n********k
发帖数: 2818 | 1 thanks a lot...
I already have two sets for array platforms with 10 time points and the data
should be in within a week or so, it was meant for grant data for its quick
turn around....For Seq, I am planning on 100-bp pair end reads with 3 time
points and duplicates: 4 samples/ per lane (50 M reads /per sample). I am
very much interested in both isoforms and non-coding stuff...for some, some
sort of quantification would be good, for others, I don't care much about
quantification...Once there are... 阅读全帖 |
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t*d
发帖数: 1290 | 2 i am not familiar with AS field. There were too few reports showing that
different isoforms of a mRNA could have different functions. And I can not
understand why cells need AS. NGS may provide an excellent means to help
us understand AS more. There were a few papers at Nature Genetics and NEJM
showing a component in RNA editing complex is mutated in CLL and the
mutation can be used for diagnosis/prognosis. That indicates AS may play a
very important role in the cancer progress, there were no ... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 3 in that case, Fu would be the ideal person to consult on your question...
RNA-Protein has been their focus from the beginning but they were also among
the first to examine isoforms using genomic approaches...They have been
publishing quite a bit on the TF/epigenetic side lately and I was wondering
where they are going with the AS thing...BTW, whose lab are you at? |
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d*p
发帖数: 534 | 4 rescue不是王道，根据我们自己和BROAD的经验，rescue不工作的几率非常高，原因有
，1，cDNA表达的量无法控制，很难做到恢复生理状态下的正常表达量，直接影响表型
，2，过量表达出现的表型，很多情况下不是和knockdown的相反，有时候甚至相同。3
，isoform, 4,转录调控导致的补偿。
我们用过systembio的pcdh,还可以。可以尝试几个不同的promoter. |
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R****t
发帖数: 6 | 5 我以前做JNK Blot的时候 也遇过这种情况 估计是不同的isoforms |
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i*********0
发帖数: 915 | 6 cell signaling ab for p-stat3. two bands.
what is the meaning of the lower bands? isoforms? or modification? |
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i*********0
发帖数: 915 | 7 I am using Phospho-Stat3 (Tyr705) (#9145) from cell signaling.
I favor the answer of small isoforms. Maybe they have different functions.
Thanks a lot, guys, for the answer. |
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g*********9
发帖数: 3528 | 8 It is clearly stated on its website......
See background:
"Stat3 isoform expression appears to reflect biological function as the
relative expression levels of Stat3α (86 kDa) and Stat3β (79 kDa) depend
on cell type, ligand exposure, or cell maturation stage (10). It is notable
that Stat3β lacks the serine phosphorylation site within the carboxy-
terminal transcriptional activation domain (8)." |
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m******5
发帖数: 1383 | 10 重复了很多次，也用commercial available的RNA重复过了
我用的RACE得到的TSS更靠3‘端，另外，我用的RACE是5'cap dependent的，所以原理
上更可能直接和translation product有关
我比较想知道cDNA library那个特别长的RNA isoform是哪来的，后来再也没人重复过
，junk product? |
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b******n
发帖数: 4225 | 11 你的细胞在目的基因有alternative splicing?
就是说你P到一个原来target的isoform |
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Z******5
发帖数: 435 | 12 有这种可能。我前一段时间扩增了一个小肽段，在同一个细胞中就有两种表达量相近的
isoform，都是经过剪接后的，其中一个比另一个少了15bp，在其中一个剪接位点处有
不同。 |
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s*****a
发帖数: 59 | 13 恩，isoform 1的primer是intron spanning的，所以不会扩增gDNA，但是会被用来做
cloning的plasmid污染。我现在已经准备换掉全套实验用具了，还有换别的实验室做。
当然 |
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b****r
发帖数: 17995 | 14 我也不知道将来怎么筛，我真的什么都预测得到那就是神仙了
但是目前小分子筛药和人体疾病模型的技术据我所知进展也是很不错的
我来几个猜想，比如肝癌，最近听到个seminar，现在已经搞出一种小鼠，肝细胞大部
分都是人细胞。可以用这种小鼠建肝癌模型，给他长筛出来的这种肝癌，然后上小分子
库。然后上人体。就一万多个基因，也就是几万个功能蛋白吧加上各种isoform，这个
筛选的工作量并不是不可想象
不同肿瘤的命门可能是不一样，但是我说了，动物和植物直接虽然来自一个祖先，进化
了这么久一样有命门，你就这么不相信肿瘤细胞有命门？ |
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p*****e
发帖数: 93 | 15 two isoforms for Gas; short one, GasQ213L; long one, GasQ227L. these are
constitutive active mutants. Dominant negative mutants, GasQ213L/D281N and
GasQ227L/D295N. you can buy from www.cDNA.org |
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l*******i
发帖数: 153 | 16 iPS本身最大的创新可能是1）技术的简易化，使得其迅速普及；2）其本身机制的研究
促进了epigenetics等领域的发展。
reprogramming这个概念早就存在。就体细胞向ESC逆编程而言，SCNT应该比iPS更好，
可惜的是，到目前为止还无法在人的细胞上完全实现。
iPS细胞刚出来时，几乎所有人都对其临床应用充满了期待，随着研究的深入，该领域
内怀疑其clinical therapy价值的人渐渐增多，其主要弱点有：
1）iPS与ESC的identity：Yamanaka现在似乎仍然坚持iPS与ESC是非常相似的，但是他
本人也承认现在iPS还根本无法取代ESC;相反的一派认为iPS与ESC根本就是两种不同的
细胞，无论是在transcriptome水平，还是epigenetic水平——蛋白组水平的研究，我
只看到两篇文章，不知为啥这方面的研究到目前还少之又少。当然，就目前已有的ESC
株，不同实验室分离的，不同人种来源的，相互之间也有比较大的差别，甚至这种差别
影响到了其pluripotency/分化能力。我个人的看法是，ESC是一个动态变化的cell
population（... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 17 >ESC是一个动态变化的cell
population（或者说其heterogeneity非常大），即使subcloning以后，一个cell pool
里，各个细胞之间差别可能比我们想象的要大———无论是transcriptome水平，还是
epigenetic水平——但这一点，估计得靠singel cell analysis来验证的。
Sure
plus Monte Carlo Markov Chain Stochastic approch
pls refer
Hanna J et al. (2009)
Direct cell reprogramming is a stochastic process amenable to acceleration.
Nature. 462: 595-601.
link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19898493
or
Max Flöttmann et al. (2012)
A Stochastic Model of Epigenetic Dynamics in Somatic Cell R... 阅读全帖 |
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w*******r
发帖数: 23 | 20 我试验目的是找到药物的靶标。control是beads，实验组是用biotinylated drug pull
down 细胞裂解液中的靶蛋白。在60KD左右发现了一条只出现在pull down sample里的
条带。于是，我把60KD的带切下来送去做质谱。可分析结果中丰度最大的却是一个70多
KD的蛋白，这是怎么回事？如果是个小于60KD的蛋白，那么还可能是翻译后修饰导致的
。但为什么我明明在60KD切下的胶，会有70多KD的蛋白呢？这个蛋白有两个isoform，
都是70多KD，查了文献，也没有什么剪切处理的产物。百思不得其解，求高手解惑。万
分感谢！ |
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z*t
发帖数: 863 | 21 再做一个200kd蛋白的western blot，在高表达此蛋白的细胞系中试了一个抗体后发现
在膜上的带在250kd左右，还有若干小于130kd的带，这种情况可能是antibody的非特异
反应么或者是蛋白有isoform和post-translational modification？我怎么能确认
250kd的带是我的蛋白呢？
谢谢各路神仙啦 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 22 炸药生理医学奖的2013 Y 提名 RAW 被取消了吧
from this one:
HTTP : //www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1535610803000308
more pls refer
同主题阅读：Re: 大家说说Cancer cell metabolism吧，这个越来越火啊！
[版面:生物学][首篇作者：lostashoe] , 2012年11月02日
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31748337_0_3.html
>>
打脸的文章出来了
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23267074
M2 isoform of pyruvate kinase is dispensable for tumor maintenance and
growth.
alfa-
---
>>
发信人: Zebrafishing (饕餮), 信区: Biology
标 题: Re: 大家说说Cancer cell metabolism吧，这... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 23 Move On LZ
this kind of topic never get NDA or FDA approved
it is just waste time and Fundings.
from that 一个新的单克隆抗体治疗带肿瘤裸鼠的问题
if you did not used multi novel 单/poly 克隆抗体治疗带one type 肿瘤裸鼠
pls refer:
发信人: luminb (Gooder), 信区: Biology
标 题: Re: 大家说说Cancer cell metabolism吧，这个越来越火啊！
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jan 6 22:48:08 2013, 美东)
我已经发现有个规律了。大牛发些东西，打脸的常常是药厂。为啥，大牛做的药厂纷纷
跟风啊，然后一看，NND不是这么回事。很多情况下，大家也就算了，有的就会跳出头
，发个打脸的文章。呵呵。
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31748337_0_3.html
or
and
M2 isoform of pyru... 阅读全帖 |
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b******n
发帖数: 4225 | 24 引物设计有问题，可能落在intron里面了
或者是alternative splicing，你们检测的那种isoform不占大头 |
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j*p
发帖数: 411 | 26 mark
补充：不同细胞里面的spliced isoform 会不同 |
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m****M
发帖数: 360 | 27 我断断续续做了将近１０年的qRT-PCR，尤其是后来在一个实验室几乎每天就做这个，
而且是大量筛选。从表达文库挑出基因，设计引物，专个用qRT-PCR进行再次对文库中
有差别的进行一个一个验证。主要检测小RNA和mRNA的表达分析。，做了将近３年，几
乎可以说什么样的情况都遇到过（有点自吹，请不要拍砖）。
有时对一个基因很感兴趣，出来qPCR结果和文库不一样，或一样但是表达量上有差异。
同一个基因，在不同位置设计引物和所扩增片段大小，对qRT-PCR CT value来说都都很
有讲究。有时一个基因有不同的isoform，如果没有注意到这些，就会失去很多的发现
，甚至几篇文章。有时间了我准备写个关于QRT-PCR的BLOG共大家分享。 |
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f*****f
发帖数: 195 | 28 再有可能一个蛋白不同的isoform，作者用的跟你查的不是一个。我就碰到过。 |
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z*****n
发帖数: 444 | 29 解决了，不同的物种，不同的isoform，要以周边的保守序列为准。但是大家还都用最
找发现时候的名字，所以会有误解。 |
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m*p
发帖数: 226 | 30 Hi my friends, I did a bunch RNA Seq and got the data (relative expression
level, splicing isoform, etc). Can you send me (j*****[email protected]) the
links of free software to analyze RNA seq data or microarray data? Thanks,
Map |
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N2
发帖数: 81 | 31 why there is 40 aa differece |
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h*******o
发帖数: 4884 | 34 同意， 配个8－10％左右的胶，应该能跑出2条带。 |
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l*********1
发帖数: 351 | 35 相差128 dalton的12k蛋白都能跑出来的 |
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H*****e
发帖数: 120 | 36 Here are some information that may be interesting to you. But you need to
check the literature yourself since I heard most of them from a friend
working on it.
1. Acetate-T is the synthesized form that chemist believe will be
bioavailable. If you can find some PK/PD data, it will be believable. Succi
-T is the so-called conjugated form in vivo, a product by Phase I and II
enzymes. Many chemicals will be converted to this kind of form in liver to
further process. I am not sure what kind of ex... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 37 括号中是同一个基因的不同isoform的ucsc id，另外，后面不都已经有基因在染色体上
的位点了嘛，长度不是很简单嘛！问题够弱的，都不好意思回答。 |
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l******u
发帖数: 936 | 38 要做到microarray的定量水准，根本不需要多deep，除非你要看一些详细的SNP或者
transcriptional isoform。 |
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l***y
发帖数: 4671 | 39 DNA-level 上的检测的确如此，但临床上比较有前途的不是 GWS，而是 targeted/
selected PCR and deep sequencing，也就是说，还是要预先知道并且能够 narrow
down 到感兴趣的已知 gene mutations 上去。这些新的临床应用的核心是 PCR 技术 -
- 如何更有效更有选择性地 PCR 想要的 DNA regions，而不是 DNA-seq 的部分。
RNA-level 上的 NGS 则目前还没有显著优势。
这个区别依然在于：DNA 上多是定性研究，RNA 上多是定量研究。NGS 对定性很有效，
但对定量则目前还无法和 microarray-based assay 竞争。
举个例子哈，做发育过程中的 isoform/splicing 的变化，在经费一样的情况下，上
RNA-seq 还是 exon array？要是我来设计，可能会在最关键几个时间点上用 RNA-seq
看一下全貌，其它大量 conditions/time points/repeats 都用 exon arrays。而当
RNA-seq 和 exon arr... 阅读全帖 |
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w******e
发帖数: 1437 | 40 求cancer research 全文
“The p90 RSK Family Members: Common Functions and Isoform Specificity”
Cancer Res September 1, 2013 73: 5301-5308;
doi: 10.1158/0008-5472.CAN-12-4448
不胜感激！ |
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l****m
发帖数: 751 | 41 听过一个讲座，human和mouse的一般需求建议用microarray；
其他species，没有完美基因组的，或者有特殊需求，比如想看isoform的建议用RNAseq。
特别少量的用QPCR
实际发文章的时候可能RNAseq更favorable更好接受些。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 42 Before NGS 2.0 or 3.0 Illumina platform can read enough longer different
isoforms within Exome sequencing and systems biology aspect,
it is still elusive to answer the linkage between SNP2.0 or 3.0 alternative
splicing with
syndromic disease...
Pls check,
>Although previously described in TS, no CACNA1C mutations have been
reported for
>non-syndromic LQTS. With our functional studies confirming Cav1.2 gain-of-
function as the cellular basis for the CACNA1C mutation-positive patient’s
LQTS pheno... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 43 Before NGS 2.0 or 3.0 Illumina platform can read enough longer different
isoforms within Exome sequencing and systems biology aspect,
it is still elusive to answer the linkage between SNP2.0 or 3.0 alternative
splicing with
syndromic disease...
Pls check,
>Although previously described in TS, no CACNA1C mutations have been
reported for
>non-syndromic LQTS. With our functional studies confirming Cav1.2 gain-of-
function as the cellular basis for the CACNA1C mutation-positive patient’s
LQTS pheno... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 44 Pls check,
i) Trapnell C et al., (2012).
Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments
with TopHat and Cufflinks.
Nat Protoc 7: 562–578.
ii) Li H et al., (2009).
The sequence alignment/Map format and SAMtools.
Bioinformatics 25: 2078–2079.
plus
Weikard R et al., (2013).
Identification of novel transcripts and noncoding RNAs in bovine skin by
deep next generation sequencing.
BMC Genomics. 14: 789. [Epub ahead of print]
>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24225384
c... 阅读全帖 |
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s*******e
发帖数: 1389 | 45 Lipoprotein-Based Nanoparticles Rescue the Memory Loss of Mice with
Alzheimer’s Disease by Accelerating the Clearance of Amyloid-Beta
水木上，上交大的同学们正为这篇文章[1]欢呼。我本来想给他们泼盆冷水。但是仔细
看完后觉得好牛逼。顺带把Science上关于Bexarotene的争论也看完了[2]。顺便还了解
了下ApoE不同isoform的不同功能[3].
因为我不是做神经的，只知道b-Amyloid，Alzheimer’s disease水很深。请做这个的
同学老师指点一下，为什么这么新奇的，治疗Alzheimer’s的Nano particle不能发CNS？
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Alzheimer’s Disease by Accelerating the Clearance of Amylo... 阅读全帖 |
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X******n
发帖数: 914 | 46 谢谢！
这个真是太便宜了。可惜我想要的几个基因没有。
提醒一下：Human Orfome 8.1里面大概有20％的基因不是全长或者是小的isoform。
再问个问题：如果有pLX304 lentivrial expression collection（大概13000个基因）
，你会用它来干什么呢？ |
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F******p
发帖数: 2099 | 47 曾经有一篇做PKC的某个isoform PKM的science paper,western的每一条带都是单独剪
出来的，还包括各种fancy的RNAi和phosphrylation调控. 后来在这个纽约MD Sacktor
和他的徒子徒孙的吹嘘之下， PKM很是红火了一阵，发了不少science，搞了不少
funding. 十年之后的某一期nature终于戳破了这个皇帝的新衣,证明PKM的那些功能根
本就是假的。 |
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d*p
发帖数: 534 | 48 1 Antibody might bind somewhere before the mutation.
2 Isoform. |
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n******7
发帖数: 12463 | 50 好处是可以做scaffold
我感觉对isoform 或者SV 分析会很有用，这对准确率要求不高
但是目前的通量也太低了
还在玩票阶段
high |
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