G***G
发帖数: 16778 | 1 What types of Alternative Splicing can NGS technology detect?
Any recommendation for articles in this area?
Thanks. |
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i********f
发帖数: 206 | 2 博士学的生物信息,主要做植物的基因组和表达的分析.有统计的硕士学位,熟悉常用的
统计分析.对建生物的数据库,以及网页工具比较熟悉.
现在工作主要是做人的exome sequencing部分,用于癌症以及遗传疾病的检测.
Keywords:
NGS
exome sequencing
genomics
bioinformatics
谢谢 |
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m*********e
发帖数: 533 | 3 有个硕士朋友刚刚毕业
想从基因研究方面的工作
比如高通量NGS测序之类的工作
不知道这是不是一个好的职业方向
我这个朋友不太愿意转行，因为说是硕士，找工作的难度远远低于博士 |
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h********8
发帖数: 49 | 4 NGS的最大潜力在于，为个性化医疗提供了可能性，而不是为科研服务。当全基因组测
序的成本降低到1000美元，在个性化医疗上大有前途，特别是抗癌。 |
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l***y
发帖数: 4671 | 5 对于个性化医疗来说，跟 microarray 相比，优势在哪里？
已知的，不如 microarray 便宜和准确；未知的，测出来后还是不知道其作用。
NGS 要想在这方面有用，还有很长的路要走。要能做到测到未知的 snp/mutation 能够
准确预测其作用。这个领域目前很难有临床上的可行的模型。 |
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h********8
发帖数: 49 | 6 NGS和microarray都只是工具，重要的是解决临床问题，以癌症为例，在个性化医疗方
面，需要回答
1.我以后得某种癌的可能性
2.能不能在早期用biomarker检测出我身上肿瘤，如血液检测circulating tumor cell
3.一旦得癌，我得的是哪一种，肿瘤基因组出现了什么突变，有没有针对性的抗癌药和
临床试验
4.抗癌药的剂量是不是最优
5.治好后或者稳定期，会不会恶化或者重来。
我对这个很感兴趣。重开个帖子。。
lummy，你不会跟illumina有关系吧？ |
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l****n
发帖数: 844 | 7 somatic mutation 只能用NGS, microarray灵敏度不够,而很多靶向药物如肺癌的都是
针对somatic mutation的
DX, |
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n******7
发帖数: 12463 | 9 NGS除了现在贵点，其他完爆microarray吧
提供的信息不是一个级别的 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 10 if relevent to quantivie analysis of TF binding sites and chromatin
accessibility,
first microarray then NGS might be a sutiable choice.
pls refer
PMID 23739687
Shu H, et al., (2013).
Measuring Arabidopsis chromatin accessibility using DNase I-polymerase chain
reaction and DNase I-chip assays.
Plant Physiol. 162: 1794-801.
Abstract
DNA accessibility is an important layer of regulation of DNA-dependent
processes. Methods that measure DNA accessibility at local and genome-wide
scales have faci... 阅读全帖 |
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l******u
发帖数: 936 | 12 http://investor.illumina.com/phoenix.zhtml?c=121127&p=irol-news
Illumina’s MiSeqDxTM Receives FDA Premarket Clearance with Two Cystic
Fibrosis Assays and Universal Kit for Open Use
Premarket Clearance is an Industry First for a Next-Generation Sequencing
System
SAN DIEGO--(BUSINESS WIRE)--Nov. 19, 2013-- Illumina, Inc. (NASDAQ:ILMN)
today announced that it received premarket clearance from the U.S. Food and
Drug Administration (FDA) for the MiSeqDx system, the first high-throughput
DNA sequencin... 阅读全帖 |
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s******8
发帖数: 2131 | 13 新手请教有那些tool可以方便处理NGS data? Big data的问题呢？一般的单机能解决吗
？还是要上cluster，Amazon web services? 算法是不是也要上Map Reduce？
另外哪些教授或机构这方面做的最好？
Thanks!
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 14 Plus
To LZ:
just check,
>http://bcbio.wordpress.com/tag/ngs/
cited:
>Access VCF variant information
>In addition to extending the GATK through walkers and annotations you can
also utilize the extensive API directly, taking advantage of parsers and
data structures to handle common file formats. Using Clojure’s Java
interoperability, the variantcontext module provides a high level API to
parse and extract information from VCF files. To loop through a VCF file and
print the location, reference alle... 阅读全帖 |
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M***7
发帖数: 2420 | 15 最近要自己熟悉下NGS的pipeline。
哪位能帮个忙提供点干货，10个包子答谢。
多谢 |
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a***y
发帖数: 19743 | 17 个人认为ngs测病原体不是未来。
马上要上市的设备比这个牛逼多了，而且敏感度速度数据量等都有优势。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7 |
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a***y
发帖数: 19743 | 18 好像是ab上连得有nano beads，这些beads会给出一个NMR的信号
我觉得这个很牛。ngs测细菌相比起来就太原始了。
现在不是搞生物的来搞这个很厉害。上次在北京地铁里遇到一个墨西哥某大学的去参加
会议，他说他做的就是用nano material来检测食物里病原体，原理基本类似，就是
nano material bind到病原体上，就可以测到特殊的spectrum |
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s********z
发帖数: 5411 | 19 this is essentially a fast PCR, Right?
the problem is that you have to know what you are looking for and you can't
target many pathogens at the same time.
on ther other hand, NGS offers hypothesis free and precise targeting to
virtually any pathogen.
as
Multiple
to
and |
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s********n
发帖数: 2939 | 20 同意这个
问题是原文例子里，医生连是啥病原体都不知道，NGS才能解决问题
t |
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s********n
发帖数: 2939 | 21 你说的这个只能检测特定的病原体，不是针对广谱的，说ngs太原始有点搞笑吧？就效
果而言也未必比得上qPCR。 |
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a***y
发帖数: 19743 | 22 临床监测就是快、准、灵敏、价格低、人力要求少。临床关注的病原菌就那么多种，又
不是做metagenomics。
NGS检测病原菌大概只适合研究。 |
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s********z
发帖数: 5411 | 23 如果你都不知道什么原理，我看够呛。 怎么validate啊。
NGS的话，起码已经积攒了少database了。 这个新的还得build pathogen database吧
，如果mutate比较快的是不是也不好搞。
另外这个bind的东西是去bing整个genome吗？ 还是只是一小部分sequence,而且出来的
谱只反映一小部分sequence.
我本意是说结果跟pcr等效 |
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n****c
发帖数: 42 | 24 【 以下文字转载自 I140 讨论区 】
发信人: ngsnyc (吃饭爬山看电影), 信区: I140
标 题: 找审稿人（NGS领域）
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jun 12 15:09:16 2014, 美东)
请站短， 谢谢 |
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C*****s
发帖数: 292 | 25 Repost a position announcement. I don't know why the previous post was
deleted.
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We are searching for a biologist with experience of choosing lab protocols
for whole genome sequencing and their relative quality/efficiency/cost/
throughput as well as choosing the best NGS sequencing platform for a given
set of organisms, mainly microbial.
The job function of this position may be closer to consulting. I do... 阅读全帖 |
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s********n
发帖数: 80 | 26 Fresh PhD毕业一年不到。想申请EB1B,文章有一些，但是没有review,求版上大牛转几
个paper review的机会。我的主要方向是bioinformatics,QTL mapping, GWAS, NGS.
感激不尽。 |
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S*******4
发帖数: 18 | 27 各位生物大侠。本人物理Ph.D.
最近接触了NGS，觉得现在是发展的快速期，貌似前途光明，想转行到这里，（有朋友
领入门）。
可是看mit上生物行业一直被吐嘈，所以想请各位大侠给些你们的观点。
谢谢 |
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S*******4
发帖数: 18 | 28 谢谢提供信息
我是这样想的： 数据的增长，必然需要大量的分析。关键是分析这些数据是否有临床
医学的实际需求。如果有，那还是很有前景的。
我想了解在医学和生物这个领域，NGS是为了科研而吹的泡泡，还是真正的比较接近临
床应用了? |
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c********e
发帖数: 598 | 29
NGS是工具，本质上还是要解决生物医学问题。 |
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l********e
发帖数: 415 | 30 NGS有巨大的市场是显而易见的，即使在没有临床应用的今天，也是如此。
随着成本降低，全面推向临床只是时间的问题。
至于转行，你想转哪一块？数据分析，技术研发，还是别的什么。 |
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s********8
发帖数: 619 | 31 正在上一门bioinformatics的课，在linux下分析NGS数据，两个月之后学会了能要我么
，呵呵.很想转bioinformatics. |
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i********f
发帖数: 206 | 32 现有1－2个审稿的机会,一个2.x分的杂志.方向是Bioinformatics, NGS。有兴趣的话请
给我发信，同时简单的介绍一个自己的背景，谢谢。
[email protected]
/* */
同时我也在找审稿的机会，如果有这方面的信息，也请联系我，谢谢！
Update:
已经有人联系我了，我会一一回信.以后如果还有审稿的机会,我会贴出来. |
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l********e
发帖数: 415 | 33 NGS has a much higher error rate. This is just a sequencing error, I think.
Trust the sanger result. |
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l******l
发帖数: 37 | 34 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: lavagirl (lavagirl), 信区: Postdoc
标 题: 求审稿（发育，遗传，gene regulation，NGS）多谢！
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 1 23:05:09 2015, 美东)
RT。有过审稿经验，但不多，可以提供简历。
急求，还请版上大牛们多提携，感激不尽！ |
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d***i
发帖数: 20 | 36 我不是发那个帖子的，但是也可以提供NGS数据分析，可以跟我联系：bioin4geek@
gmail.com |
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c******e
发帖数: 350 | 37 多谢建议！
鉴于目前bioinformatics的发展，NGS对copy number variant 的检测需多久可以和
micro array 媲美？ 两三年？
由于众多因素，现在还只能做gene panels。可以大于80 genes。
我对bioinformatics不熟悉，但我会努力看看你推荐的网站。
非常感谢！
paired |
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y***k
发帖数: 40 | 38 NGS测得足够深，肯定解析度最好，就是贵啦。 深度，深度，什么其他的都扛不住深度
。 |
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c******e
发帖数: 350 | 39 Yeah, cost is very important so far.
As NGS cost gets down, read depth would not affect cost as much.
Then we would go deeper. :) |
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A**H
发帖数: 4797 | 40 我要normalize NGS read count with GC-content
这里有一篇文章
http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pon
中间有些不懂。看了些网站教材，还不是很懂，到这里问一下。只有包子答谢了。
GC-content correction
第一句
To correct for sequencing biases that arise due to preferential sequencing
of certain levels of GC content, we normalize the read depth based on the GC
content of each bin.
第二句
These values incorporate mapability information, such that we only consider
the GC content of mappable bases.
第三句
To correct the data, we first c... 阅读全帖 |
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S*******t
发帖数: 137 | 41 这个有现成的方法可参考。简单说来，你可以利用4C的pipeline高效准确地定位你的
translocation。4C的pipeline就是利用一个已知的片段去寻找跟它连接在一起的未知
片段。比如片段A和B容易形成translocation，那么将A或B分别作为fixed的片段输入到
pipeline里去寻找translocation partner，就可以找到B或者A，并且还会告诉你准确
的translocation junctions。除了A，B之外，你可能还能找到另外的translocation
partners. 但愿你有好运气。
话说回来，你这个用NGS全基因组测序真是大炮打蚊子。可以去看看Fred Alt实验室的
一些文章，主要做的就是genome-wide translocation的鉴定。
reference |
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s******s
发帖数: 13035 | 42 我说的是像cancerpanel那种，几十个targeted
region，然后还是ngs |
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O*O
发帖数: 2284 | 44 NGS多快好省的测大样本还是很有用的
一百人和一百万人的数据power差远了
, |
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t**********t
发帖数: 141 | 45 这种争论并不是NGS后才有的, medical genetics出现后就有了, ABMG有专门的
guideline, 这是属于medical ethics的问题 |
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m***T
发帖数: 11058 | 46 就是一讨论贴，大家就事儿论事儿，有必要骂街吗？大家都是读书人，一点儿互相尊重
的素质还是应该有的吧？
ngs到底如何，大家仁者见仁，智者见智，各抒己见挺好的。大家也最好不要把别人的
不同意见当做是针对自己。另外，说话的时候多点儿语言艺术，每个人对语言的敏感程
度不同，大家互相体谅。 |
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m***T
发帖数: 11058 | 47 现在liquid biopsy已经有好几家在做了，除了做血的，还有直接做尿的，当然这目前
还都只停留在LDT level上。Foundation Medicine的panel有几百个gene，基本上
clinical actionable的gene都全了。
除了一线临床的直接应用处，其实ngs在PGx领域的发展近几年也十分显著。看报道，
2014年10到2015年10月的一年中，被fda批准的新的抗肿瘤药物中有超过四分之一的都
是靶向药物，这是大趋势，非常有效地降低了pharma的研发成本和缩短开发周期 |
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m***T
发帖数: 11058 | 48 具体的定价我不清楚，但我从和reference labs以及payer的接触来看，应该没有那么
高。而且你说的低于2k会亏本是为什么？主要的cost在哪个方面? 除了ngs机器和试剂
，人工，各种其它的运营成本比如实验室，消耗品等等，还有什么大的吗？
美国的定价不是你想象的。一个成本20美分的测试，定价一般20美元。一个PCR反应一 |
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t**********t
发帖数: 141 | 49 印象中国内也有很多startup在做用NGS提供的服务, 不知道这些公司发展的怎样, 新3
板和创业板上好象没见过这些公司,
做三方诊断或CRO的本身就没有TMT或者O2O之类的对资本有吸引力, 因为投资回报比较
慢, if any. |
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t**********t
发帖数: 141 | 50 no, that's not true!
because DNA extract is a mixture, i.e., mixture of both mutant and normal
variants, due to 1) tumor tissue is not "pure"; and 2) tumor tissue may be
mixed with the normal tissue.
therefore, the sensitivity refers to how sensitive the reaction can pick up
the mutant variant.
In NGS, you can increase the depth, for example, 100x vs. 10x, to increase
the sensitivity, as someone mentioned correctly in this thread before. |
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