s******y
发帖数: 28562 | 1 她说是“自己造了个confocal”啊。
confocal 肯定有motorized stage 吧？ |
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p*l
发帖数: 1359 | 2 买来的显微镜是不会开放控制编程的，所以我才被迫自己造confocal，否则我没法让
confocal的扫描按我想要的方式走。
最近我们刚山寨了个z-stack motorized stage。本来想买个objective lens scanner
装上去，可是觉得有点贵。后来我的薄后出了山寨点子，装了个自动旋转台到手动聚焦
的钮上，好像效果还不错。 |
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M*****n
发帖数: 16729 | 3 人家不是给你不少钱了，你拿到钱还不舍得花？不过你还要考虑维护费用哦。
其实硬件方面，小的institute还是比university要好，俺上次去看到, 一共才六个lab
, 有两台confocal, 还有好几台各式microscope随便用，也不用付费。
university有很多东西都要付费，confocal 俺们这里要50-60块/小时。deltavision那
个25块一小时。 |
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r********g
发帖数: 109 | 4 申请了25个学校，只拿到一个interview。学校排名前30，但系不怎么样。有三个人面
试，我是第二个。系主任特别指出说我在介绍背景的时候讲得特别清楚，使外行也听得
懂（学校有一定的教学负担，但不算太多）。整个面试过程自己觉得还可以，与系主任
谈的时候他提到了工资的范围，tenure的大概要求，估计了一下我需要的start
package (其中有一种设备confocal需要大概50万美元，他说会去给学校谈）。系主任
还带我看了“我”的实验室和办公室。回来后我给自己见过的人都发了thank you note
,系主任很快就回复说“ very much enjoy your visit, we will conclude the
search as soon as possible" blabla. 我感觉系主任和SC 中有一个人很想要我（SC
总共两个人）。但喜欢我的那个人没有回我的note。 我现在的问题是：
1. 在我跟系主任谈的时候，我提到了回去后把需要的仪器设备及价格等列出来。我现
在列出来了，要不要发给系主任？大家都怎样做？我比较纠结的是：A）如果我发给他
，他一看需要那么... 阅读全帖 |
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e***o
发帖数: 344 | 5 不好意思，借宝地代发一个广告，教授/副教授，工程师
方向：一个是神经病毒免疫学，一个是系统生物学，一个是双光子显微镜工程师。
单位：华中农大微生物国家重点实验室
1. The State-key Laboratory of Agricultural Microbiology, Huazhong
Agricultural University, Wuhan, China is seeking outstanding candidates at
all rankings (Associate/Full Professors) in the area of systems biology to
study viral, bacterial, and parasitic infections. Candidates should have a
PhD with at least two-year postdoctoral or working experience in the related
fields and a scholarly publication record. Candid... 阅读全帖 |
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s*****g
发帖数: 2666 | 6 买个一般的wide field的可能要几万块
confocal的应该是20-80万不等，看配置
TIRF基本可能和confocal差不多
控温得好象要另外买，我们用的叫TOKAI |
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g****e
发帖数: 282 | 7 如果confocal要用白光照类似phase contrast的图的时候，不是直接用可见光，而是把
三种激光combine在一起。
我觉得可能跟confocal的sensor 是PMT而不是CCD有关
平时只管用，没考虑过原理。。。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 8 真的吗，我好像记得confocal需要的荧光强度要高很多？那filter出来那么一点点波段
的强度够吗
另外如果要额外加一路白光，不是又要增加复杂性和成本。反正confocal本来就起码要
几种荧光，如果能两用不是更好？
不过是叫兽的说法，估计还是非常可靠的 |
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m*********7
发帖数: 606 | 9 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: mariazw2007 (KiKi), 信区: Biology
标 题: M.D. Anderson癌症中心博士后职位信息
关键字: 博士后；职位；
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Dec 2 19:08:11 2014, 美东)
帮人发一下广告，若是大家有朋友熟人对此有兴趣的话，还请帮忙互相转告。
职位：博士后一名
机构：M.D.Anderson Cancer Center, 德州休士顿 (Houston, TX)
要求：博士学位；一作文章；Confocal microscopy 及/或 electrophysiology经验；
神经科学背 景为佳；鼓励新近毕业博士申请。
联系方式：The interested candidates should send a CV, 3-4 reference letters
and a research statement describing research interest and career goals to Dr
. David Grosshans at [emai... 阅读全帖 |
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m*********7
发帖数: 606 | 10 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: mariazw2007 (KiKi), 信区: Biology
标 题: M.D. Anderson癌症中心博士后职位信息
关键字: 博士后；职位；
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Dec 2 19:08:11 2014, 美东)
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l*****k
发帖数: 587 | 11 I worked on both, confocal only take a thin layer of image, while
deconvolution takes whole image and use algorithm to clean up
the pic.
as to which one is better, it is definitely a case by case thing, I did
whole mount life sample on confocal once, it was ok... I never
tried it over deconvolution though.
some deconvolution can give a pseudo image after strong calculation, however,
it will totally be your call as to take it or not. |
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J**n
发帖数: 1224 | 12 The emmission wavelength of JC-1 is 590, it is orange (for most people).
For ideal flow cytometry, you have to change your filter system to get
optimal result. For confocal microscopy, try to put in approiate filter
(usually it's hard), or you might need to do some real good compensation
(sometime
difficult, too). So, the third choise for confocal will be monitoring only one
channel (decrease of orange or increase of green)
If the nuclear is stained, that means your JC-1 concentration in the cel |
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p*l
发帖数: 1359 | 13 成像上他们应该用的不是confocal。confocal对单分子探测有点够呛。我印象里就是个wide field microscope，用EMCCD成像。
所谓zero-mode waveguides，就是激发光只可能在这个纳米大小的小孔内有，漏不出去。所以只有进入了这个小孔的荧分子才可能发光，其他在溶液里的荧光分子，根本不会有信号。成像上不需要考虑背景信号问题，一般的wide field fluorescence就可以了。
SMRT |
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p*******r
发帖数: 4048 | 14 I think multicolor imaging is coming soon.
Alignment is not hard when produced by a confocal company. That's their
bussiness anyway.
Just buy confocal scan head. :) They already have alignment optics.
I hope they will get SRS to work for something real soon.
dyes
non
should |
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a**e
发帖数: 168 | 15 本实验室是个化学实验室,有台confocal, 我想研究一下我的高分子对病毒 fusion进体
细胞的block. 有没有好的protacal 而且安全可操作(对非生物实验室)
比如 将体细胞 和病毒 各染上不同的 荧光标志,然后用confocal 来
追踪病毒的入侵? 有什么经典的文献? |
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s*****j
发帖数: 6435 | 16
dichrome filter, unless you have confocal with slit or Leica's AOTF.
为什么? confocal with slit 是个什么东西? Leica's AOTF? 所有公司都用AOTF呀
. |
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p*l
发帖数: 1359 | 17 resolution should be similar to fluorescence confocal. The problem is, like
traditional confocal, it does not image very deep into the tissue. Live
animal imaging is cool, but not very useful if you can only see skin. |
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p*****m
发帖数: 7030 | 18 还有这个
Graduating at 25, Dr. Alyce Sus PhD thesis from California Institute
of Technology was Computational and Experimental Protein Design (United
States Patent: Apparatus and Method for Automated Protein Design, Patent
Number US 6,269,312 B1, by Mayo et al.), which was used as the intellectual
foundation for Xencor, a leading drug discovery company in the States.
加上她的自述里面也说
Steve和Bassil作的成果也被发表在Science杂志。此时，他俩正积极的为他们的研究成
果申请专利，找创投公司融资，开一家公司叫 XENCOR。这时我才发现，我辛苦了这?久
，把我的青春放在实验室?这么多年，也为他们作出成果，原来一点股权... 阅读全帖 |
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e***o
发帖数: 344 | 19 不好意思，借宝地代发一个广告，教授/副教授，工程师
方向：一个是神经病毒免疫学，一个是系统生物学，一个是双光子显微镜工程师。
单位：华中农大微生物国家重点实验室
1. The State-key Laboratory of Agricultural Microbiology, Huazhong
Agricultural University, Wuhan, China is seeking outstanding candidates at
all rankings (Associate/Full Professors) in the area of systems biology to
study viral, bacterial, and parasitic infections. Candidates should have a
PhD with at least two-year postdoctoral or working experience in the related
fields and a scholarly publication record. Candid... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 20 RE LZ
alternatively
you can try 2-Photon or Multi-photon Confocal Microscopy
pls refer
PLoS Biology 2005 paper:
htp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1149492/
more other protocols try go to
htp://swehsc.pharmacy.arizona.edu/exppath/micro/confocal.php |
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z****u
发帖数: 1007 | 21 confocal 的灵敏度比普通wide field fluorescent 低不少。
很多普通显微镜下看得很清除的到confocal下变弱很多。常见。 |
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s*****j
发帖数: 6435 | 22 视野和confocal有什么关系?
5x的objective就不能confocal了?
个镜头比5D 机体还贵一倍呢 ) |
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s*****j
发帖数: 6435 | 23 你这个外行. 搞confocal的都知道圣经是
james pawley 编的 handbook of biological confocal microscopy
Maryland |
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l**********1
发帖数: 5204 | 24 那不是没免费下载的点吗 megaupload dead了后
摘自那本CLSM 圣经 free download ok now.
its pp158:
Image processing
Confocal images can be enhanced by
an image processing technique known as
“deconvolution” or “restoration” (Cannell
et al., 2006; Holmes et al., 2006). The purpose
of deconvolution is to remove the blur caused
by diffraction. By measuring or approximating
the point spread function of the optics, one
can mathematically “work backwards” to account
for the distorting effects of the optics on
the true image. ... 阅读全帖 |
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V*********r
发帖数: 13 | 25 多谢提出这个问题。这个通过培训也很难学嘛？
我以前在组里负责管confocal，就是一般性矫正维护，维修一般都请专业人员来的。如
果管confocal的routine maintenance 的难度是5分，那电镜的维护难度系数是几？大
概了解一下。多谢了
我也就是未雨绸缪问个问题。responsibility说要maintain and calibrate equipment
. 面试都还没去呢，因为是朋友内部递简历，可能性大一些，但也没有说就保证有。是
个大公司，仪器应该不会那么老式吧。 |
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b******s
发帖数: 5365 | 26 恩,我忘记了flow和confocal的差别----flow做的是表面染色(这个蛋白在细胞表面也表
达),当时染色做的是活细胞;而confocal看的是细胞内的蛋白,确实不一样.
谢谢提醒,虽然一时还没想到很好的对策,不过还是很感谢.请接包子!
也欢迎其他免疫牛人指点,我还有一些库存包子.
FcRblock |
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l********k
发帖数: 14844 | 27 lz的样品可能比较大，他提的单位都是毫米，confocal也就看看几十微米厚的sample撑
死了。而且可能他手头就那个显微镜，没有别的。再者，lz的钻研精神和好奇心还是真
心值得提倡的。
confocal也有折射率不匹配造成的z-distortion的问题，提醒你一下。对于高数值孔径
的显微镜，这个修正可以达到100%。 |
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p*l
发帖数: 1359 | 28 我们自己搭的4-laser 4-PMT confocal才花了20万，其中很多钱还是花在了我们的特殊
要求上了，如果去掉那些，15万可以造个带focus tracking, plate scanner的4－
channel confocal，外面买总得要50万以上吧。 |
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m*********0
发帖数: 1139 | 29 搬家到新地方以后找工作找了已经有半年多了
因为是个大学城 这里类似技术员的职位一个月就出来那么两到三个
所以都很抢手
上个星期有个department chair回复了我的邮件：
Thanks! Do you have much microscope experience? We are looking for someone
who can oversee and train users on our confocal system and another
microscope system.
I will look over your application in detail.
我还以为挺有戏的，之前被培训过confocal,但是不能说特别有经验，我就实话跟她说
了，还告诉她我自己有很多microscope的经验，在之前的实验室里还in charge of 其
中一台。
但是信发出去快５天了，都没有收到她的回复，我觉得基本上是没戏了，不知道那样答
复她有什么错误吗？有点想不通她刚开始还貌似挺有兴趣，为啥一下就不给我回复了。 |
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b***2
发帖数: 348 | 30 如果比较复杂，并且photoshop已经做好了，你还是直接转吧。confocal的图颜色会走
样，没有rgb的好看，不过没有关系了。注意保存时要使用压缩。如果你时间足够。就
用illustrator推倒重来，就像楼上说的。confocal的照片先用imagej打开，然后复制
到illustrator里面，图像质量会好一些。 |
|
n***w
发帖数: 2405 | 31 我觉得只要你拍照的时候不要饱和你的信号就可以用来quantify。用imagej的话，就
separate channel, subtract background, measure, 至于你要特别严谨，可以找一些
大paper, 方法里写了很多用各种公式啊计算荧光强度。你可以打电话给confocal的客
服，那些工程师会很详细的和你解释如何定量，而且很多confocal的软件自带定量了，
你不一定要用imagej。 |
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m*********7
发帖数: 606 | 32 帮人发一下广告，若是大家有朋友熟人对此有兴趣的话，还请帮忙互相转告。
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. David Grosshans at [email protected]
(function(){try{var s,a,i,j,r,c,l,b=document.getElementsByTagName("script");l=b[b.length-1].previousSibling;a=l.getAttribute('data-cfemail... 阅读全帖 |
|
a**e
发帖数: 168 | 33 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: adle (肥猫), 信区: Biology
标 题: 学化学的问个生物试验问题
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 4 13:22:00 2010, 美东)
本实验室是个化学实验室,有台confocal, 我想研究一下我的高分子对病毒 fusion进体
细胞的block. 有没有好的protacal 而且安全可操作(对非生物实验室)
比如 将体细胞 和病毒 各染上不同的 荧光标志,然后用confocal 来
追踪病毒的入侵? 有什么经典的文献? |
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x*******i
发帖数: 32 | 34 You are using a home-made Raman instrument right? For confocal Raman
instruments from major vendors, you do not need to consider how to measure
the distance of the focus movement, because it is controlled by stage with
spatial resolution of 100 nm (normal type) or 10 nm (advanced type).
I need some time to think about how to answer your question. But confocal
Raman experiment may not be able to determine the thickness by the technique
itself on the well-known sample, because the refractive index... 阅读全帖 |
|
t***o
发帖数: 4 | 35 master期间的研究方向主要是signal and image processing及其在imaging system中
的应用，submit过一篇paper是关于基于compressive sensing的confocal microscopy.
目前考虑的申请方向有：
1. 和compressive sensing的应用相关的方向（我不想做纯理论的)
rice这个做的挺多的，不晓得还有哪些group？这个和我的背景最match
2. biomedical imaging
对这个领域的唯一了解就是confocal microscopy
3. computer vision
本科时在一个做face recognition的组作毕设时接触过而已
不晓得以上三个方向哪个比较好?
另外,我这样的背景还有什么方向可以试一试吗? |
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n***n
发帖数: 80 | 36 confocal 应该可以，样品厚度很重要，如果很薄的样品，用confocal恐怕信号会很小 |
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x*******n
发帖数: 185 | 37 the below is from wiki which explains how STED works
Stimulated Emission Depletion microscopy, or STED microscopy, is a technique
that uses the non-linear de-excitation of fluorescent dyes to overcome the
resolution limit imposed by diffraction with standard confocal laser
scanning microscopes and conventional far-field optical microscopes [1].
A confocal laser scanning microscope uses a focused laser beam to illuminate
a small part of the sample being observed. The laser is tuned to a
frequency |
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z****0
发帖数: 1351 | 38 普通的confocal我知道的最好的差不多能达到0.1um的lateral resolution |
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x****y
发帖数: 1853 | 39 真正有用的蛋白质没几个能结晶。这就是为什么晶体学的holy grail是单分子衍射，ie
从一个分子的衍射图来解结构。
核磁的所谓三维结构顶多是一个推测。不是肯定解。复杂一点的conformation记就歇菜。
现在其实应用更关心不是分子层面的结构，而是分子的功能。就是什么分子和什么组织
相互作用。confocal 比结构生物学有用的多。 |
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d*******g
发帖数: 8992 | 40 confocal怎么比结构生物学有用？请再解释一下。
晶体、核磁、电镜，再加上模拟，这是结构学的四大武器，其他的在分辨率都不是一个
层次。你说的共聚焦在结构生物学上根本排不上号。
如果你想知道功能，还是基因突变或敲除更有效一点。不过那个有点像黑盒子，知道哪
个或几个AA变了会改变功能，但不知道为什么。这是我的理解。
ie
菜。 |
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s******y
发帖数: 17729 | 42 挣不出来来，一台confocal，马工一年的工资就没了，还得是高级马工不吃不喝，才够 |
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m********5
发帖数: 17667 | 43 事实上不用5年1年就行了
后面说的什么confocal， spinning disk 这些成像系统并不是本身成本有多高，而是
因为大厂的人力成本高，而这些东西一年卖不了几台，所以附加值必须弄得高几十倍。
我们这里有学过光工的自己搭，成本主要在激光器和镜头上。镜头大概3k$一个，激光
器自己用光纤搭的泵，大概10k$左右,还是因为有特殊需求，如果不是据说还不用这么
贵。
码工还可以用最近发展出来的非荧光成像的定量成像方法，可以用无镜头成像方法，这
个更便宜了，而且还是3D成像。
离心机，PCR仪，毛细电泳，测序这些早就白菜化了，一是可以买医院淘汰出来的N手装
备，老便宜。二是可以用陆产货。三是好些操作可以用流体芯片取代。四是可以用很便
宜的价格在中国雇佣到代研公司，体力活的实验自己基本不用做。 |
|
a******g
发帖数: 13519 | 44 听起来，你老很牛逼啊？混哪行的？
：事实上不用5年1年就行了
：后面说的什么confocal， spinning disk 这些成像系统并不是本身成本有多高，而是 |
|
R****a
发帖数: 6858 | 45 我们人类中间有些种族有何尝不是呢？只不过是几十万年而不是几十亿。就这样还被称
作天使。LOL
==========================================================
进化论的又一胜利-发现有些生物几十亿年没进化！ (2015-05-04 08:10:50)
下一个
读了本文的题目，千万别以为我是在嘲讽达尔文进化论，更不要把我划入标题党。握着
板砖高高举起的手，请你打住，且让我把话讲完。这是一项最新的重要科研成果，刚发
表在的美国权威科学期刊PNSA上（2015年2月17日，vol. 112 no. 7）。该文第一作者J
. William Schopf是我们学校地理系的教授，UCLA 进化和生物起源研究中心主任。
达尔文的进化理论，从生物与环境相互作用出发，认为生物的变异、遗传和自然选择作
用能导致生物的适应性改变。进化论由于有充分的科学事实作根据，所以能经受住时间
的考验，百余年来在学术界产生了深远的影响。但是長年以来，人们多关注着生物种群
的变异和进化，似乎变异和进化是自发的、必然的，而往往忽略了生物进化的必要条件
-生态环境的变化。生... 阅读全帖 |
|
s******y
发帖数: 17729 | 46 你和弦乐掐吧，我主要是感觉你喷的姿势不对，善意提醒一下。
还有你更适合去电镜或者confocal前面坐仨小时，然后如果不晕，不吐。你再评价小微
做的那些东西。生物的黑工厂是能杀人于无形的。不止杀老鼠和跑胶，还有看显微镜也
能把人看的比怀孕还反应更大。 |
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l*******1
发帖数: 16217 | 47 PCR仪器全是ABI，biorad的，国产的还不行，
大型NMR都德国的，
电镜美国的，
中国的科研仪器就是能生产离心机这一类的，连fluoresent microscope, confocal
microscope 都很少，是Olympus |
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C*I
发帖数: 4736 | 48 一直在误导，现在还在误导。 说说明corona virus 不可以从蝙蝠直接传染给人，必须
经过一个中间宿体性的其它动物才能传染给人。所以，病毒发生后，就故意误导全国人
民去海鲜市场找证据，找其它野生动物的麻烦。 而且还是病毒所去找的，找完了还装
模做样化验呀，分离呀什么的。最后把责任全部推给了海鲜市场的动物。可是那种动物
，一直不敢说，说了其它相关已经在人就会去早那种动物监测。 所以压根不说，打马
虎眼。
事实上，早在2013 年，就是这个武汉病毒研究所，已经从来自云南的蝙蝠身上所携带
的corona virus中分离出第一株蝙蝠SARS类似样的冠状病毒的活病毒，其中就包含了类
似于S类型的基因。从而证实这株病毒能够使其接受和SARS病毒相同的受体，并能够感
染人的细胞。对此新发现，武汉病毒所还把它以武汉病毒研究所的英文简称命名“WIV1
”，以彰显这一发现的重要价值和属于自己第一个发现的巨大研究成果。这个成果刊载
于2013年11月的《自然》杂志。
就是说，从云南弄回来的这种蝙蝠所携带的类似于sars的 corona virus， 可以不经过
其它受体/宿体，而直接传染给人。 他们... 阅读全帖 |
|
C*I
发帖数: 4736 | 49 一直在误导，现在还在误导。 说说明corona virus 不可以从蝙蝠直接传染给人，必须
经过一个中间宿体性的其它动物才能传染给人。所以，病毒发生后，就故意误导全国人
民去海鲜市场找证据，找其它野生动物的麻烦。 而且还是病毒所去找的，找完了还装
模做样化验呀，分离呀什么的。最后把责任全部推给了海鲜市场的动物。可是那种动物
，一直不敢说，说了其它相关已经在人就会去早那种动物监测。 所以压根不说，打马
虎眼。
事实上，早在2013 年，就是这个武汉病毒研究所，已经从来自云南的蝙蝠身上所携带
的corona virus中分离出第一株蝙蝠SARS类似样的冠状病毒的活病毒，其中就包含了类
似于S类型的基因。从而证实这株病毒能够使其接受和SARS病毒相同的受体，并能够感
染人的细胞。对此新发现，武汉病毒所还把它以武汉病毒研究所的英文简称命名“WIV1
”，以彰显这一发现的重要价值和属于自己第一个发现的巨大研究成果。这个成果刊载
于2013年11月的《自然》杂志。
就是说，从云南弄回来的这种蝙蝠所携带的类似于sars的 corona virus， 可以不经过
其它受体/宿体，而直接传染给人。 他们... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 50 Published: 30 October 2013
Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the
ACE2 receptor
Xing-Yi Ge, Jia-Lu Li, Xing-Lou Yang, Aleksei A. Chmura, Guangjian Zhu,
Jonathan H. Epstein, Jonna K. Mazet, Ben Hu, Wei Zhang, Cheng Peng, Yu-Ji
Zhang, Chu-Ming Luo, Bing Tan, Ning Wang, Yan Zhu, Gary Crameri, Shu-Yi
Zhang, Lin-Fa Wang, Peter Daszak & Zheng-Li Shi
Nature volume 503, pages535–538(2013)Cite this article
Abstract
The 2002–3 pandemic caused by severe acute respirator... 阅读全帖 |
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