|
|
t*****a
发帖数: 308 | 3 需要无tag表达。但我的destination载体有N端myc tag. 如果在基因atg前加上Kozak
序列，表达的蛋白应该不带tag? 谢了。 |
|
w*e
发帖数: 740 | 4 no
因为翻译已经从N-MYC哪里开始了，你这么做只是加了几个氨基酸，弄不好你还弄得阅
读框错位 |
|
r**a
发帖数: 121 | 5 谢谢各位的建议。
目前，我们还不准备做RNA-seq,觉得耗费是不是太大了
我们第一步，只是想证明这个是RNA binding的蛋白
我们目前有一个myc tag的蛋白，在转在果蝇里面（我们是做果蝇的），而且是
functional的，所以可以用这个抗体，但是在果蝇里面好象没有好的办法标记RNA （我
不知道能不能尝试，用oligo dT的beads，pulldown，能不能拉下我的蛋白？）
还有一个，我们已经在那个HTH motif做了点突变，有几个突变体有很好的现象，
所以我们还想进一步证明，这个作用是通过这个区域进行的。
所以，只要是一个体外的实验，证明上面两点就可以了。
midwestPhD大哥的方法不错，就是我个人对这个EMSA有点怵（听说挺麻烦的），以前硕
士的时候帮一个师兄一起搞过，没有做出来。 |
|
H**O
发帖数: 89 | 6 理砖科的论文，是和别处不同的。多是第一作者为主要的砖工，后边几个帮忙的
，再后边几个打酱油的，最后挂上老板的名字是为通讯作者。做工的人，PhD毕业之后
，往往先做一两轮postdoc，攒几篇paper，然后去找教职——这是二十年前的事，现在
要做到四五轮——有了大paper，后面找postdoc便有底气；倘若有了CNS，便可从AP做
起谋个PI当了，如果有几篇CNS，或者已经当上AP，A/P，那兴许就能评千人锦衣还乡了
。但多数的砖工，智商情商拙计，大抵没有这么顺利。只有牛人，才能当上老板push别
人干活。
我从大二起，便在村口的文理学院砖厂里打杂。老板说，too young naïve,
怕做不了独立的项目，就跟着别人做点事提提质粒蛋白做做克隆吧。做克隆虽然事小，
但唠唠叨叨缠夹不清的也很不少。哪一步出个小bug，便P不出来后面的也做不了。所以
过了几天，老板又说我干不了这事。幸亏砖厂是劳动密集型产业，总... 阅读全帖 |
|
r*****m
发帖数: 3619 | 7 最难的是无中生有的去提理论，头破血流的去探索，你们这些洗碗的猴子怎么看得懂？
你们的视野就是几个信号分子，Myc，p53
晶体和信号的诺贝尔奖真的发完了，你去问问任何懂行的就知道。一群包工头在中国炒
作几个永远不会得诺贝尔奖的领域。 |
|
y***i
发帖数: 11639 | 8 现在在讨论是不是假的，尤其是是不是故意造假。证据强度不够这个太常见了。我在
Journal club读过一篇Nature长文章，段落标题声称对expression有影响，数据居然只
有对Myc的表达有影响的证据。但整个文章其他结论都比较solid，实验已经做了很多，
所以只是作为弱点点了一下。
文章 |
|
s******s
发帖数: 13035 | 9 我一般都用针筒，然后hood里放一个装大口瓶子，所有接触
virus的东西都扔里面，泡在bleach里面。
实验室有些老美直接往垃圾袋扔，虽然说现在的lenti不扩增，
最多感染表皮；不过做ips的都是myc这类东西，就算只感染表皮
也不是啥好事，一般说服教育又忘了的，只能躲着 |
|
s*********7
发帖数: 1180 | 10 不会吧，刚买了mouse anti-myc，有经验的人说说这个可以用吗？ |
|
Z******5
发帖数: 435 | 11 我之前用U87和U251转myc之类的蛋白，基本不会死。
多用几种质粒同时转看看。如果你对照也都死一大堆，就果断换转染试剂。
我一直用Fugene HD |
|
O********4
发帖数: 113 | 12 其实那个帖子的观点很扯淡，典型的半瓶醋愤青学生评价科研的方式。别误会，我不是
说你认同这个观点。
楼主如果暗示林，说的就是他和韩家淮合作的12年的science 和以前的NCB 吧，这两个
文章出来后林才有了评院士的条件。看了一下那个science, 我这外行看来还很不错，
不过没看出方法或概念好到上science 的程度，也许autophagy 最近比较时髦影响大的
缘故。不过最amazing的是他们最开始是用普通gel 上把一个单Ser phosphorylation
和很近的double phosphorylation 分开并用质谱鉴定出来（p-S86 和 p-S86/p-S-90）
，最初用的还是Myc 抗体。这个要么是运气好，要么有其他 clues 他们没说。后来也
有些小矛盾的地方，比如后来的anti-TIP60 只识别一条带。但我只大概看了fig1。
不过既然是科学不端，就大大方方说好了。在年会上吞吞吐吐地爆料传小道消息，不是
scientist 该做的。说出来要么净化科研环境，要么还人清白。
和林有过一面之缘，不觉得他是相貌不凡的帅哥，所以楼主也许在说别人，要么就是我
... 阅读全帖 |
|
g****0
发帖数: 425 | 13 搭车问一下，myc （9E10）antibody crosslink后能pull down吗？
求protocol。 |
|
z*t
发帖数: 863 | 14 大牛那myc tag呢？
要过表达protein比较大（150kd）左右，一般要不要加？ |
|
|
|
f******g
发帖数: 1003 | 17 recently, a paper in cell shows that myc heterogenerous KO mice have longer
lifespan |
|
l****y
发帖数: 486 | 18 而cancer metabolism的热跟这两点都关系没那么大，就第一点来说，整个cancer
metabolism里能抱的唯一大腿就是IDH（在癌症里有大量mutation的core component).
其实在发现IDH mutation前，这也是这个领域被人criticize的地方，就是：既然如此
重要，怎么没什么突变。IDH的出现让领域里的人如获至宝，但既变如此，这样的例子
还是太少了。
要说明的是，cancer metabolism是一个比较新（但其实也有上十年了）的领域，它里
面的leaders不是以前做传统metabolism的人，而是做 cancer signaling的人，所以这
些人把自己做的targets像PI3K, mTOR, Myc, P53什么的都说成是cancer metabolism里
的。这些targets在癌症里毫无疑问是非常重要的，但玩的太久了就不容易继续做了，
所以大家在这里换个角度可以继续研究。但这些不仅调控metabolism,也调控很多其他
东西（cell cycle, migration, genomic integrity, DNA ... 阅读全帖 |
|
l****y
发帖数: 486 | 19 而cancer metabolism的热跟这两点都关系没那么大，就第一点来说，整个cancer
metabolism里能抱的唯一大腿就是IDH（在癌症里有大量mutation的core component).
其实在发现IDH mutation前，这也是这个领域被人criticize的地方，就是：既然如此
重要，怎么没什么突变。IDH的出现让领域里的人如获至宝，但既变如此，这样的例子
还是太少了。
要说明的是，cancer metabolism是一个比较新（但其实也有上十年了）的领域，它里
面的leaders不是以前做传统metabolism的人，而是做 cancer signaling的人，所以这
些人把自己做的targets像PI3K, mTOR, Myc, P53什么的都说成是cancer metabolism里
的。这些targets在癌症里毫无疑问是非常重要的，但玩的太久了就不容易继续做了，
所以大家在这里换个角度可以继续研究。但这些不仅调控metabolism,也调控很多其他
东西（cell cycle, migration, genomic integrity, DNA ... 阅读全帖 |
|
X******n
发帖数: 914 | 20 Abcam ChIP grade HA ab9110. |
|
|
B*****e
发帖数: 1005 | 22 多谢，这类Trap哪家的比较强， 有人说Trap做ChIP的效果不太好，和抗体比哪个强些？ |
|
k*****n
发帖数: 323 | 23 ha的话，roche的rat mono clone很好用，不过最好是加上一个bridge antibody |
|
B*****e
发帖数: 1005 | 24 大牛，bridge antibody是指啥东东？ |
|
|
H****s
发帖数: 301 | 26 不懂。进来学习一下。CHIP用的抗体和普通的做免疫荧光的抗体有什么不同？亲和力更
强？特异性更好？谢谢指点， |
|
k*****n
发帖数: 323 | 27
e, just another antibody against Rat IgG, like rabbit @ Rat, or Goat @ Rat,
you can use Protein G bead incubate with either one bridge antibody for 1h @
4C first, wash once, then add Rat @ HA antibody, incubate for another 2h @
4C. |
|
k*****n
发帖数: 323 | 28
e, just another antibody against Rat IgG, like rabbit @ Rat, or Goat @ Rat,
you can use Protein G bead incubate with either one bridge antibody for 1h @
4C first, wash once, then add Rat @ HA antibody, incubate for another 2h @
4C. |
|
|
|
B****n
发帖数: 70 | 31 抛开他博后工作，他独立后主要贡献是smad phosphatase 这一系列工作，加上TGF
beta的一些信号传导，比如这篇smad myc interaction的MC都是比较经典的，但这几篇
主要的早年文章都是夫妻俩一人第一，一人通迅（他们也得自己先Survive, 前面分析
过），这样客观上dilute他们trainee的first author paper,但既使如此，也还是有发
得不错的手下，但这些人跟老板关系如何又是另外一回事了。
他们为了找smad phosphatase, 建了一个可能包括大多数phosphatase的库，这样除了
研究 smad phosphatase外，还可以展开研究其他phosphatase, 但这个方向目前还没什
么大的建树（不排除将来会有）原因之一是phosphatase不好做，整个领域都不景气，
别的做phasphotase的也没发什么好文章。我觉得他们在这个方向的一大贡献是为大家
提供了一个resource, 所以时不时有些coauthor paper.
出来 |
|
y***n
发帖数: 109 | 32 我需要一个很小的affinity tag pair，不知道有没有比下面这些还小的呢？
FLAG/MYC/HA/HIS & antibody， 120+ kDa
biotin & Streptavidin, 52 kDa
HaloTag & ligand, 34 kDa
SNAP tag & ligand, 20 kDa |
|
S****B
发帖数: 17 | 33 Nanobody……10-15KDa
[在 yuban (java) 的大作中提到：]
:我需要一个很小的affinity tag pair，不知道有没有比下面这些还小的呢？
:FLAG/MYC/HA/HIS & antibody， 120+ kDa
:biotin & Streptavidin, 52 kDa
:HaloTag & ligand, 34 kDa
:SNAP tag & ligand, 20 kDa |
|
y***n
发帖数: 109 | 34 有FLAG/MYC的nanobody吗？光见过GFP的。 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 35 MYC 的好像有了，FLAG 的还没有。
不过，你的问题的答案难道不是NTA-Ni + 6xHis 么？这个还不够小？ |
|
发帖数: 1 | 36 实际上我们对cancer甚至整个信号传导的理解还远远不够。我们的知识是碎片化和模糊
的（等我们真正理解之后甚至会发现是错的）。比如一个简单的问题，像Myc, Rb和p53
在基因调控网络中的真正角色是什么我们并不清楚，这不是简简单单一个术语，像
oncogene或者tumor suppressor能概括的。就像组装一个飞机，手下有一大堆零件，但
是只有它们是正调控或者负调控原件的信息，这个飞机拼起来之后肯定要摔下来。
解决这个问题， 一个就是要用更精细的测量方法，和更基于物理事实（有关生物的就
是热动力学，化学反应动力学和统计力学了）的精确数学描述来定量化研究这些问题。
统计学其实是数学中的麦丹劳，是用来寻找相关性的。而只有基于物理定律的数学表达
才有预测的能力。可惜大部分学生物的人数学训练都不够。
mutation
gene |
|
|
m******u
发帖数: 12400 | 38 只要能暴露在表面，为什么不能被抗体识别？融合蛋白放在头上（两端），蛋白本身能
折叠成自身结构，那么tag就很可能会被暴露在外表。但这也不是一定的，tag影响蛋白
折叠，融合蛋白不能自然折叠，没有活性，tag不能被抗体识别也有报道。
最后，tag放在目的蛋白内部的例子也有，而且还能保留蛋白自身活性。这种成功例子
不能保证你的蛋白能够成功。
我这里回答，是觉得你这个问题问得不对。 |
|
|
j*****n
发帖数: 217 | 40 他是western，不存在表面不表面的问题，早都变性、暴露了 |
|
f*****e
发帖数: 34 | 41 转自 知乎：
（如何看待武汉大学「千人」专家举报同校「长江学者」李红良涉嫌学术造假，以及当
事人回应不存在造假？）
作者：匿名用户
来源：知乎
Li的Nat. Med文章Biochemistry问题很多，尤其是Western Blot和IP data，不是正常
实验做法。以li最新的2018年Nat Med paper关于CYLD为例: Fig2中外源过表达FLAG-
TRIM47和HA-CYLD验证TRIM47和CYLD相互作用，按照paper中method里面的抗体，FLAG、
HA、Myc和His抗体都是MBL公司mouse来源的抗体，IP完后抗体本身重链和轻链哪去了？
？？这样的例子在li的Nature子刊paper中一大堆。
CYLD和TRIM47内源相互作用：CYLD抗体是CST #8462 或ab153698(abcam)，rabbit抗体
。而TRIM47是ab155549抗体(abcam), rabbit抗体。用CYLD进行IP，IP完抗体重链、轻
链哪去了？？？ |
|
z******n
发帖数: 97 | 42 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: HFNO (H5N1 禽流感), 信区: Biology
标 题: 孔老千 zz
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Feb 3 16:30:35 2014, 美东)
理砖科的论文，是和别处不同的。多是第一作者为主要的砖工，后边几个帮忙的
，再后边几个打酱油的，最后挂上老板的名字是为通讯作者。做工的人，PhD毕业之后
，往往先做一两轮postdoc，攒几篇paper，然后去找教职——这是二十年前的事，现在
要做到四五轮——有了大paper，后面找postdoc便有底气；倘若有了CNS，便可从AP做
起谋个PI当了，如果有几篇CNS，或者已经当上AP，A/P，那兴许就能评千人锦衣还乡了
。但多数的砖工，智商情商拙计，大抵没有这么顺利。只有牛人，才能当上老板push别
人干活。
我从大二起，便在村口的文理学院砖厂里打杂。老板说，too young na... 阅读全帖 |
|
r******g
发帖数: 8 | 43 yes the location was a big factor. I desperately wanna flee away from NYC
after
living in MYC metro for six years :P
the
a |
|
w********h
发帖数: 12367 | 44 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: toptip (土翁), 信区: Biology
标 题: 从整型医生到诺贝尔奖-山中伸弥的研究历程
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Oct 17 00:04:30 2012, 美东)
引言
山中伸弥（Shinya Yamanaka）获得诺奖已经有几天了，虽然两年前在听完他的讲座后
我兴致很高地写了两篇文章，这些天我却没有多少动力再写一篇完整的文章来介绍他的
工作。
我一直对中国现在还盛行的规划性科研，应用导向型科研耿耿于怀。这些所谓的重大项
目在立项的当初对目标/前景写得宏大无比，之后却通常草草收场。如果那些重大项目
真的能实现立项当初的用意，那诺贝尔奖早就在中国遍地开花了。广大科研人员都觉得
这种运行模式是一个笑话，饶毅、施一公等大牛也重炮轰击，但是分钱游戏还在进行着
。而公众，包括相当一部分科研人员也并不了解科研的自身规律，总是一再地问做基础
研究有什么用。
Shinya Yamanaka的成功是典型的小实验室自由探索的成功。他的成功再一次提示，有
相当多的科学突破是不可预测的。如果中国有大批优质的小实验室得到稳... 阅读全帖 |
|
d****y
发帖数: 2180 | 45 How to contact you?
Are you in MYC? |
|
p*******g
发帖数: 2976 | 46 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
|
y***i
发帖数: 11639 | 47 【 以下文字转载自 Prose 讨论区 】
【 原文由 myc 所发表 】
黑洞
传说茫茫宇宙中有你
掩埋在星云的深处
时间在你脚下止步
沧海桑田，在记忆中凝结
空间在你身边弯曲
方寸之间，有三千世界
我愿投身向你
象飞蛾追逐火光
因我知， 春秋苦短
流水年长
因我的心已疲于流浪
不管那刹那的永恒
是生是灭？ |
|
发帖数: 1 | 48 您好，我的朋友是生物统计方向的master，她有很多publication和审稿的经验。她在
德州西南医学中心做computation biologist。以下是她的信息
name: Uthra Balaji
email: [email protected]/* */
如果有合适的审稿机会可以发给她吗？多谢您！！
Publication:
1. Metabolic Reprogramming of Pancreatic Cancer Mediated by CDK4/6
Inhibition Elicits Unique Vulnerabilities. Jorge Franco, Uthra Balaji,
Elizabeth Freinkman, Agnieszka K. Witkiewicz, Erik S. Knudsen, Cell Reports
2016.
2. Whole-exome sequencing of pancreatic cancer defines genetic diversity and
therapeutic targets. Agnie... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 49 您好，我的朋友是生物统计方向的master，她有很多publication和审稿的经验。她在
德州西南医学中心做computation biologist。以下是她的信息
name: Uthra Balaji
email: [email protected]/* */
如果有合适的审稿机会可以发给她吗？多谢您！！
Publication:
1. Metabolic Reprogramming of Pancreatic Cancer Mediated by CDK4/6
Inhibition Elicits Unique Vulnerabilities. Jorge Franco, Uthra Balaji,
Elizabeth Freinkman, Agnieszka K. Witkiewicz, Erik S. Knudsen, Cell Reports
2016.
2. Whole-exome sequencing of pancreatic cancer defines genetic diversity and
therapeutic targets. Agnie... 阅读全帖 |
|
w*******y
发帖数: 60932 | 50 Go below for link, normally $49.00 now on sale for $41.00 until end of July.
Link:
http://www.candymachines.com/Chicle-Tabs-Gum-P59.aspx
Go to checkout and begin process, once you get to screen to apply coupons
apply coupon code MYC to get an additional 10% off.
Total comes to $36.90 plus $16.75 shipping.
Normal price everywhere else is $49.00-$59.00 plus shipping from what I have
found since I just ordered some for work.
|
|
