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d****7
发帖数: 109 | 3 3*Flag
3*HA
V5
GFP
Biotin
Myc
这些都是ChIP的良药
强烈推荐3*Flag和biotin，不过biotin有点麻烦 |
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D******9
发帖数: 2665 | 4 突变五花八样， 大多数蛋白在细胞里， 又没有酶活性。 健康人早点测个序， 假如有
这些突
变，早点做个肠镜才是真的。
Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer.
Cancer Genome Atlas Network.
Abstract
To characterize somatic alterations in colorectal carcinoma, we conducted a
genome-scale analysis of 276 samples, analysing exome sequence, DNA copy
number, promoter methylation and messenger RNA and microRNA expression. A
subset of these samples (97) underwent low-depth-of-coverage whole-genome
sequencing. In total, 16% of co... 阅读全帖 |
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h******y
发帖数: 351 | 5 对于上皮细胞，最近有人发现利用feeder cells（主要是MEFs）和ROCK Inhibitor可以
有效immortalize。但是对于MEFs，光用ROCK Inhibitor可能不行。除了常用的SV40T和
HPV16 E6/E7，也可以用其他oncogene，例如c-Myc，Ras，BmiI，CDK4等等。因为MEFs
是原代细胞，转染效率很低，通常大家都用lenti，retro，或者电转。 |
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n*********b
发帖数: 140 | 6 Weinberg在1999年在Nature上报道了转化3个或4个基因就足已使人fibroblast转化为癌
细胞。由于大多数癌细胞具备干细胞特征，这就意味着转化3个或4个基因就足已使人
fibroblast转化干细胞。事实上Yamanaka因子之一是c-MYC.
Nature. 1999 Jul 29;400(6743):464-8.
Creation of human tumour cells with defined genetic elements.
Hahn WC, Counter CM, Lundberg AS, Beijersbergen RL, Brooks MW, Weinberg RA. |
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c********u
发帖数: 250 | 7 想加一个小的tag到目标蛋白的cDNA上,然后一起放进AAV2再打进小鼠脑子,请问这种情
况用哪个tag好一些呢? HA, Myc, His, FLAG, V5, 还是有比这些更好的? |
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c********u
发帖数: 250 | 9 所以myc his都不好，那剩下的HA，V5 和 3xFLAG差不多吗？ |
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r***e
发帖数: 2539 | 10 Myc不好是指IF staining吗？ western blot还好啦。 |
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t****p
发帖数: 1504 | 11 引言
山中伸弥（Shinya Yamanaka）获得诺奖已经有几天了，虽然两年前在听完他的讲座后
我兴致很高地写了两篇文章，这些天我却没有多少动力再写一篇完整的文章来介绍他的
工作。
我一直对中国现在还盛行的规划性科研，应用导向型科研耿耿于怀。这些所谓的重大项
目在立项的当初对目标/前景写得宏大无比，之后却通常草草收场。如果那些重大项目
真的能实现立项当初的用意，那诺贝尔奖早就在中国遍地开花了。广大科研人员都觉得
这种运行模式是一个笑话，饶毅、施一公等大牛也重炮轰击，但是分钱游戏还在进行着
。而公众，包括相当一部分科研人员也并不了解科研的自身规律，总是一再地问做基础
研究有什么用。
Shinya Yamanaka的成功是典型的小实验室自由探索的成功。他的成功再一次提示，有
相当多的科学突破是不可预测的。如果中国有大批优质的小实验室得到稳定的资助，那
么类似的科学突破就会随机但是必然地产生。从这种意义上讲，展示Shinya Yamanaka
在研究过程中的这种随机性和必然性，向公众科普科研活动是如何进行的，是值得我花
一点时间的。
解析Shinya Yamanaka发现诱导干细胞（iPS... 阅读全帖 |
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t****p
发帖数: 1504 | 12 引言
山中伸弥（Shinya Yamanaka）获得诺奖已经有几天了，虽然两年前在听完他的讲座后
我兴致很高地写了两篇文章，这些天我却没有多少动力再写一篇完整的文章来介绍他的
工作。
我一直对中国现在还盛行的规划性科研，应用导向型科研耿耿于怀。这些所谓的重大项
目在立项的当初对目标/前景写得宏大无比，之后却通常草草收场。如果那些重大项目
真的能实现立项当初的用意，那诺贝尔奖早就在中国遍地开花了。广大科研人员都觉得
这种运行模式是一个笑话，饶毅、施一公等大牛也重炮轰击，但是分钱游戏还在进行着
。而公众，包括相当一部分科研人员也并不了解科研的自身规律，总是一再地问做基础
研究有什么用。
Shinya Yamanaka的成功是典型的小实验室自由探索的成功。他的成功再一次提示，有
相当多的科学突破是不可预测的。如果中国有大批优质的小实验室得到稳定的资助，那
么类似的科学突破就会随机但是必然地产生。从这种意义上讲，展示Shinya Yamanaka
在研究过程中的这种随机性和必然性，向公众科普科研活动是如何进行的，是值得我花
一点时间的。
解析Shinya Yamanaka发现诱导干细胞（iPS... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 13 Re LZ
pls go to
one RNA-seq blog
one topic:
Long noncoding RNAs in pathogenesis
web link:
http://www.rna-seqblog.com/
LncRNAs (pronounced “link”) are long non-coding RNAs that are emerging as
important regulators of gene expression in biological processes and diseases
. In this issue of the Journal of Clinical Investigation, two papers connect
lncRNAs to inherited conditions in humans.
Sylvia B-hring and colleagues at the Experimental and Clinical Research
Center in Berlin found a chromosomal ... 阅读全帖 |
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Z******5
发帖数: 435 | 14 四个问题：
1. 肿瘤是不是多数发生在高等动物中？特别是灵长类动物中？
2. 这一特征与特定物种的基因有关还是与寿命相关？ 比如抗生素发明前，人类寿命相
对较短，肿瘤发病率就表现的很低，而现在人类寿命大幅提高，肿瘤发病率就直线上升
？ 如果给猴子类似人类现在的医疗条件，它们的肿瘤发病率是不是也会大幅上升？
3. 目前已经发现的很多重要的原癌基因和抑癌基因，比如c-MYC，RAS，P53等都是高度
保守的，怎么理解这些保守的基因为什么没有在低等物种中与肿瘤相关呢？
4. 目前有哪些高等动物，特别是人类特有的一些非保守基因在肿瘤发生中起到十分重
要的作用？ |
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n****k
发帖数: 516 | 15 确实有这种可能，我们打算拿myc tag重做localization的实验，我们这个complex虽然
功能未知，但是之前已经有人做了一些localization的实验，在2篇plant cell上都有
提到某个subunit的localization，都是GFP fusion的方法（吐槽一下），这也是他们
的major concern之一，localization和inter interaction network已经有人发表了（
另外一个就是fusion protein approach）。我觉得相对functional mechanism （>10
图，任何一个subunit的function之前都完全未知），localization （1个图）和
Interaction network (1个图)只是枝节，我打算直接把localization放supplemental
，cite papers了。 |
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c******g
发帖数: 49 | 17 谢谢。能不能推荐个rabbit antibody? |
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r***e
发帖数: 2539 | 18 santa cruz有一个rabbit的。12C5?忘了。你查一下。 |
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o*******d
发帖数: 989 | 20 我用的是santa cruz的 9E10 (sc-40),
觉得还可以 |
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f*******d
发帖数: 92 | 22 能不能给我一篇文章的link阿？我想看看方法和他们用哪家的antibody。谢啦～
洗。 |
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c********b
发帖数: 363 | 24 应该不会，immidazole是histidine的mimic而已，而不是象高盐高detergent那样。
exchange |
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b******y
发帖数: 627 | 25 Echo what centuribob said. |
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f*******d
发帖数: 92 | 26 多谢！ proteinA beads (IgG domain) 这个是啥意思？你说的连个都是tandem 的吗？ |
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f*******d
发帖数: 92 | 28 又有一个问题，还是贴在这里把，要做IP看interacting protein, lysate是不是一定
不能用sonication, 只能用detergent来lyse cell? |
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e***o
发帖数: 60 | 29 could someone please help download the full text listed papers? Many thanks.
* PMID:22846863
Semin Oncol. 2012 Aug;39(4):461-72. doi: 10.1053/j.seminoncol.2012.05.011.
Clinical implications of cancer stem cell biology in hepatocellular
carcinoma.
Ji J, Wang XW.
*
PMID: 22580498 Int J Oncol. 2012 Aug;41(2):393-406. doi: 10.3892/ijo.2012.
1474. Epub 2012 May 10.
Role of DLC1 tumor suppressor gene and MYC oncogene in pathogenesis of human
hepatocellular carcinoma: potential prospects for combined t... 阅读全帖 |
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s******s
发帖数: 13035 | 30 //nod.
lenti最多也就感染表皮一层，插入了不会自我复制。
主要的担心就是表达myc一类的要小心 |
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r***e
发帖数: 2539 | 31 Myc能干掉p53吗？有没有文献给个link?
谢了！ |
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b*********8
发帖数: 44 | 32 请问，做Co-IP，那个公司的anti-myc效果较好？ |
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i****g
发帖数: 3896 | 33 北大邓宏魁和汤超发的：
邓宏魁与汤超研究组在《细胞》（Cell）发表封面论文报道细胞重编程过程中的创新方
法和理论
日期： 2013-05-27 信息来源： 生命科学联合中心
北京大学生命科学院邓宏魁研究组和北京大学定量生物学中心汤超研究组合作，首次证
明小鼠体细胞重编程可由调控分化的基因完成，并在此基础上提出细胞命运转变的“跷
跷板模型”。2013年5月23日，该成果研究论文“Induction of pluripotency in
mouse somatic cells with lineage specifiers”于《细胞》（Cell）期刊以封面文
章形式在线发表。《细胞》同期还配发了希伯来大学Nissim Benvenisty教授对于该工
作的评论文章。
“Seesaw模型”的landscape图
细胞命运决定的“跷跷板模型”
2006年，日本科学家Shinya Yamanaka发现向小鼠体细胞转入胚胎干细胞特异因子（
OCT4, SOX2, KLF4, c-MYC）可以完成体细胞的重编程。在此之后，细胞重编程领域普
遍认为向目标细胞状态的转变需要靠在目标状态中特异高表达的... 阅读全帖 |
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i****g
发帖数: 3896 | 34 邓宏魁今年爆发了，又一篇Science：
《科学》（Science） 杂志发表北京大学邓宏魁团队的重大研究成果——使用小分子化
合物逆转“发育时钟”
日期： 2013-07-18 信息来源： 生命科学学院
7月18日，国际学术权威杂志Science杂志（Science Express）刊登了北京大学生命科
学学院邓宏魁教授和赵扬博士带领的研究团队在生命科学领域的一项革命性的研究成果
——用小分子化合物诱导体细胞重编程为多潜能干细胞。该成果开辟了一条全新的实现
体细胞重编程的途径，给未来应用再生医学治疗重大疾病带来了新的可能。
在这项研究中，邓宏魁团队仅使用四个小分子化合物的组合对体细胞进行处理就可以成
功地逆转其“发育时钟”，实现体细胞的“重编程”。使用这项技术，他们成功地将已
经特化的小鼠成体细胞诱导成为了可以重新分化发育为各种组织器官类型的“多潜能性
”细胞，并将其命名为“化学诱导的多潜能干细胞（CiPS细胞）”。
哺乳动物细胞只有在胚胎的早期发育阶段具有分化为各种类型组织和器官的“多潜能性
”，而随着生长发育成为成体细胞之后会逐渐丧失这一特性。人类一直在寻找方法让已
分化的成体... 阅读全帖 |
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C***2
发帖数: 62 | 35 http://www.nature.com/ncb/journal/vaop/ncurrent/full/ncb2765.ht
Sequential introduction of reprogramming factors reveals a time-sensitive
requirement for individual factors and a sequential EMT–MET mechanism for
optimal reprogramming
Abstract:
Present practices for reprogramming somatic cells to induced pluripotent
stem cells involve simultaneous introduction of reprogramming factors. Here
we report that a sequential introduction protocol (Oct4–Klf4 first, then c-
Myc and finally Sox2) outperfor... 阅读全帖 |
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d****7
发帖数: 109 | 36 单个tag的话，一般用V5, biotin, GFP之类的
FLAG和MYC的话，没试过，这俩一般都用好几个copy的 |
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g******0
发帖数: 290 | 37 A. Pession, R. Tonelli, R. Fronza et al., “Targeted inhibition of NMYC by
peptide nucleic acid in N-myc amplified human neuroblastoma cells: cell-
cycle inhibition with induction of neuronal cell differentiation and
apoptosis,” International Journal of Oncology, vol. 24, no. 2, pp. 265–272
, 2004.
Thanks a lot! |
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C**S
发帖数: 522 | 38 wiki:
http://en.wikipedia.org/wiki/FLAG-tag
Unlike some other tags (e.g. myc, HA), where a monoclonal antibody was first
isolated against an existing protein, then the epitope was characterized
and used as a tag, the FLAG epitope was designed first, and then monoclonals
were raised to recognize it. |
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l*******i
发帖数: 153 | 39 这确实是个突破，但是关键的问题还需要回答：这些小分子化合物的安全性如何？会不
会导致genome instability?
另外，如果用造血干细胞，或神经干细胞等，小分子化合物的种类或许可减少至1-2种
即可产生iPS cell。两年前在某小杂志上有一篇文章比较了小鼠的各种somatic cell,
结果显示在Sox2，Klf4 and Myc高表达的细胞中，只需要用VPA刺激一段时间（不需要
任何外源性转录因子），iPS colony就会出现。 |
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s**i
发帖数: 4448 | 40 When injected into eight-cell embryos or
blastocysts, CiPSCs were capable of integra-
tion into organs of all three germ layers, including
gonads and transmission to subsequent generations
(Fig.3,BtoE,andfig.S16).Unlikechimericmice
generated from iPSCs induced by transcription
factors including
c-Myc
(
14
), the chimeric mice
generated from CiPSCs were 100% viable and
apparently healthy for up to 6 months (Fig. 3F).
These observations suggest that the CiPSCs were
fully reprogrammed into pluripot... 阅读全帖 |
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c******8
发帖数: 36 | 42 cat: 1472-1 clone: Y69
Epitomics
这个很好用。 |
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Z******t
发帖数: 206 | 45 向iPS的大牛们求教,如果想看一个基因的knock out 会不会影响human iPS cell
generation 的efficiency, 用什么donor cell做iPS最快最容易看到colonies?
reprogramming factors是不是用lentiviral Oct4,Sox2,Klf4,c-myc 效率最高.
多谢. |
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m******g
发帖数: 467 | 46 PNAS 14.03.18
稍微了解一下：
1. Individual letters of the RNA polymerase II CTD code govern distinct gene
expression programs in fission yeast
小知识：
1. Oxygen requirements of the earliest animals
Modern demosponges can endure low oxygen conditions
2. Long-range interaction and correlation between MYC enhancer and oncogenic
long noncoding RNACARLo-5
a case study of a lncRNA |
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m******g
发帖数: 467 | 47 Nature 14.07.24
小知识：
1. Selective transcriptional regulation by Myc in cellular growth control
and lymphomagenesis
2. A cheesy tool for the laboratory
3. Biological insights from 108 schizophrenia-associated genetic loci |
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Z******t
发帖数: 206 | 48 制造iPS的四个基因oct4 klf4 sox2 myc
可不可以先做stable cell line stably 表达其中三个
再转染剩下的那个基因得到iPS cell
这样生成iPS的效率会不会比同时转染四个基因高？
生成的iPS cell里外源基因表达都会被silenced
那如果只转染其中三个基因 再做selection 是不是可以稳定表达这三个外源基因不被
silenced？ |
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s********r
发帖数: 312 | 49 可以先转c-myc啊，转完就不怕细胞不长了哈哈 |
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c******r
发帖数: 3778 | 50 很多很多，随便挑一个的话ornithine decarboxylase (ODC)吧。比较canonical的myc
target |
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