尽。我觉得这是一条低效率
的路。
4.癌症致死，归根结底是癌细胞越来越多。
1）我前几天在想p... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 42 谢谢回复
1. 没错，广谱针对抗癌药现在是没有，但是不等于将来没有。我的预期是10多年后会
出来很多。当然，前提条件是除了NGS要按现有的速度发展，小分子药物筛选的速度也
得比现在高，最好还有新的筛选技术出来。这个应该是完全可能的事
2. 工作量翻10倍，按照摩尔速度的话，多等三年而已。
3. epigenetics和deletion，mutation即使现在用ngs做技术方面也已经完全成熟了，
唯一的问题就是ngs的通量要上去，成本要下来。所以我觉得我的预测成立，主要的未
知数就是测序能力能不能符合摩尔定理。我认为这个是完全没有问题的。DNA的编码和
计算机的编码方式太相似了，迟早会被完美地整合到计算机系统里
herceptin |
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j*p
发帖数: 411 | 43 1. 许多癌症的存活率之所以很低，很大一个原因，是相当一部分患者在确诊患癌症的
时候，已经是很晚期。相反，如果发现的早，那么按照现在的医学水平，还是有很多办
法可以治愈或者控制许多癌症，并以此延长患者的生命。
2. NGS以及其他技术（例如cell sorting, signal-cell seq/image）的发展，当然也
包括像TCGA等大型项目的实施，将在不久的将来对癌症的早期诊断获得突破，尽管目前
还存有许多实验上和分析上的技术问题。
3. 然而这些技术的发展对了解癌症机理的贡献，并以此提出新的治疗方案，或者发明
新的药物，短期内不会有太大的突破。不仅仅因为癌症，作为一个笼统的概念，是数百
个不同的疾病的总和，不同的癌症发病机理有可能会非常不同。这里牵涉到的问题非常
多，例如此前有同学说的，signaling pathway，gene and protein expression, post
transcriptional and translational modification等，也涉及到DNA/RNA
methylation，acetylation, histome m... 阅读全帖 |
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j***z
发帖数: 105 | 44 几天不见楼这么高了啊，再次感叹下LZ的挖坑能力。
再谈谈NGS和targeted therapy的问题：
个人觉得NGS的作用是找到potential driver mutation，其意义一是可以为研究提供重
要的信息，二是如果这个mutation是直接druggable的话对于临床治疗有很大意义。和
LZ观点不同，我认为找到怎么target绝大部分的mutation还是一个非常大的挑战，例如
p53和ras, 被发现20多年了还是没有任何有效的治疗方法。所以就算90%的signaling
pathway in cancer的文章都是垃圾但是这方面的研究还是有很大意义的。
可以预见的是由于targeted therapy的发展，未来的十年很多癌症的治疗会有进展-病
人寿命延长，生活质量上升。但是从整体上来说癌症的攻克还是从prevention和early
detection上比较靠谱，lung and colon cancer就是好例子。这点NGS也会很有前景，
这期的science刚有一片文章关于这个：
http://www.sciencemag.org/content/337/6... 阅读全帖 |
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d*p
发帖数: 534 | 45 正好我做 Immunotherapy，就来说说吧，大牛不是。
首先，免疫系统需要区分Self and Non-self，也就是自身的各种物质不会激活免疫系
统，这里面涉及到在胸腺里面清除掉会攻击自身的免疫细胞，以及在血液和淋巴系统里
抑制能够攻击自身的免疫细胞，涉及许多机制，不详细讲。而肿瘤从根本上说属于Self
，因此人体对肿瘤的免疫反应，就具有先天性的弱势。
第二， 免疫系统有自动回调的默认机制，当免疫反应达到一定得强度，并持续一段时
间以后，免疫系统会自动回调，通过多种机制来抑制免疫反应，原因就是长期的高强度
免疫反应必然导致对自身组织器官的损伤，这是自身保护所必需的。
第三，肿瘤在形成过程中，成功逃避免疫系统的监控，并且充分利用免疫系统的各种回
调机制，形成一个强烈的抑制性环境，抑制针对肿瘤的免疫反应。因此在肿瘤病人体内
，肿瘤特异性的免疫反应基本是被抑制住了的，尤其是后期肿瘤，几乎所有在肿瘤中的
免疫细胞都是失去功能的。
那么免疫治疗的希望在那里呢？
首先，虽然由于免疫系统为了防止自我攻击，清除了大部分针对自身抗原的免疫细胞，
但是并没有完全清除，仍然存在一部分反应相对较弱的... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 46 没有说ngs本身能早期诊断吧
不过确实应该是有可能做到的，ngs不光数据量大，而且敏感。比如如果知道肿瘤里什
么突变危险，可以对人血浆dna测序，只要肿瘤细胞有裂解的，血清里总有的肿瘤dna的
。实际上现在已经在用孕妇血里及极少量胎儿dna做胎儿染色体畸形的诊断了，我看好
这是ngs在临床上第一个产生大规模经济效益的突破口。有些地方这个技术已经上临床了 |
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b****r
发帖数: 17995 | 47 你这么牛哄哄的没什么意思
对于真正应用价值高的很多数据，据我所知还根本做不到区分因果，也就是说我很同意
楼主所说，很多时候就是垃圾，得不出什么值得深入做下去的结论。我自己做过一些这
类课题也读过不少类似文章，这就是我的感觉。最近几年所谓system biology远不如前
几年好忽悠钱，说明我远远不是唯一持这种观点的
我觉得生物信息学是整个生物学工作走向应用的几乎最后一个环节，而且相对而言，完
全不是短板。生物学目前来说还是个实验科学，短板还在实验环节。实验技术突飞猛进
的领域才是生物信息学比较有机会快速前进的领域。什么基因表达，已经是大家不想吃
的剩饭了，最近若干年都应该会继续停留在平台期，继续啃这个方向不饿死就算不错了
。我比较看好的，近几年还是在NGS的应用，打个比方，对in/del的 call的更理想的算
法就非常有应用前景。或者更加合理的NGS数据的快速备份，存储和读取，NGS data
meta analysis的算法，患者，医生，遗传学家互动的网站，疾病相关突变相关文献的
自动定期datamining，都是非常有应用前景，有经济效益有科研效益的方向
were
for |
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b****r
发帖数: 17995 | 48 要是都出guideline了，还要做生物的讨论干嘛，临床医生直接拿着一条条照着做就行
了。你看生物版会讨论哪个guideline吗。
我本来就是预测几年后会有价值，那其实就是说现在还没有这个screen价值，不知道你
为什么一定坚持认为我说的是现在NGS就有价值要有guideline。你这不是自己竖起靶子
打嘛，不要扯我身上来行不行。
另外如我楼上所说，我认为要早期筛肿瘤，不会是一个两个，应该是几十几百甚至几千
个marker里有一部分符合就可以了，可以是这些符合，也可以是那些符合，应该会有复
杂的算法才能得到结论。
这个有点类似的是现在NIH推荐的对于家族性乳腺癌的预测，起码有十多个指标来计算
最终风险，包括年龄，种族，突变有无，类型，各级亲属的各种肿瘤史及发病年龄，都
有相应的加权参数。NGS对于肿瘤的预测估计还会复杂很多，而且应该也会包括这些非
遗传信息，而且既然叫做screen不叫做diagnosis，那也只是有参考价值，找到高风险
人群而已。
当然，既然是预测，我也完全不指望每个人都同意我的观点。你要觉得NGS就是垃圾，
那也没啥问题，摆出道理就行
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s********z
发帖数: 5411 | 49 sometimes, one has to do multiple PCR to get a positive result, right?
if you add the time and cost together, it may exceed ngs.
plus, PCR gives a yes/no answer, with NGS you can possibly trace the
transmission of the pathogen.
i am not sure if I am thinking right though.
are there infectious diseases that you think NGS can add a lot of value?
thanks. |
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m***T
发帖数: 11058 | 50 能做到第二步的已经不容易了。不过还是有很多刚接触NGS数据的新PI、实验室，这方
面倒是还有不小的市场。提供这种service的确实需要实验设计阶段就要涉及进去，否
则后面的麻烦就太大了。
如果楼主真有心要做，我的建议是找一个做NGS市场的人来合作，可以找一些做技术的
做part-time。比如有人专做RNA-Seq的分析，有的做metagenomics的等等。楼主自己如
果在NGS分析方面的知识面比较宽的话，可以考虑做为联系人做协调工作。 |
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